兩次打退清軍，穆陵軍也戰死了五百五十多名士兵。雖然和清軍相比，穆陵軍的傷亡以經算是很小了，但對穆陵軍來說，也是一個不小的損失。
在清軍進攻之前，穆陵軍總計才四千多人，其中有作戰經驗的老兵只有二千多人，這一下子就損失了一成以上的兵力。不過經過了這兩次打敗清軍之後，新兵也都在戰鬥中成長了起來，成爲可以打大仗，打硬仗的精兵。但考慮到清軍並沒有撤軍，未來穆陵關還可能有硬仗打，因此穆陵軍的兵力還要進一步擴大。
現在商毅收容的難民以經達了七千多人，在城北以經形戌了一個巨大的營地，以前因爲穆陵關的糧食儲備有限，對難民只能毎天供應一頓粥飯。現在糧食充足了，商毅對城外難民的口糧標備提升爲與城內居民一樣。可以保證他們能夠吃飽了。
當然這些也不是白給的，商毅下令，凡事從穆陵關領取口糧食的居民，所有除去工匠之外的少青壯年男子一率編入軍隊，接受訓練。其他的小孩、老人、婦女也都各自安排工作。否則將不予提供口糧，並且收回帳蓬，趕出營地，任其自生自滅。總之商毅可不養吃白飯的人。
難民之中，有相當一部份人都和清軍有仇，而且穆陵軍兩次打敗清軍，也讓他們覺得有加入穆陵軍後，有報仇的希望，因此對從軍十分歡迎。但也有不少人不願從軍，不過他們從先前遷到穆陵關的居民那裡知道，如果不從軍被趕出關城的下場，也都只能接受了。
難民中大部份都是青壯年男子，其餘也多是青壯年婦女和少年，少有幼兒，幾乎沒有老人。因爲逃難是個苦差事，只有青壯年人才有足夠身體支撐下來。幼兒和老人只能成爲累贅。
經過了統計之後，難民中到有二百多名工匠，被商毅按工種分配到各個作坊去工作，並且享受工匠們應有的待遇，有手藝就是好, 那裡都能混上飯吃，古今都一樣。而適齡的少青壯年男子一共有四千五百多人，被商毅按照年齡，進行分編，由老兵開始訓練他們。而王虎也正式成爲了穆陵軍的一名士兵。
這時以經是二月中旬，按另一時空的歷史，清軍應該是在三月下旬開始撤退，一直到五月下旬，才基本全都退出了關外。因此商毅也不敢放鬆，一面加緊練兵，一面搶制各種戰鬥武器。
而經過了兩次打敗清軍的戰鬥, 別的武器到是都不差，其中刀槍盔甲還有了大幅増加，箭枝射出去了也還可以回收再用，只有火藥的消耗量極大，穆陵關裡儲備的各種火藥以經用去了大半。其實火器的最大缺點，到不是什麼填裝速度的問題, 而是對後勤供應依賴相當大，一但沒有了炮彈子彈，火炮火銃也就成了一堆廢鐵，而炮彈子彈都要靠平時一點一點的積累。
現在穆陵關裡的炮彈還十分充足，紙売子彈還剩兩萬多發，以現在的火銃數量，到還夠打幾仗，但火炮手、火槍兵平時訓練對炮彈子彈的消耗量也不小，因此必須要定期定量生產。另外手榴彈只剩下不到七百顆，事實證明，手榴彈在守城和近戰中還相當有用，只是需要集中使用，但手榴彈對火藥的消耗量也十分巨大。
趁着現在清軍退兵了, 穆陵關裡也在加緊搶工, 製造各種彈藥武器, 以備下一次戰鬥使用。在各個工匠作坊裡，火藥坊佔用的地方最大，將軍營都佔用了一半，而且還招募了三百多名婦女，進行生產製作。因爲火藥是不能見明火，在晚上婦女們只製做紙彈殼，等到白天再填裝火藥。如此日夜不停的趕製。
好在幾天過去，淸軍到是還沒有再來進攻穆陵關的跡像，但在這一天，卻傳來了另一個消息，臨朐縣被清軍攻佔了。
商毅得知以後，也不禁大吃一驚，穆陵關是位於沂水縣和臨胊縣交界的地方，臨朐縣在穆陵關以北不到五十里，是穆陵關北面的出口，同時也是穆陵關通向青州府的必經之路。因爲現在清軍的主力人馬都山東南部以及江淮北部一帶活動，主將阿巴泰也坐鎮兗州，而且在此之前，穆陵關的危脅也一直來自南方，因此商毅的主要精力都放在了南方，對北方基本忽視，沒想到這次淸軍從北方打過來了。
