十月三曰,第一、二、三、七軍的軍長成進、羅遠斌、楊武丞、段鵬四人，還有長江艦隊的統領黃震，都趕到了杭州。而商毅也立刻招開了軍事會議，開始正式佈置進攻南京的軍事行動。
現在商家軍在江南一線的兵力分佈爲：
第一軍轄第一、五、七、二十、二十三師，第一、五、十九旅。其中第五師己隨跨海突襲艦隊出征，現在共有四個師、三個旅，總兵力六萬四千人左右。除了二十師駐守杭州之外，其餘都駐守在廣徳、宜興一線。
第三軍轄騎兵師、第十五、十九師，第六、十七旅，共計總兵力四萬五千餘人，現在都駐紮在常州府一線，只有十七旅駐守在蘇州。
第七軍轄特種兵師，第十師，第十六、十九、二十一旅，但特種兵師中抽出一個團，參加跨海突襲，現在總兵力爲三萬一千人左右。駐守在浙南，衢州、嚴州一線。
商家軍在浙江的兵力總計爲十四萬左右，另有六個預備旅。
而駐守揚的第二軍，在將三旅劃歸第六軍之後，現在轄第三、四、六、十七師，第十三、十八旅，總計兵力爲五萬七千人左右。
同時還有長江艦隊，大小戰船一百零三艘，輔助戰船六十二艘，總兵力一萬三千多人。
這樣算起來，商家軍投入收復南京戰役，要投入四個軍，一支水軍，總兵力將可以達到十五到十八萬左右，這也是商家軍有史以來，在一場戰役中，投入兵力最多的一戰，而且還是水陸兩線的協同作戰。全軍包括商毅在內，也是第一次指揮這麼多的軍隊。
不過戰前的各種糧食、彈藥、帳蓬、車輛、藥品等物資都己經基本的準備齊全，另外還徵調了四十萬民夫，供應戰事的運輸所用。各方面的工作也是千頭萬縷，既繁鎖，又複雜。好在是現在葉瑤瑱產後恢復得還不錯，已經可以開始理事了，因此政務方面不需要商毅操心，同時還把王夫之和李鬆晨都解放出來，可以全意投入到戰事的後勤供應中去。
這一次招來四位軍長，是商議決定俱體的軍事計劃，衆人經過了仔細的討論之後，作出最終的決定，整個收復南京的軍事計劃將分三個階段進行：第一階段由第一、二軍，加上長江艦隊聯合作戰，首先要攻取鎮江，直接危脅南京；第二階段甴第一、七軍合力作戰，攻取寧國府，第三軍將從和州出兵，渡江進攻太平府，而第二軍付責牽制南京的清軍，長江艦隊付責封鎖南京一帶的長江水道，完成對南京地區的徹底包圍；而第三階段就是集中全部兵力，全力進攻南京城。
計劃制定好之後，羅遠斌、段鵬都返回自己的軍中，準備部隊，暫時待命，而成進、楊武丞、黃震三人還留在杭州，繼續商議進行鎮江的俱體作戰方案。
算起來商家軍己經對鎮江發動過兩次進攻，不過前兩次的主要目地是牽制南京的兵力，並不是真正要奪取鎮江，而這一次，就要全力進攻鎮江了。鎮江是南京東面的門戶，地理位置十分重要，因此也是清軍守衛南京的重點一線，在這裡佈置了三萬清軍駐守，火炮五十餘門，火銃兵四千多人，而且一但鎮江受到攻擊，南京都會立刻派出人馬來救援，因爲鎮江離南京只有一百二十多裡的路程，如果是急行軍，從南京發來的援兵，一天就可以趕到鎮江。
而針對這些情況，商毅決定，第二軍除了駐守蘇州的十七旅之外，其餘兵力全部出動，共計三個師、一個旅，三萬八千多兵力，沿運河出兵，經丹陽縣、丹徒鎮，從東面進攻鎮江；第一軍出動第一、二十三師，第一、五旅，共計三萬五千多兵力，從宜興出兵，經溧陽、金壇、句容縣，從南面進攻鎮江，並且付責阻擋南京的援軍，留下五師、十九旅分別駐守廣德州和宜興縣。長江艦隊也全部出動，在儀真縣附近集結，阻擋清軍的水師救援鎮江。
成進、楊武丞、黃震是十月五日離開杭州，返回各自的駐軍，這時各部隊的兵力都就已經都集結好了，在十月七日，第一軍首先出兵，向鎮江府發動了進攻，在十月八日，第二軍也從常州出擊，而長江艦隊在十月十日，也從靜江、通州等地開拔，逆江而上，向鎮江推進過來。
