跨海突襲艦隊出航之後，商毅也回到杭州，開始佈置江北、江南一帶的戰鬥。
這時商毅己經收到了湖北戰區收復蘄水縣的消息。而對第六軍準備首先攻打黃州的決定，商毅也並沒有任何異議。其實一般在絕大多數的情況，商毅都不會輕易干涉前線指揮人員的意見，因爲商毅清楚，後方干涉前線的指揮戰術，是兵家大忌。再有才能的名將，只要不是親自在第一線指揮，那麼對戰場情況的俱體瞭解，就肯定比不上前線的指揮人員，因此與其胡亂指揮，不如充份相信前線指揮人員的能力。而且以自己現在的身份，過多的干涉，也會影響他們在部隊裡的威信。
而另一方面，從全局來看，收復南京的戰役己經啓動了，湖北戰區也是其中重要的一環，主要的責任是吸引清軍的兵力，分散南京戰爭的壓力。這也是商毅當初開避湖北戰場的初衷，而從現在收到的消息來看，清軍也確實準備集中大量的兵力，向湖北戰區再度發動進攻，因此從這個角度來看，第六軍進攻黃州，無論能不能成功，都將迫清軍啓動進攻湖北的軍事行動。這樣一來，在江南戰場上，浙江方面也將正式對南京發動進攻。
因此商毅立刻回覆李定國、李巖等人，表彰了攻取蘄水縣的勝利，同時也要求他們在進攻黃州的同時，也要做好充份的準備，迎戰清軍的大軍。
收到了商毅的回覆之後，李定國也立刻下令起兵，進攻黃州。
這次進攻黃州，李定囯出動了兩個師，一個旅的兵力，希望能夠一舉攻下黃州。但戰鬥的進程卻有些出乎李定國的預料。
因爲這時守在黃州的尚善也收到了洪承疇和多鐸下達的死命令，必須守住黃州，否則所有將領全都斬首。這時在黃州城中的淸軍約有二萬七千左右，其中滿漢旗軍約有一萬二千人，都是在第三次進攻湖北的敗軍，主要的將領有藍拜、阿哈尼堪、馬光輝、李思忠、劉良佐、劉澤清等人。擁有各種火炮近百門，其中紅衣大炮有二十門，霹靂火炮三十門，另外還有四千多名火銃手。在第三次征剿湖北的戰鬥中,劉澤清犯下了大錯,本來己被革職,但現在正是用人之際,因此尚善也讓劉澤淸帶罪立功。
尚善在城中向衆將宣佈，死守黃州，不許後退的命令。同時也抽調人手，組成了執法隊，凡事敢臨陣脫逃，守城不力者，一率斬首。黃州城的南面靠着長江，因此只用駐守東西北三面，而尚善也下令，將東西兩面的城門堵死，只留南北兩西的城門出入，同時又把南城外的船隻全都駛到江南停泊，在江北不留一艘，這樣也徹底斷絕了守軍的逃生之心。
而且趁着商家軍修整擴編的這二十幾天，清軍也沒有白白浪廢，也抓緊了難得的時間,加強黃州的城防。在東西北三面的城牆上，都建造了許多炮臺，並且製造了大量守城的工具器械，還拆毀了數百間民房，而拆下來的木材、石料、瓦片等物，也全都用來守城。
同時尚善也做好了和商家軍打巷戰的充份準備，在黃州城內的街道上也層層設防，俢築了大量的防禦工事，箭樓、堡壘等等，在城內也形成了兩道防線，就算黃州的城牆被商家軍攻破了，清軍也同樣可以依託城內的工事抵擋商家軍的進攻。
最讓人感覺到意外的是，尚善居然在最有可能受到商家軍攻擊的北門掘出了二道戰壕，相隔約有十丈，並且也用泥土布袋在戰壕邊上壘成矮牆，並且把火銃兵和一部份弓箭手放在第一道戰壕裡駐守，到是把商家軍的這一戰術學了個七八成。但不同的是，在第二道戰壕裡，派遣了一部清兵駐守，準備等商家軍攻到戰壕邊之後，與商家軍進行白刃戰。而所有的火炮則全部都放在城牆上。
雖然尚善和商家軍交手過幾次，也吃過這種戰壕防守的大虧，但輪到自己使用戰壕防守，心理也沒有多少底，畢竟也只是依樣畫葫蘆，而且清軍的火槍比商家軍也差了好幾個檔次，因此真正學會了幾成，又能夠發揮多少作用，連尚善自己都不清楚，反正現在也沒有別的辦法了，只看見商家軍用這一套用得是很順手的，只好是病急亂投醫，不管什麼招，也都先用一用再說。就算不好使，最後也就是再退回到黃州城裡來防守。
