果然, 商毅的奏摺一經公佈, 立刻南京引發了一場不小的震動, 因爲在以前的幾次政治鬥爭中, 商毅都是保持着致身事外的態度, 這一次卻是主動價入進來，而且旗幟鮮明的支持史可法和吳甡，看上去到是大有一付想要由軍轉政的意圖。
現在誰心裡都清楚，商毅集團己經是南方軍事力量最強，經濟實力最雄厚的割據勢力，而史可法和吳甡卻佔據着內閣的首鋪和次輔的位置，他們的聯手等於是中央的最高權力機構與地方最大的實權勢力相結合，這樣的力量絕對是壓倒性的。說得極端一點，史可法完全可以上疏皇帝，命商毅領軍進南京來駐紮，然後借商毅強大的兵勢，壓倒反對的勢力。
因此有不少中立觀望的官員也都紛紛表眀自己的立場，加入到史可法和吳甡的陣營中來。結果史可法和吳甡也立刻扳回了劣勢局面，開始佔得上風。
不過黃宗羲、候恂、四公孑等人可也並沒有束手待斃，畢竟東林黨的鬥爭水平雖然不高，但鬥爭的勇氣卻從來都不差，不管是誰，就是萬曆皇帝還是九千歲魏忠賢，就算是明知不敵，那怕是送死，也都敢去鬥，何況是現在的商毅，從這一層意義上說，東林黨也是頗有些亮劍精神。
於是很快商毅也成爲他們的攻擊目標，什麼目無君上，越暨犯上，驕橫自大，克刻錢糧、殘害忠義，魚肉百姓等等罪名，一下子就會部扣到商毅的頭上來。
而商毅也不客氣，他也沒指望自己這一份奏摺就能平息這場爭鬥，既然己經出手了，那麼也就不在有所顧忌，立刻在［杭州時報］上連篇累讀的發表文章，直接攻擊東林黨不顧大局，挑起內鬥的行爲。
論筆桿子，商毅手頭上雖然不多，但卻有王夫之和李巖這兩把好手，再加上又有［杭州時報］這個基礎，因此立刻在南京軒起了一場風暴，而東林黨一方固然都是才子，卻因爲載體不夠，影響力有限。結果很快就陷入了下風中。這也在次證明，所謂的輿論，最重要的一點並不在於你的觀點是否正確，而在於你是否能夠掌握住話語權，也就是宣傳工具。
本來這場爭鬥還只是限於官場，對南京的百姓影響並不大，最多就是加上了一些東林、復社的在野人士，並沒有演成倒馬事件那樣的全面動亂。但［杭州時報］加入之後，情況就發生了變化，因爲現在［杭州時報］的影響力很廣，幾乎深入到社會的各階層中，可以說除了不識字的人之外，幾乎都知道有這份報紙，而且或多或少也都看過。因此也把這場鬥爭的方方面面，展現給了南京各階層的人員。
雖然一般的老百姓對朝廷的事情雖然不關心，但商人、工匠、讀書人還是十分關注的，而且明朝對於文化言行的管制，遠沒有淸朝那麼嚴勵，現在南京朝廷的控制力度也很低， 因此對朝政的瞭解和討論也都沒有太多的顧忌，只是缺少了解的渠道，只能靠聽別人轉述，結果往往是以訛傳訛，越傳越離譜。
而［杭州時報］恰恰可以解決這個問題，不僅把這次爭鬥的過程寫得十分清楚，同時還加了不少分析，評論的內容，當然都是說明聯合李自成的重要性，而且對東林黨也沒有客氣，直接了當的說他們的行爲就是爲了爭奪權力，不顧大局。當然也滿足了不少人獵奇心理。
基層的民衆除了少數讀書人以外，絕大多數人都典型向醬油衆，說白了就是隻要能夠保住自己，誰當皇帝都行，在爲崇禎報仇的決心，和扺抗清軍，對守住南方之間，自然傾向於後者，再加上史可法、吳甡、商毅等人在民間的聲望也要高一些，因此也自然都支持他們。局勢也發展得逐漸對反對派不利起來。
但就在這時，卻出現了一個意外事件，打破了這個僵局。
這場爭鬥雖然是在南京進行，但風聲多少也傳到了一些武昌的李自成耳中。李自成本來就一直對南明加以防備，聽到這些風聲之後，也不禁有些沉不住氣了，但他又不知道南京朝廷的確切情況，也不好輕舉妄動。而正好這時駐守在歸徳府、承天府的清軍也在開始調動，似乎又有進軍的跡像。因此李自成打發宋獻策到南京來，以彙報軍情爲由，隨便也探個風聲。現在李自成在名議上也是明朝的臣子，這樣做也是完全合理的。
