?文官系統確定下來之後，接着就是軍隊糸統。而首先改變的，是軍隊的名稱。?
由於以前商毅只是一方的割據勢力，爲了增加軍隊的歸屬感，保障自已對軍隊的絕對控制力，因此才叫做商家軍。但現在商毅己經正式稱王，並且己經形成一個獨立的政權機構，說是國家，也不爲過，如果還叫商家軍，仍然脫離不了軍閥的味道。?
商毅決定將軍隊正式分爲陸軍部和海軍部兩個編制，統一稱爲中華軍，而陸軍也稱爲中華虎賁軍，海軍則稱爲中華伏波軍。?
這二個名稱也得到衆人的一致贊同，因爲中華是中國、華夏的合稱，自古可以代表中國以及漢族。因此取“中華”兩字，就意味南京政府的目標是奪取天下，並非偏安一隅。也能體現商毅己經實質是一個一方君主的事實。?
虎賁在中國古代，是是守衛王宮、護衛君主的專職軍人，也可以指軍中的勇士、猛將。而伏波的本意就有降伏波濤的意思，伏波將軍則是古代對將軍個人勇武能力的一種封號，用這兩個詞分別稱呼陸軍和海軍，不僅十分貼功，而且也可以充份說明出中華軍強悍無敵的一面。?
軍隊的名稱確實之後，商毅也正式下令，將中華虎賁軍按照湖北軍區的模式，在全軍內部設立軍區，做爲中華虎賁軍的最高軍隊組織，在目前的勢力範圍中，成立山東、中原、江西、湖廣、南京五大軍區。各軍區的最官員爲軍區司令員，司令部中可設副司令員一到兩名，參謀長一到兩名，副官六到八名，警衛隊一到兩個連。?
各軍區下設軍編制，每個軍的額定編制將分兩個師、兩個師、一個旅或一個師、兩個旅三種，各軍過去的番號依然保留在各軍區中，其餘將加設新的番號。另外每個軍區都要編制一個騎兵師、旅和特種師、旅。?
各軍區的設制是：?
山東軍區司令部設在青州，由原來的第四、五軍組成，司令員周少恆，副司令員童大勇、、蔣義渠；參謀長唐鎮、鮑銅鋼。下設四個軍：總兵力十萬七千人。?
第四軍：軍長滕胤玉，轄第二師、第十一師、第二旅。?
第五軍：軍長喬克裕，轄第八師，第十師、第七旅。?
第九軍：軍長馮進，轄第十四師，特種兵旅、第四旅。?
第十軍：軍長章一平，轄騎兵師、第十二旅、第二十七旅。?
山東是商毅最初起家的地方，在佔領浙江之後，一直都沒有放棄，到現在己經逐步發展成總兵力超過十萬的大部隊，由其是山東軍區的主將周少桓，不僅能夠領軍，而且在內政方面也做得同樣出色，山東軍區己經形成一個初步能夠自己自足的地區，而且儘管過去山東軍區一直相對獨立存在於商家軍的系統內，但軍區幾名首領對商毅仍然保持着相當高的忠誠度，對商毅一直敬服不己，在山東地區也處處模枋商毅的行事作風，因此也贏得了一個“小督師”的外號。?
雖然在清軍南征時，山東軍區並沒有打什麼大仗，儘管一直主要擔任的牽制、吸引清軍力的作用，但對商毅的命令執行卻十分堅決，從來沒有報怨挑剔過。這也和周少桓的耐心勸說、解釋分不開。而且在商家軍跨海突襲遼東的時候，山東軍區是擔突襲艦隊的橋頭堡和大後方的雙重作用，並且也派遣兵力參與了這次突襲任務，也可以說，如果沒有山東軍區的協助和配合，這次突襲作戰也無法取得成功的。?
隨着現在南京政府的勢力己經擴大到了中原地區，而且和山東戰區也重新打通了陸地的聯絡，在未來對清軍的作戰中，山東軍區仍然是一支不可缺少的力量。?
淮南軍區，司令部設在鳳陽，由原來的第一軍組成，司令員成進，副司令員趙英傑；參謀長尤洪亮。下設四個軍：總兵力九萬八千人。?
第一軍：軍長蘇建林，轄第一師、第五師、第二十九旅。?
第十一軍：軍長程培經，轄第七師，第二十師。?
第十五軍：軍長程培經，轄第二十四師，特種兵旅、第一旅。?
第十八軍：軍長黃繩武，轄騎兵師、第五旅、第十九旅。?
在兩次清軍南侵的戰役中，淮南軍區都是擔任着主力部隊，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功勞，司令員成進，己經成長爲一各出色的指揮者，可以算是商毅手下的頭號猛將，在下一步對清廷的作戰中，淮南軍區仍然是中華軍的絕對主力。?
