等吳三桂、尚可喜、耿仲明三人帶軍出發以後，洪承疇也開始着手整頓南京和江淮地區的軍務。
雖然多爾袞承諾再拔給洪承疇十萬人馬，但這十萬人馬不可能一下子湊齊，因此先期洪承疇只帶來了五萬人馬，同時也帶來了一批火器物員，這時也都陸續到達了江北、江南地區。
現在清軍集中在江淮和南京地區的兵力約爲二十五六萬，並且擁有大量火器，計有各種火炮四百五十餘門，其中紅衣大炮有近百門，霹靂火炮一百二十餘門，火銃二萬二千餘杆，煫發火銃有一千五百餘支。霹靂火箭有二千餘筒，震天雷有五千餘個。雖然淸軍的火器數量只相當於商家軍的兩個師擁有的火器，但在淸廷來說，這己經是把所有的庫存火器全部都拿出來了。
俱體的兵力比例爲：滿旗及三大營的軍隊，約爲四萬五千餘人，另有跟役包衣約有一萬五千人。因爲在多爾袞改制以後，一般的滿旗兵出戰，是不允許再帶跟役包衣，只有白甲兵、牛錄、甲喇等少數精銳，或將領級的人物才能帶一定的跟役包衣出戰。主要的將領有固山額真四人：正白旗阿山、鑲藍旗屯齊、正黃旗譚泰、鑲黃旗尹拜圖，宗室有多羅貝勒勒克德渾、貝子尚善、滿達海。而梅勒額真有：珠瑪喇、瓦爾喀珠瑪喇、卓羅、泰什哈、藍拜、碩詹、阿哈尼堪、阿濟格尼堪等人。
漢旗及綠營軍隊約有八萬餘人，主要的將領有固山額真有：鑲白旗佟圖賴、鑲紅旗石廷柱、鑲黃旗劉之源、正紅旗金礪。梅勒額真有：馬光輝、海爾圖、李思忠、士彥等，其他漢軍將領有沈志祥、吳朝佐、金光裕、夏成德、劉武元、佟岱等人。
蒙古旗的軍隊有兩萬五千餘人，主要的將領有：固山額真馬喇希、吳喇禪、革霸庫、富喇克塔等人。
在淸軍南征之後，招降的明軍約有十餘萬人，主要的漢將有劉良佐、劉澤清、左夢庚、土國寶、劉進忠、金聲桓、王得仁、盧光祖、田雄、徐勇、郝效忠等人。不過其中有不少人都是洪承疇的舊部。
而洪承疇整軍的重點當然是南征之後收降的明軍。因爲滿漢旗軍、綠營的編制己經比較完善了，用不着洪承疇來重新編整，而且這裡的關糸也錯綜複雜，洪承疇也不願意去趟這灘混水。收降的明軍不僅人數衆多，而且來源也十分複雜，而且各將手下的兵力也不相等，有多有少，不過洪承疇下令將其全部打亂，然後重新分組整編。
洪承疇將降軍一共爲八鎮，四大四小，以劉良佐、劉澤清、左夢庚、金聲桓四人爲大鎮，每鎮擁兵一萬五千人，土國寶、劉進忠、王得仁、郝效忠四人爲小鎮、每鎮一萬人。這樣一樣各將的兵力都拉平了，不會有特別突出的。
在兵力的分佈安排上，洪承疇在江北佈置了十萬人馬，甴貝子滿達海坐鎮歸德府，全面指揮江北的軍務，另外還有阿山、譚泰、佟圖賴、石廷柱滿漢各兩名固山；而在南京一帶佈置十二萬左右的兵力，由多鐸在南京坐鎮，手下有屯齊、尹拜圖、劉之源、金礪。以及蒙古各旗等人。其餘的人馬都作爲機動兵力。
同時又命山東的阿巴泰，派遣一部份人馬駐守兗州，牽制商家軍在魯南的兵力，減輕自己在江淮一線的壓力。
而在文治方面，洪承疇委任申朝紀出任河南巡撫，吳景道任河南布政使；張文衡爲淮安府知府，兼授淮安道；金之俊爲鳳陽府知府，兼任淮安巡撫；馬之先爲武畕府知府，兼任湖廣巡撫，劉清泰任湖北布政使；秦世禎爲江南巡按，佟岱爲江南布政使，付責管理各地的民政事務，安撫民衆，蠲免錢糧、恢復生產。並且下令各地駐軍均不得擾民。
同時洪承疇又向湖南、江西、安徽各省發檄進行招撫，只要是向清軍投降，原官、司均可留任，並不念舊故。並且又嚴令耿仲明、尚可喜等人，凡事主動向清軍歸降的各州府縣，均不得侵撓劫掠，當以安撫爲主。
不過對商家軍的措秩則是實行全面封鎖，洪承疇要求，在浙江、江北、山東地區，完全封鎖住雙方的邊境線，絕對禁止有人通過邊境，和商家軍聯糸，也嚴禁商販前往商家軍的地區經商。一經發現，必然嚴懲。
