商毅接到南京的這一系列決議之後，也只能苦笑。他當然淸楚，雖然這些決議表面上是馬士英做出的，但在背後恐怕都有玄皇教指使的影子。
玄皇教當然不會怕史可法回京入閣，但對商毅卻充滿了警惕，商毅手裡不僅有兵，有地盤，又極能用兵，還有很強的施政能力，由其是在商毅取得了守衛淮河防線的勝利之後，聲望幾乎己經達到頂峰，整個南方的有識之士幾乎都視商毅爲抵抗清軍南侵的唯一希望了。
現在淸軍的進攻受挫，對南方的危脅也大大減少，因此在玄皇教眼裡，商毅己經取代了清軍，成爲玄皇教眼中的最大的危脅。說句難聽的話，如果商毅也學左良玉那樣舉兵，從浙江殺入南京，恐怕要不了十天時間。
因此玄皇教主也招集教內的幾名長老商議決定，借這個機會，把黃得功和劉良佐這兩部人馬留在南京附近，一方面找機會慢慢吞併這兩部人馬，把他們收爲自己的私軍，另一方面也讓商毅去和清軍硬拼，好坐山觀虎鬥。讓他們拼個兩敗俱傷之後，再坐收漁人之利。
不過玄皇教還是釆納了商毅的另一個建議，招降李自成的大順軍，讓李自成的大軍駐守湖北，幫助南京朝廷，守住長江中游。當然玄皇教也知道，招降李自成當然是一件冒天下大不違的事情，因此也按照商毅的建議，這些事情都是以馬士英的名議去做，讓老馬去承擔這個罵名，在必要的時候，還可以把馬士英給犧牲掉，反正在玄皇教看來，現在馬士英的作用也只是一枚棋子。
雖然商毅這次被玄皇教擺了一道，但現在也沒有別的應對辦法，好在他一直都沒有對明軍抱以多大的指望，而且也從來都沒有在鳳陽死守淮河一線的打算，在取得了第一階段的勝利之後，也更堅定了他的這種想法，就算黃得功和劉良佐返回了江北。如果清軍真的再出動大軍進攻，商毅還是會適當放棄鳳陽，退守到揚州一線，利用江淮這一帶廣闊的地區，並不拘泥於一城一地的得失，而是在局部戰場集中優勢兵力，以運動戰殲滅清軍的有生力量，慢慢的和清軍周旋。只不好現在給自己實施這些戰術，減少了一些接應點，增加了一些困難。
因此商毅還是下令李巖，讓他派弟弟李牟先到南京，接受南京朝廷的委任，領取詔書，然後趕到湖廣，去尋找李自成。
這時李自成的處境己經相當難過。在清軍攻佔了西北之後，大順軍分東西兩路向湖廣撤退，東路軍是由李自成、劉宗敏、田見秀等大順軍的主要將領率領，爲大順軍南下的主力人馬，士兵連同家屬共計有三十餘萬，而且又攜帶了大量的財物輜重，因此行動十分緩慢，又遭到阿濟格的窮追猛打，在鄧州、承天、德安等地均遭到清軍的追擊，雙方連續接戰數次，大順軍均告失利。不過李自成到是且戰且退，終於在弘光元年（1645年）三月下旬，到達了襄陽府。
而西路的大順軍就遇到了一些麻煩，這一路的主將是李過和高一功，他們原本是駐守延安、榆林的人馬，李自成棄守西安之後，原來大順軍在西北地區的原明朝歸附將領左瓖、牛成虎等都先後向清朝投降，清軍己經切斷了他們與李自成直接匯合南下的路線，因此李過和高一功只好改由陝西漢中入蜀，順長江東下湖北，在和李自軍合兵。
但迭時鎮守漢中地區的大順軍賀珍、羅岱、黨孟安、郭登先四將卻已變節降清，以武力阻擊李過、高一功等部大順軍過境。經過一翻激烈的戰鬥之後，李過、高一功等部才衝破了賀珍等人的防區，由漢中南下四川太平、東鄉、達州、夔州等處，然後順江東下，而抵達湖廣荊州地區的時間，己是下半年的事了。
因此現在到達湖廣的，只有大順軍的東路軍。不過雖然在一路上遭遇到了清軍的猛烈追擊，但這時李自戍還有從西安、河南帶來的大順軍還有十三萬餘人馬，而原先在部署湖廣地區襄陽、承天、德安、荊州四府的兵員還有七萬餘衆，也被李自成調集隨營，合計約有近二十萬。另外大順軍的主要人員劉宗敏、田見秀、劉芳亮、牛金星、宋獻策等人都還在，而且大順軍在湖廣四府經營了近兩年，統治基礎也比較穩固，可以說大順軍仍有當然強大的力量。
