以前穆陵軍的主力兵力共分爲六個步兵隊，一個弓箭手隊，一個騎兵隊和一個偵察隊，兵力總計爲一千六百九十六人。
現在六個步兵隊，每隊二百人的編制依然都保留。而弓箭手隊擴大爲兩個隊，毎隊一百八十人，均爲一百二十名長弓手和六十名短弓手。騎兵隊爲擴大到一百八十人。偵察隊擴大到一百二十人。各隊的隊長依然由原來的把總擔任。只是騎兵隊的隊長不在由唐鎮兼任，由楊武丞擔任，同時他還兼任士兵的槍術教師。另外增設的火槍隊一共爲四百五十人，其中包括五十名炮手。由羅遠斌擔任隊長和教官。
這樣整編之後，穆陵軍的主力兵力共計是二千三百一十人，基本都是十八至三十五歲的靑年男子。而十四至十八歲的少年有二百八十七人，編爲三個小隊。
從箕厔村遷移到穆陵關的居民一共有三百二十七戶，共計一千0八十七口人，男子六百二十三口，女子四百六十四口。成年男子四百三十八人，其中十八至三十五歲的靑年男子爲二百四十一人，三十五至四十五歲的壯年男子爲二百0七人。十四至十八歲的少年有九十五人。
因爲箕屋村的團兵經過楊武丞的訓練，基礎還比較好，因此有一倍份成年男子被抽調到騎兵隊裡，商毅將剩下的成年男子編成兩個隊，少年編成一個少年隊。
這樣一來，穆陵關的總兵力達到了三千多人，實力以經非常可觀了。
隊伍整編完畢之後，商毅立刻下令，全軍開始進行訓練。
其實從原來組建民團時開始，到升格成爲穆陵軍，士兵們一直都在按照商毅的要求，進行着嚴格的訓練。而這一次訓練的重點，是剛剛加入穆陵軍箕屋村的士兵。首先當然還是從隊列訓練開始。
和這個時代的大多數武將不同，商毅建軍的第一指導思想是士兵尊守紀律，服從命令的關念習慣，而不是士兵的個人戰鬥能力。在這樣指導思想下，穆陵軍的士兵個人的戰鬥力或許不算強，但作爲一個團隊，整體的作戰能力卻不容小視。隊列訓練就是加強士兵尊紀服從觀練的最好方法。
不過來自箕屋村的新兵顯然對這種枯燥乏味，又極爲勞神費力的訓練非常不適應，加上大多數人都是農民出身，在一開始的時候，和當初的士兵一樣，跟本就分不淸左右。
現在訓練隊例這樣的事情也不用商毅再親力親爲，都由穆陵軍過去的老兵付責，這些老兵自然也秉承了商毅的打罵訓練法，一但新兵做錯了動作，就會立刻被老兵們罵了個狗血淋頭，“這麼簡單的事情也不會，都是幹什麼吃的，”“練了幾天也記不住，就是這個樣子，上了戰場也是送死的貨” 一邊罵着，還一邊舉着棍子，打了過來。
結果幾天下來之後，新兵們幾乎每個人身上都掛上了幾條血印，不過商毅雖然不禁止他們責打士兵，但也不許訓練他們的老兵下重手，更不許打要害部位，基本都是朝肉厚的地方下棍子，因此捱打的新兵雖多，但都沒有傷筋動骨。
但儘管如此，因爲新兵們大多都是剛從農民轉化，以前那裡受過這種折磨，也弄得叫苦不迭。有不少人都大覺吃不消，於是也有人開始耍小聰明，打歪點子，想法偷懶、磨蹭時間等等。
但商毅對訓練的監督十分嚴格，一但發現有人偷懶、磨蹭，完不成訓練量，也毫不客氣，立刻就拖出去打軍棍。在最初的一段時間，幾乎毎天都有新兵被拖出去捱打。
不過商毅也知道剛柔湘濟的道理，正所謂是打一巴掌之後，還要給個甜栆吃。大棍也需要胡蘿蔔來配合。因此在責打完士兵之後，就會立刻讓軍醫來給他們上藥，化於消腫，每天還親自看望士兵，弄得城裡的郎中也納悶，要是千總大人真的心疼這些士兵，爲啥又要打他們呢？
而且訓練雖然是苦了一點，但士兵的飯食卻一點也不含糊，老兵就不用說了，既使是新兵，每餐也是一大碗白米飯，外加兩個黑麪野菜餅子，隔一天還可以吃到二兩肉，不時還會餎個白麪大餅什麼的，給調劑一下。許多新兵就是過去在家裡，也吃不到這樣的飯萊。
同時商毅也知道，對士兵的思想教育也絕對不能放鬆，因此也安排了一些年紀稍長的老兵，在休息的時候去和新兵談天，做他們的思想工作。
新兵們覺得訓練累，訓練苦時，老兵就會告訴他們：“這也叫累、也叫苦嗎？當初咱們跟着商大人組建民團的時候，那才叫累才叫苦呢？在大太陽底下一站就是一個時辰，一動都不能動，就連要拉屎撒屎都憋着，毎天排着隊伍要走十幾里路，一步都不許錯，訓練完了以後，人就在地上一躺，動都不想動了，幾天下來，整個人都要被扒了一層皮。你們現在這個樣子，以經算是享福了。”
