太平軍修整月餘，以東王楊秀清“專意金陵、據爲根本；遣將四出，分擾南北”意，北伐西征。
殿左五檢點羅大綱上書道：“欲圖北必先定河南，若懸軍深入，犯險而無後援，必敗之道也。”
洪秀全不以爲然，道：“吾自金田起兵，兵不足萬，時至今日，五年不到，已泱泱百萬。每次征戰，可有後援？哪次不是懸軍深入？林鳳祥、李開芳、吉文元三丞相，務必師行間道，疾趨燕都，毋貪攻城奪地徒糜時日。”
楊秀清道：“普天之下，皆吾兄妹；率土之濱，共樂同文。大軍北伐西征，取妖首狗頭，一統天國。佔長江水道，攻安慶，取南昌，脅長沙，納兩湖糧資，穩天國基業！”
1853年5月8日凌晨，林鳳祥、李開芳、吉文元率精兵兩萬五，傾出揚州，誓師北伐，先攻浦口，挫都統西凌阿黑龍江馬隊，順勢入皖，攻陷滁州。
林鳳祥北進，咸豐帝急諭：揚州賊匪圍困不出，而以他股由陸路牽制我軍。恐琦善遽離大營，致墮奸計。是以派特綏遠城將軍託明阿就近帶兵與周天爵等迎截北竄之賊，琦善務必督催西凌阿、德崇額、武慶等，帶兵斷賊後路。
琦善接旨，即令勝保、西凌阿領兵五千，疾馳跟進。向榮亦遣湖北鄖陽鎮總兵瞿騰龍率部北渡追剿。
山東巡撫李僡聞知，再赴兗、沂、曹諸府，勘察形式，飭令黃河渡船悉歸曹縣劉家口、單縣董家口，斷他口私渡。再令遊擊王鳳祥駐郯縣紅花埠、總兵百勝駐嶧縣韓莊閘、總兵三星保巡視劉家、董家二口。又親率一軍，南下宿遷，與百勝部互爲犄角。
東王楊秀清思忖再三，終覺林鳳祥兵寡，復令殿左三檢點朱錫鯤偕殿左七指揮許宗楊、殿右十六檢點黃益芸、炎四總制林紹章，領兵六千，匯合林、李，併力北伐。
朱錫鯤率部渡江，地形不熟，東入六合縣，斬殺千總徐琳及兵勇百人。
六合知縣溫紹原清空城外民房，堆滿柴草，竈底暗布貨藥。是夜，紹原帶兵突襲，復又佯敗入城。錫鯤追至城南，徵用民房，生火煮飯，燃爆貨藥，殿右十六檢點黃益芸亦被炸亡，兵丁傷亡無數，朱軍大亂。
六合練勇趁機殺出，太平軍潰不成軍。朱錫鯤收集殘部，疾遁滁州。林紹章、許宗楊收攏己部，復退天京；
“紙糊的金陵，鐵打的六合，此說果然不虛。”東王楊秀清悲情之餘，又欣林紹章之全身而退，即擢林爲恩賞丞相。
林鳳祥兵入皖地， 兵部侍郎周天爵正於宿州戡剪捻匪，兵不足千，勢難分身，惶惶上奏：各地土匪紛起，馳赴撲剿，日不暇給，若欲厚集兵力，以扼要衝，實屬無可籌撥。臣屢觀廬州知府胡元煒，實乃屑小投機之徒；廬州乃要衝之地，得失攸關大局；煩請吾皇遣員察之，胡若真有懈怠情事，勢必將其革職逮治，另遣要員護之。
咸豐帝接奏，諭曰：近來帶兵大員，賊來不擊，賊走不追，幾成固習。猶復於敗退之後藉詞諉過他人，昧良取巧，實堪痛恨。西凌阿拒賊不力，即行革職留任，以觀後效；安徽巡撫李嘉端、兵部侍郎周天爵、江北大營幫辦軍務大臣勝保、綏遠城將軍託明阿，務必通力協作，滅此股賊匪於江淮河汊間。
李嘉端接旨苦笑，疏曰：竊查粵匪自竄擾各省以來，每於飽掠之後，輒思乘間竄軼。而各省本地汛兵，多因聽調遠出，營伍空虛。適經賊匪分竄，始行奏請撥兵防守，每多緩不濟事。且臣周天爵年屆八旬，雖精力未衰，而以一旅之衆，擊四起之賊，誠恐顧此失彼。皖省兵額，除分防各地外，不過四千餘名，加以調遣潰散之餘，兵力益形單弱。即如廬州城內，現僅存兵五十餘名。其招募之勇一千餘名，未經訓練，器械不齊，斷難任以防剿；又以經費不足，大有欲散之勢。廬府胡元煒，久駐廬州，大節無污，人尚勤勉，可守廬城。
林鳳祥佔得滁州，旋即北上，繞過清流關，直驅臨淮關。鳳陽知府裕恭、知縣黃元吉率勇抵抗。林鳳祥一馬當先，斬殺主薄張士林，清勇四散。
鳳祥搶佔臨淮關，構築浮橋，駐等五日，不見朱錫鯤部，遂折返尋找。過清流關，爲勝保伏擊，折兵千餘。林鳳祥撤出戰場，退赴池河，復又至臨淮關，再築浮橋，夜宿南岸，日移北岸，守株苦待。
1853年5月28日，朱錫鯤率殘部趕至，林、朱不及寒暄，兵分三路，攻擊鳳陽城。安徽藩司奎綬接戰即遁，兵勇亦一鬨而散。
林鳳祥佔得鳳陽，休整四日，北趨懷遠。
兵部侍郎周天爵聞知，親率八百兵勇，由宿州奔赴懷遠。
山東巡撫李僡駐守宿遷，慮徐州兵寡，札請山西、陝西、綏遠諸路援兵策應。
周、李擋道，林鳳祥兵鋒轉向，繞攻蒙城，殺知縣宋維屏；再攻亳州，斬知州孫椿。北入豫地，取商丘、歸德，抵近黃河南岸。
詹事王履謙聞太平軍至，奉李僡令，速將劉家口渡船全行銷燬，又置重兵於黃河北岸，靜待林渡。
咸豐帝聞之而嘆：自粵匪起，所至各行省全皆瓦解，疆吏能御賊不使入境且出境剿賊者，惟僡一人。撫臣李僡之山東，已爲朕之畿輔屏蔽。
太平軍肆虐淮南，鳳台秀才苗沛霖狂喜，曰：此大丈夫得志之秋也。遂奔走力陳：徒團不足恃，必築寨、積粟、治兵自保。然沛霖人微，雖言重，亦無人理。
苗沛霖憤曰：這些地方官吏縉紳，盡是地痞地棍，暗裡鬼，明裡人，可憐福地名區鬧成地獄，到處抽地丁剝地稅，地也無皮。
苗沛霖一氣之下，投軍入捻。半載之後，旋又退出，復嘆：什麼捻子天主教徒，敢稱天父天兄，喪天倫，滅天理，竟把青天白日攪得天昏，何時伸天儀討天威，天才有眼。