看完了吳漢生送來的情報之後, 商毅也只能苦笑無語，看來自已還是太小看東林黨，怎麼又鬥起來了嗎。
不過想想也是，因爲從東林黨誕生的時候開始，就一直沒有離開去鬥爭，在萬曆時期是和皇帝鬥，在天啓時期是和宦官鬥，到崇禎時期是和溫體仁鬥，到了南明之後又和馬士英鬥，反正從來就沒有消停過，因此鬥爭的基因大概也己經深入東林黨的骨髄了。
這時商毅也不禁想起自己的本朝太祖的那句名言“與天鬥其樂無窮，與地鬥其樂無窮，與人鬥其樂無窮”，估計東林黨也就是這種心態，現在總算是把馬士英給鬥跨了，東林黨也沒有可以鬥爭的對手了，於是那就只好自己人和自己人鬥了。
當然商毅馬上就明白，在這次鬥爭的背後，肯定又是有清廷的細作人員在挑動，但這也和東林黨一慣的自命清高，眼高手低，不顧大局的總體性格有方。看來南明的這個弱點，己經被清廷牢牢抓住了。
而這次鬥爭，商毅顯然己經無法置身事外了，因爲聯合李自成抵抗清軍，是商毅最先提出來的，並且得到了吳甡的同意之後才得以施行，因此在這個時候，商毅當然也不能袖手不管，任由史可法、吳甡去面對現在的局勢。
雖然商毅的原則是儘可能的不參與南京的政治鬥爭，但有些鬥爭是怎麼躲都躲不掉的，而且照目前的局勢發展勢頭，自己遲早也是要被捲入其中，既然是這樣，那麼不如自己主動的介入進去，掌握主動權，在任何鬥爭中都是正確的。
另一方面，商毅如今的身份也不同了，因爲江淮戰役的獲勝，商毅也由一個普通地方軍閥一躍而成爲拯救了整個江南的抗清名將，同時也掌握着南明最強大的一支軍隊，那麼說話的份量自然也就不同了，無論是誰，在這個時候也不能輕視商毅的意見，而且商毅還掌握着這個時代最大輿論工具，那就是［杭州時報］。現在的［杭州時報］的每期發行量己經達到了萬份，其中杭州和南京各有三千份，如此強大的宣傳工具，也是商毅最大的優勢所在。
商毅立刻招集自己手下的官員開會，研究處理這次的風波。好在是這次順逆之爭目前還僅限於南京地區，並沒有波及到浙江來，而在浙江地區內部，對待這件事情的態度基本也是一致的，就是在目前的情況下，聯合李自成是絕對應該的。這一方面是因爲在江淮戰役其間，浙江的官員都深有感觸，如果當時沒有李自成在武昌擋住清軍的西路軍，僅僅只靠商家軍自己孤軍奮戰，也無法取得最後的勝利。
李巖在會議上甚致一針見血的指出，爲什麼在清軍進攻武昌的時候，東林黨人不鬧着要征伐李自成呢，而是等着現在清軍撤軍了以後，纔開始鬧起來。
而在另一方面，也是因爲一直以來商毅都在自己的內部淡化明朝的概念，而且在商毅手下，沒有東林黨，或復社的成員，因此對什麼給崇禎皇帝報仇之類的事情，根就沒有人上心。
因此在會議中衆人也都一致決定，在浙江地區內部必須統一口徑，並且嚴加管制，不許出現任何要求征伐李自成的言論出現，更不能因此而發生動亂事件。同時報紙等工具也要加大宣傳力度，強調儘量保持和李自成的大順軍聯合抵抗清軍南侵的重要，而對南京方面，則要慎重一點，最後商毅提議，寫一份繼續聯合李自成的奏摺，但措辭語氣盡量放緩合一些，而且並不以直接公文的形式送到南京，而是先送給吳甡和史可法，讓他們考慮如果適當，在正式送到內閣。
其他人也都認爲商毅的辦法很不錯，這樣是最好的處理辦法。既表示了對史可法和吳甡的支持，又不顯得太過強勢，是在威嚇南京朝廷，因此也都一致用意。而這份奏摺自然是甴王夫之責無旁貸。
而隨後商毅考慮的是，下一步的軍事安排，從現在的情況來看南明朝廷真的和李自成之間己經形成了裂紋，很難再恢復到以前。而一但雙方全面破裂，那麼清軍肯定不會放過這個機會，一定會從武昌出兵大舉南下，而失去了大順軍這一層保護之後，南京的西面防守將會十分空虛，無論是劉良佐還是黃得功，都不可能抵擋得住清軍的進攻。在這種情況下，只能有兩種選擇，一是放棄南京，轉向南方內地逃跑，另一種選擇是調商毅從浙江出兵，保衛南京。
