“轟！”
就在清軍衝開了商家軍建立的防守工事，正要向南京城裡追擊商家軍的時候，一股巨烈的爆炸發生了，而在附近是幾十名清軍幾乎無一倖免，全都是不死即傷。*有幾名清兵甚致被炸飛了出去。
這個突發事件也令清軍大爲震驚，立刻都退回到秦淮河的南岸，不敢再上前，就連在聚寶門上觀戰的阿濟格也嚇了一跳，不明白是發生了什麼事情。
原來在商家軍撤退的時候，在防守工事的椅子上綁了幾顆地雷，而引線綁在其他傢俱上，淸軍在推開這些傢俱的時候，絆動了引線，自然就引發了爆炸。幸好是鎮淮橋的質量不錯，而且又是在橋頭爆炸，居然還沒有被炸塌。
又過了好一會兒，硝煙漸漸散盡，在秦淮河的北岸，己經看不見商家軍的蹤影了，而建立的防守工事，也早已被炸得面目全非。清軍這才又一次小心翼翼的走了鎮淮橋，然後又躡手躡腳的穿過其實已是廢墟的防守工事，什麼都不敢再碰一下。
這一次總算是一切正常，再也沒有發生爆炸。有膽大的清兵還把炸爛了的傢俱踢了幾腳，也沒有任何的反應，這樣其他的清軍纔算是完全放心，於是都陸續的衝過了鎮淮橋。只不過這時的商家軍，早己消失在南京中心城區的房屋之中，只有在聚寶門上的阿濟格，才能隱約看見，在遠外的街巷深處，有人影在穿插跑動。
阿濟格也不由苦笑，看來商家軍確實不好對付。想要完全佔領南京，看來也不容易。
類似的事情，在秦淮河防線的其地方，都發生過，俠清軍也無法趁着商家軍撤退的時候，給予追擊。同時現在清軍的傷亡不小，從昨天晚上一直到現在，清軍己經連續征戰了六七個時辰，體力也消耗的差不多了，而且畢竟是從十幾個地方同時發動進攻，兵力分得太散，也發生了一些混亂，也需要一定的時間來調整，如何進攻南京城區，也需要好好的計劃一番。另外還不知道另一條戰線的情況怎麼樣了。
阿濟格的脾氣雖然爆燥，但也不是不懂兵法的人，因此下令各部人馬都暫時停下來修整，同時命人到皇宮那一邊，去詢韓岱，看他那一邊的進展如何。
不過還不等阿濟格派人過去，韓岱就己經派人來向阿濟格報告，守衛御河防線的商家軍也撤退了，現在清軍己已全面佔領了御河西岸，同時請阿濟格到皇宮去，查點接收繳獲的物品，並處理明朝投降官員。同時也是商議一下，下一步進軍的計劃。
原來商家軍守衛御河的戰鬥遠比守衛秦淮河要輕鬆得多，一方面是因爲這裡的戰線比秦淮河更短，而且淸軍近要分派一部兵力守衛皇宮，再加上又沒有火器部隊，因此對商家軍嚴密的防守根本就沒有辦想，只能衝上去送死。後來韓岱索性也不再拼命進攻，只是牽制住守衛御河的商家軍也就行了。只等着阿濟格那一邊先取得突破，畢竟火器部隊都集中在南城。
不過到了下午，守衛御河的商家軍卻主動撤退了，韓岱也知道，一定是阿濟格那邊攻破了秦淮河，因此一面調動軍隊，佔領御河西岸的各個要路口，一面也派人去給阿濟格送信。
接到了韓岱的報告之後，阿濟格想了一想，也覺得有道理，於是也命韓岱付責南京南城的指揮，並且守住秦淮河北岸的各個要路，然後在原地暫時休息，查點損失，並等侯命令，自己則立刻趕去皇宮，處理其他的事情。
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商毅真正準備的南京城內的防線，是依託珍珠河和玉帶河這兩河建立，北面連結着玄武湖，西面到達石城門。基本控制着南京的西北地區。同時在這幾天的時間裡，也在這條防線上建造了完整的防禦工事，這可不是在秦淮河防線上那種用傢俱臨時拼湊起來的簡單工事，而是按商家軍的一慣標準，用土砂袋和木柵建成。在每座橋上還設有拒馬和刀車。同時在這裡還佈置了二十門重型三寸六分口徑青銅野戰炮。
