對朱聿鍵被清軍擒殺，雖然商毅也有一定的責任，但並不覺得有什麼可內玖的，因爲就是出動兵力救出朱聿鍵，依然改變不了隆武朝廷亡滅的事突，最多隻是保住朱聿鍵這一個人，只有鄭芝龍終於還是決定投降清廷，結果反而被清軍軟禁的結果十分惋惜，但在這件事情上，自己確實己經盡了全力，畢竟自己對鄭芝龍的影響力有限，既然鄭芝龍連兄弟兒子的勸告都聽不進去，那麼自己又能有什麼辦法呢？
本來現在江浙一帶的形式很好，商家軍在湖北擊敗了清軍的第三次進剿，在長江又擊敗了清軍的水師，重新打通了和湖北的水路聯糸，迫使清軍不得不收縮兵力，防守南京。
但福建和江西相繼被清軍攻佔，也使浙江的西南面也全面受到清軍的危脅，而且這個時候商毅所佔領的地盤，也都徹底被清軍包圍，和南明其他地方沒有一點接壤的地方了。而且清軍還收降了鄭芝龍的大量軍隊，兵力又得到了一次急劇的擴張，同時還有相當一部份是海軍，對浙江的危脅也大大增加了，商毅也不得不在浙江西南面佈置相當的兵力駐守。因此下一步收復南京的計劃，又存在了很多的變數。
好在是福建雖然被清軍佔領，但商家軍的情報網絡卻並沒有遭到太大的破壞，因爲玄皇教在南方經營了近二百年，基礎十分牢固，經得起一些重大的變化事故打擊，因此南方的情報還是源源不斷的傳到了杭州。
清軍攻佔了福建省之後，洪承疇和勒克德渾返回南京，而清軍的金聲桓、尚可喜兩部正在集中兵力，準備進次江西南部的吉安、贛州等地。覺羅巴哈納駐守在福州。
而在南明一方，福州被清軍攻破之後，並不是所有人都跟着朱聿鍵一齊北進，大學士蘇觀生、總兵林察等人，保護着朱聿鍵的弟弟朱聿鐭，南逃到了廣東潮州。而這時被隆武朝廷趕出福建，只能在江西南部存身的魯王監國朝廷，也逃進了廣東韶州，而得知隆武朝政滅亡之後，魯王監國朝廷覺得大有可以，於是派人來招降隆武朝廷的餘部，希望藉此擴大自己的力量。
但隆武朝廷和魯王監國朝廷之間曾發生過激烈的衝突，因此隆武朝廷的餘部官員們擔心自己投靠到魯王監國朝廷之後，會受到排擠，丁魁楚、呂大器等人都主張奉在廣西稱帝永曆朝廷爲正朔，而蘇觀生同廣東布政使顧元鏡、侍郎王應華卻覺得與其這樣乞憐於他藩，不如干脆自己另起爐竈，援引兄終弟及的名義擁立朱聿鐭爲帝，並改元紹武。然後搶先進入廣州。
紹武朝廷本來就是傖促而立，所依靠的基本上是一批廣東官場中的投機分子和不得志的士紳武弁。在兵力上除廣東總兵林察所部以外，十分薄弱，蘇觀生只得招來了石壁、馬玄生、徐貴相、鄭廷球等海盜部隊，藉以增強紹武政權實力。
而這時魯王監國朝廷正做得招收隆武朝廷餘部，佔據廣東爲基礎的美夢，沒相到隆武朝廷餘部一下孑又弄出一個皇帝來，魯王朱以海自然惱火，自己的血統可比朱聿鍵、朱聿鐭兄弟都近，但現在才掛着個監國，而他們兄弟到好，前後腳都直接稱皇帝，而且還搶先一步把廣州給佔了。因此朱以海立刻下令，派方國安率軍進攻廣州。
但紹武朝廷雖然立朝倉促，但軍事力量到還不算差，林察本是鄭芝龍的部隊，頗有勇武，石壁、馬玄生、徐貴相、鄭廷球都是海盜出身，也幹慣了刀頭tian血的勾當，因此雙方大戰一場，方國安被他們殺得大敗，而朱聿鐭還下令乘勝進軍，攻打韶州。而魯王監國朝廷在廣東也混不下去了，只好逃到廣西梧州安身。
在另一方面，鄭芝龍雖然被清軍挾持北上，部將也大多降清，但餘部之中，還有相當一部人拒絕降清，但這時羣龍無首，都是各自爲戰，割據一方。除了林察投靠了紹武朝廷之外，鄭彩據守在廈門島，鄭鴻逵佔據金門島，鄭芝龍的部將陳豹佔據南澳島。
而鄭成功雖然是鄭芝龍的長子，但領軍的時間並不長，因爲手頭上並沒有多少實力，本來和鄭鴻逵一赴據守金門島，但得知老家安平遭清軍洗劫的消息之後，他馬上率部從金門趕回，但這時的安平，己被清軍洗劫一空，鄭氏的老家成爲一片廢墟，而鄭成功的母親田川鬆也未能躲過這場災難，遭到清軍凌辱之後，自盡身亡。
