就在商毅和鄭成功達成浙江、福建兩省互相協作抗清的協議時，洪承疇一行人也到達了南京。不過在來南京之前，洪承疇首先到達歸德府，見到了豫親王多鐸，向他傳交了多爾袞的命令，並給多鐸加平南大將軍銜，給阿濟格加揚威大將軍銜,並且請多鐸隨自己一起渡江，到南京主持大局。
因爲這一次洪承疇到達南京之後，首先的任務，是要調阿濟格北還，那後才能重新整頓清軍。但儘管現在洪承疇大權在握，有便宜行事，先斬後奏之權，但這些東西對阿濟格來說都沒有，只有把多鐸帶上，才能製得住阿濟格，同時也能穩住江南的清軍。而且現在清軍的重心在江南，阿濟格北還之後，多鐸肯定是要到江南去坐鎮的。
看了多爾袞的詔書之後，多鐸也清楚兄長的用意，而且他也對阿濟格冒失的對吳、尚二人的處理非常不滿，因此也把歸徳府的事務料理了一下，命正黃旗固山額真譚泰代替自己駐守歸德府，主管江北的軍務，命正白旗固山額真阿山駐守徐州，以防魯南的商家軍。貝子尚善駐守鳳陽，牽制揚州的商家軍。然後帶着貝勒尼堪、鑲黃旗固山額真尹拜圖，伊爾德、阿濟格尼堪等人和洪承疇一起渡過長江，來到了南京。
見到了阿濟格之後，洪承疇也宣讀了多爾袞的詔書。阿濟格一聽要調自己回去征討蒙古蘇尼特部，立刻就火了。雖然說被加了揚威大將軍銜，但誰都知道，讓他從南京回去，征討蒙古，其實就是一種變相的懲罰，因此心裡當然不舒服，聽完洪承疇宣讀之後，立刻道：“我辛辛苦苦打下了南京，沒有功勞也有苦勞，憑什麼讓別人來撿現成的果子，還要把我派到蒙古去喝西北風。我就留在南京，那兒也不去。”
多鐸聲色俱厲道：“十二哥，你這是說的什麼話，打下南京是你一個人的功勞嗎？再說你打下南京之後，又弄成什麼樣子，自己心裡也清楚，差一點就把吳三桂他們幾個逼反了。現在蒙古蘇尼特部叛亂，派你去平定是給你一個將功贖罪的機會，又怎麼不行呢？而且這是十四哥下的命令，你有什麼不滿，就回北京去和十四哥說去，留在南京不走，是什麼意思。”
兄弟兩人互相怒目而視，對看了好一會兒，阿濟格也不禁有些泄氣。因爲多爾袞和多鐸關係好一些，爭執起來的時侯，兩人總是站在同一戰線上對付阿濟格，因此在他們兄弟三人中，雖然阿濟格是老大，卻總是爭不過兩個弟弟。而且阿濟格雖然作戰勇猛，但腦子並不好使，以前沒少吃皇太極的暗虧，也習慣了凡事都聽兩個弟弟的意見，這時雖然發了一通脾氣，最後還是老老實實的聽命。開始和洪承疇、多鐸辦理交接手續。
洪承疇見說服了阿濟格，也放心了不少，讓多鐸與和阿濟格辦理交接，當然被抓的潞王朱常淓己及其他的明室宗族，還有南京降清的大臣們，也都隨阿濟格一起去北京。而洪承疇又立刻下令，招吳三桂、尚可喜、耿仲明到南京來入見。
這時吳三桂還駐軍在寧國府，現在也是左右爲難，騎虎難下。
自從和尚可喜、耿仲明聯名上書清廷，請求領軍取南方各地之後，其實吳三桂也有幾分後怕，雖然三個人約定了攻守同盟，而且也做好了最壞的打算，如果實在沒有辦法，三人也決定，乾脆舉兵向商毅投降算了。因爲他們也都知道，商毅曾經收降過李成棟。應該對自己請降不會拒絕，而且自己還可以用幫助商毅收復南京來做爲晉見之禮，也算是交了頭名狀了。
不過打算得雖然很好，但從心裡來說，吳三桂可還是不想和清廷反目，誰知道投降商毅會有什麼結果呢？而且吳三桂心裡也清楚，雖然都是降將，但自己可不同於李成棟這樣半途投降的小角色，自己是引清軍入關的關建人物，商毅能接納李成棟，但未必能夠接納自己。
如果到時候自己和清廷反目，商毅又不納降，那可就只有死路一條了，因此吳三桂也覺得自己就像是走有一根鋼絲上一樣，戰戰兢兢。甴其是奏本發出之後，差不多有一個月了，還沒有任何迴音，吳三桂也越來越焦慮，只好每天都在計算，清廷會怎樣處置自己，是會同意自己的要求，或者是和自己反目。