不過商毅率軍從秦淮河防線撤退之後，並沒有直接退守到這條防線以後，因爲南京中部城區的廣大地區也不能這麼白白放棄，還是應該層層佈防，逐步後退，不斷給清軍造成打擊，讓清軍每前進一步，都要付出極大的傷亡代價，這纔是在南京城市內作戰的最終目地。清軍停下了進攻，對商家軍來說，也同樣是一個喘息的機會，因爲商家軍這時同樣激戰了一夜，士兵們都己疲憊不堪了。
現在商家軍在南京地內己經聚集了兩個旅一個團的兵力，而在城外，還有兩個團依託着莫愁湖，駐守石城門，因此商毅首先和段鵬碰頭，清查兵力，昨晚一戰中，商家軍總共戰死了六百二十七人，受傷四百一十八人，傷亡並不算大，對戰鬥力並沒有什麼影響。
最後商毅決定把第六旅撤回到防線以後，休整防守，而留下特種兵旅，在中部城區駐守。因爲在這裡駐守的目地也不是要守住中部城區，而是利用中部城區的巷街密集如網的特點，不斷的打擊、侵擾清軍，並且對清軍造成殺傷。因此也不用留下太多的兵力。
分派完畢之後，商毅帶着第六旅回到了建立好的防線以後，讓楊武丞安排佈置防線上的駐守事情，而自已回到了鐘鼓樓，這個預先設定的南京城內的指揮中心。
這時史可法和吳甡都在這裡等着商毅，兩人也是一夜沒睡，這時到鐘鼓樓集中的其他官員己經有二三十人，都是隨後陸繼趕來的，比較重要的官員有姜曰廣、高弘圖等人，不過昨天晚上發生了這樣大的事情，衆人也都是無心睡覺，坐在一起長嘆短嘆。
一見商毅回來，史可法和吳甡立刻迎了上去，問道：“以恆，戰事進行的怎麼樣了？”
商毅也將戰鬥的進程向兩人說了一遍，兩人聽也稍稍有些安心。看來商家軍還是能夠在南京堅守一陣。史可法又道：“以恆，昨晚我和鹿友也商議過了，南京雖被攻破，但尚未全落於清虜之手，而且南方尚有地方萬里，也未必不可爲，只是如今皇上架崩，大明無主，當務之急，是馬上推立新君？”
商毅點了點頭，他知道在另一時空裡，南明的弘光朝廷滅亡之後，先後有不下十個朱氏的後裔被推立出來，或稱帝、或監國，繼續抵抗清軍，其中以魯王、唐王、桂王比較出名。因此也點了點頭，道：“閣老所言有理，只是閣老屬意何人？”
史可法和吳甡互相看了一眼，吳甡道：“我們以爲潞王可以爲君。”
潞王名叫朱常淓，在朱由崧繼位之前，是東林黨屬意的擁立對像。在另一時空裡，弘光政權覆滅後，他曾在杭州被明朝大臣推爲監國。但沒坐穩幾天位置，就被清軍攻至杭州，立馬就投降了。然後被押解至北京。第二年五月，被殺於北京。因爲他出頭的時間太短，沒有什麼魯王、唐王、桂王出名。因此做爲東林一系的史可法和吳甡，在朱由崧死後，首先就想到擁立潞王爲帝。
當然對商毅來說，立誰都沒關糸，因此也道：“擁立大事，不是在下所能言，就由兩位閣老做主吧，但不知潞王現在何處？”
史可法和吳甡見商毅沒有反對，也鬆了一口氣，史可法道：“就安置在徽州。”
吳甡道：“國不可一曰無君，而且遲則生變，我和憲之商議，打算馬上就離南京，趕往徽州，去迎請潞王到杭州繼位爲帝，然後號招整個南方，同共抵抗清軍。”
商毅又點了點頭，如果把潞王接到杭州，就等於是控制在自己的手心裡，那麼正好也可以玩一把挾天子以令諸侯，這樣也不錯，於是道：“兩位閣老所言極是，只是現在南京城外都被淸軍封鎖，只有水路可通。我會馬上安排船隻，送你們離開南京，繞道浙江，到徽州去迎請潞王到杭州來。只是現在戰事緊急，我在這裡暫時也脫不開身，只能有勞兩位閣老了。”
史可法忙道：“南京的戰事要緊，以恆不必爲他事分心，這些事情就由我們來做吧。”
這時進攻龍山船廠的艦隊已經歸來，商毅立刻讓黃震安排，把毎一條船上的作戰士兵都留下來，做爲守衛南京的預備軍，同然後請史可法、吳甡等官員帶着朱由崧的靈柩上船，離開南京。另外現在在南京城的西北地區，還聚集着十幾萬百姓，因爲現在南京己經成爲戰場，百姓們也不敢在這裡停留，因此商毅也打算把他們都送到浙江去安居。跟着史可法、吳甡等官員一起運走的，是第一批南京的百姓。