商毅收成進的作戰計劃時，己經是二十九日了，而時間很快就到了弘光元年1645年的最後一天。商毅在清早送別了黃震的艦隊之後，也開始佈置南京守衛，準備參加今天的除夕晚宴。
商家軍的第四、五分艦共有戰船四十八艘，分別是三級巡洋艦十艘，四級驅逐艦十二艘，五級護衛艦八艘。一千料輔助戰船四艘、六百料輔助戰船十艘。二百料飛剪船四艘。巡洋艦的噸位一般都在八百噸左右，而長江下游一帶的江寬河深，足以保證航行了。
離開了南京的金川門之後，黃震指揮着船隊一路逆江而上，行駛了大約有一個時辰，經過了秦淮河的長江入口，龍山船廠是位於秦淮河的西岸，現在雙方在長江的勢力基本是以秦淮河的長江入口爲分界，上游屬於清軍，下游屬於商家軍。
因此商家軍的船隊一接近秦淮河的長江入口，就被清軍的巡邏船隊發現，然後立刻通知給清軍的水軍大營。
現在淸軍已徵集到各種船隻約有四百餘艘，數量雖然是不少，但基本都是二三百料的小船，最大的也不過五百料，連一百料也有，甚致連一些純靠劃漿爲動力的小舟的都有不少，水軍有一萬餘人。
付責管理水軍的清軍將領叫金朔，是漢軍鑲紅旗的一個甲喇額真，清軍並沒有專業的水軍，這支水軍完全就是爲了應付這一場戰場，另時組建的，因爲無論是滿旗還是漢旗，都是北方人，不習水戰，因此水軍基本都是由明降軍組成，鋪以少量漢旗的將領指揮。其實就是明降軍，也都不是什麼專業的水軍出身，只要會游泳就行了。反正清軍也不打算組建一支專門的水軍，只要攻下了南京之後，這支水軍的任務也就結束了。
得知商家軍的船隊從水上進攻過來，金朔也不敢大意，因爲在二天以後，清軍曾派出過一支船隊從水上進攻南京，結果雙方剛一接戰，就被商家軍的戰船打得落花流水，被擊沉了十七艘船，損失了近千名士兵。居逃回來的敗兵說，商家軍戰船數量雖然不多，但十分巨大，而且每一艘船所載的火炮數量極多，火力極爲犀利，淸軍的戰船根本就無法靠隴過去，就被火炮給擊沉了。那麼這一次商家軍主動進攻過來，一定是來者不善，因此金朔一面派人飛報給阿齊格，一面也調集船隊出擊迎戰。
有了上一次的教訓之後，金朔也知道，單以戰船的實力，清軍肯定不是商家軍的對手，這幾天的時間裡，金朔也惡補了一點水戰的知識，因此唯一的辦法就是以數量取勝，採用羣狼戰術，幾艘船去圍攻一艘船。爭取靠近商家軍的戰船，施行登船作戰，利用人多的優勢取勝。
因此這一次金朔帶領了二百三十多艘船出戰，其中四百到五百料的約有八十餘艘，二三百料的有一百餘艘，一百料以上的船有五十餘艘，這己經是淸軍所能派出的最大規模船隊了，至於一百料以下的船，就是派出去也是當炮灰的命，還不如留在船廠裡。
但二百多艘戰船的調動可也不是一件容易的事情, 何況清軍的水軍基本都業餘級的，等清軍的所有戰船都駛出了龍山船廠之後，還沒等他們列好陣勢，商家軍的艦隊也已經駛過秦淮河的長江入口，接近了龍山船廠的江面上。因此也不容金朔有多餘的時間佈置，只好立刻下令各船進攻。
雖然清軍的戰船佈置得雜亂無章，但二百三十多艘戰船全部排開之後，足可以將千餘步之內的江面全部都鋪滿，因此看上去的架式還是十分嚇人的。
黃震把第四分艦隊的指揮艦天智號，當作自已的旗艦，這時也已經在船樓上看清了清軍的水軍，雖然清軍的戰船佈滿了整個長江江面之後，但黃震卻忍不住要笑出聲來。畢竟經過了連續幾次海戰之後，黃震基本能算一個合格的海軍指揮官了，以他專業的眼光來看，清軍的水軍的船隻數量雖然多，基本上就是一羣烏合之衆，完全就是在江上放好的活靶子，等待着商家軍來打。
而且通過望遠鏡，黃震也可以清楚的看到，清軍的所謂戰船，其實不過就是一些商船、客船，絕大多數都沒有什麼船載武器，只有少數戰船上會裝了一二架弩槍，而裝配了火炮的戰船，大約只有十幾艘，基本都只有一二門火炮，可以說清軍的全部火炮加起來，也沒有自己這艘天智號一艘船的火炮多。天智號裝配的火炮是七十四門。
