等朱聿鍵的信送到杭州的時候，商毅早己經知道了江西的局勢，並且己經做出了應對的佈置。
看來鄭芝龍還是要走上向清廷投降這條路去了。當然對這一點，商毅也是有所準備。不過商毅心裡也清楚，從鄭芝龍的本意來說，並不是想和當初的吳三桂一樣，完全倒向清廷，準確一點說，是希望和清廷達成某種協議，就好像當初接受明朝的招安一樣，依然保持着自己的獨立性，並且繼續讓自已佔據福建和廣東之地。
因此鄭芝龍選擇降清，原想找爲自己以及家族在這個亂世中找一條根本出路，但清廷並不是這樣想的，而是將招撫視爲順利拿下福建的一種手段，結果在另一時空裡，鄭芝龍在降清之後，反而被挾持北上，在北京度過了十幾年的軟禁歲月，最後仍然被滿清處死。
鄭芝龍的錯誤就在於，他對清廷沒有清楚的認誤，說簡單點，他把淸廷也當明朝一樣對待了，完全沒有意識到，這時的清廷是否已經具備統一全國實力，在此暫且不論，但和腐敗的明朝完不全，至少已經把統一天下當作自己的目標，因此想保住自己的地盤和勢力，必須破釜沉舟，與清朝決一死戰。說白了想讓對手坐到談判桌前，也是要有足夠實力的。
當然鄭芝龍的選擇，除了不看好隆武政權有可能的作爲外，也足過分信任同鄉洪承疇，以及洪所代表的清朝，也充份表現出鄭芝龍在政治上的幼稚與短視。過於重視自己的“海商資本利益”，沒有想到在這個大時代中，只能竭盡全力去參與天下的角逐，連棄權的資格都沒有。
不過現在事情己經很難更改了，商毅只希望鄭芝龍能夠充份的警惕性，就算降清，也不要輕信淸廷的承允，被清廷挾持北上，因爲如果是鄭芝龍坐鎮福建，就不會輕易和自己爲敵，這樣自己的壓力也就會小一些。
於是商毅也立刻給鄭芝龍寫去了一封信，以十分嚴厲的口氣指責鄭芝龍對清軍釆用的不抵抗政策，違反了浙江、福建達成的聯手抗清的協議。
但在此之前，商毅早己派了駐守在嚴州段鵬立刻帶領特種兵旅出發，去佔領仙霞嶺，如果仙霞嶺被清軍所佔，就立時復奪仙霞嶺。同時又從第一軍裡抽出了一個師，交給段鵬指揮，駐守處州府，保護浙江西南，與江西、福建交界的位置。
段鵬接令之後，也率軍立刻從嚴州出發，趕向仙霞嶺。但終於是因爲鄭芝龍有意放清軍入福建，故意撤軍，結果讓淸軍不費一兵一卒，就攻佔了仙霞嶺。因此段鵬也立刻下令全旅，準備戰鬥，復奪仙霞嶺。
仙霞嶺位浙江、江西、福建三省的拆衝要路，地勢險要，山嶺重疊，嶺上山路有三百六十級，二十八曲，長約二十餘里，崇峻雄偉，夙稱天險。素有“東南鎖鑰、八閩咽喉”，爲東南的兵家必爭之地。
段鵬也知道仙霞嶺的重要性, 這是關係到浙江省西南的安全, 因此必須奪下仙霞嶺。而要奪下仙霞嶺，就必須改下嶺上的仙霞關。
仙霞關是建在仙霞嶺上的一座關隘，是與位於四川廣元的劍門關，於河南西部靈寶的函谷關，山西省代縣的雁門關齊名的中國四大古關口之一。一共有四道關門，東北和西南各兩關門，皆以條石砌成，高一丈二尺，寬九尺，均建在兩山夾峙的危巖陡壁之隘口中，都是易守難攻之地。不過正是由於仙霞關地勢險要，易守難攻，因此清軍在這裡佈置的防守兵力不多，每座關門只有三百人駐守，其中各有一百火銃兵，另外在關裡還有六百預備軍。
商家軍是從東北方向仙霞嶺發動進攻的，雖然仙霞嶺的山勢陡峭，但特種兵旅都是經過了嚴格訓練，爬山也是其中之一，山道到是並難不住他們。儘管清軍在山道上設下了三處駐點，但也都被商家軍一一攻破，因爲這次在山地作戰，商家軍所帶的火炮不多，而且都是小炮，打得不遠，因此線膛槍的超遠射程，發揮了相當大的作用。
東北方的第一關的正面寬度只有二十多丈，商家軍的進攻一開始，就遭到了清軍的火力攔截，清軍居高臨下，以火銃、弓箭封鎖了入向關城的山路，給進攻的商家軍造成了嚴重的殺傷。
儘管如此，商家軍的士兵們還是冒前槍林箭雨，從險峻的山路止，向第一關發動猛攻，而狙擊步兵則在後面尋找着躲在城垛口的清兵，一個一個的進行射殺。儘管能夠參與戰鬥的人數不多，但戰鬥卻進行得異常激烈。
