清軍的火船將商家軍的先鋒船隊衝亂之後，繼續順着江水，向商家軍後面的三支艦隊逼進了過去。
清軍一共出動了五十多組連環船，己經點燃的超過了四十組，而先鋒艦隊的大部份戰船都被清軍的火船撞上，蔓延上了火焰，燃燒起來，只有四五條船依靠着出色的操船技術，加上一點運氣，才避開了火船的襲擊。而且就這樣，還有一曖驅逐艦和一艘護衛船因爲躲避火船，結果在靠近江灘邊的地方擱淺了。
而這火船撞上的其他戰船中，有一部份雖然蔓延上火勢，但卻及時擺脫了火船，一面向安全的地方撤離，一面撲打着船上的大火。但至少有十餘艘戰船或者因爲被火船纏住，或者因爲火勢太大，而無法撲救，同時因爲火勢一直蔓延到甲板下，火藥倉裡，引發了一連串大爆炸，船上倖存的士兵也只能棄船跳江逃亡。
不過有一些火船在燃燒之後，鐵鎖斷裂，分散開來，也有一部份火船遭到商家軍戰船的近距離炮擊，或者是受爆爛的衝擊，被打得散了架，但因爲都是木質結果，因此還能夠一邊燃燒着一邊在江面上飄浮，並且順着江流，向下遊飄流。不少火船衝過了先鋒艦隊之後，立刻就順着江流，直奔後面的船隊而去。
商家軍後面的三支船隊和先鋒船隊的距離並不遠，幾乎沒有多少時間做出反擊，就和火船迎頭相遇。面對着這樣大面積大範圍的火船進攻，除了躲閃和撤退之後，基本上沒有別的辦法，因爲火船並不害怕受到攻擊。如果是在大海上，還可以利用海面的無限寬度，充分散開，以躲避火船，但在長江裡，迴旋的空間實在有限。因此在這種情況下，黃震也只能下令，各船暫時撤退，先躲開火船再說。
而在商家軍的後隊中，只有少數前列的戰船因爲沒有轉向的時間，只能迎着火船而上，在火船陣裡來回的穿棱變向躲閃，再來慢慢尋找轉向的時機，而後面的絕大多數多戰船都立刻選擇了調頭、撤退。
但也不是每一艘船都能選擇好轉向的時機，或者說也不容他們有充足的時機來從容轉向，有時候只能冒一冒險了，因此在調頭的過程中，又有不少戰船被火船撞上，纏住，結果被火勢蔓延燃燒了起來。就連黃震乘坐的旗艦天權號，也在轉向的時候，被火船撞了兩下。好在是天權號的體形龐大，而且撞上天權號的，並不是連環船，才極時擺脫，沒有被火船纏住。終於調轉過頭來，向下遊退去。
而在江面上幾乎佈滿了燃燒着得戰船，殘骸、以及碎裂的板塊，燒燋了的，還在冒着濃厚的煙霧，星星點點，不計其數。還有無數棄船跳江的士兵，在洶涌的江水中奮力掙扎着。
幸好是天威號向清軍的後續船隊發動的衝鋒，以一己之力，把清軍後續的百餘戰船攪得一團混亂，在無意之間，延緩清軍後續船隊跟進上來的速度，也爲商家軍的其他穿突過火船攻擊的其他戰船贏得一線寶貴的時間。
在天威號從清軍的後續船隊中殺了出來，開始向下遊撤退的過程中，有十佘艘商家軍的其他戰船都穿過了火船，正在準備調頭回撤。而何濱也立刻下令，向他們打出旗語，把這些戰船都聚隴過來，組成好編隊，大家一齊掩護撤退。因爲天威號是長江艦隊中僅有的兩艘巡洋艦之一，在另一艘巡洋艦天權號己經撤離的情況下，其他的戰船自然都是以天威號爲核心。
而且在艦隊撤退的過程中，還救起許多落水救生的士兵。只是有幾艘在江灘也擱淺的戰船，現在也沒空把它們都拉回到江中，何濱也只得下令讓這些戰船上的士兵棄船，乘坐救生船逃離。靠近江北岸的，可以先上岸躲避，因爲北岸是揚州府，這是商家軍的地盤，但長江南岸是鎮江府，因此靠南的士兵只能盡力向大船靠隴過來，跟着大船一起撤退。不過在棄船的時候，有幾艘船上的士兵還是點燃了火藥庫，將空船炸燬。
等清軍的戰船重新整好了隊形之後，商家軍的戰船，連同火船早己經跑遠了。因爲這時商家軍的戰船也是順水，清軍很難追上。而且火船現在也都燒得差不多了，再追下去，就進入了商家軍控制的長江段，如果商家軍再回頭進攻，恐怕也不好對付，因此洪承疇也沒有下令追趕。
