咸豐帝聞金陵內亂，即刻諭令怡良、官文、德興阿、都興阿、曾國藩、胡林翼、福濟、和春、張國樑等：乘其內訌，次第削平，兵餉可不加增，而成功庶幾有望。各處戰局日順，惟江西，徒事遷延，勞師縻餉，失陷各郡，尚無一處克復。石逆不得逞於皖楚，勢必竄入贛地，煽惑莠民，其勢愈難收拾。曾臣國藩宜應乘此賊心渙散之時，趕緊克復數城。否以何顏對江西士民耶？西安將軍福興，即刻馳赴江西辦理軍務，以挽危局。
曾國藩接旨，謂郭嵩燾道：“吾皇不砍吾頭，已是恩賜。塔、羅相繼亡殂，攻守俱疲。贛域之況，一塌糊塗。贛東，李元度撤圍撫州，移軍貴溪，七千之衆，折損過半；而今方知，帷戰陣非李所長。經此一敗，贛東半壁，半載無爲。蕭啓江、劉長佑、劉坤一勇猛，圈圍袁州三月，據稱指日可破。賊復占上高，糧道通達；上高啓承袁、瑞二州，其地之逆，務必殲滅。”
郭嵩燾道：“袁州黃旗、花旗內訌，宛如金陵賊訌；堡壘最易內破。福興兵抵，可緩贛東之局。”
曾國藩道：“福興與國樑不睦，方調至贛，八旗兵將，不可奢望。曾國華、劉騰鴻、吳坤修已斷南路臨江之接濟，圍困瑞州四月；瑞州、袁州，孰快乎？去歲，石逆達開連陷瑞州、臨江、袁州、吉安，江楚道閉，文報家問不通凡數月。溫甫代吾赴鄂乞師，胡林翼慨增五千兵馬，遂克咸寧、蒲坼、崇陽、通城、新昌、上高六縣。自是江楚始得通問。使吾有生還之日，溫甫力也。左宗棠來諮，言沅甫、周鳳山、黃冕率兵六千，由萬載、萍鄉，直搗吉安。袁州、瑞州、吉安若克，贛西定矣。塔齊布之後，臨沅鎮都司畢金科佔樟樹鎮，奪章田渡，攻饒州城，真乃悍勇之將，可堪大用。”
郭嵩燾道：“沅甫幹才，志堅心韌，定成大事。畢氏確悍，然終非吾輩中人。”
曾國藩道：“羅山、智亭若在，無關溫甫、沅甫事。江西吝於給餉，湘、陝、川、浙等處撥餉多爲空口藉詞，無濟實用，全靠辦捐收釐苦苦支撐。頓兵不戰，坐耗軍需，朝廷安不詰責。久居贛地，有剝民之權，無澤民之位，招人恨也！吾參劾贛撫陳啓邁私販鴉片、袒陛下屬、留難軍餉、虛報戰功、凌虐縉紳。吾與贛吏，勢如水火，再無調和。胡潤芝之去其危攬其財，實乃至理箴言。”
郭嵩燾道：“爲官之道，實乃爲管之道；山高皇帝遠，明正則能胡作，言順就可非爲；孰爲黎民生與死？新撫文俊，曾隨林公則徐治事，惜乃蒙古旗人。”
曾國藩道：“雲仙之識，高吾一毫，久居紛亂之地，吾實不忍。兄本進士及身，又因功授翰林院編修；吾有書信一封，隨兄北上，面陳戶部尚書肅順，以兄之才智，或可另有作爲。此若成，吾朝中亦有人矣！此若否，爾亦著顏回湘陰矣！一全配一美，喜憂參着半，可否？另，吾之書函，肅順觀後，務必回收；有感之發之文，多采，勢必細細研磨。”
郭嵩燾道：“滌帥飭令，不敢不從；京城險惡，或去去便回。”
曾國藩道：“雲仙多慮，京城之人，坐井觀天，焉有吾等之識！速傳吾令，曾國荃、周鳳山二軍，務必疾馳飛進，圍攻吉安；曾國華、劉騰鴻竭盡全力，再攻瑞州，一鼓而克，善莫大焉。”