因此黃震也立刻下令，所有戰船列成一路縱隊，以“之”字型的行駛路線，向清軍的逼近過去。
在長江中作戰與海上不同，水流比風向更重要，因爲清軍是佔據的上游，因此戰船隻用順着江流，就可以向商家軍的艦隊駛去。這也是金朔不得不下令進攻的一個原因，不然清軍的戰船遲早也會漂過去的。現在金朔只希望能夠藉助上游的優勢，迅速靠近對方的戰船，然後進行登船作戰。
很快雙方之間的距離就己經拉近，而這時商家軍的陣列己經調整好了自己的陣形，所有戰船都呈一條線排列，而是沿着一條傾斜的航線在行駛着。這時前列的戰船己經靠近了長江的北岸，而後排的戰船卻在靠長江南側的這一邊。而靠近了長江北岸的戰船又轉調過船頭，依然是以斜形的航線，向江南這邊行駛。
這也令金朔大爲不解，商家軍的戰船爲什麼要釆用這麼奇怪的航線，在他看來，走直線不是更快一些嗎？但現在的局面也不容他多想，因爲這時雙方的最近距離己經不足兩百步了，差不多己經到了弩槍, 還有火炮可以發射的距離了。
但就在這時, 商家軍的進攻已經開始了, 天智號一側的船舷, 第一層的十三門舷炮開始一起發出了巨大的轟鳴聲，吐出一道道閃亮的火舌，將炮彈射向斜對面的清軍戰船。
“轟——轟——轟——轟——” 的數聲，第一輪的十三顆炮彈有三顆命中了目標，一顆正好命中一艘船的側舷，在側舷上砸開了一個桌面大小的窟窿，江水立刻奔涌而入，而船上的清兵們見勢不妙，紛紛跳江而逃；剩下的兩顆炮彈都落到了另二艘船的船甲板上，一顆橫穿了整個甲板，擊倒了幾名淸兵之後，在另一側的船舷邊擊開一個缺口，落入長江裡，而另一顆則砸入船樓，只打得木屑飛濺激射，擊死擊傷了船上的十餘名清兵。，其餘十顆炮彈都落入了水中，激了十餘道沖天而起的水柱，有好幾艘戰船都被淋了一甲板冰冷的江水。
這時清軍的反擊也開始了，只可惜和商家軍的進攻相比，清軍的反擊幾乎是微不足道，僅僅只開了兩炮，發射出十幾支弩箭，對商家軍根本就沒有造成什麼傷害。
而就在這同時, 天智號第二層的十二門舷炮也開火轟擊, 在天智號後面跟着的幾艘戰船也都進入射程，紛紛開火, 江面上立刻炮聲轟轟不斷, 水柱此起彼伏, 清軍的戰船也一艘接着一艘的被擊中沉沒。
天智號在黃震的指揮下，一邊開火轟擊，一邊斜向行駛，在不知不覺中，已經又一次靠近了長江的南岸。而這時幾乎和清軍的前排戰船相接了。商家軍的船隊也再一次在江上拉成了一條斜向的直線，而且差不多有十幾艘船都投入到戰鬥中來。而這時清軍至少己經有三十艘以上的戰船被擊沉或正在下沉，另外還有十餘艘船被打得無法控制，只能跟着江水一起飄流。江面上己往浮了不少殘桅斷槳，破帆碎板，還有不少在冷冰的江水裡掙扎的淸兵。而商家軍幾乎沒有受到一點損失。
其實進入十七世紀以後，水戰己經不是以戰船的純數量來決定勝負了，戰船的噸位和火力纔是決勝的條件。十艘二百噸的戰船可以在總噸位超過一艘千噸的戰船，但在戰鬥中，前者肯定完敗於後者，原因就在於一艘千噸戰船的火力可不是十艘二百噸戰船可比的。
儘管清軍的戰船在數量佔絕對的優勢，但和商家軍的戰船相比，無論是在火力還是噸位，都遠遠不如，就好像是一羣野貓去圍攻幾隻猛虎。更何況清軍使用的武器基本就是弓箭、弩箭一類，而且戰術還是最原始的靠近蹬舷，因此跟本就不可能與商家軍相抗衡。
而這時在戰場上，回到長江南側的天智號再次調轉了方向，而這一次它一頭衝進了清軍的陣列中。這一來左右兩側都是清軍的戰船, 而且距離十分近，最短的己不足二十步，因此天智號也不再釆用斜線行駛，而是改走直線，同時兩側的舷炮也一起開火，命中率竟可以高大五六成，只打淸軍叫苦不迭。而且跟在天智號的後面，商家軍的戰船一艘接一艘的殺入了淸軍的陣中。