就在多爾袞招見洪承疇的當天, 遠在數千裡之外的杭州, 商毅也招集自己集團各部門的主要付責人，招開會議，討論浙江集團下一步的發展方向。
首先要確定的，是自己集團下一步的路線，是繼續以軍事擴張爲主，還是以恢復發展爲主。在這一點上，大多數人都認爲，應該暫時停止軍事進攻，先恢復一段時間再說。
這一點商毅從原則上來說，也是同意，商家軍的戰鬥力雖然強，但畢竟自己現在只有浙江一個省、山東、江蘇的部份地區，基礎畢竟不厚，也難以再擴大戰爭。因爲打仗不僅僅是動用軍隊，同時還需要徵調大量的民役，這次收復南京的戰鬥，投入的軍隊在十五萬左右，而前後徵調的民役卻超過了四十萬，而這些民役都是主要的社會生產力，被徵調參戰必然會影響到社會生產。雖然現在商毅還有大量的庫存白銀，但白銀畢竟只是一種貨幣媒介，不能當飯吃，如果社會生產跟不上去，一樣沒有用。
因此先停止戰爭，把新佔領的地區穩固下去，恢復農業生產，發展經濟，積累再豐富一些，然後再進一步擴張，也符合現在的情況。而商毅也把恢復發展的時間，定在三年左右，按照現在的自己積累的行政經驗、資源和經濟條件，三年左右的時間，完全能夠穩固住佔領的地方，並且積攢下足夠的物資，然後再向清廷發動進攻。
從現在的外部情況來說，南方的三個南明朝廷基本都是不思進取的貨，而且只要是稍一穩定下來，首先開始的是內鬥而不是對外，也不足以對自己構成什麼危脅；而北方的清廷經過了這一次慘敗之後，至少在五年以內，難以再對南方發動大規模的軍事進攻，這也給自己提供了一段難得的停戰發展時間。
當然商毅也知道，對清廷來說，也同樣需要時間來恢復，雙方實際上就是在比誰恢復得便快一些，更早的作好發動下一次戰爭的準備。不過在這方面，商毅到是有充份的信心，雖然自己最終佔領的地區，可能還不到清廷的一半左右，但都是經濟發達，物產豐富的地區，而且各方面的基礎也比清廷要好得多，因此發展速度絕對會比清廷快，完全可以比清廷搶先一步做好戰爭的準備。
但恢復發展並不等於完全停止戰爭，首先是江北的湖北、淮南還沒有取過來，無論是個戰略還是經濟發展的需求，這兩個地區都是商毅志在必得，因此要不惜一切代價將這兩個地區奪取過來。而且即使是把目前所有的自標都實現以後，在局部地區，如果出現了比較好的時機，仍然也不要放過機會，堅決出擊。一方面是可以逐步擴大自己的佔領地區，另一方面也是給清廷製造一些麻煩，不讓他們這麼輕輕鬆鬆的恢復發展。不過戰爭的規模儘可能的控制在一定的範圍以內，在這方面由統戰部來根據俱體情況來決定。
另外就是如果清廷或都是南明的勢力，主動向商毅發動進攻，這種情況也不是不可能發生的，那麼也就講說不起，當然是盡全力奮起迎戰了。
衆官們也都同時商毅的意見，畢竟現在還是亂世期，並不是從容恢復發展，休養生息的時候，應打的時候，還是要打。
這一點通過之後，接着就是確定佔領地區的行政組織結構。現在商毅的佔領區大體是分兩塊，就是以浙江爲核心，包括江蘇部份和臺灣、另一塊就山東地區。而在行政組織結構，除了山東地區以外，其餘的地方都沒有省級行政，最高只到了府一級，然後由杭州行政部來統一管理。
但現在商毅實際己經佔領了三個完整的省，如果實現了收復南京的後續目標，將基本佔領六個省，加上山東和臺灣，實際有上八個省，因此府一級的行政單位顯然是不能適應現在的情況，必須建立省一級行政單位。
在中國古代，自宋代開始，由於吸取唐代藩鎮割據的教訓，害怕地方勢力擴大，因此不在設立正式的地方省級行政單位，但爲了便於地方的管理，在必要的時候，由中央臨時派出官員，統管一省或數省之地，宋元時期的這種省級官員稱爲安撫使或宣撫使，而在明清時，則是巡府或是總督，實際就是變相的省長。
