在建設穆陵關的同時, 商毅當然也沒有忘記對軍隊的整編, 正所謂足基礎建設和軍隊建設，這兩手都要硬。
現在商毅在穆陵關的軍隊是一千人的標準，按照商毅的想法，將主力團全部的九個小隊都編入正規的軍隊中。當然對團兵還是徵求他們的態度，以自願爲原則。
這時商毅在民團中以經建立了崇高的威信，而且也得到三位村長的全力支持，加上民團成立之後的這兩個多月裡，商毅對團兵的月錢一直都按時足量發放，由其是打了這幾場勝仗之後，毎一個團兵們也多多少少都得到了一些額外的獎勵，也更使團兵們對商毅也充滿了近乎於盲目的相信，使他們覺得，只要是在商毅的帶下，自己就不會打敗戰。
因此在徵求意見時，絕大部分人都願意從軍，跟着商毅幹下去，說不定曰後還能混出個什麼明堂來呢。只有二十幾人不願意成爲軍籍，商毅對此也不免強，只足從輔助團的青年團中選出一部分人來，將各小隊補充滿員。這樣穆陵關千總司的總兵力爲八百一十人。而原來主力團九個小隊的隊長都在穆陵關裡擔任把總，唐鎮出任商毅的副手。
在主力團改編入軍藉的同時，三村民團依然繼續保留下去，因爲現在清軍以經打進來了，僅僅只靠穆陵關千總司的兵力，不足以抵抗清軍的進攻。民團保留下去，對千總司也是一個有力的補充。對這一點，三位村長也沒有反對。
於是商毅又對民團進行一次改組，將原來的輔助團的青年團全部提升爲主力團，而他們的實際待遇也和以經轉入軍籍的團兵一樣，只是沒有軍籍而己。
對這次改組，也釆用自願的原則，在一部份人退出之後，仍然還有八百八十六人願意留下來。商毅將退出的人和原來的十三個壯年輔助團一起，編成了新的輔助團，一共有十四個小隊，農忙是務安、安閒時練兵，並付責日常保衛村子的工作和官兵的後勤輔助，在必要的時候，做爲官兵的補充，這一點是帶強制性，是毎一個成年村民必盡的義務。
而其餘願意升級爲主力團的團兵們的仍然按穆陵關的官兵編制，也分爲六個步兵隊，一個騎兵和一個偵察隊。各隊實際都劃規各把總管轄，跟官兵一起訓練，這實際上，就等於是把穆陵關的兵力擴大了一倍。
其實商毅本來還打算按照後世現代軍隊的編制方法，將軍隊整個進行一次重組，但也考慮到現在這個時機還不成熟，因此也就暫時作罷。
對少年團，商毅也是釆用自願原則，當然還要經過他們父母的同意，分別編制爲主力少年團和輔助少年團。前者和主力團一樣，就是編外的官軍，主要付責官兵的後勤補充，但軍餉比成年士兵減少一半，年齡達到以後，就自動成爲正式士兵。而後者的性質和工作與輔助團一樣。
結果劃分之後，成立了二個主力少年團小隊和三個輔助少年團小隊。這樣一來，穆陵關的總兵力可以達到一千八百九十八人，輔助團可以達到一千七百三十六人。總計可以動用三千五百人以上。幾乎以經達到一個遊擊將軍的標準兵力了。
軍隊重新編制完之後，商毅在主抓穆陵關的基礎建設的同時，也沒有放鬆對士兵訓練。因爲現在穆陵關裡的兵營還沒有建好，因此商毅只把編入官軍的八百一十人調到穆陵關來，一方面是保護關城，另一方面也維持建設生產秩序。新升級成爲主力團的團兵仍然留在王家大屯，由唐鎮帶領着訓練。而商毅則在穆陵關、王家大屯和清水村三地之間來回奔走。
到達穆陵關的軍隊暫時在關外紮營居住，平時的訓練也是在城外進行，只是毎天都會安排一隊士兵進城來回巡邏幾次。給居民們增加一些安全感。由於新來的官兵不僅精神風貌與衆不同，而且軍紀也很好，平時絕不會搔撓居民的正常生活，因此在幾天之後，居民們對官兵的態度也由恐懼變成了歡迎。
等城裡的大訓練場的地基整平之後，商毅就安排士兵，在城裡舉行了一場蹴鞠比賽，也吸引了全城的居民前來觀看，使得穆陵關裡充了歡聲笑語。
不知不覺，時間過去了半個月，眼看着就要進入閏十一月下旬了。而在穆陵關裡的建設，還在如火如荼的進行着。商毅的千總衙門的主體結構以經全部完工，正在覆蓋屋頂的瓦片，門窗也都在安裝中。而兵營、各工匠作坊也都進入了主體結構的施工期。西北區的民宅也開始築立基礎。整個新的格局以經基體能夠形成了。