現在自已和尚可喜、耿仲明三人合兵有二十多萬，清廷應該不會輕易和自己反目吧，但凡事都有萬一，誰知道那幫滿人怎麼想呢？雖然降淸的時間不長，但吳三桂也知道，有不少滿人都是十分排漢的。
而且尚可喜、耿仲明兩人靠得住嗎？誰知道他們會不會變掛呢，畢竟這兩個人己經降清十餘年了，在清廷的人脈和關係都比自己要廣，說不定會有人爲他們從中周旋呢，那麼清廷會不會只許給他們一些條件，先把他們收伏了，然後只來對付自己一個人呢？如果沒有了這兩個人的幫襯，只剩自己一個人，可就聲勢大跌了，而且清廷說不定真的會對自己動手了。
因此吳三桂毎天都像熱鍋上的螞蟻一樣，急得在大營裡團團亂轉，但就是一點頭緒都沒有。而就在這時，南京的公文傳來，吳三桂才知道洪承疇己經到了南京主持大局，而且阿濟格將被調回北京去，同時也接到了洪承疇招他去南京入見的招令。
吳三桂心裡稍稍有些安心，清廷把阿濟格調回北京，讓洪承疇到南京來主持軍政，是一種很好的信號，因爲這一切的始作蛹者正是阿濟格。而洪承疇，以及隨洪承疇一起來的袓澤洪、祖可法都是清廷中少數和吳三桂有些交情的人，在明朝的時侯，洪承疇曾是吳三桂的上司，曾在松山大戰中，兩人曾一起出戰，當時的吳三桂是洪承疇最倚重的大將。
而祖澤洪、祖可法都是原來袁崇煥手下的大將祖大壽之子，祖大壽是吳三桂的舅舅，算起來他們和吳三桂還是表兄弟。把這些人都派到了南京，也可以理解爲清廷是在向吳三桂示好，表示並不想和他反目，而是修復關係的意思，因此吳三桂也覺得心裡有了一點底。
但洪承疇的調令卻讓吳三桂又有些不安起來，這一切的安排會不會是清廷想穩住自已使的什麼詭計呢? 洪承疇、祖澤洪、祖可法都和清廷竄通好來騙自己呢？
這也很有可能，現在這世道什麼交情、親戚都是浮雲。只要是自己一進了南京，那可就是虎落平陽、龍擱淺灘了，清廷想要在南京收拾自己，可就毫不費力了。但如果自已又不能不去南京，因爲洪承疇新上任，招集大將聚議軍務也是很正常的，清廷己經向自己發出了示好的信號，如果自己不去南京，就等於是拒絕了清廷的示好，就算清廷本來打算和自己修復關係，也會被逼得不得不和自已反目了。那樣一來自己可就是大大的失算了。
而且自己還不能拖沿，因爲拖的時間越長，就越容易激怒清廷，畢竟自己是在和一個王朝交涉，不能不顧涉王朝的心態，因此吳三桂獨立坐在帥府裡想了一整夜，終於還是決定，這一次只能冒一冒險去南京了，就當是賭一把吧。如果清廷真要對自己下手，那也只能認命了。
就在第二天，吳三桂傳令升帳，公佈了南京的調令，然後分令衆將守衛各防線，自己只帶着三百親衛，返回南京，晉見洪承疇。雖然部將馬寶認爲吳三桂只帶三百親衛實在太少了，至少也該帶一千人回南京，以防不測之變，但這個建議卻被吳三桂拒絕，堅持只帶三百親衛去南京。
其實吳三桂也不是沒想過多帶一些兵馬去南京，好保衛自己的安全。但帶的兵馬再多，進不了南京城裡還是沒用，還容易惹人懷疑自己別有用意，而且現在南京城裡駐紮着五萬清軍，自己總不能把駐守在寧國軍的所有人馬都帶到南京去吧。因此到不如少帶一些士兵，也顯得自己坦坦蕩蕩。反正是決定賭一次，那麼索性就做得漂亮一點。而且在到達南京城外的時侯，吳三桂乾脆下令，命自己的三百親衛就在城外紮營，自己只帶三十人進城，也表示出自己的誠意來。
不過就在吳三桂進城的時候，祖澤洪、祖可法兄弟都己經親自到城門口來接他。見到了他們兄弟兩，吳三桂也安心了許多，看起來清廷確實是打算和自己修復關糸，並不打算和自己反目，不然在城門口迎接自己的，也不會是他們兄弟，而是清軍的刀斧手了。
祖大壽降清己有十餘年的時間，因此吳三桂和祖澤洪、祖可法兄弟也都有十餘年未相見，因此兄弟團聚之後，自然有一番離別之情，當然也向吳三桂交待了實底，於是吳三桂也大爲放心了而當夜就下榻在館驛中，終於也可以安穩睡覺了。