就在清廷下旨，對北京百姓進行安撫之後，多爾袞又立刻下令，招洪承疇入見，商議軍務。
北京動亂髮生之後，洪承疇也奉旨率領本部的新軍進入北京，平定這一次動亂，在動亂平息下來之後，多尓袞也沒有讓洪承疇回去，而是讓他將人馬就駐紮在北京的西南郊外。一方面是動亂平息之後，還要穩定一段時間來穩定，另一方面多爾袞也要向洪承疇瞭解一下新軍訓練的情況。
多爾袞心裡十分清楚，這場動亂是南京政府在背後組織、謀劃。那麼這個消息很快就會傳到南京去，而商毅一但收到這個消息，他絕不會錯過這個機會的。因此現在也有必要了解一下，新軍的訓練達到一個怎樣的水平，是否可以出戰了。而如果中華軍向清廷發動進攻，會選擇從那裡動手，清廷應該怎樣佈置防禦。
現在清廷的兵邊佈置是：在邊境的主要分南陽、徐州、濟南三個地區駐守。駐守南陽的是懷順王耿仲明部，總計兵力爲八萬餘人；駐守徐州的是順郡王勒克德諢，兵力爲十三萬左右；駐守濟南的是僥餘郡王阿巴泰，兵力爲十萬餘衆。
另外清廷在西安還佈置五萬人馬，由尼堪率領，一來是駐守西北地區，二來也是防備吳三桂的川中人馬。而在天津也駐守了六萬人馬，以防中華軍再從海路進攻，同時還在遼東也駐守了十萬人馬。而在北京周邊地區，駐軍約有二十餘萬。也形成以北京爲核心，向外圍散放的兵力佈置。
而被淸廷寄於厚望的新軍現在共有九萬三幹餘人，比當初擴大了二萬餘人，共分爲六個營，俱體的番號和分佈爲：
神武營：由滿八旗組成，共計兵力二萬人，配有火槍一萬五千支，火炮四百餘門，統領是宗室洛託，現在駐守北京周邊；
神威營：由滿蒙八旗組成，共計一萬五千人，配有火槍一萬一千支，火炮二百八十餘門，統領是阿巴泰的幼子嶽樂，現在駐守濟南；
神勇營：由滿蒙八旗組成，共計一萬五千人，配有火槍一萬一千支，火炮二百八十餘門，統領是代善的孫子巴爾楚渾，現在駐守徐州；
神兵營：由漢軍八旗組成，共計一萬三千人，配有火槍八千支，火炮二百二十餘門，統領是李永芳的三子巴顏，現在駐守南陽；
神工營：由漢軍八旗組成，共計一萬五千人，配有火槍一萬支，火炮二百四十餘門，統領是佟圖賴，現在駐守北京周邊；
神軍營：由綠營軍組成，共計一萬五千人，配有火槍九千支，火炮二百二十門，統領是金維城，現在駐守北京周邊；
全部新軍一共擁有火槍六萬五千餘支，火炮一千六百餘門，火槍比率爲七成五，平均每萬人擁有火炮一百七十餘門。其中火槍的比率和中華虎賁軍相差無幾，火炮還要少一些。但像神武營、神威營、神勇營的火炮配置率要高一些，己經接近了萬人兩百門火炮的比率。
不過這些只是數字上的對比，而實際中，清軍使用的火槍仍在六成以上是火繩槍，燧發槍的總數還不足二萬支，但每種火槍到是都裝配了刺刀。而火炮基本都只能發射實心彈和霰彈，開花彈、拉弦式手榴彈清廷始終還沒有製造出來。但和以前相比，清廷的新軍確實更接近於一支近代軍隊了。
看到這些數字, 多爾袞也頗有些欣慰, 這兩年多的時間以來, 清廷在新軍上確實花耗了大量的心血，現在總算也是有了一些成效了。
在名議上，洪承疇是所有新軍的總統領，但在實際上，他只能直接指揮神軍營的這一萬五千人馬，而從中華軍那邊收降過來的教官營成員，現在也都在神軍營裡任職，也成爲清廷的正式軍官。李本深和趙嶽都擔任參領，其餘分別擔任千總﹑把總等職。
洪承疇當然也知道，清廷不可能把所有的新軍全都交給自己統領，能給自己留下一個營的人馬，就己經很不錯了。在北京動亂髮生之後，洪承疇率兵進京，等動亂暫時平息了下來之後，洪承疇駐軍在密雲縣，維持北京周邊地區的治安。對於北京內部對於這次動亂善後的爭論，洪承疇心裡雖然清楚，應以安撫爲主，不可再施行強硬手段，但他同樣也清楚，這不是自己應該參與的事情，因此對此也一聲不吭。