不過湖廣四府的地域狹小，迴旋餘地不大，而且在背後還有明軍，不能做爲抵抗清軍的基礎，因此李自成和衆將商議，決定搶在清軍南下之前，先奪取南京爲根本，然後再抵抗清軍。並派田見秀爲先鋒，從沔陽州的沙湖一帶渡過長江，並在荊河口擊敗左良玉部將馬進忠、王允成部，攻佔了武昌府，而這一戰也是導致左良玉出兵東犯的直接原因。
但阿濟格的大軍也己經趕到湖廣，直撲襄陽。因爲這時李自成把所有的人馬都集中在長江沿岸，準備進攻南京，襄陽一帶的防守十分空虛，被清軍一舉攻佔了襄陽府和荊州府，李自成急派劉宗敏領軍在德安府迎擊清軍，但又被清軍擊敗，徳安府也告失守。
這時大順軍在湖廣的四府己失其三，現在僅有承天、武昌二府之地。李自成也左右爲難，因爲清軍來得太快了，有南京還有明軍保衛，如果繼續率軍東下，承天、武昌也難保全，一時又難以取下南京，這麼一來大軍既無地方提供後勤供應，又要保護着隨軍家屬，又僅指揮將出現極大的混亂，而且處竟也十分困難了。
就在這時，李牟乘船沿江北上，到達武昌府，見到了李自成，把明朝有意招降大順軍的意圖說了一遍，並且又送上了李巖寫給李自成的信。
李自成這才知道，原來李巖己經歸降了商毅，看完了李巖的信之後，李自成雖然沉默半響無語，但心裡卻真的動了心。從北京退出之後，大順軍一敗再敗，儘管李自成一直在用“我們本來就是什麼都沒有，不管怎麼說，我們也殺了皇帝，自己也做了皇帝，也住過皇宮。現在只不過還是什麼都沒有，失去的以前還可以再打回來。”安慰大順軍的將士，同時也是安慰自己。
但李自成心裡清楚，自己現在已經不再是當初那個一無所有的流寇了，別的不說，單是這隨軍的十幾萬家屬，都不能輕易放棄掉。如果這個時侯真的能夠接受明朝的招降，至少也不用腹背受敵，可以一心一意的抵抗清軍，而且明朝還能夠爲自己提供糧餉補給，這也總比再四處流竄要強多了。
至於其他的事情，可以等打退了淸軍之後，再做定論，反正自己也不是真的投降了明朝，如果實在不順心，那就再扯旗造反唄，只要自己手裡有兵，就什麼也不怕。而且在明軍之中，除了商家軍之外，其他的軍隊李自成都不放在心上。
而且李牟也把話直接向李自成挑明，其實商毅根本和明朝不是一心，現在只不過是想借明朝的大名議，割據東南沿海的富裕地區稱王而己。李牟甚致還說，如果打退了清軍，雙方甚至可以從東西一起夾攻南京，一舉滅掉明朝，然後平分南方的土地，各自自立爲王。這個建議也讓李自成動心不己，畢竟他也當過幾天皇帝的人，這感覺還是很好，如果真能再做幾天，到也很不錯的。
因此李自成也招集衆將，一齊討論這件事情。雖然一開始遭到了許多將領的反對，但經過了李牟的解釋之後，衆將也都覺得只要是保持大順軍的獨立性，在名議上接受明朝的招安，到也不是不能接受。
但就在大順軍諸將都同意接受明朝招安的時候，牛金星突然跳了出來，道：“歸復明朝到是可以，但現在皇上己繼大統，開基立業，怎能只受一個小小的國公，依臣之見，至少也要受封順王，方可接受招安。”
他這麼一說，衆將也都鼓譟了起來，都要求明朝封李自成爲順王，因爲大順軍的諸將也都封公封候，如果李自成接受順國公的封號，那麼其他人的爵位可就都要跟着降級，雖然說只是名稱不同，但這些人現在的官癮可都還沒有過夠，自然誰都不想幹。
李牟也沒想到牛金星會在這裡插一杆子進來，心裡己經把他的祖宗十八代都問候到了，好在他也有幾分應變之才，道：“封王、封候，不過是一個虛名而己，一個空有虛名的王爵，又怎麼比得掌握實權的國公呢？大家又何爲這一個名份而斤斤計較，因小而失大。”轉頭又對李自成道：“何況闖王儘可以在名議上接受明朝的封爵，但在湖廣這裡，仍然是大順的皇帝。”
李自成聽了之後，也點了點頭，道：“李牟兄弟說得有理，我看就這麼定了吧，順國公就順國公吧，和果以後咱們再打下江山，都還可以再封王封候嘛。”