悲憤交加的鄭成功厚葬母親之後。以老家安平爲基地，誓師起兵。但這時鄭成功手下的人馬不足千人，是鄭芝龍餘部之中實力最弱的一支。而就在這時，商毅又寫給鄭成功一封信，表示自己願意幫助鄭成功報父母之仇，並且可以支付他一批物貨軍器錢糧，招集父親的餘部，擴充兵力，並約請鄭成功會面。
商毅當然知道，要打破目前的不利局面，當務之及是扶植一支鄭氏餘勢力量，在福建起兵，牽制清軍的力量，這樣才能減少自己的後顧之憂，集中兵力投入到收復南京的計劃中。而鄭氏餘勢力量中，能夠扶植的，當然只有鄭成功了。雖然鄭成功的性格中有不少缺點，但在抗清這一點上，是絕對堅定不移的。因此在鄭成功出使杭州之後，商毅也一直保持着和鄭成功的聯繫，也就是爲這一刻準備的。
不過在另一時空裡，在鄭芝龍被清軍挾持之後，鄭成功差不多花了近一年的準備時間，纔開始正式出兵抗清，雖然取得了一些成果，但終於是因爲鄭成功崛起的時間太晚，南眀的最好機遇，已經錯過了。
而現在己是七月中旬，跨海突襲，收復南京的計劃己經迫在眉睫，商毅也不可能等鄭成功慢慢的積攢力量，因此要利用自己的名望，幫助鄭成功，儘快擴充實力，整合鄭芝龍的餘部，讓他在短時間內俱備在福建和清軍作戰的實力。牽制清軍的兵力。
鄭成功雖然己經誓師起兵，但這時他手下兵不滿千，將不過數員，船不過三十餘艘，而且安平是彈丸之地，地方狹小，又無險可守，不能做爲基礎，也可以說是萬事艱難。在這種情況下，商毅主動向鄭成功表示支持，並且原意給他提供物貨軍器錢糧，完全就是雪中送碳，而且鄭成功對商毅一向敬佩，因此對商毅更是感激萬分。
於是鄭成功也立刻給商毅回信，向商毅表示了自己的感謝之情。並且表示原意接受商毅的幫助。正好這時駐守南澳的陳豹也派人來向鄭成功表示效忠，並且願意把自己部下的三千餘衆的兵力全部都交給鄭成功指揮。
南澳是位於福建最南端，漳州府與潮州府交界的一個海島，面積約在近五千平方公里，而是距離陸地只有三十餘里的海路，和臺灣隔海相望，進可攻，退可守，地歷位置十分優躍，一直都是南部沿海的總要島嶼。而陳豹是追隨鄭芝龍多年的舊部，爲鄭氏十分忠心，而且在漳州府、潮州府沿岸一帶頗有名望。得到了他的幫助和支持，對鄭成功起兵，使鄭成功在起兵之初，不僅馬上擴大了兵力，而且有了一塊立足之地，起到至關重要的作用。
因此鄭成功也約請商毅，到南澳島來會面。
收到了鄭成功的回信之後，商毅也十分高興，首先命先駐守臺灣的沈壽嶽帶一個團的兵力，首先趕到南澳島，和鄭成功會面。
這個時侯商毅已經向臺灣移民三十餘萬，加上臺灣本地的居民，和從日本掠帶過來的人口，總計在商毅治下的人口己經超過了四十萬，組成了大小數百個村落。而且和臺灣的大部份土著都保持着良好的關糸，現在己經佔據了臺灣七成以上的土地，並且在北部地區，興建了基隆、宜蘭、新竹、桃源四座城市，還開墾了大量的良田，煤礦、鐵礦、金礦等，不僅完全實際了自己自足，而且還能支應浙江一部份物資，也呈現出十分興旺發達的景像，與荷蘭人統制的地區呈現出截然不同的樣子。
而原來駐守臺灣的沈氏三兄弟中，沈壽崇早就被調理了臺灣，現在出任第一軍第十師的師長，但沈壽嶢和沈壽嶽依然還留守臺灣，一個擔任臺灣海軍指揮官，一個擔任臺灣陸軍指揮官，不過臺灣的駐軍，都是隸屬於海軍部管轄。
現在臺灣的駐軍有兩個正式的步兵團，另有兩個民兵團，區別在於步兵團是標準裝配步槍和火炮，而民兵團沒有裝配步槍和火炮，還是使用冷兵器，不過並沒有進行師、旅級的編制，而是統稱爲臺灣駐軍，另外還有戰船三十餘條，不過基本都是老式戰船，新船不足十艘。
因爲臺灣離南澳近，而且臺灣駐軍反正閒着也沒事，因此商毅首先派臺灣駐軍到達南澳島，作爲自己的先行者，同時還給鄭成功送來了一批糧食。
現在糧食是鄭成功現在最缺少的物資,得到這批糧食之後，也解決了鄭成功的一個大問題，於是有更多的人都投奔鄭成功，勢力也在迅速擴大起來。