二月之後，郭嵩燾抵京，經戶部尚書肅順引薦，入值南書房，咸豐帝欣賞其才，屢次召見，勉曰：南齋司筆墨事卻無多，然所以命汝入南齋，卻不在辦筆墨，多讀有用書，勉力爲有用人，他日仍當出辦軍務。
1856年11月8日，曾國華、劉騰鴻率軍直逼瑞州城下，炮矢齊發，雲梯甫進。
殿左二十七檢點賴裕新督率守軍，居高臨下，火彈炮石，紛如驟雨。湘軍傷亡慘重。
15日，武進士普承堯率寶勇兩千，前鋒突擊，西門攻城。普軍梯城大半，城上忽以全桶貨藥傾下。普軍冒險不成，傷亡二百。
曾國華屢攻不克，遂沿瑞州南北築城作壘，內困賴軍，外斷接濟。
國藩無奈，遂示：堅城難攻，傷耗巨大。茲仿照圍困武漢之式，周挖長濠，斷其接濟，唯當力堵援賊。則城中匪黨糧盡勢窮，當可擒渠掃穴，收復堅城。此坐困之策，或爲以後各軍攻堅之本。
1856年11月底，周鳳山、曾國荃率軍4000，攻克安福，兵臨吉安。周、曾以草填壕，直抵城根，梯城而攻，守軍槍炮箭矢齊放、木石沸油交瀉，周、曾不支，退。
曾國藩親顧周、曾，面授機宜。國藩道：“九江、瑞州、袁州執迷攻堅，死傷無數，前車之鑑，不可再覆；圍賊困斃，方乃良策。”
曾國荃、周鳳山亦知攻堅之難，遂依令而行。
袁州被圍三月，油鹽既斷，米糧貨藥日匱，軍心動盪；天京動亂音至，兵營紛紜：天父殺天兄，終歸一場空，打打包裹回家轉，還是做長工。
劉長佑射書入城，極盡挑撥。分副侍衛李能通思忖再三，投劉內應。劉長佑乘機連夜環攻，李能通獻門以納。劉長佑佔得袁州，復攻臨江。
韋俊困守武昌，得知昌輝謀逆、天京內亂，再無戰心，謂國宗洪仁政、秋官副丞相鍾廷生道：“家兄陰鷙，戕害萬人性命，其罪當誅。天王萬歲萬歲萬萬歲，聖明仁慈，禍未及家人。吾家老幼婦孺，與韋逆昌輝，天壤之別，皆誓死效忠天王天國。胡妖林翼、楊妖載福屢射書入城，勸吾歸降，吾心如磐石，立斷之。吾等囿此廿月，彈盡糧絕援無；如不棄城而去，恐將全軍覆沒。”
洪仁政道：“同舟共濟，一載有餘，韋國宗其心之正，其智之明，其力之勇，其志之堅，天地可鑑。今水、陸、糧、援皆絕，三十六計，唯走爲上。”
鍾廷生道：“吾與漢陽守軍誓以兩國宗馬首是瞻。”
韋俊道：“胡妖林翼，新增水師六營，船250，勇4900；陸師亦增5000。漢陽、武昌外圍，深壕寬溝，四面長圍。陸路已然不能。惟沿水路西移，撤出妖圈，撐船就岸，逃出昇天。漢陽、武昌脣齒相依，鍾丞相率軍先行。所撤之軍，須前突中顧後衛，漸次有序；切忌散漫潰亂，狼奔豕突。”
洪仁政道：“吾水師已被打殘，水路可行？”
韋俊道：“悄無聲息，出其不意，行其無備。”
鍾廷生道：“兩國宗先退，吾後衛之。”
韋俊道：“不可！武昌一空，妖截江道，爾部甕中之鱉也。龜山火起，爾部撤畢，吾即殺出武昌。速傳吾令，自今日起，各部以攻代守、以進代退，五天一擾，七天一攻，日夜騷擾，亂妖心智。”