而商毅購買的第一批物資也以經送到了穆陵關裡，主要是糧食、木料和生鐵等建築材料，剩下的也將隨着工程的進度，陸續送到。
同時在此其間，清軍攻下了河間府之後，並沒有繼續南下，而是暫時在河間府駐紮下來。商毅知道，這是清軍奔襲的一貫作法，打下了一處大地方之後，就會以該處爲中心，四處掠劫一番，然後屯積起來。
這一天正是崇禎十五年（1162年）閏十一月十八日，登萊巡撫曾化龍也派人送來了一批物資。除了商毅要的火器，有鳥銃二百支，魯密銃六十支，虎蹲炮六門，佛郎機炮四門，火藥八百斤，另外還有紋銀一千兩，戰馬五十匹，鐵曱一百付，刀槍器械三百件，還派來了火藥工匠十二名。
同時曾化龍還帶來了一封信，兗州府遭到流寇襲擊，自己應山東巡撫王應泰和兗州知府陳觀的請求，去救援兗州府。請商毅也帶兵相助。
原來山東巡撫的治所應該是在濟南府，但自從崇禎十二年（1639年）清軍入關奔襲，火焚濟南府之後，山東巡撫的治所暫時設在了兗州府。而這一次來進攻兗州府的流寇到也不是一般人，是幾名首領都是明末的農民軍中頗有名氣的人，是改世王許可變、興世王王國寧、混十萬馬進忠、四天王李養純等人，都是參加過榮陽會議的七十二營的成員。
到了崇禎十五年，明末的農民軍基本以經形成了李自成和張獻忠兩大集團。這時分別在河南和湖廣一帶地區活動。當初參加過榮陽會議的十三家七十二營的成員，除去被朝廷招安和剿滅之外，其他的大多都被這兩大集團吞併或是合營。由其是李自成，這時以與綽號曹操的羅汝才、還有以革裡眼賀一龍、老回回馬守應、左金王賀錦、亂世王藺養成、爭世王劉希堯等組成的左革五營合營，擁兵三十餘萬，以經有了爭雄天下的實力。
當然也不是所有的農民軍都願意與李、張合營。因爲實力弱小的農民軍一但合營，就基本是被李、張吞併了。於是許可變、王國寧、馬進忠、李養純等幾個實力較弱的農民軍就不願被李、張吞併，於是幾個人在淮西一帶聚集，也自合成一營。同時爲了躲開李自成和張獻忠，幾個人商議決定，躲開河南和湖廣，轉道進入山東活動。因此才聚集人馬，進攻兗州府。
這幾個人合營之後，到也擁兵五六萬人，實力不弱，於是對外號稱十萬，直殺向兗州府而來。
山東巡撫王應泰和兗州知府陳觀得到了這個消息之後，也被嚇得魂不附體，兗州府裡一共也就只有三四千人馬，而現在清軍也打到山東邊緣，東昌府和濟南府也抽不出多少人馬，那裡抵擋得住流寇的進攻。因此只能向朝廷救求。但兩人商議一番之後認爲，估計現在朝廷也派不出兵力來救援兗州府，而負責剿寇的左良玉又遠在湖廣，指望不上，於是也只好向鄰近的登萊巡撫救援了。
曾化龍只是登萊巡撫，按說兗州府並不是他的管轄範圍，因此也完全可以不管兗州府的死活。但一來曾化龍還算是一個付責任的官員，鄰區有難，於情於理也應該去救援。
而在另一方面，兗州府裡可不光只有巡撫王應泰和知府陳觀兩名官員，還有一名特殊的人物——魯王朱以派。
他可是老朱家的自己人，崇禎繼位之後，對這些蕃王還是比較照顧，一但有蕃王死於農民軍之手，對當地的官員必然嚴懲，因此如果兗州府城破，魯王有個閃失，那可就不得了了。在三年前的那次清年入關奔襲，在濟南生擒了德王朱由樞。結果在事後順天、保定、山東三巡撫，薊鎮總兵、山東總兵等三十二名高級官都被處以死刑。餘者一百二十多名官員受到革職、降級的處份，誅連之廣，實在少見。
因此雖然兗州府並不是曾化龍的轄區，但這些前車之鑑可以不能不防，畢竟自己是離兗州府最近的地方大員，萬一事後朝廷給自己安一個坐守失札，失陷藩封的罪名，雖然不至於喪命，但個巡撫顯然是不能再幹下去了。
在出兵的時候，曾化龍又想到了商毅，他手下的人馬到是有些戰鬥力，於是派人傳令到穆陵關，讓商毅帶領人馬，到兗州府聚集。