原來商毅離開南京之後，南京城內的秩序和運轉一直都很好，內閣成員都在盡心盡責的操持着國政，後宮由林鳳舞主持，也十分安寧。
而帝國的另一個重要機構。。國會，也在黃宗羲、顧炎武等人的操持之下，也在有條不紊的建設中。各地的議員都己經選拔出來，趕到了南京彙集,正在進行最後的陪訓，讓他們知道國會的制度、秩序，怎樣行使議員的權力等等。
當然按中國的規矩，國會成立，必須要有一篇宣言誓文一類的東西，以證明國會成立的必要性，而這個任務自然也落到了黃宗羲的頭上，黃宗羲當然不會推辭，因此也洋洋灑灑，寫了一大篇，其中開篇寫道：三代以下，天下之是非一出於朝廷。天子榮之，則羣趨以爲是；天子辱之，則羣擿以爲非。然今之中國，其意不在此也，天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自爲非是，公其非是出於國會。而必使治天下之具皆出於國會，爲設國會之意始備也。
這一段話中，有不少是商毅比較熟悉的句子，都是出於黃宗羲的［明夷待訪錄］裡面，後面還有不少，如黃宗羲在說明議員的責任時, 也寫道：故我之出仕議員，爲天下，非爲君也；爲萬民，非爲一姓也。吾以天下萬民起見，非其道，即君以形聲強我，未之敢從也，況於無形無聲乎！非其道，即立身於其朝，未之敢許也，況於殺其身乎！也是出於［明夷待訪錄］裡面。
在另一時空裡，雖然［明夷待訪錄］書成於十七世紀六十年代初，離現在還有十餘年的時間，但其中的主要思想，在這個時候，也基本成型，大致的原稿都己寫出來了。不過和另一時空相比，本時空的黃宗羲一來是公務事情大量増加，寫書做學問的時間減少了許多，［明夷待訪錄］的進度也慢得多；另一方面，由於商毅的大力推崇，歐州的人文、自由、理性、民主等思想都大量傳入了中國，也對黃宗羲起了不小的影響，也需要時間來消化吸收，當然也影響到［明夷待訪錄］的成書。因此現在只完成了四五篇手稿。只是在一些朋友之間傳閱，並沒有公開。而這次爲國會寫宣言，黃宗羲也引用了不少手槁裡的原文。
寫成之後，黃宗羲也交給內閣過目，王夫之、李巖等人對這篇［國會宣言］也極爲讚賞，因爲他們經常和商毅交流討論國會的事情，非常理解商毅一定要成立國會的用意，認爲這篇［國會宣言］非常明確而完全表達了成立國會的目地，因此也在政府內部傳閱。
但就是這一傳閱，出了大問題。因爲現在帝國政府的官員數量大増，相應的培養卻不能完全跟上，也是有些稂莠不齊，投機份孑也混進來不少，另外也不是所有官員都能明白商毅成立國會的意圖，儘管政府在成立國會的文件中介紹過國會的性質，只是官面文章做得雖好，但還看怎麼來理解。
有不少官員的理解是，國會是商毅用來削減內閣權力，達成朝廷勢力平衡的工具。當然從一定程度上來說，這樣理解也不能算錯，三權分立從本質上來說，也就是爲了權力互相制約，達到一個平衡局面。只是看站在什麼立場上看待。
但如果還是站在過去的專制立場，黃宗羲的這篇宣言的着力點就大錯特錯了，由其是其中的一些語句，如“天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自爲非是”，“故我之出仕議員，爲天下，非爲君也；爲萬民，非爲一姓也” 等籌，就是十足的大逆不道了。
因此在宣言被衆官員傳閱的第三天，就有官員上書內閣，認爲［國會宣言］寫得不妥，要求國會重寫。當然這樣的表述其實還很溫和，而內閣成員討論之後，由王夫之代表內閣答覆，認爲［國會宣言］並無不妥，無需重寫。
而這時，有些官員認爲從中可以找到機會，組織部下一個司長崔文鏡和宣傳部的副部長方守禮兩人不約而同的再次上書，嚴勵指責黃宗羲寫的這篇［國會宣言］是欺君枉上，顛倒人倫，滿篇俱是狂言，無視君臣綱常，犯下了大不敬之罪，要求立刻將黃宗羲緝拿，交由刑部治罪，同時內閣對此敷衍了事，包庇縱容，都犯有失責之罪，應該立刻引咎辭職。
有這兩個人一起頭，立刻又得到了一些官員的響應，隨後幾天，一共有十二名官員上書內閣，有人攻擊黃宗羲，有人攻擊內閣，甚致還有人攻擊國會，但也有官員支持內閣的意見，認爲這些官員都是無理取鬧，結果也越鬧越大，捲進來的人也越來越多，漸漸競似有黨爭的樣孑。