但這種官職設立的隨意性仍然很大，雖然到了明中後期，各省巡府，己經成了常設職務。但從理論上說，仍然屬於臨時性的官職，而且官員的任職時間，地點也不固定，因此不利於地方行政的延續。同時就是巡府的設置，也不穩定，有的大省會分割出二到三名巡撫來。
因此商毅也決定，釆用後世行政區域的劃分方式，依次分爲：省、直轄市——市（分省會市和地級市兩種）——縣——鄉、鎮四級。而在鄉、鎮以下，還設村一級單位。
現在自己佔領的地區，分爲山東、湖南、江西、浙江四個省，南京一個直轄市，臺灣暫時劃規浙江省管理，而各級行政長官、行政機構的名稱也沿用後世的習慣，省稱省長，行政機構稱爲省政府，市稱市長，行政機構稱爲市政府等。但村級單位叫村委會，建立了人民公社的村，則和爲公社委員會。各級行政長官都由杭州行政部指派，不過村級由本村自行選舉村委會或公社委員會。
對於商毅制定的這些行政機構，衆人也沒有多大的異議，其實也就是名稱區別，所謂省長、市長，也無非就是巡撫、知府換個馬甲罷了。因爲畢竟商毅現在還沒有正式扯旗自立，還不方便使用原來的官職名稱；而且如果以後商毅真的開國立朝，使用新的名稱，也表示新朝的新氣像，與舊朝的區別。這也是順理成章的事情。
當然商毅制定的這些行政機構和明朝最大的不同在於，縣級以下還設立了鄉鎮一級，鄉鎮下面還設有村一級。而在此前歷代，最小的行政單位都是隻到縣一級。縣以下的鄉、村雖然沒有里正、鄉老、亭長一類的官職，但都只能算民間組織，不屬於國家幹部。這也造成了中國古代國家對社會最基層，幾乎是一片空白，沒有任何實質性的管理。也使古代社會基層實際被胥吏、地方豪強勾結把持的局面，不僅使國家的法令難以得到很好的實施，而且還加重的基層人民的負擔。
不過商毅在浙江的時候，就己經建立了鄉鎮——村一級的行政機構，事實也證明，這樣的行政機構，對於控制地方基層，確實十分有效，不僅商毅的法令、行政都能夠得以比較順利的實施，徵收稅賦，徵調民役等方面，都比過去有效率得多，而且也有力打擊了地方豪強勢力，沒有了胥吏矇上欺下之後，也減輕了許多百姓不必要的負擔。在這戰亂的時代，商毅佔領地區的百姓們依然能夠保持生活充足，可以說鄉鎮——村一級的行政機構也發揮了相當大的作用。
因此杭州的官員們對此也並不覺得意外，相反還都十分支持這一機構的設置。同時也證明商毅不僅僅是一位兵法大家，在行政治民方面，同樣也表現得非常出色。
是衆人都通過了自己提出的行政組織結構，商毅也十分高興，下面就是要確定目前四省的省長人選，然後再層層建立行政機構。而這次商毅打算採用一個新的辦法來確定人選，就是投票。
各省的省長人選中，只有山東省是最沒有懸念，由原山東布政使孟宏恭出任。說起來孟宏恭是商家軍第三軍軍長楊武丞的岳父，也是最早投向商毅的明朝官員，這幾年來一直都在山東地區付責民政工作，和山東地區的軍事官員周少桓等人也配合得也很好，因此山東正式建省，他當然是出任省長的不二人選。
而其他三個省的省長，衆人經過了一番篩選，確定了六各備選人，然後由行政部的官員進行無記名投票，最後正式確定下來，浙江省的省長由周少卿擔任，江西省的省長由原來杭州府的推官蘭秉浩出任，湖南省由原來山東沂水縣的縣丞孫成出任。
這三個人中，周少卿自然不必說，周氏一門已經成爲商毅集團中佔有舉足輕重的地位，深受商毅的信任和重用，而且周少卿一直擔任揚州知府，也幹得有聲有色，政績斐然。而孫成和蘭秉浩原來都是小官，在商毅入主浙江之後，都出任一地的知府，也都是行政官員中的表現得十分出色的人。因爲商毅建立了完善的人事制度，也都拿得出有說服力的證據，因此這三個人，基本也是衆望所歸，而且行政部的各官員投票選舉出來，任何人也都無話可話。
這也是商毅第一次在杭州的行政中釆用無記名投票的方式來進行決策。同時各省以下的官員，由省長提名，行政部官員投票確認。