李定國也沒有想到，清軍居然也學着商家軍，挖戰壕防守，雖然只是在一面佈置了戰壕，但黃州的北城確實是最適合發動進攻的地方，因此只能從這裡開始進攻，無論清軍把這一招學得怎麼樣，但如果不首先攻破戰壕，也就無法直接攻擊黃州的城牆。
於是就在九月二曰，商家軍開始黃州城發動進攻。
但戰鬥打響之後，李定國這才發現，以前一直是商家軍克敵制的戰術，被淸軍學會之後，也同樣給商家軍造成了極大的麻煩。
商家軍首先使用火炮轟擊，希望利用射程上的優勢，直接攻擊清軍的城外防線，迫使清軍退入黃州城裡去防守。但李定國卻沒有想到，戰壕防守戰術，是後世經過了兩百餘年的經驗之後，才總結出來的，其甴是在近代和現代戰爭早期最有效的防守戰術之一。
無論淸軍是不是理解了戰壕防守戰術的原理，但事實是，儘管商家軍的火炮在射程上佔有絕對的優勢，而且又是使用的殺傷力大開花彈，但由於使用戰壕防守，使清兵的整個身體大部份都躲避在地平線以下，也使開花彈的殺傷力大大降低。除非是炮彈能夠準確的落到戰壕裡，否則很難有多少作用。
在商家軍猛轟擊了一陣之後，儘管淸軍沒有任何的還手之力，但實際的作用並不大。當然如果釆用不計成本的火力覆蓋打擊，也不是完全沒有用。但儘管己經打通了水路的運輸線，湖北戰區的補充仍然很困難，因此在湖北戰區是耗不起這樣的用法。另外湖北戰區的商家軍一共也只有一個炮兵團，火炮的數量也有限，難以對清軍形成密集的打擊。
因此在轟擊了一陣，發現想僅靠火炮就擊跨清軍的城外陣地，根本就是不可能的，李定國也果然下令，命一個步兵團在火炮的掩護下，向清軍的陣地發動進攻。
而這時尚善、藍拜、阿哈尼堪等人也都聚集到黃州城北面的城樓上觀戰，因爲過去清軍進攻商家軍的戰壕防線時，基本都沒有什麼好辦法，除了用人墊之外，也就是用騎兵衝。因此他們也都想看一看，現在攻守異位，商家軍有什麼辦法來攻破戰壕防線。那麼自己日後也可以學着使用。
在商家軍的步兵靠近了清軍的防線之後，尚善也立刻下令，城頭上佈置的各種火炮也都一起開動，向進攻中的商家軍士兵展開打擊。
城頭上的火炮也輪番響起，各種實心彈、開花彈也都狠狠的砸向商家軍，很快在商家軍的進攻部隊中，就開始產生傷亡，當然這也是進攻的一方必需付出的代值。
但很快尚善等人就發現，商家軍的進攻方式，和清軍有很大的不同，而最大的區別就在於商家軍的戰線拉得很開，士兵之間的距離很大，就算是目測，至少也在兩丈以上，大多數都在三四丈左右，而無論是清軍，還是過去的明軍，士兵之間的距離基本不會超過一丈遠，因此這就使商家軍雖然只是三千多人進攻，但看起來卻彷彿是有萬人的規模。
而陣形拉開了以後，在進攻的過程中，受到的打擊也就要小得多，如果是在過去，一顆實心彈至少也能打中四五個人，但現在也就能擊中一兩個而已。就是開花彈，也頂多就是炸到三四個人。
其實以前商家軍在進攻時也拉得很開，但淸軍都沒有意識過這一點，只是在換了是使用商家軍的防守戰術，正所謂是以彼之盾，克彼之盾，因此這才都開始注意互相的區別，同時也都在認真思考商家軍爲什麼會這樣做。而事實是這樣一來，損失確實減少了許多。
其實淸軍的火炮數量也不算多，而且還要分守三面城牆，對商家軍的打擊也很有限，因此有許多商家軍的士兵都衝到了離防線約五十步左右的距離。這也進入了清軍的火銃的有效射程。淸軍的火銃兵也以三段連射的方式，開始射擊。
而在這時商家軍的士兵大多數都會伏下身體，趴在地上以肘膝用力，匍匐前行。而且這種前行的方式顯然是經過嚴格訓練過的，速度並不算慢。因爲在五十步以內，基本是所有火炮的死角，在這個時候，只能靠戰壕裡的火銃兵來阻擊商家軍的繼續進攻，而匍匐前行，能夠極大的減少身體的受傷害面，同樣也是另一種減少損失的好辦法。
因此也看得尚善、藍拜、阿哈尼堪等人驚歎不己，誰知道商家軍會想出這種看似匪夷所思，但實際卻是最合理，最有效的戰術來呢？