而且也不知是誰，通過什麼手段，居然又把黃宗羲［明夷待訪錄］的原稿翻了出來，從中又找到了不少大逆不道之言，如：“凡天下之無地而得安寧者，爲君也”，“然則爲天下之大害者，君而已矣” 等等。又使不少人找到了攻擊的目標，畢竟［國會宣言］裡的幾句，還免強說得過去，但這幾句話，確實是直指皇帝說的，因此扣上怎樣的帽子，也不爲過。當然有些人是以此爲向上爬的良機，但也有人純粹是由於個人的思想太守舊，確實跟不上現在社會形式的發展。
事情發展到了這一步，內閣當然也就壓不下去了，因爲內閣本身，就成爲攻擊的目標，無論做出怎樣的處理，都難以服衆。而且現在商毅和葉瑤瑱都不在南京，沒有人能夠做最終的決定，因此王夫之和李巖也只能進宮去求見林鳳舞，希望她能夠出面，來平息爭端。
但在商毅離開的時候，只是讓林鳳舞代管後宮，並沒有處理朝政的權力，到不是商毅對林鳳舞不放心，不想授權給她，而是既然帝國是走立憲的道路，那麼內閣就應該擔付起付責來。而另一方面，林鳳舞也清楚，自已的威望和能力都比不上葉瑤瑱，就是出面了，也壓不住場，相反還會擔上後宮干政的罪名。
只是現在的局面如果再不加以控制，任其下去，恐怕就造成黨爭局面, 王夫之、李巖等人對明末的黨爭教訓還記憶猶新，現在帝國纔剛剛成立不到兩年, 一但發生了黨爭, 就不好收拾了, 另外也覺得對不起商毅的重託。
因此林鳳舞和內閣商議之後，以國會的名議下令，這件事情關係重大，只能上報給皇帝，聽候皇帝裁決，而在皇帝的裁決沒有發回南京之前，其他不許再爭論這件事情，各官員各付其責，各盡其職，不得誤了自己的本職工作。否則內閣將依律處治。
這一來把事情都推到了商毅的身上，也是名正言順，誰也沒有話說，只能接受，這樣纔算是把這件事情給免強壓了下去。不過那些官員們都在收集證據資料，暗地裡準備，只等商毅回京，重新點燃戰火。
商毅接到報告之後，也只能苦笑無語。在從南京出發之前，他考慮過自己不在南京的時候，有可能會發生什麼事情，雖然想了很多種，但確實沒有想到，會出現這種情況，以他的觀念，黃宗羲的這篇［國會宣言］的觀點當然是絕對正確的，但仍然引發了這一場爭論，也可見封建君權，在中國的影響力是何等深重，民主政治果然不是短時間能建立起來的。因此自己對中國的改造，還是任重道遠啊。
葉瑤瑱見他面帶不愉之色，勸道：“哥哥不用着急，再有二三天的時間就到了南京了，也就能夠拔亂返正。”
商毅苦笑道：“這樣的事情，還要我親自出面，才能拔亂返正嗎？”
葉瑤瑱笑道：“哥哥的心意雖好，但未必是所有人都懂啊，只能慢慢來。”
紫玲瓏卻有些不解，道：“你是怎麼了，‘天子之所是未必是，天子之所非未必非’，‘爲天下，非爲君也；爲萬民，非爲一姓’，這樣的話在那個朝廷裡都是大逆不道的言論啊，如果是在清廷，黃宗羲恐怕早就被抓起來砍腦袋了，你還覺得他說得對，難到你有毛病嗎？”
商毅搖了搖頭，道：“皇帝也是人，是人就不可能什厶都懂，就會有犯錯，就會有不對的地方，所以兩個凡是的思想，絕不能當作政府的指導思想。”
紫玲瓏怔了一怔，道：“什麼叫兩個凡是。”
商毅笑了笑，道：“就是凡是皇帝說的話，都是對的；凡是皇帝決定的事情，就必須去做。你覺得這種觀點對嗎？如果我說白色是黑色，黑色是白色，是否就是對的；如果我下旨橫徵暴斂，漁肉天下，是不是就該去執行呢？歷代滅國亡朝，雖然有各種原因，但這兩點必然是其中之一。”
紫玲瓏呆呆的看着商毅，過了好半天才道：“你這個人真怪，雖然你說得沒有錯，但歷代的皇帝，那一個不是希望臣下認爲凡是皇帝說的話，都是對的；凡是皇帝決定的事情，就必須去做。只有這樣，才能保證皇權的威嚴，保證江山永固。”
商毅又笑笑，道：“皇權的威嚴，並不在這個上面，誠如你所說的，歷代的皇帝，確實都自已說的話，都是對的；自己決定的事情，就必須去做。但又有那一個朝代的江山能夠永固呢？既然是這樣，那麼我們爲什麼換一種當皇帝的方式。”