屯齊是首次和商家軍交戰，這時纔算是明白，爲什麼以豫親王多鐸、饒餘貝勒阿巴泰這樣的清廷名將，也會慘敗在商家軍的手裡，假如說在這次沿江東進的過程中，任何一個地點有商家軍駐守，清軍想到攻克，都必須付出極大的代價才行。
而和商家軍處於同一陣營的黃得功更是無比驚訖，雖然在兩年多以前，他曾與商家軍一起和李自成的大順軍交戰過，但和那個時候相比，商家軍的戰鬥力已經提升了好幾個層次，無論是火槍的射擊速度還是射程，以及火炮的配置和使用，都不可同日而言。可以說如果沒有裝配足夠的火器，恐怕任何一支軍隊都無法和商家軍作正面的抗衡。
不過清軍到底人數衆多，既使是付出了千餘人的代價之後，但劉良佐的人馬加入之後，數量也遠遠的超過了商家軍的兵力，而且現在又沒有地雷的打擊，可以全力投入進攻，因此清軍也在逐漸向商家軍的陣線逼近過來，但每前進一步，都要付出相當的代價。
因此這時屯齊心裡也不禁生出了退意，他的軍隊可沒有備配火器，在商家軍這種密集火力的打擊下，損失實在太大了，雖然像這樣靠人墊，也有可能會最終取勝，但也未免代價太大了，而且只爲攻下一個並沒有太大戰略價值的朱家營，實在是太不划算了，要知道現在消耗的可都是八旗的精銳人馬。
當然如果在戰鬥的一開始，屯齊知道自己是會和商家軍作戰，那麼他一定不會這樣冒冒失失的就發動全面的進攻，至少也會把劉良佐的軍隊放在前面去充當炮灰，這也是劉良佐這一萬五千人馬的價值所在，不然他的人馬又不是什麼精銳之兵，帶這麼多有什麼用，如果只需要找人帶路的話，只用帶劉良佐一個人也就夠了。
但就在屯齊還猶豫不決的時候，在戰場的左右兩側殺聲大起，各有一支軍隊分從清軍的兩肋衝殺了過來。原來是李定國見戰場上的時機己到，立刻下令，命第九師的另二個團從清軍的側翼殺出。
第九師在商家軍的九個步兵師中，是唯一一個沒有配置中重型火炮的兵步師，所轄的十四、二十、二十一三個團全都是標準的步兵團，只配備了隨團的中小型火炮，因此九師並不善於打攻堅或守衛陣地的戰鬥，但卻是最適合進行野戰的部隊。
其中二十團的團長李本深、二十一團的團長李成棟都是歸降商家軍的新人，李本深還參加過江淮戰役的後期戰鬥，而李成棟卻是第一次代表商家軍作戰，這時也都攢足了勁，希望能在這次的戰鬥中，有好的表現，因此在李定國下達了進攻的命令之後，兩人指揮着各自的隊伍，也向清軍發動了猛攻。
同時李定國也下令，守衛陣線的十四團也出擊，從正面對清軍發動進攻。而黃得功一見，也立刻下令自己的人馬，跟在商家軍後面，一起進攻。
在江準戰役結束的這半年多的時間裡，進攻作戰、野戰都是商家軍的重點訓練項目，因此現在全軍的整個作戰能力都提升了一個層次，士兵們在向敵軍發動進攻，還沒有和敵軍接觸的時候，前排的士兵在射擊完之後，就會立刻放緩腳步，讓身後的戰友衝到前排去射擊。而自己一邊前進，一邊填充彈藥，準備第二次射擊，這樣一來也形成一個波浪似的進攻，一層推一層。
在離敵軍只有二十步的距離時，在射擊完之後，一率不許在填充子彈，前排的士兵準備與敵軍進行白刃格鬥，而後排的士兵則用手榴彈攻擊敵軍，在扔完手榴彈之後，立刻衝到前面去用刺刀作戰，這層層疊進，遠近結合，給敵軍造成連續不斷的打擊。
而現在正好是檢查訓練結果的時候。在商家軍這種能夠充份發揮火器作用的戰術面前，單純依靠冷武器作戰的清軍顯然無法招架得住，儘管清兵的個人戰鬥力並不遜色於商家軍的士兵，但仍然被打得連連後退，進攻的勢頭也立刻被揭制了下來。
清軍本來在進攻時就己經受到沉重的打擊，士氣大落，現在又加上左右的肋部又遭到商家軍的襲擊，在這樣三路夾擊之下，跟本就無法抵抗，立刻全軍敗了下來。
雖然屯齊還想指揮一下全軍，敗而不潰，退而不亂，但劉良佐一見現在戰場上敗勢己定，立刻發揮出過去將明軍一敗即潰，一退即逃的老傳統，立刻拔轉馬頭，向後就跑。而他手下的士兵也都是同樣貨色，誰也不管什麼隊型秩序，把武器一扔轉身就跑，而且一邊跑還一邊大喊道：“跑啊，快跑啊，晚了就沒命了。”