不過剛纔商家軍一艘戰船就把清軍一百多艘戰船攪了一個天翻地覆，清軍都覺得臉上無光，因此也都有些提不起精神來。而洪承疇也都看在眼裡，也從座椅上站了起來，笑道：“各位看見沒有，商家軍的水軍己經被我們打敗了，逃走了，我們已經獲勝了。”
他身邊的一個家人洪保十分機靈，立刻接話道：“大帥南下第一戰，就大敗商家軍的水師，可喜可賀，此番南下督軍，進取浙江，掃平南方，也是指曰可待了。”
洪保這麼一說，洪承疇身邊的水軍統領劉夢蛟也趕忙道：“大帥神機秒算，大破商家軍的水師，我等都佩服之極。”
有一員將立刻振臂高呼道：“我們打蠃了。打贏了。”
其他的士兵們聽了，也都一起歡呼起來，雖然被天威號鬧了一個灰頭灰臉，但商家軍確實是敗走了,而且大多數清軍也都看見了,自己的火船確實給商家軍造成了很大的打擊，看來確實是勝利了，因此歡呼的人也越來越多，都在慶賀這一場水戰的勝利。
洪承疇這才下令，收拾戰場，準備收兵回南京，而在收拾戰場的時候，居然還找到了幾艘商家軍擱淺的戰船，其中還有兩艘是護衛艦，不知什麼原因，引線在中途熄滅了，結果沒有引爆成功，當然也就成了清軍的戰利品。
雖然護衛艦是商家軍海軍五級戰船中最小的一級，但在淸軍的戰船中，依然是龐然大物，有了這兩艘戰船，清軍的勝利也就更有說服力了，因此洪承疇也十分高興，帶領着船隊返回南京。
而在另一方，商家軍撤退之後，順着江流一直退到了常州府包港附近，這時火船大多都被燃燒殆盡，而且天威號也帶着一部份敗船趕上了大隊，這些戰船集中都是主力戰艦，雖然都有一些損傷，但並沒有大礙，一個月左右就能修好，因此黃震也頗覺有些安慰。於是下令就在江邊駐紮，然後計察損失。
這一戰商家軍一共被毀戰船三十四艘，包括七艘驅逐艦，十二艘護衛艦。另有二十一艘戰船需要大修，才能重新恢復戰鬥力，另外陣亡士兵七百二十七人，傷六百八十一人。總計損失的戰船達到全軍的六成左右，傷亡士兵接近全軍的四成。淸軍一共損失了戰船二百一十七艘，傷十二艘，陣亡士兵二百七十七人，傷二百二十六七。
儘管清軍損失的戰船數量是商家軍的數倍，但絕大部份都是三百料以下的小船，而且都是商船、貨船，本來就是在戰場上充當炮灰用的，遠不能和商家軍損失的專業戰船相比，另外在士兵的傷亡人數上，清軍也遠遠少於商家軍，而且商家軍也確實是在戰場上敗退的，因此也可以說這絕對是商家軍的海軍成立以來，遭遇到的首次一場敗戰。而且損失也相當損重，新組建長江艦隊幾乎損失了一半的戰鬥力。
因此長江艦隊的主將黃震，還有三名分艦隊的指揮官也無話可說，派人向商毅通報戰況，並且主動請罪。
由於水軍的敗陣，而且清軍的援軍也己經趕到，正在進攻丹陽縣的楊武丞也立刻撤軍，退回到常州府駐守。商家軍進攻鎮江府的意圖也落空了。
多鐸在鎮江駐軍之後，立刻就收到洪承疇傳來的水上大捷的戰報，也不禁欣喜異常，這也是清軍與商家軍作戰少有的重大勝利，而且還是淸軍最不擅長的水戰，就更是難能可貴了，看來洪承疇確實真有兩下子。
不過就在第二天，從另一條戰線的消息也傳到了鎮江，廣德州失守，清軍損失近萬人。兩線戰場上，商家軍和清軍都是一勝一負，從表面上看打了一個平手，但商家軍畢竟是奪了一座州府級的城池，因此在實際上，淸軍還是吃了一個暗虧。
雖然對清軍來說，鎮江府是絕不容有失的，但也不能說廣徳州就不重要。商家軍奪取了廣徳州，雖然還不能直接危脅到南京，但卻佔領了從南京直接進攻杭州的咽喉要路，而且南京外圍的寧國府、建平、溧陽等地都在商家軍的進攻範圍內。因此南京外圍，也不安穩。
而多鐸趕忙和洪承疇商議，現在進攻鎮江府的商家軍退了兵，那麼自己要不要趕回去復奪廣徳州呢？不過這時洪承疇卻是胸有成竹，請多鐸儘可放心，商家軍絕對沒有能力從廣徳州發動進一步的進攻了。