江西軍區，司令部設在贛州，由原來的第二軍組成，司令員羅遠斌，副司令員王信；參謀長劉伯濤。下設三個軍：總兵力七萬二千人。?
第二軍：軍長吳禮林，轄第三師、第三旅、第八旅；?
第十二軍：軍長劉遠報，轄第四師、騎兵師；?
第十六軍：軍長鄭廣明，轄第六師第九旅、特種兵旅?
江西軍區的實際範圍並不僅僅只是江西一省，南京政府的南部地區，使南京政府在與清軍作戰時，沒有後顧之憂。而如果平定了北方之後，江西軍區也將成爲進攻南方的先頭部隊。?
湖廣軍區，是由湖北軍區加上駐守湖南的第三軍合併而成，司令員李定國，副司令員楊武丞；參謀長李牟。下設四個軍：總兵力十一萬二千人。?
第六軍：軍長李漢軍、轄第九師、第十八師、第十六旅；?
第八軍：軍長黃慶文，轄第十師、第十五師、二十二旅；?
第十三軍：軍長黃向東，轄騎兵師、十九師，二十八旅；?
第十七軍：軍長李元胤，轄特種師、第六旅、第十七旅，?
在新的軍區編制中，湖廣軍區的兵力最多，這是因爲湖廣軍區同時於清廷、吳三桂、永曆朝三方接壤，因此面臨的局面也最複雜，不過經歷了獨守黃州的歷練之後，李定國也顯示出了自己的名將潛質，因此商毅也十分放心的將湖北地區防守任務交給他。?
南京軍區也是五個軍區中最小的一個，是由從過去的湖北軍區中，分離出的第七軍爲主組成，司令部就設在南京，主要的任務就是保衛南京、杭州兩地。司令員段鵬，副司令員何衝；參謀長張達江。總兵力爲五萬人。下設二個軍：?
第七軍：軍長田楚，轄特種師、三旅、二十一旅；?
第十七軍：軍長張立東，轄二十五師、騎兵旅、三十三旅；?
這樣五個軍區總計下來，中華虎賁軍的總兵力爲四十五萬左右。而商毅計劃，在擴充二到三個軍，使總兵力超過五十萬，另外再擴充十到十五的後備年，那麼以後對清廷和南方作戰，也就基本足夠了。?
而海軍的編制就相對簡單一些，中華伏波軍的司令部設在杭州，另外在山東登州、蘇州南通和臺灣基隆也都設有海軍基地。司令員成鋼、副司令員黃震、以下仍是五個海軍分艦隊，一個西班牙僱傭兵艦隊，和三個長江分艦隊。?
目前海軍部共計擁有各種艦船三百零七艘，主力戰艦有一百七十七艘，分別爲一級戰列艦一艘，二級戰列艦六艘，三級巡洋艦四十七艘，四級稱爲驅逐艦七十八艘，五級護衛艦五十五艘；輔助戰艦一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型戰艦；另外還有飛剪船十八艘。?
海軍部的總兵力爲五萬七千人，其中包括基地後勤人員有一萬四千，海軍戰鬥人員有二萬八千、水手、技術人負一萬五千。?
不過各艦隊的最高長官將稱爲分艦隊司令員。如果海軍有出戰任務，由多個艦隊聯合組成作戰部隊，將臨時任命以聯合艦隊司令官，指揮作戰。?
由於跨海突襲作戰取得完美的成功，因此人們的觀念也在逐漸轉變過來，這才完全理解商毅當初堅持要大力發展海軍是多麼有先見之明，對海軍的作用也日益和重祀起來。?
以目前海軍部的規模來說，保護現在的中國沿海，以及威助震懾清廷的沿海、周邊的日本、琉球、仍致菲律賓地區也是基本足夠了，但想將南京政府的海上勢力擴展到更遠的巴達維亞、澳州、甚致是印度地區，就顯得有些不足了。畢竟中國的海岸線太長了，保護起來也需要龐大的兵力和艦隊。?
而且商毅也知道，清廷也己經開始建造戰船，發展海軍，雖然說清廷的海上基礎十分薄弱，不僅缺少相關的技術人員，就是船員、水手也嚴重不足，加上海上觀念更爲落後，因此建立一支強大的海軍，決不是二三年就能完成的事情，但也不能不防，畢竟清廷有了海軍之後，也有可能從海上向南京發動偷襲。?
好在是收復了南京之後，江南造船廠對開始重新生產大型戰船，因此商毅也決定，在明年把海軍部編制出第六支分艦隊來，使主力戰艦的數量達到二百艘以上，並且尋找機會，開始向南方海洋擴展勢力。?