結果這種潰敗的情緒也立刻傳遍了全軍，連一向聽從命令的滿漢旗軍也不顧屯齊的指揮，慌不擇路的逃跑。只氣得屯齊在馬上頓足捶胸，因爲屯齊一直跟着阿濟格作戰，入關以來也都是一帆風順，在打順風戰的時候，原明降軍的表現還很不錯，甚致可以用勇猛來形容，但從沒有經歷過降軍遇到逆風戰的樣子，因此也完全沒有思想準備，這時也無可奈何，只好跟着敗軍一起敗逃。
而李定國和黃得功見清軍敗走，也率領着人馬，隨後緊追不捨，一直追擊了十餘里，直到清軍都退進了大勝關之後，纔算收住了腳。
這一戰一共殺死清軍六千餘人，其中滿旗軍佔了近一半以上，還俘虜了千餘人，另外還奪馬二百餘匹，可以算是一個大勝仗，而黃得功也終於出了一口氣惡氣，看來以後還是要跟着商家軍作戰，才能弄幾口湯喝。
在單簡清理完戰場之後，李定國和黃得功才帶領着人馬，從朱家營撤退，一直退到南京城聚寶門外的聚寶山邊，才駐住了人馬，進城去向商毅報功。
朱家營大捷的消息，迅速在南京城裡傳開了，整個南京也都沉浸在一遍喜悅之中。而南京朝廷上下在驚喜之餘，也不得不承認，現在整個南方還確實還是隻有商家軍靠得住。
而且勝利總是最能夠鼓舞人心的，南京城中也立刻安定了不少，許多本來己經打算離開南京逃難的居民也決定先留下來，再看一看情況再說，畢竟不是萬不得己，誰都不希望離開自己的家園，總之南京整個氣氛，都因這次勝利而爲之一變。
商毅當然知道，這一次勝利僅僅也只是起到鼓舞士氣，安定人心的作用，並不能從根本上改變目前的大局，保衛南京的任務，依然十分艱鉅。首先下令，命李定國帶領九師，駐紮在石城門外的莫愁湖畔，而黃得功部駐紮在正陽門外的山川壇邊。聚寶門只留一個步兵旅駐守。
然後商毅又找到史可法和吳甡，把自己守衛南京的計劃也原原本本都告訴給他們，當然隱瞞了玄皇教的存在，只說自己打算分兵兩部，保衛南京城。不過請他們暫實不要把這個作戰計劃泄漏出去。
史可法和吳甡雖然對商毅的這個計劃並不完全理解，因爲在他們的意識裡，守城就是要把敵人拒之在城門之外，如果讓敵軍攻入城中，城池也就被攻破了，但他們都是見過大陣仗的人，也知道現在的局勢，並不會因爲朱家營一勝而改變，而且基於對商毅的信心，同時兩人也確實拿不出什麼好辦法來，因此現在也只能選擇相信商毅了。
得到了史可法和吳甡的同意之後，商毅也立刻在南京城中開始佈置起來。
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屯齊在朱家營敗陣之後，人馬退守到大勝關裡，好在是商家軍只追到了關前，就立刻撤軍了。這也讓屯齊總算鬆了一口氣，不過現在他也不敢輕易率軍出擊，只好守在大勝關裡，然後派人給阿濟格送信。
接報之後，阿濟格也十分吃驚，這時清軍的江南人馬主要都聚集在池州府和太平府一線，正準備逐步清掃應天府的外圍地區，也全面進攻南京作準備。而剛剛收到了回報，覺羅巴哈納率軍已經攻取了寧國府，但發現在廣徳州有明軍駐守，因此沒有繼續進軍。而現在商家軍己經在南京城中駐守，看來順利的時候己經過去了，硬仗馬上就要開始了。
現在阿濟格有兩個選擇，一是直接出兵，進攻南京。因爲在攻取了寧國府之後，清軍的側翼也得到了保護，暫時到是不用擔心，但南京本是堅城，又有商家軍守衛，恐怕並不好打，一但久攻不下，寧國府再出點意外，那可就危險了；二是暫時不進攻南京，進攻廣德州，繼續清掃應天府的外圍。這樣一來雖然穩妥一些，但會給商家軍守衛南京，集結兵力留出大量的準備時間，如果攻不下南京，外圍清的再幹淨也沒用。
一時間阿濟格也猶豫不決，就在這時，忽然有人送來一份密信。阿濟格接過來看完，也不由大喜，立刻下令，大軍發動，向南京進軍。