商毅判斷的一點也沒錯，永曆、紹武兩個朝廷都是一盤散沙，一干大臣們都是說大話，耍嘴皮行，幹起實事來，就無一是處了。紹武朝廷雖然想發兵來救尚可喜，但軍權都鄭成功手上，另外就是金聲桓手裡還有一萬多人，鄭成功死活不肯出兵，朱聿鐭也拿他沒辦法。就金聲桓手裡的那點人，還不夠商毅塞牙縫的。
而永曆朝廷到是有些兵馬，但名議上何騰蛟總管軍權，底下的衆將卻是各立山頭，派糸林立，打不打仗，出不出兵就看今天心情好不好，可惜一聽說是和商家軍作戰，心情立刻就都鬱悶起來了，何騰蛟根本調動不了手下的那幫丘八們。
另外說實話，何騰蛟心裡也怕可商家軍動手，因此向永曆朝廷上了一疏，建議朝廷不如來個坐山觀虎鬥，讓商毅和尚可喜拼個兩敗俱傷，然後自己再坐收漁人之利。
結果尚可喜十分杯具的發現，原來那些信暫旦旦，拍着胸脯向自己打包票的人，都是靠不住的，最後還是耍自己老哥一個，早知是這樣，自己也就不該出這個頭啊，又是何苦來的呢？
尚可喜當然清楚，和是商家軍動手，只會是自己一敗俱傷，打肯定是打不過，守估計也守不住，現在大慨也只剩跑路這一條路可行了。
就在這時，長子尚之信給尚可喜出了一個主意，爲什麼不和商毅談判呢？談不談得成且不說，起碼可以試一試啊。如杲實在談不成，再跑路也不遲啊。
果然是一語驚醒夢中人，其實尚可喜也是當局者迷，還是站在清廷的角變思考，並沒有反正的覺悟，只想着商毅是自己最大的敵人，而且又有清廷的密令，因此只想着打，卻沒想到自己現在是南明的人了，當然還是可以談的，自己和商毅本來也沒有怨仇，爲什麼一定要聽清廷的呢？看看商毅有什麼條件，如果他要朱以海，那就把朱以海給他，又不是什麼寶貝，少了朱以海，自巳還可以省點糧食，或者每年向他進貢十幾萬兩白銀也行，只要是願意坐下來談就行。
想通了這一點之後，尚可喜的腦筋也立刻活動了起來，立刻想到了，商家軍雖然進駐了廣東境內，但一直都停留在邊境地區，並沒有深入，也沒有向自己發動進攻，看樣子商家軍好像也有和談的意思，這麼說來和談也不是沒有可能的。於是尚可喜立刻命人趕到商家軍的大營裡，表達了和談的意向。
其實商毅也根本沒想滅掉尚可喜，只是想嚇唬嚇唬他，讓他以後老實在廣州待着，別瞎鬧騰了，畢竟現在尚可喜屬於永安朝廷的一份子，真把尚可喜給滅了，永曆、紹武兩個朝廷也不好想，說不定還真的會聯起手來對付自己。而且把尚可喜滅了之後，那麼朱以海怎麼辦，真的把他帶回南京去供起來嗎？
商毅想來想去，還是覺待不滅尚可喜，要比滅了他好。因此人馬雖然進入廣東境內，但並沒有向尚可喜發動進攻，其實就是給尚可喜一個暗示，就算尚可喜不派人來講和，商毅也想動用在廣州的情報網絡，向尚可喜傳達這個信息。總算尚可喜也還算機靈，派人來講和了，這也正是商毅所希望的。
其實商毅的條件並不苛刻，根本不用尚可喜進貢什麼，朱以海等人也一個不要，因此尚可喜也鬆了一口氣，原來商毅是個很好說話的人啊，只有這樣的要求，實在是太簡單了，自己幹嘛老是要和他過不去呢？清廷真是害死人了。
幾天之後，尚可喜將張煌言、張名振、朱大典、張國維、熊汝霖等人從獄裡放出來，並且再三向他們道歉賠罪。同時又以朱以海的名議下詔，也是通告整個南方，永安朝廷並不存在奸邪之徒，尚可喜過去雖是清軍，但業已去清返明，改邪歸正了，因此過去的事情就不用再提了。而關押張煌言等人，純屬誤會，內部矛盾，尚可喜己經將他們釋放，並且賠罪，同時也免去尚可喜的太師稱號，但仍保留永寧王的爵位。並且也感謝商毅發兵來調理永安朝廷內部的矛盾。但現自己己經解決了，因此請商毅回師。而最後，永安朝廷也表示承認商毅靖北王的稱號。
而商毅也表示永安朝廷的矛盾己經解決，自己也將立刻撤軍，但又再次提出，請朱以海到南京去繼位。永安朝廷的答覆是去南京繼位，關係重大，不能輕易決定，因此派出張煌言、尚之言兩人爲使，到南京去和商毅商談俱體的事宜，然後再做決定。
