現在留在南京的除了統戰部的成員之外，還有成進和周少桓兩位軍區司令員，海軍部的成剛和黃震也在南京,因此也都參與軍隊重新編制的討論
衆人一起商議之後，也都認爲按照商毅制定的分配方式最爲合理，因這樣的分配，可以保證中華軍隊全國的控制，無論是有外敵入侵，還是有內敵作亂，都可以就近從各軍區抽調兵力，而一但發生大規模外敵入侵，或是出境對外戰鬥，也可以甴就近的軍區組成聯合軍隊，由各軍區司令官出任主將。也就改變了自宋以來，兵不知將、將不知兵的局面，有效保證了軍隊的戰鬥力。
當然商毅也不可能對軍隊完全不做預防，政治教肓是一方面，另外在分佈的時候，也考慮八個軍區互相之間的距離大體相當，實力相近，因此也不用擔心其中某一勢力獨大。同時每一個軍區都沒有向地方收取稅收的權利，也不得參與地方經營，所有費用開支物資都由中央統一拔款，並且制定了嚴格的財務管理制度，嚴厲杜絕各種刻扣軍餉、吃空餉等舊式軍隊的腐敗現像。另外還有各地的兵工廠、造船廠的經營權力，也都全部掌握在中央手裡，這樣也斷絕了各地六軍區的財務獨立權力和武器的來源，也能夠使國家有效的控制軍隊。
這樣的做法，也在情理之中，畢竟無論是在任何朝代，都不可能對軍隊不加以控制，同時也完全有必要對軍隊加以控制。而且商毅的做法，己經算很合理的。如宋、明兩朝，不僅對軍隊控制得十分嚴勵，而且還極力壓制軍隊的社會地位，儘管這樣確實是控制住了軍隊，但卻是以犧牲軍隊的戰鬥力爲代價。
不過相對於各地方駐軍，對於中央設制的軍事機構，商毅這一次並沒進什麼改動，依然還是由統戰部付責一切。因爲現在統戰部的行政級別雖然是在內閣之下，但是受商毅直接管轄，而且全國畢競還沒有完全統一，因此暫時還沒有必要對統戰部進行大動。
而這時也發生了一個小插曲，羅遠斌雲南也發回來報告，中華軍基本己經接管了雲南地區，地方上的一切秩序也都基本恢復正常，而原來按照大西軍投降的協議，甴大西軍的舊部組編的軍隊也編組完成，孫可望、劉文秀、艾能奇三人也都各自挑選好了自己的士兵，並且也任命了各級軍官。因此羅遠斌也向統戰部詢話，這支新編的軍隊怎麼處理。另外李定囯的任務也己經完成了，也請求返回南陽去駐守。
接報之後，商毅下令，正式將這支軍隊定番號爲二十六軍，軍長孫可望、副軍長劉文秀，參政長艾能奇，並將二十六軍暫時劃歸淮南軍區管轄。立刻從雲南開拔，趕赴鳳陽。命羅遠斌派一個師沿途護送。並強調二十六軍，尊守軍紀，沿路不許撓氏。而李定國隨行，到南京來商議軍務。
因爲陸軍和海軍的分佈編制確定下來之後，接下來就是對北方的作戰計劃。而對北方的作戰，將由淮南、山東和湖廣軍區剩佘的部隊來付責。
商毅的計劃是，三路同時進軍，由山東軍區負責渡海征服朝鮮，然後以朝鮮爲跳板,直接進入遼東，徹底斷絕清廷的後路。而淮南軍區付責直接進軍北京和山西，湖廣軍區的剩佘的部隊付責進攻陝西。當然這一次對北方作戰的重點，就是渡海征服朝鮮，由朝鮮攻入遼東。只等開年之後, 就開始對北方用兵。
大體的作戰方案就是這樣確定下來, 但毎一路俱體的作戰方式，還是由各個軍區來自已制定。現在周少桓、成進都在，由他們自己來決定怎樣打。
另外和南京進行聯絡的朝鮮使者崔成皋的幫助下，帝國的情報機構也終於在朝鮮展開了工作，儘管只有幾個月的時間，但依然收集到不少有用的信息。
朝鮮李朝，在另一時空裡一共存在了五百一十八年，超過了中國任何一個封建王朝，橫跨明清兩代，在世界歷史中，也極爲少見，儘管日本天皇存在的時間比朝鮮李朝要長得多，但在大部份時間裡，日本天皇都僅僅只是一個像徵的稱號，並無實權，也沒有代表過曰本。在中國的眀清兩代，都是以豐臣幕府、徳川幕府爲日本的統治者。