因爲洪承疇瞭解到，現在商毅的主要財政來源是依靠海外的貿易收入，僅靠浙江一省的生產，根本就支持不了商家軍的戰事開支。但進行海外貿易，需要靠內陸提供大量的商品，才能爲海外貿易保障充足的貨源。儘管現在浙江可以自行生產大量的生絲和絲綢，但其他商品也都需要從內陸購進，爲了吸引商人，浙江地區己經將商品的收購價格提高了三倍。
爲了追求大的利潤，在商家軍和清軍對持的時候，乃然有許多商人冒險將各種商品，穿過清軍佔領地區，運到浙江來販買。當然在通過清軍防區的時後，商人都會向他們進奉大量的錢財進行賄賂。而這一筆錢自然也都落入了私人的腰包中，因此各地駐守的清軍對此也是睜一眼閉一眼，畢竟和錢過不去的人還是少數。而且商家軍安插在南京、江淮的情報人員，也主要是通過這些途徑，把情報消息傳入到浙江。
洪承疇對這種現像當然十分清楚，因此才下令必須全面斷絕，徹底浙江的商品供應，雖然在短期內效果不會太顯著，但時間長了，雖然不能從經濟上完全拖跨商毅，但也可以使浙江的收入大減，從而大大削弱商毅的力量。同時也可以加大商家軍的情報傳遞的困難。
對洪承疇這樣的安排佈置，多鐸也全力的支持，並且派自己的親衛隊組成監查隊，在各條防線進行巡查。
而在湖北地區，不過洪承疇到並沒有急於向商家軍的湖北根據地發動進攻，因爲軍隊重新編組，調整都需時間。只是首先命令貝子尚善領軍駐守黃州，爲下一步征剿湖北的商家軍做準備。而且封鎖得也更爲嚴密，在雙方的邊境線附近，一屢不許駐留人口，房屋建築田園一屢拆毀。凡是敢和商家軍有來住的人員，一屢格殺無。要將商家軍在湖北的根據地徹底孤立起來。
因爲洪承疇知道，商家軍在湖北的根據地還不能達到自給自足，需要浙江的支援，而浙江對湖北根據地的支援，主要是依靠長江水道，因此想要進攻湖北的商家軍，首先就要阻止商家軍從長江的援助。因此洪承疇也開始着手整頓淸軍的水軍。
自從清軍在龍山水戰失利之後，淸軍也重建了自已的水軍，前前後後又徵集到四五百艘大小船隻，不過清軍的水軍主要還是負責運輸大隊人馬，以及物資渡江，而不是和商家軍爭奪長江的控制權。而且清軍現在也知道商家軍水軍的厲害，除了上一次吳三桂冒險從儀真渡江之外，清軍根本就不敢在南京境內以下的江段活動，由其是這時商家軍佔領了江北的滁州、和州一線，因此清軍渡江的地點都設在池州府的銅陵一帶。以避開商家軍的水軍進攻。
這樣一來，從江淮傳遞到南京，都必須繞一個彎路。好在是目前江南的軍需主要都是由湖廣和本地供應，因此對清軍的後勤供應影響不大。
洪承疇是福建泉州人，雖然在明朝的大部時間都是在西北、西南剿匪，但對航海、艦船也並不算陌生。而且現在洪承疇也知道，商家軍在海上取得的戰績，可以說商家軍的海軍實力，足以和鄭芝龍一較上下了。而現在商家軍在長江上佔有絕對的優勢，在短期內，清軍是無法建立出一支能夠和商家軍相抗衡的水軍來。好在是清軍的目地並不是要擊敗商家軍的水軍，只是阻止搔擾商家軍從長江支援湖北戰區就行了。
這一點在目前來說，洪承疇相信淸軍還是做得到的。而且商家軍的船隊雖然強大，但主要是海船，能夠在長江中航行的戰船並不多，海船和江船的區別，洪承疇當然是清楚的。因此在長江裡，清軍的船隻絕對數量要出商家軍多，同時還佔有上游之利，這一點有長江中水戰，是十分有利的。龍山水戰之敗，大部原因是清軍不熟悉水戰，而且戰術不對的緣故。
於是洪承疇也下令，將清軍所有的船隻按大小進行重新編組，並且仍然將龍山船廠做爲水軍的前線基地。不過洪承疇也不敢大意，只是在龍山船廠裡駐守三百多艘船隻，其餘的船隻仍然停泊在池州一帶。同時達繼續在長江沿岸徵集各種船隻，並且命令各造船廠也都繼續爲清軍生產新船。
然後洪承疇又在湖廣、江淮等地招籌漁民充任水手，並從漢軍中選拔精通水性，並且會操舟的士兵編成水軍進行訓練，製造水戰的武器，積極的備戰。
不過就在清軍正在積極準備的時候，商家軍卻主要出擊，分從水旱兩路，向南京發動了進攻。