張煌言等人對這樣的結果當然都不滿意，他們希望的是商毅領軍殺進廣州來，把尚可喜滅掉，把朱以海接到南京去。但現在的決定權在商毅手裡，他不願動手，誰也沒有辦法。而且不管怎麼樣，這次自己能夠脫離牢獄之災，也確實多虧了商毅出兵。有了這一次教訓，尚可喜大慨也會老實一點。
而對於永安朝廷決定派張煌言、尚之言爲使，到南京去和商毅面談，張煌言也覺得還有機會，自己到了南京，可以當面勸說商毅，因此也沒有反對。
其實商毅根本沒打算接皇帝到南京來，官員來纔是他需要的，而商毅真正的目地，是想招開一個四方會談，協商制定出一個處理南方各朝廷之間的公約秩序，這樣不僅對南明三朝有一定的約束力，而且自己出兵打那一方，也有條約依據，並不是以下犯上。
現永安朝廷這一邊總算是搞定了，商毅又向紹武、永曆這兩個朝廷再次發去文書，仍然是請他們去南京繼位，如果皇帝去不了，可以派大臣爲使，到南京去商談抗清，以及南方各朝廷之間的相關事務。
紹武朝廷的掌權者，首輔蘇觀生在鄭成功的堅持下，也終於同意，畢竟只要是把皇帝篡在自已手裡就行了，派幾個大臣去到沒關係，大家一起坐下來談一談也好。現在三個南明朝廷並立，大家都以正統自居，這也是事實，互相之間的關係處理，確實應該有個說法。於是首輔蘇觀生也決定，派一文一武兩人去南京，文臣是顧元鏡，而武將是鄭成功的叔叔鄭鴻逵。
不過在永曆朝廷裡，卻多了一些波拆，其實在三個南明朝廷中，永曆朝廷的實力最雄厚，紹武、永安都只有一省之地，而永曆朝廷佔有廣西全境，貴州大半，雲南的一部份，地盤是紹武、永安兩個朝廷的總和。而兵力也有馬進忠、王進才，郝永忠，曹志建，焦璉、劉承胤、曹志建、黃朝宣，滇營趙印選、胡一青等十餘部，多則過萬，少則數千，總計也不下十萬。只是統帥何騰蛟驅衆無能，指揮不動這些驕兵悍將。
而造成永曆朝廷武將專扈的局面，黨爭也有相當的推動作用。南明三朝中，以永曆朝廷的黨爭最爲激烈，一開始有楚黨、吳黨之分，楚黨是內閣大學士瞿式耜爲首，成員其主要成員有左都御史袁彭年、禮部侍郎劉湘客、吏科給事中丁時魁、工科左給事中金堡、戶科右給事中蒙正發，號稱“五虎”。並以何騰蛟爲外援，而吳黨是以閣臣朱天麟、吏部侍郎吳貞毓、慶國公陳邦傅、司禮監馬吉翔、給事中張孝起、李用楫，王化澄、萬翱、雷德復，程源等人。
在一開始，楚黨的外援何騰蛟掌握重兵，因此楚黨氣勢大盛，但何騰蛟先敗於清軍，再敗於商家軍，威勢大跌，又管不住手下的各路，於是被吳黨有機可趁，紛紛拉隴何騰蛟手下的部將，逐漸挽回了局面，但也助長了丘八的驕悍氣焰。
其中有人是爲爭權利，也有人是實實在在想爲抗淸大局做一些事情，但因爲身在局中，也不可避免的捲入到政治鬥爭中，因此關係錯綜複雜，盤根錯節。但雙方你爭我奪，鬥得十分激烈。而商毅的公文，也成爲雙方鬥爭的一個焦點。
因爲楚黨屬於執政黨一方，當然不願把皇帝交出去，而吳黨是在野黨，本着敵人反對的事我支持，則極力贊同，當然也有一部份人是出於公心，認爲把皇帝送到南京去，有利於抗淸大業。但不管怎麼說，雙方都是針鋒相對。
不過隨着永安、紹武兩個朝廷都派出官員去了南京，吳黨也趁機發動猛，而楚黨的外援何騰蛟也不給力，聲勢也下降了不少，漸漸有些抗不住吳黨的進攻。好在是可以先派官員去談，因此瞿式耜也決定派出兩名官員去南京，看能談出個什麼來。
而爲了爭奪這兩個名額，雙方又經過了好一番爭鬥，最後楚黨、吳黨各佔一個，楚黨派出的是吏科給事中丁時魁，吳黨的人選是吏部侍郎吳貞毓。
就這樣經過了反覆拉劇之多，南明三朝的官員終於全部都在南京彙集，在商毅的主持下，招開南京四方會議。而這時的時間己經到了順治四年（1647年）九月，商毅一直等待的琉球局勢，終於發生了巨大的變化。