城牆被炸開之後，中華軍的突擊隊立刻從炸開的缺口殺入城中，而在此前的戰鬥中一直都表現得十分勇猛的俄軍士兵，這時卻都紛紛舉手投降，並沒有進行殊死的抵抗。因此中華軍也十分順利的殺過了城牆缺口，攻入了尼布楚城裡。
本來城裡還有三四千俄軍，如果俄軍拼死抵抗的話，以俄軍強悍的近身作戰能力，還是可以對中華軍造成相當大的損失的。但一來剛纔俄軍最後的突擊己經消耗掉了俄軍的銳氣，而中華軍攻城時的強大火力也給了俄軍巨大的震懾力，也使俄軍終於明白，自己是遇到了一個根本就不可能戰勝的對手，這一次到東方來作戰，本來就是一個錯誤。現在尼布楚城己經大勢己去了，繼續抵抗下去，根本就是死路一條。而哥薩克人本來就沒有民族、國家意識，雖然說投降也是生死不知，但至少還有一線生機，因此俄軍的士兵們誰都不願再死戰下去，於是都是成羣結隊的向中華軍投降。
結果中華軍攻入尼布楚城之後，基本沒有遇到任何抵抗，投降之後的俄兵也都十分老實，放下武器，解除了武裝，在中華軍指定的地方聚集下來。中華軍則迅速的在尼布楚城裡擴展開,很快就佔領了除了總督府以外的其他大部份地方。
這時在尼布楚總督府裡，還有巴什科夫、別克托夫、捷潘諾夫等幾名軍官和二百餘士兵，還在繼續負隅頑抗。其實在這個時候，按這幾個人心裡的想法來說，也並不想抵抗，因爲誰都知道尼布楚己經大勢己去了，抵抗只有死路一條。但他們也非常但心，由於自己在前幾天有了表面講和，而暗地裡卻偷襲中華軍的事情，普通的士兵投降了，也許還有一條活路，而自己投降，那就很難說了。
而現在繼續抵抗下去，自己也同樣看不到任何希望，因此幾個人也大眼瞪小眼，也都不知該如何纔好。而心裡都十分後悔，要知道是現在這個結局，那麼就早該撤出尼布楚城算了，但現在槍聲越來越近了，留給他們的時間己經不多了。
巴什科夫首先沉不住氣了，道：“各位，我們己經沒有多少時間了，抵抗下去，肯定是沒有活命的機會，因此儀決定向中華軍投降，碰一碰運氣，也許還有機會的。致於你們，我並不要求你們一定要做和我一樣的選擇。”
其他人聽了，也都互相看了幾眼，別克托夫道：“總督大人，我們也都一起投降吧，要死大家就死在一起，如果上帝保佑我們，那麼大家也能一起活下來。”
他這一表態，其他也都紛紛表示，都願意投降，碰碰運氣。而這時只聽外面“轟”的一聲巨大的爆炸聲響，願來是總督府的大門己經被中華軍的火炮給轟開了。巴什科夫趕忙道：“快、快，我們快投降，要不然就晚了。”
果然中華軍轟開了總督府的大門之後，硝煙剛剛散盡了一些，只見有五六俄軍打着幾面白旗，從總督府裡衝了出來，有人高舉着雙手，不停搖晃，以示自己並沒有拿武器，而且還大叫道：“投降、投降，別打了，別打了。”
雖然中華軍聽不懂他們說的是什麼，但看樣子也差不多能夠明白，因此也停止了射擊，將投降的俄軍都控制起來。而總督府的其他官兵見了，也都紛紛舉手出來，全部投降。總督府也就這樣被中華軍攻佔。
佔領了總督府之後，尼布楚城也被中華軍完全佔領，城裡所剩佘的四千七百多名俄軍，以及居民全部都像中華軍投降。而且也標誌着這一次中俄戰爭結束，史稱第一次中俄戰爭。
這一次中俄戰爭，是以中華軍的全面勝利而告結束，中華軍一共殲滅了俄軍六千二百三十五人，歷次俘虜投降的俄軍有五千七百七十九人，逃走的俄軍只有二三百人。而中華軍自身的損失只有陣亡了七百三十三人，另有四百二十一人受傷。而在這一戰中，中華軍還繳獲了俄軍的戰馬三千二百五十七匹，火槍六千餘支，火炮十門，軍車八十餘輛，其他的武器、帳蓬也達到六千餘件。