不過對於逃到密雲縣的北京百姓，洪承疇還是儘量安撫，並使他們在密雲地區安置下來 ，並給他們提供糧食和住所，差不多等於是建立了一個難民營，到了後來，差不多收容了約有七八萬百姓。
等清廷正式下旨，赦免百姓，讓百姓重新返回北京之後，洪承疇也立刻將這一批百姓，全部都遣返回北京，並如實向清廷報告了自巳收容難民的事情。
當然在清廷做出安撫百姓的決定之後，洪承疇的這些工作也受到清廷的大加讚揚，密雲到北京還不到一天的路程，因此就在第二天，清廷的嘉獎聖旨也發了下來，加封洪承疇爲一等阿達哈哈番，並招他入京面對。
洪承疇當然知道，這個時候招自己進京，絕不會是隻爲嘉獎自己安撫百姓的工作，恐怕也是戰事的需要。在動亂髮生之後，洪承疇同樣也估計到了，中華軍一定不好錯過這個機會，乘機向清廷發動進攻，因此洪承疇在這段時間裡，除了安撫百姓之外，也對目前南北的局勢作了一番細仔的研索，做足了準備工作。
接到了多爾袞的傳召之後，洪承疇立刻進宮，面見多爾袞。等進宮之後，洪承疇發現，多爾袞雙眼深陷，面色憔悴，雖然頭髮不多，但也竟有些花白，也可以想像，這次動亂，給他帶來了多大的壓力。
等洪承疇見完禮之後，多爾袞也沒有什麼客氣話，直接就道：“老洪，現在的情況你也清楚，你認爲商毅會不會趁機來打我們？”
洪承疇道：“回稟攝政王，以臣看來，商毅必會發兵，來進犯我大清。”
多爾袞也點了點頭，這一點也早在他的預料中，又道：“那麼你認爲，商毅會從那裡開始發動進攻呢？我們又應該如何抵禦呢？”
洪承疇道：“回稟攝政王，臣以爲，商毅近年連續發動兩場海外戰爭，恐怕在一二年內，無力全面進犯，因此這次進軍，必會選擇一二個地點，發動攻擊，但俱體會從何處進攻，實在難以預料，因此當傳旨邊境各軍，必須嚴加防守，不得怠慢，靜觀其變。”
甴於清廷的情報網絡受損，這大半年的時間裡，對南京的情況掌握得並不是很清楚，只能按一般的常識來判斷，這兩年時間裡，南京連續發動兩場海外戰爭，雖然都取得了勝利，但自身也一定會受到相當的消耗，就算兵力損失不大，但錢糧物資一定消耗了不少，不可能在第三年就馬上向清廷發動全面的進攻。因此多爾袞也稍稍有些安心，又道：“老洪，你認爲在邊境地區，還有沒有必要再増加一些兵力呢？現在京師一帶，還是有一些兵力的。”
洪承疇搖了搖頭，道：“臣以爲暫時不必，現在邊境各處的兵力，自保應是有餘，不用來多加人馬。大軍一但調動，商毅必有警覺，因此也會避實擊虛，何況就算是給邊境各地增加一兩萬兵力，也不過是杯水車薪，用處不大，因此不如集結兵力，靜觀其變，等找準了商毅的進攻方向之後，再作決定。”
頓了一頓，洪承疇又道：“何況現在北京動亂剛剛平復下來，人心尚未安定，難免不會有人趁機舉亂，集衆鬧事，因此京師重地，不可不留重兵駐守，以備不測之需，京師之兵，不可輕動。另外朝廷可以派人說動吳三桂、尚可喜，讓他們兩人從商毅的側後方發動進攻，以牽制商毅的兵力。”
多爾袞也點了點頭，這也正是他所擔心的，北京動亂雖然是被平息下來，但滿漢之間的矛盾卻仍然十分尖銳，北京的局勢是控制住了，但很難說其他的地方會不會出事，清廷入關才五年的時間，基礎並不是十分穩定，人心也沒有安服，由其是在南京向北方發動進攻的時候，難保在清廷內部沒有人會舉事影應，因此確實要保留相當的兵力，一但發生新的暴亂，就必須以最快的速度鎮壓，以免蔓挻開來。洪承疇果然還是老成持重，
另一方面，現在確實是讓吳三桂、尚可喜他們發揮作用的時侯了，現在的清廷己經很難獨立對抗商毅，不說是清廷滅亡，或者算是元氣大傷，對吳三桂、尚可喜來說，也都不是好事，可不能讓他們再袖手傍觀了，在必要的時侯，甚致可以出讓一些實際的利益，也要讓他們出兵相助。因此多爾袞也道：“老洪，還是你想得周全。”
這時洪承疇又道：“商毅無論向南陽、徐州、濟南何處進攻，都尚不足爲慮，臣唯一擔心的，還是他會從海上打過來。”