這次進攻鎮江，商家軍共計出動了七萬三千左右的兵力，和長江艦隊的全部兵力，和前兩次進攻鎮江的戰鬥相比，完全不可同日而語。
而且這一次出兵之前，在向全軍作動員工作時，也正式提出“逐驅韃虜，收復南京”的口號，儘管一般的士兵對當前的局勢並不一定都瞭解，但也清楚南京是原明的兩都之一，是一座意義不同尋常的城市。甴其是去年底、今年初參加過南京戰役的士兵，聽到這個口號，也都十分興奮，攢足了一口勁，一定要把南京再奪回來。因此全軍上下的士氣極爲高漲，各條戰線的攻擊都極爲猛烈，儘管清軍在鎮江府佈置了重兵防守，但也擋不住商家軍的猛烈進攻，節節敗退。
在十月十日，第一軍首先攻下了溧陽和金壇兩縣，而在十月十一日第二軍也攻下了丹陽。十月十五日，第二軍又攻佔了丹徒鎮，正式逼進到了鎮江城。而就在同一天，長江艦隊的先鋒，第一分艦隊也到達到鎮江至高資縣一線的江面上。
守衛鎮江的清軍將領是貝子滿達海是努爾哈赤的直系子孫，禮親王代善的第七子，算起來是和洪承疇一起進剿湖北的勒克德渾的叔叔，不過勒克德渾的父親薩哈璘是代善的第二子，兄弟兩的年齡差別很大，因此滿達海比勤克德渾也大不了幾歲。不過薩哈璘雖然死得較早，但在世時己被封爲和碩穎親王，因此勒克德渾做爲薩哈璘的長子，己受封爲多羅貝勒，而滿達海現在儘管爵位己被封爲國公，但宗室的位份卻不高，還只是一個貝子。
不過作爲滿清的第三代子弟，滿達海還保持着尚武的傳統，在鬆錦大戰中嶄露頭角，入關之後，一直隨阿濟格作戰，也立下了不少功勞。現在駐守鎮江，在前兩次商家軍進攻鎮江的戰鬥中，雖然是未盡全力，但滿達海的表現也可圈可點，因此聽說商家軍再次向鎮江發動進攻的時候，滿達海到並不緊張，相信自己一定能夠再次守衛住鎮江。而且南京的援軍也隨時可到，這也讓滿達海覺得有恃無恐。
但這一次商家軍對鎮江的進攻之猛，投入的兵力之多，卻大大出乎了滿達海的意料之外，眼看着只有幾天的功夫，鎮江周邊的地區己經都被商家軍攻佔，滿達海也不由緊張了起來，知道這一次的進攻，並不是自己或是鎮江的兵力所能應付的了，因此一面收縮兵力，將人馬全部都聚集到了鎮江城外圍一帶駐守，一面派人向南京的多鐸求救。
但就在這時，鎮江西南面的句容縣，也被商家軍攻克了。
句容縣實際是在南京應天府的管轄範圍之內，位於南京到鎮江城的中心稍偏南一點的位置，和南京、鎮江正好構成一個等邊的三角形，因此想要從南京救援鎮江，雖然不是一定要通過句容縣，但也必須從句容縣傍邊經過。因此想要阻止南京的淸軍救援句容，就必須首先攻取句容縣。
也正因爲句容縣的位置如此重要，因此清軍在句容縣也駐守了六千多的兵力，並且也加強了城牆等防禦工事。也成爲這一次商家軍向鎮江發動的進攻開始之後，第一個遇到有抵抗力的地方。
但商家軍這時士氣正旺，彈藥充足，當然不會被這區區一座小縣城給難倒，而且在前幾天的戰鬥中，一直都是勢如破竹，清軍跟本就沒有任何的抵抗之力，並沒有打什麼大仗，兵力幾乎毫無損耗，將士們在欣喜之餘，都覺得有些意猶未盡，因此也盼着清軍能夠給力一點，也好痛痛快快打一仗。
因此在商家軍向句容縣的進攻開始之後，首先以密集的火力，對句容縣展開覆蓋式的打擊，各種炮彈、火箭或直射、或曲射，彷彿像不要錢一樣，轉眼之間，句容縣的城牆就被爆炸給完全覆蓋。儘管清軍己經加固了句容縣的城牆，但句容畢竟只是一座縣城，而且在短時間內，清軍也不可能將句容縣的城牆完全重築一遍。因此經過了商家軍大半個時辰的狂轟濫炸之後，句容縣的城牆也被炸得遍體鱗傷，有好幾處地方都被炸塌，出現了好幾個大缺口。
還不等硝煙散盡，商家軍的突擊部隊就舉着雪亮的刺刀，向句容縣發動了猛攻，在一個多時辰的激烈的白刃戰之後，清軍終於抵抗不住，敗出了句容縣。
而這時洪承疇急促促的趕過了長江，來到南京。