而段鵬一面下令從正面強攻，一面也命令兩個連的士兵，從左右爬山繞到第一關城的側翼，去發動進攻。果然在一個時辰之後，有一個連的士兵爬上關城左側的山峰，然後直接從山頂衝下來，繞到第一關的背後，向清軍發動進攻。
這一下清軍立刻招架不住，只好放棄於第一關，退守到東北的第二關城。
因爲這是仙霞關在東北方的最後一道關城，一但失守，也就意味着仙霞關失守了。因此清軍也拼盡全力，守衛第二關城，不僅所有的預備隊都派來守關，還從西南二關各抽出了一百五十人支援也來。
經過了短暫的準備之後，商家軍又向第二關城發動了猛攻。
第二關城比第一關城的地勢更險要，關城正面的寬度更窄，但商家軍的鬥志不減，依然像關城衝鋒着，同時段鵬也同樣派出兩個連，向兩側的山峰攀爬，準備故計重施。但這一次清軍也吸取了第一關的教訓，在關城兩側的山峰上，也各派駐了一百五十名士兵駐守，用弓箭，石頭駐守着兩側的山頭。結果商家軍的兩個連離山頂還有十餘丈遠，就己經損失過半，被迫撤了下來。
而段鵬立刻下令，各加派一營兵力，進攻兩側的山峰，同時命令炮兵，冒然清軍的槍林箭雨，在陣地前架起八門火炮，向關城上開火轟擊。但由於是以下打上，因此炮火併不理想。這時特種旅一團的團長向段鵬捉議，爬到關城付近的一個山頂上，向關城開火轟攻擊。
這個建議立刻被段鵬釆納，馬上派出兩連來完成這個任務。首先由士兵爬上山頂，然後扔下繩索，繫好火炮，再加上山頂去，好在是所帶的都是小炮，費了九牛二虎之力，總算是將四門火炮運上了山頂，然後架好火炮，開始向關城轟擊。
就在同時，攻佔關城兩側山頭的戰鬥，也有了結果，終於有一側的山峰也被商家軍佔領了。
就在段鵬増派了兵力攻山之後，商家軍的士兵們冒着清軍的弓箭和石塊，在陡峭的山崖上往上攀登着，雖怨不斷的有士兵被擊中墜落下來，但向山頂的進攻始終沒有停止，但進攻的士兵們始終被清軍壓制在半山腰的地方，難以再向前有所突進。
這時有一個尖刀班忽然發現有一處絕壁可以通向山頂，於是冒險沿着絕壁的縫隙，一個個揹着步槍和手榴彈，叼着刺刀，一點一點向山頂攀爬着，等到他們翻上山頂的時候，全班的十名士兵只剩下三個人，其餘的人都在攀爬的過程中，摔落下絕埅。
而守在山頂的清兵做夢也沒有想到，有人會從絕壁爬上山頂，因此一點防備都沒有，等發現之後，倖存的三人都己經登上了山頂。
但清兵馬上向他們蜂擁而來，而剩下的三名士兵背對着絕壁，首先向清軍扔出了一排手榴彈，而手榴彈的硝煙還沒有散盡，三把尖刀寒光凜冽的向清軍猛刺了過去，隨着清軍不斷髮出慘叫，其他士兵也終於陸續蹬上了山頂，加入到戰鬥中。等商家軍攻下這座山峰以後，最先登上山峰向三名士兵己戰死了兩名，而僅存的一名士兵也己是遍體鱗傷，血流不止。
火炮己經架好，關城側面的山頂也攻了下來，商家軍也向關城發動了全面進攻，而清軍這時也抵擋不住這僕天蓋地的打擊，終於向關內退卻。商家軍成功的佔領了關城，殺入仙霞關內。
兩道天險關城都被攻破，清軍的抵抗意志也喪失殆盡，紛紛從西南的關城逃跑，商家軍也全面佔領了仙霞關。隨後又乘勝追擊，把清軍趕出了仙霞嶺。這個地勢險要的交通要道也終於被商家軍復奪回來。
不過復奪了仙霞嶺，也讓特種兵旅付出了十分慘重的代價，一共戰死了一千一百七十三名士兵，其中有超過兩百人都在在搶佔山峰時不幸摔死。另外還有五百六十七人受傷。而這一戰一共殲滅清軍六百三十三名，俘虜三百二十七名。也是商家軍少有的損失比殲滅的敵人更多的戰鬥。
但仙霞嶺終於還是被奪下來，浙江的西南部也得到了保障，而商毅也下令，從第一軍抽調一個師，並加上一個新編師，和一個新編旅趕來增授，由段鵬指揮守衛浙江南部，段鵬也立刻分別出兵，一路攻取了福建境內的甫城，另一路攻佔了江西境內的上饒，繼續鞏固戰果。不過僅管如此，商家軍的進攻也就到此爲止，無法再對江西做出進一步的支授了。