清軍的各路敗軍在濰縣聚集，清軍的衆將這時也都清楚，這次進攻萊州的計劃，是撤底失敗了，現在能夠平安撤回青州，就該謝天謝地謝人了。畢竟這段時間裡，商家軍的襲擊戰術使每一個清兵都提心吊膽，因爲誰也不知道，說不定在什麼時候，不知會從什麼地方，突然飛出一顆子彈，就要了自己的性命。
因此現在守在濰縣也不安全，還是要儘早撤軍。但從濰縣到青州的這一段路可不大好走，由其是現在濰縣裡有不少輜重，特別是八十多門火炮，總不能全扔給商家軍吧。
阿巴泰經過了深思之後，終於做出了決定，這次從濰縣撤回青州，將分兵三路，輜重火炮也分三路撤回，這樣一來也讓商家軍不好確定目標，就算有一路遭遇襲擊，其他兩路也能夠平安的撤回青州。致於是那一路倒黴，遇到商家軍的襲擊，那也就只能聽天由命了。
另外阿巴泰還決定，留下李率泰守衛濰縣，掩護三路人馬撤退，只有收了自己的命令之後，才能從濰縣撤退。因爲阿巴泰也總結了上一次撤退的教訓，只是因爲過早的放棄了邑昌縣，才導致商家軍的追擊難以阻擋，淸軍的阻攔陣地根本就抗不住商家軍的火力。因此這次說什麼也不能先棄濰縣了，就算商家軍能繞過濰縣追擊，至少也好對付一些。
而李率泰接到這個光榮的任務之後，也嚇得面無人色，但也不得不聽命，誰讓自己就是給人當孫子的命呢？說起來李率泰的老爹李永芳降清之後，娶了阿巴泰的大女兒，論起來李率泰還真是阿巴泰的孫孑輩。
佈置完了之後，清軍立刻分兵三路，撤逃回青州。三路人馬一路雖然都提心吊膽，但最後居然還都十分順利的平安回到了青州。而且每一支清軍逃回到青州城中之後，都禁不住熱烈的歡呼起來，弄得守衛青州的清軍還以爲他們是勝利歸來。
阿巴泰也鬆了一口氣, 立刻查點人馬，在他到達山東時，淸軍的總兵力接近六萬，滿八旗兵約有萬人，而現在只剩下三萬六千多人，滿八旗兵不足七千。原明降軍也當炮灰都用光了。損失達到了四成。阿巴泰也知道，掃平山東是不可能了，能把現有的地方守住，就很不錯了，因此也重新分配兵力，駐守山東各處，同時也招收山東地方的原明軍和豪強武裝，擴充自己的兵力。
另外阿巴泰又寫了一份詳細的奏章，送到北京，彙報了整個山東戰事的經過和結果，聽候朝廷的決議。
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清軍從濰縣撤軍之後，商毅並沒有派兵追擊，也沒有趁虛去攻取濰縣。一來濰縣並不是什麼戰略要地，取與不取，用處並不大，相反留給清軍還能分散一部份淸軍的兵力，吸引清軍不停向濰縣供應物資，也給商家軍許多可趁之機。而另一方面，經過了連續作戰之後，商家軍也十分疲勞，也需要時間來修整，總結。
這是商家軍與清軍爭奪山東的第二次戰爭，歷時近三個冃，雙方投入的兵力相加，接近十萬，而且雙方都動用了大量火器，有幾分十五十六世紀歐州戰爭的樣子了。
雖然在戰爭的一開始，商家軍由於戰術失誤，陷入下風，但隨着商毅趕到山東，及時改變了戰術，逐漸掌握了戰場上的主動權，雖然丟掉了青州，但挫敗了淸軍對萊州的進攻，一共殲敵二萬二千餘人，俘虜千餘人，獲得戰軍六百餘匹，糧食三千餘石，武器盔甲旗幟共計數萬件。當然商家軍自身的損失，也接近五千人。
而且儘管商毅帶領援軍到達了山東，但除了在邑昌和清軍進行騎兵對決之外，基本都沒有參與戰爭，完全都是甴山東的商家軍部隊在持堅戰鬥，從一開的劣勢，到取得主動，再到最後的勝利。也是非常難得的。由其是在後期，商家軍大量使用游擊戰術，成爲最終取勝的關建點，並且也爲以後與清軍作戰，提供了大量的實際參考經驗。
不過畢竟是另一時空裡的時代不同，因此遊擊作戰的方式也不完全一樣，商毅也抓緊時間，結合這一段時間的戰鬥情況，和衆將一起總結游擊戰的實際應用方式，以及游擊戰和正規戰的結合戰術等等。經過了近二個月的游擊戰實踐，再進行理論琛化，也使商家軍的衆將對游擊戰的理解又加深了一層。