而且這個時候沙俄在尼布楚城盤據己有數年時間，因爲沙俄政府是將尼布楚城做爲侵佔黑龍江流域的基地，因此在修建尼布楚城的時候，並不僅僅只是按一個軍事堡壘標準，而是一個綜合性的城市。因此尼布楚城的規模要比雅克薩城大得多，而在城裡除了軍用設施以外，還修建了不少民用建築，有教堂、行政廳、旅館、酒店、妓院、商鋪以及許多民房。現在尼布楚城裡已有三千多常住人口，其中大部份都是俄兵的家屬，有相當一倍份都是女性，也有少數是到東方來進行貿易的商人，或是其他的冒險者。人口是以哥薩人爲主，另有少量其他民族。
而且在尼布楚城裡也儲備了不少物資。清過中華民的清查之後，一共得到了火藥三萬二千餘斤，糧草二萬七千餘石，草料六千餘石、酒二百餘桶，各種牲口三百五十餘頭，白銀五萬餘兩，黃金一千六百兩。收穫可也不算小。
不過在中華軍進城之後，對尼布楚城裡的居民並沒有什麼騷擾，只是全城實行戒嚴，並限制了居民的行動自由，而所有的店鋪都暫時關門停業。並對每一戶居民進行登記，對俘虜的士兵也進行審覈。同時童大勇也將這一戰的辻程寫成報告，傳回到南京。
在一個月之後，童大勇收到來自南京國防部的命令，大體的內容是：
一、中華軍在尼布楚城、雅克薩城駐軍留守，做爲東北邊境的防守距點，並加修城防建築以固守，而中華軍的巡哨的範圍西到捕魚兒海邊、北到外興安嶺，並在這些邊境地區修建城堡、烽火臺駐守；
二、招集黑龍江流域的達斡爾人、鄂倫春人，虎爾哈人等部族人員到尼布楚、雅克薩兩城定居，並由軍隊付責組織屯田開荒，而尼布楚城中的原居民如想返回原籍、可以任其返回，而願意留下來的，遷出尼布楚城，在城外擇地建村定居；
三、俘虜的俄軍士兵進行身份審覈，對先期在尼布楚城的駐軍的所有軍官進行槍決，而士兵和後期到達尼布楚的俄軍軍兵免除死罪，但處罰他們在尼布楚、雅克薩兩城做苦工，在做工滿五年之後可以獲得釋放。而在做苦工期間，如果遇到戰爭，俘虜可以參軍做戰，以抵消自己的罪行。
第一、二條都表示，中國己經準備在以尼布楚、雅克薩兩城爲核心，建立居民定居點，做爲長久之計，將這兩座城作爲中國東北方的保障。同也是以後與俄羅斯爭奪西北方地區的基地。而第三條的後半部份，在發生戰爭的時候，允許俘虜參戰，也是商毅經過了詳細的考慮，才制定出來的決策。
因爲黑龍江上流以及捕魚兒海地區都屬於遍遠地區，而現在的中華軍，基本都是河北以南地區的人組成，因此很難將大量人馬長期駐守在這一地區，如果希望在這地區長期駐守、保持穩定，必須要多依靠當地人，但在這個時候，這一帶地區都是人煙稀少的地方，很難招集到足夠的兵源。外蒙離這裡到是很近，可以做爲一個重要士兵來源，但現在外蒙也纔剛剛歸復帝國，並不能做太大的指望，在另一時空裡，外蒙歸復清廷之後，也是經常發生叛亂的。
因此商毅也把目光放到哥薩克人身上。雖然說哥薩克人居住的地方離這些地區還有相當一段距離，但哥薩克人本身就是一個遊牧漁獵，因此做長距離遷移，也不是不可以。而且現在哥薩克人並沒有民族、國家的觀念，在東歐、中北亞的幾個大勢力之間遊離不定，朝秦暮楚。但既然俄國可以收買、利用哥薩克人的力量，那麼中國也同樣可以。
俄羅斯能給哥薩克人的東西，中國同樣也能,而且還能給得更多。當然這並不是說中國在北方要依賴哥薩克人，而是做爲中國在北方地區可以運用的力量中的一支，畢竟在末來兩百年內，哥薩克人都是俱有很強的實力，而這一支力量，中國也不能把這支力量全部都推給俄羅斯。如果能爭取到一部份哥薩克人，不僅可以増強自已的力量，同時還可以消弱俄羅斯的力量，同時將哥薩克人引入到這一地區，對外蒙各部也是一個牽制作用，因此也是一舉三得。
不過這一切都是在以中國爲主導的前提下進行，而且針對哥薩克人這種蝙蝠似的性格，也不能一味的示好，必須恩威兼施，這樣才能最大限度的控制哥薩克人，因此在現在這個時侯，彼中華軍俘虜的哥薩克人，還是要老老實實的做幾年苦工再說。
而收到了南京國防部的命令之後，童大勇也立刻尊令照辦,開始以尼布楚、雅克薩兩城爲核心，開始佈置了起來。