1856年12月19日凌晨，李孟羣例行攻擊漢陽，外江炮船洶洶而至，功城甚急，忽暴風大作，李恐有失，急令收隊。
陸師都司張得勝欲攻，遊擊劉滿道：“聽聞賊逆不日當遁，毋庸急攻，徒受炮傷也。”
向晚，龜山火起。李孟羣令營官盧又雄察看。盧又雄率衆攻至西門橋，彈矢屢放，竟無迴應；就近一觀，漢陽城空空如也。
李孟羣聞知，率軍追至江邊，斬殺太平軍百餘。遂又引軍入城，縱兵放火搶掠。一時火光燭天，照耀江波。
江北紛攘，胡林翼、李續賓習以爲常，不以爲然。夜半，李孟羣遣人渡江報捷。胡、李派兵探看，武昌城亦已空空如也。胡林翼不敢怠慢，飭令楊載福、李續賓、蔣益澧引軍尾追。
蔣益澧拒不奉令，告假還鄉。胡林翼知其桀驁不馴，且與李續賓不睦，遂順水推舟。
韋俊兩萬大軍，慌不擇路，退至九江、湖口。
林啓榮、黃文金皆東殿將士，韋俊兵叩城下，林、黃皆不敢納。韋俊無奈，南下景德鎮，暫且落腳。
官文、都興阿、李孟羣亦不示弱，飭令鄖陽鎮總兵王國才、協領多隆阿沿長江北岸，疾追猛攻，接連攻佔黃州、黃梅，進抵小池口，鏖戰三日，不克。月底，參將鮑超率三千霆軍至，乘夜偷襲，鮑超身先士卒，掣旗疾進，被鉛彈擊中，數日不醒。多隆阿無奈，復興兵浚濠，長塹圍困。
長江南岸，楊載福、李續賓二路大軍，水陸並進。半月時間，攻佔鄂州、大冶、興國、廣濟，再臨九江城下。
李續賓安營孫家壠，令兵士負薪填濠，將九江城外之樁柵、竹籤、焚拔殆盡。復又引兵攀城二十餘次，不克。遂自九江、官牌夾以南而東至白水湖尾，開浚長濠，濠深二丈，寬三丈五尺，計長三十餘里，逾山脊四重，留東門大路，爲誘戰追襲地。
武昌復得，鄂地盡收。官文急奏：二十二日未刻，克復漢陽，殲賊無數。賊之秋官副丞相鍾廷生、指揮劉滿，被炮轟斃。武昌兵勇望見對岸漢城煙焰，知已得手，激而急奮，齊力攻剿，亦於二十二日亥刻，克復省城。大軍東進，瑞州、義寧與北省崇陽、通城在在毗連。胡林翼僅留勇千餘，實形單薄。着奏留湖南候選道王鑫北進崇、通，控扼贛鄂之交，確保武漢之後。
胡林翼亦疏：二十二日，楊載福水師復將賊之戰船，逐一燒燬，片帆不留。陸師攻剿更急，賊逆不支，洞開城門，分路突圍。臣與諸將分路堵截，鏖戰三時之久，殲賊三千，擒斬檢點古又新、賴集興等各級佐將54名。午時，攻入武昌。武漢三鎮即得，則水陸東征之師，恃武漢爲根本。大營有據險之勢，軍士無返顧之憂。軍火米糧，委輸不絕；傷痍疾病，休養得所。是則平吳之策，必在先保鄂郡矣。
王國才幕僚方玉潤不屑，私謂王國才曰：“大軍圍攻武漢一年，並未損賊一樁一簽。賊於本月廿二日忽同遁去，蓋回援江省也。吾勞師靡餉，待賊自遁，然後成功，可慨也夫！”
王國才嘆曰：“闔國如此，孰能奈何？”
袁州克服，武昌又得，瑞州、安吉、九江、小池口復又圈圍，國藩甚喜，上奏：咸豐五年冬間，瑞州臨江袁州吉安相繼失陷，西路州縣多淪於賊。今秋援軍來瑞，而兩湖之路始通。自袁州克服，鄂師抵潯，而西路各屬以次恢復。吾皇萬歲，賊訌金陵，贛域向好。