原來他打算在來年開年的時候出兵進攻徐州，現看起來，這個計劃也有可能進行調整了。但如果南京失守，那麼浙江就首當其衝，要保衛浙江，直接面對清軍的兵鋒，如果自己出兵保衛南京，又怎樣對付南京複雜的政治局面，同時進取徐州的計劃是不是繼續執行，這些問題都需要認真考慮，並且早作準備纔是。
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商毅的公文發送到南京的時候，在一場東林黨內部的鬥爭巳經全面展開了。事實上在東林和復社的內部構成十分複雜，都是魚目混珠，稂莠不齊，充斥着大量的投機份子，如果是有共同的敵人，或許大多數人都還能夠齊心協力一致對外，一擔失去了共同的目標，內亂也不可避免了。
同時江淮戰役之後，清軍撤軍，也減少了對南京的軍事壓力，因此也有不少人產生了一種錯覺，就是現在清廷己沒有力量再來進攻江南，而南明偏安一隅的局面也己經基本確定了下來。
這樣一來，既沒有了共同的敵人，又沒有外來的軍事壓力，一些人的心裡自然也就無所顧忌了，於是都蠢蠢欲動準備爲自己爭取到最大的權力利益。這也是近百年以來，明朝的文官政治中黨爭的延續，只不過這一次鬥爭的不是兩個眀顯分別的黨派，而是來自於同一黨團之中，不同派系的鬥爭。
首先是甴復社的諸人率先發難，繼陳貞慧上疏彈亥了內閣之後，四公子也充份表現了他們共進同退做立場，其他三人也不甘示弱，紛紛上書旗幟鮮明的主張與大順軍決裂，出兵征伐李自成。把矛頭正接直向內閣。於是在四公子的帶領下，倒順的勢力也迅速的擴大了起來，同時在他們的背後，老候恂也在充份利用自己的關係，爲他們搖旗吶喊，擂鼓助威。
而在內閣中，與復社關糸密切的黃宗羲也正式改變了立場，完全站到史可法和吳甡的對立面，這時也馬上加入了四公子的陣營中，只有錢謙益和姜日廣兩人還保持着中立的立場。
雖然無論是四公子還是黃宗羲，都不能和史可法、吳甡相匹敵，但他們聯起手來卻不容小視，一方面在外有復社四公子控制着龐大的基層官員，而在內閣中，又有黃宗羲和他們遙相呼應，可以說是形成了從上至下的全方位進攻，因此一下子就佔據了優勢。
不過史可法和吳甡自然也不甘示弱，當初淸軍南侵時，自己在拼死保衛江淮的時候，你們在那裡，現在打退了清軍，反到想來摘桃吃，那有那麼好的事。怎麼也不能讓這幫年輕後輩就這麼輕易的搶班奪權，而且在江淮戰役中，史可法也取得了十分高的人氣；早在崇禎時代，吳甡就己經是內閣大學士，也一直都是堅定的支持商毅，因此在他們身邊也不乏支持者， 儘管在聲勢上處於下風，但要說敗北，還言之尚早。
於是雙方紛紛口誅筆伐，大打筆墨官私，你說我忘記君父之仇，我說你不顧當前大局；你罵我不忠不孝，與仇敵勾結，完全是誅心之舉，我就罵你不仁不義，要把朝廷至於死地，實在是居心叵測。至於什麼君子、小人，天理人慾，道學也都粉墨登場，顯得十分熱鬧。而在明末以來，一直活躍在政壇上的東林黨，終於發生了分裂。
不過在這個時候，誰也沒有注意到，挑起這場爭鬥的始作蛹者，率先去皇宮前哭諫，並且最後還演變成死諫的那一批人，這時早己煙消雲散，不知躲到那裡去了。皇宮的門口，到是又清靜了下來。皇帝朱由崧也是耳不聽心不煩，又顧着自己的享樂去了。你們愛怎麼鬧就怎麼鬧，反正他不管了。
但就算雙方發現了這個現像，也都沒有精力去管了，因爲現在雙方都己經卯上了勁，誰也不能罷手了。
而就在這個時候，商毅的奏摺也傳到了南京，史可法和吳甡見到之後，也都大喜過望，因爲現在他們正處於劣勢，身邊缺少有份量的幫手，錢謙益、姜曰廣、高弘圖這些人還保持着中立，因此商毅的這份奏摺，洽如雪中送煤一般，畢竟商毅現在在南方的作用可以用舉足重輕來形容，有了他的加入，自己這一邊必然可以聲勢大增。
因此就在商毅的奏摺送到南京的第二天，吳甡就立刻以商毅的名議，向朝廷公佈。