但在總結會的最後，商毅向衆人提出了一個問題：如果你們是清軍，卻麼會釆用什麼方式來對付游擊戰？
這是商毅常用的換位思考法，來啓發衆將，多動腦子思考。不過這一次衆將顯然都沒有想過這個問題，也都被問往了。雖然有兩個人說了自己的想法，但也是破綻百出，不等商毅發言，其他人都駁得體無完膚。
好在商毅也沒讓他們多想，說出了自己的答應，就是保甲制。
在另一時空裡，游擊戰並不是中國獨有的產物，其他各國也都有不同樣式的游擊戰爭出現，但卻有一個共用點，那就是無論怎樣的游擊戰，都必須依附於自己國家或民族的廣大居民的基礎。依靠居民取得物資、隱藏自己的行蹤、獲得情報信息等等。
所謂保甲制，一邊都規定十戶爲甲，十甲爲保，聯保連坐。而實質是通過聯保連坐法，把各散戶都連合起來。聯保確保各戶之間聯合作保，共具保結，互相擔保不做通敵之事；連坐就是一家有罪，九家舉發，若不舉發，十家連帶坐罪。由此建立起了對各地的嚴密控制。從而切斷游擊隊與百姓之間的聯糸。
因此在另一時空裡，無論是鬼子，還是國軍，保甲制都是他們用來對付游擊戰的首選招術。相比之下，鬼子的做法更狠毒一些，還輔以十分殘忍的掃蕩三光政策。不過以這時清軍的兇殘性格，也很有可能使出這一招來的。因此商家軍也要提前做好準備。
應對保甲法、掃蕩、三光等方法，就是紮根在百姓之間，取得百姓的支持。做到軍民一體。在這方面，商毅在另一時空裡的前輩就做得相當成功，許多百姓都不惜牲犧自己的生命，也爲了要保護部隊、保護戰士。真正做到了軍民一體。
在此前商家軍的羣衆政策就做得很不錯，在濟南、青州、萊州一帶的百姓中，有着很高的聲望，初期的游擊戰能取得成功，也和得到百姓的支持是分不開的。但僅僅只是做到這一步是不夠的，因爲人總有自私性，現在百姓們支持商家軍，是由於清軍對各鄉村的管理還不嚴格，一但清軍發現了這一點，進行嚴格管理，達到通商家軍者死，並十家連帶坐罪的時候，絕大多數百姓恐怕都會改變態度了。甚致還會出現：“是因爲幫了商家軍，自己的全家纔會被清軍殺死，如果沒有商家軍，那就不會出現這種事情了，商家軍纔是罪魁禍首” 或者“如果聽清軍的話，老老實實的當順民，起碼還能夠活下去” 這樣的想法。
因爲在另一時空裡，商毅的前輩開始行動的時候，中國人己經受了百餘年的欺辱，民族意識己經有了很大的覺醒。而在這個時候，中國依然還是天朝上國，而百姓們當了近兩千年的順民，早己經習慣了逆來順受，只要能讓他們有一口飯吃，能活下去，誰來統制，誰當皇帝其實都無所謂，漢人、蒙古人、滿人都行。雖然在歷史上，清軍入關之後，漢族扺抗滿清的時間長達三十餘年，但實際上都是明朝的一批餘孤在支撐着，絕大多數真正的老百姓其實都在清軍一到之後，就老老實實的薙髮梳辮，當了滿清的順民，爲康乾盛世喬裝打扮粉飾太平。
滿清的入侵，其實是激發中國人民族意識覺醒的一個大好時機，只可惜在另一時空裡的中國並沒有抓住這一次機會，結果又在天朝上國的虛幻愚味中渾渾沌沌的又過了近三百年，被其他的國家迎頭趕上，而且越甩越遠了。而現在商毅要阻擋滿淸的統制，僅僅靠他一個人的力量是不足夠的，必需要讓大多數漢人的民族意識覺醒，都參與到這場戰爭中來。
因此在以後，商家軍不僅是繼續保持目前親民愛民的作風，另一方面還要推進積極的土地政策，使廣大百姓在商家軍手上真正受益，纔會和商家軍一條心，共進共退，同時以後還要在百姓中去廣泛宣傳清軍的惡行，還有漢族的正統思想。
不也這些想法商毅現在也只是一個構思，俱體的方案還要經過仔細的思考，並且查閱資料，才能拿出一個基本的行動指導來，供山東的商家軍游擊隊參考學習使用。現在商毅也知道衆將都難以理解，只是大概的講了一些概念，並且着重強調，商家軍的軍紀和愛民作風，絕不能有一點巰忽的地方。