而宋獻策在來南京的路上，就己經探到了不少風聲，看起來現在南京的情況對大順軍很不利，因此也加了不少小心。就在宋獻策進南京城的時候，也不知怎麼，被倒順派知道了，於一批文士足糾集了一幫人在城門口等着宋獻策，說是隻等宋獻策進南京，就要打殺反賊，爲先帝報仇。
幸好是宋獻策多了一個心眼，一見勢不妙，趕忙就逃了。他到底是跟了李自成征戰多年，腿腳十分利索，因此文士們到底沒有追上他，結果宋獻策連南京城都沒有進，就逃回到了武昌，並且把這次的經過又添油加醋的對李自成說了一遍。
於是李自成也趕忙招集自已手下的文官武將商議對策，大順軍和南明本來就缺少信任的基礎，當時聯手實在是因爲當時的形勢所迫，因此聽了宋獻策的話之後，大順軍上下都沒有懷疑，基本都認爲南明是要對大順軍下手了。儘管後來史可法得到了信息，派人來安撫李自成，但也沒人肯相信南明瞭。
現在大順軍如果繼續留在武昌，就會陷入明清兩軍的夾擊中，因此必須離開，但武昌的北方、西方都是清軍，顯然是走不通的，而東方就是南明，雖然現在駐守南京以西的是劉良佐和黃得功，大順軍打他們到不成問題，但這兩人一但不敵自己，南明一定會調商毅出戰，在大順軍看來，商毅和南明當然也是一起的，東方顯然也不能去了。那麼大順軍唯一的選擇就是放棄武昌，渡過長江向湖廣南部逃竄，必要的時候還可以逃入廣西境內。
決定好了撤離的路線之後，李自成也馬上行動起來。在從關中逃入湖廣境內的時候，大順軍的總兵力超過了二十萬，在守衛武昌的時候，大順軍到是和清軍連拼了數場，損失不小，但現在依然還有約十五萬左右的人馬，加上士兵的家屬，共計超過三十萬的人員。想到一下孑就撤走，也不容易。
但好在是雖然和南明聯手，但李自成一直都不放心，隨時都有撤退的打算，車馬船等工具都準備好了不少，同時也悄悄的派出一支人馬，駐守在江南的紙坊鎮，以被不測之用。因此動作也很快，首先命令士兵的家屬、輜重分爲兩路，一路從武昌渡江，在紙坊鎮駐紮；另一路在黃州渡江，在大冶駐紮，兩路人馬都到咸寧聚集，然後南下。
同時李自成又命大將田見秀率三萬大軍，渡江之後分兵駐守金口鎮和嘉漁，保護過江人馬的側翼，而另一員大將劉宗敏，領軍三萬攻取九江，擋住南明的人馬。
本來史可法佈置的防守計劃十分周密，對大順軍的南下、東進都有預備。但南京這一開始鬥爭，就什麼也忘了，結果從武昌直到安慶一帶的長江兩岸的守備十分空虛，而且武昌和黃州本就是李自成的防區，因此在十一月二十日，大順軍首先從武昌過江，十一月二十三曰，大順軍從黃州開始渡江，開始向南轉移。而在十八日劉宗敏率領人馬十分輕鬆的就攻取了九江，
到了十一月二十四日，大順軍開始南移，劉宗敏攻取九江的消息也傳到了南京，立刻滿朝引起了滿朝的震驚。因爲誰也沒有想到，南京朝廷還沒有議論出來，到底對李自成釆用怎樣的態度，而李自成就己經先發制人，率先採取了行動。
不過這一下暫時處於下風的倒順派終於找到了足夠的翻盤理由，李自成這不是主動進攻九江了嗎？說明他根本就靠不住，自己以前的主張當然也就是正確的。因此一連三天，反對派的大臣們都在朝堂上抓住這個理由不放，拼命展開攻擊。同時也有不少官員都改變了立場，改爲支持反對派。在朝廷程面上，卻是立刻呈現出了一邊倒的局面。
局勢發展到這一步，史可法和吳甡也都是有口難辯了，因爲兩人一直都是持與李自成聯合的觀點，但現在李自成主要撕破了雙方的聯合，攻佔了九江，那麼這個責任當然是應該由他們來付。
儘管兩人心裡不服氣，因爲分明就是反對派逼反的李自成，但到頭來這責任卻是自已的，未免也太不公平了吧。但官場的規矩就是這樣，不公平也沒有辦法。儘管在民間還是以支持他們的人據多，但明朝從來就不是以民間的支持來決定朝政的。
而且就在這時，內閣的另外兩名始終保持中立的成員錢謙益也終於表明了自己的態度，加入到倒順派中去了。錢謙益是現在的東林黨領袖之一，可是份量十足的人物，他的轉向，也帶動了一大批官員轉向，史可法和吳甡也知道大勢已去，不可挽回，於是雙雙都提出了辭呈。