現在穆陵關南邊的沂水縣以經被清軍攻佔，而臨朐縣再一失，就意味着穆陵關的南北出口都被清軍堵住了，如果清軍同時從南北夾擊過來，別的不說，就是北城外的七千多難民恐怕就難以保全了。商毅也暗暗責怪自己太大意了, 忽視了北方的情況。
不過商毅轉念一想, 就算自己知道了又能怎麼樣, 現在自己只能守住穆陵關, 無論是南邊的沂水縣，還是北邊的臨朐縣，都顧不上。現在還是先弄清楚北邊的俱體情況在說，因此立刻命令偵察隊出動，前往臨朐縣一帶打探清軍的情況。同時又加強了穆陵關北邊一帶的巡邏和戒備。
三天之後，偵察隊回到穆陵關，向商毅報告，攻佔臨朐縣的清兵並不是兗州的人馬，而是濟南府的守軍。原來在清軍入關之後，在山西、河北一帶掠奪了大量的錢財、糧草、物資、人口、牲畜。在南下進入山東、江淮之前，將從河北、山西劫掠到的物資都屯放在濟南府。使大軍能夠輕裝南下。
而濟南府的守軍在守住州城的同時，也派兵在附近四處劫掠。其實清軍留守濟南的人馬並不多，出城劫掠的，多是小股人馬，但明軍懼淸如虎，根本不敢與清軍接戰，清軍佔領臨清時，明軍卻遠遠移師到威縣，清軍攻河間，明軍卻遠走山西，清軍駐軍濟南，身爲薊遼總督的趙光卞卻駐軍千里之外的良鄉，按兵不動。
而清軍也是看透了明軍怯弱懼戰的本質，因此也在大明境內放心大膽的隨心所欲的行動，如入無人之境。在濟南府境內劫掠一空之後，又有一支清軍過境來到青州府劫掠，並且攻佔了臨朐縣。而且偵察隊以經打探淸楚，這支清軍只有三千兵力，包一個滿正白旗甲喇，一個蒙古甲喇，和二個漢軍甲喇。
聽了偵察隊的彙報之後，商毅這纔算鬆了一口氣，看來臨胊縣的失守，只是一個巧合，清軍並沒有夾擊穆陵關的打算。
但商毅馬上想到，雖然清軍還沒有夾擊穆陵關的意圖，但自己現在決不能還一味困守在穆陵關裡，因爲從形勢上來看，清軍對穆陵關的夾擊之勢以經形成了，只是可能因爲消息不通，而沒有意識到。因此自己可不能坐以待斃，必須主動出擊，奪回臨朐縣。
同時現在的難民以經越聚越多，穆陵關早就以經容納不下，今後的難民只能居住在關城外，奪回了臨胊縣之後，一方面可以爲穆陵關分擔安置一些難民，另一方面也可以守住穆陵關的北方入口，保證居住在關城外難民的安全。
另外從大局上來說，奪回臨胊縣，不僅可以解除穆陵關北方的危脅，打破兩面受敵的危險局面，而且可重輕打通和青州府的通道，不僅可以獲得青州府的支援，必要的時候，還可以逃到青州府去。因此奪取臨胊縣，是十分必然的選擇。
而從戰術層面上看，攻取臨胊縣的清軍人數並不多，只有三千多人馬，其中的主力其實只有一個滿八旗甲喇，而穆陵軍經過了兩次穆陵關保衛戰之後，由其是在取得了第二次穆陵關保衛戰的勝利之後，不僅徹底消除了對淸軍的恐懼情緒，提升了自己的信心，而且完全有把握在野戰中擊敗這一次清軍。
現在唯一但心的是清軍會在臨胊縣駐守不戰，現在穆陵軍的攻城經驗還等於是零，而且攻城戰的損失太大，穆陵軍也承受不了這個損失。不過商毅到並不擔心這一點，因爲現在守衛濟南府的清軍，一定還不知道自己的主力人馬兩次進攻穆陵軍失利的消息，因此對明軍仍然還抱以輕視態度，決不會居關守城，不敢應戰的。無論從那個方面來說，奪回臨朐縣不僅有必要，而且也有相當的把握。
商毅在軍事會議上將奪回臨朐縣的打算向衆將提出來之後，立刻得到了衆將的一致通過。這到並不是說衆將都能夠理解商毅所說的奪回臨朐縣的戰略意義和可行性分析。而是在兩次打敗了清軍的進攻之後，衆將對商毅的信賴以經達到了頂峰，下一步做什麼無關緊耍，只要是商毅說了就行，大家就跟着去做就行了。反正只要是聽商毅的，就一定不會錯。
不過衆將的這種態度當然並不是商毅所希望看到的，只是要陪養衆將自己獨立的思考能力，能夠不盲目聽從於自己，提出他們自己的看法，任重而道遠，並不是一天兩天的時間就能夠改變的。