“再都說了，嚴格督促你們訓練也是爲了你們好啊！現在雖然是苦了一點，但練好了本事，等上了戰場以後，就會明白訓練的好處了。想在戰場上活下來，就得靠平時苦練，到了那個時候，說不定你們還會怪教官們平時對你們管得還不夠嚴呢？”
“啥？練走路沒啥用？要練就練長槍大刀？呵呵呵！小夥子啊！這你可就不懂了，這個不叫走路，叫那個啥？哦！這叫隊列訓練，可是重要着的呢？當初商大人就是這麼訓練的我們，結果怎麼樣呢？你們好好想想，自從咱們商大人從創辦民團的長槍大刀時候開始，那可真就叫戰無不勝，什麼青狼峰啊！殺虎溝啊！還有什麼改世王、興世王啊這些個亂七八糟的流寇，那個不是在咱們穆陵軍手底下吃了大虧的。”
“你沒看見嗎？就是咱們這些老兵，到了現在每天也還要練一練隊列呢？所以說你們別以爲這個隊列訓練沒用，練好了作用可大了呢？”
“長槍大刀當然也是要練，但凡事總有個先後吧，先把隊列練好，到時候大人自然會教你們練長槍大刀的，那句怎麼說來着，走都還沒學會，就想着要跑，那怎麼行呢？”
“要說現在你們的日子真算不錯了，雖然訓練累了點，苦了點，但不愁吃喝啊！頓頓都能吃飽不說，隔一天還有肉吃，就連你們的家人也能吃上飽飯吧？就是在家裡也沒有這麼好的日子吧！更別說還要時時擔心賊兵啥時會打來，天天提心吊膽的！”
“什麼？離開穆陵關？哼！年輕人，話是容易說，要是離開了穆陵關，上那兒去找咱們商大人這麼好的人了！再說現在韃子都以經打到山東來了，一出關準保馬上沒命。而且就是出了穆陵關，你又能那兒去？除了咱們商大人，誰還會對你們這麼好？你們要是還不好好訓練，對得起商大人嗎？對得你們每天吃的這些飯嗎？”
經過了老兵們的思想工作之後, 新兵們的情緒也漸漸穩定了下來，訓練的主動性也大大增加，也更認真該苦了。
而除了訓練新兵之外，商毅對老兵同樣也沒有一點放鬆。當然現在的老兵訓練的重點以經不再是隊列了，而是實戰能力。毎天商毅都會帶着老兵，出關去拉練，進行埋伏，衝鋒、佈陣、拒馬、撤退、箭陣、遭遇、渡河、搜索、紮營、夜戰等等實戰的演練。由其是專門訓練山地叢林的作戰技術和演練。
因爲穆陵關位於沂山、峿山、箕屋山等數座大山的包圍內，叢林茂密，山路複雜，都是不利於清軍的騎兵，重甲步兵作戰的地形，卻正是用兵埋伏的大好地區。
商毅是特種兵出身，本身就是山地叢林戰的好手，甚至可以說在這個時代，論山地叢林戰術，無出其右者。而且他又是接受辻現代軍事理論教肯，同時也對共和國當年的游擊戰術、運動戰術十分推崇。深知以我爲主，牢牢把戰場主動權的道理。因此雖然是有關城可守，也絕不能一味的消極閉關死守，而是堅持將陣地戰和運動戰相結合，守中帶攻，攻守兼備。
正是在這種指導思想下，那麼穆陵關周邊的地區如果能移加以有效的利用，不僅會對淸軍造成極大的麻煩，說不定還會起到出奇制勝的效果。因此商毅在訓練士兵們山地叢林戰術的同時，一面也派人去勘測山路，繪製詳細的山地地圖，瞭解那裡能藏身，那裡能儲備，那裡能用兵，那裡能埋伏，那裡是死路，那裡能死裡救活等等，做到心裡有數。
而在這個時候，傳教士阿科尼亞發揮了極大的作用。自從跟商毅一起到了穆陵關之後，由於現在世局不太平，因此洋和尚暫時放棄了北上進京的想法，留在穆陵關裡。同時也利用自己擅長的醫術，在穆陵關裡充當一名醫生，這一段時間裡，也給不少人治過病，而中國農民對出家人都帶有幾敬意，而會醫術的出家人，更是受人尊重。加上阿科尼亞爲人和藹，又不呆板，雖然是個洋和尚，也很快和居民們熟悉起來。
而阿科尼亞也趁機在居民中間傳教，商毅雖然打算限制阿科尼亞的行爲，但在這種非常時刻，有一個宗教人士的幫助，也有利於穩定居民的情緒。而且歷史也證明，中國農民不會那麼輕易就被上帝忽悠，因此也沒有對阿科尼亞加以阻攔。
同時阿科尼亞不禁精通西式繪畫技術，而且也懂地圖繪製，因此也幫着商毅，勘測地形，丈量尺寸，繪製了一份穆陵關一帶方圓數十里的詳細地圖。