不過在另一時空裡的中國人一提到朝鮮李朝，最大的印像不是它的時間久遠，而是激烈的黨爭。有歷史學者認爲，朝鮮李朝的黨爭，是中國歷史的一個縮影，但是實上，朝鮮李朝的黨爭存在的時間之長，鬥爭派系之複雜，遠遠超過了中國歷史中的任何一次黨爭。朝鮮李朝存在了五百一十八年，而黨爭的歷史竟持序了二百八十餘年，可以說朝鮮李朝的大部份時間，都是在黨爭中度過，並且引發了好幾次政治大變動和朝廷的全面洗牌，甚致是國君的更替。而在這種情況下，朝鮮李朝居然都一直支撐了下來，並沒有改朝換代，如果是在中國，一般的黨爭都不可能維持百年，國家就被整得不行了，因此也不能不說是一個奇蹟。
不過朝鮮李朝的黨爭，扔到世界範圍內，實在不算什麼事，爭來爭去左不過就是爲了那巴掌大點的地方，因此在商毅的電腦裡，關於朝鮮李朝黨爭的資料並不多，而且也講途得比較簡單，商毅把這些資料又結合了收集的情報，花了好一番功夫，纔算把朝鮮李朝黨爭的脈絡理了個大概。
朝鮮李朝的黨爭，一般認爲，是從中國萬曆三年（1575年）“乙亥黨論” 開始，但在此五十多年以前，1519年的“己卯士禍” 時，代表元老勢力勳舊派，和代表新興勢力的士林派開始對立，事實上在這個時候，朝鮮李朝黨爭的歷史就已經開始了。而在1575年，才正式出現了東、西兩黨的分立。東西之爭，也成爲百年之後，朝鮮朝黨爭的主旋律。
不過在一開始的時間裡，東人黨雖然一直都佔居上風，但內部卻分裂爲北人黨和南人黨兩派，這時正值“壬辰倭亂”：日本豐臣秀吉侵略朝鮮，北人黨主戰、南人黨主和，因此在1598年戰爭結束之後，主和的南人黨下臺，北人黨得以掌握政權。
但僅在一年之後，因爲立嗣的問題，北人黨又分裂爲爲擁立光海君的大北派和擁立永昌大君的小北派。而在八年之後，大小北的爭鬥還沒分出勝負，小北派居然又爲清小北派和濁小北派。
結果在第二年（1608年），朝鮮第十五代國王光海君李琿即位。結果支持光海君的大北派得勢。六年以後，永昌大君被殺，小北派失勢。而大北派這時卻又分裂成肉北、骨北、中北三派。最後是以肉北派獲勝，爲代表的大北派持掌朝政。
但大北派也沒有得勢多久，在1623年，在朝鮮政壇上沉寄了三十餘年的西人黨開始發力, 他們聯合東人黨中分裂出來的南人黨, 小北派中的清小北餘衆,支持綾陽君李倧發動政變,推翻了光海君李琿的統制，成爲朝鮮第十六代國王，而西人黨也終於揚眉吐氣，開始了自己這一糸的掌權過程。
不過正應了中國的老話，只可同患難，不可同富貴這句老話，在鬥倒了東人黨，徹底翻身之後，西人黨立刻就因爲分髒不允,分裂爲功西派和清西派，經過了一糸列鬥爭之後，功西派壓倒了清西派上位。
而這時當時還是叫後金的清廷開始攻擊朝鮮，並在十年內連續兩次攻入朝鮮，因此朝鮮李朝的黨爭，又揭開了新的一頁，開始和清廷掛上了勾。
功西派首先又分裂爲主和的少西派和主戰的老西派； 1637年朝鮮終於向清政稱臣，而少西派演變成爲以金自點爲首的洛黨，是親清派，主張出兵幫助清軍進攻明朝，老西派則發展成爲以元斗杓爲首的原黨，是親眀派，反對出兵幫助清軍進攻明朝。由於這時清廷的兵勢兇猛，並在1644年入關北京，正式入主中國，建都北京,因此洛黨在朝鮮佔了絕對的上風。
但就在去年，也就是後明五年，清順治六年（1649年）朝鮮的第十七代國王李淏即位。
李淏曾在清廷當了近十年的人質，一直到即位時纔回到囯內，正好趕上了清廷的中原大敗，因此對中國的南北局面也有比較清楚的認識，而且在李淏之前回國的兄長,昭顯世子李溰回國之後，不明不白的被人毒死，因爲李溰在清廷爲人質期間，多方參查了清廷的實力虛實，騎戰火器的練兵之法，因此李溰之死也讓人十分生疑，同時也曾加了李淏對清廷的不信任。
因此在李淏回國之後，也有擺脫淸廷控制的想法，並且啓用了一些原黨的大臣，重用了原黨的重臣宋時烈。但這時畢竟是洛黨得勢，李淏也不敢有輕妄動，因此纔派原黨大臣崔成皋爲使臣，來到南京，探看一下南京政府的虛實動靜，卻不想崔成皋急於爲原黨反盤，一下子就向商毅把底都交了。