史可法離開揚州之後，商毅也立刻着手安排江淮的佈置。雖然從理論在來說，現在整個江北都屬於商毅的管轄範圍，但實際的控制區域其實只有淮河以南，大別山以東的地區。包括鳳陽、廬州、滁州、和州、揚州、淮安六府。總面積大約十五萬多平方公里。其餘的地方，依然都在清軍的手裡，不過也比商毅現在控制的浙江省大了近一半。
而商毅也作出安排，命劉澤清駐守鳳陽、劉肇基駐守廬州。成進駐守揚州、羅遠斌駐守淮安。也就是由商家軍控制淮東地區、明軍接管淮西地區。
因爲現在商毅還一口吞不下整個江淮地區，另外這次作戰的主戰場在淮西，對這一帶地區的破壞十分嚴重，而由余商家軍守住了揚州，淮東基本沒有受到什麼損害，而且以後清軍如杲再度南侵，淮西依然還是主戰場，因此商毅只能退而求其次，只是把淮東地區先劃入自己的實際控制範圍。
淮東地區亦可稱爲蘇北地區，實際就是揚州府、淮安府兩個府治，但北接山東、南連江南，可以把商毅目前的勢力範圍連成一片，而且背靠大海，也有利於發揮商家軍的海上優勢。而另一方面這兩個多月以來，商家軍在揚州、淮安地區也建立了初步的民衆基礎，有利於商家軍在這裡速度建立起統治基礎。
揚州府位於長江北岸的出海口，與蘇州府隔江相望，而現在蘇州府實際也算是商毅的勢力範圍了，現在江南、江北這兩塊地區也基本算是連結起來。但目前商家軍並沒有完全佔領整個淮安府，只是控制着黃河以南的地區，淮安府的大部份地區，都還有清軍的控制之下，不過由於清軍新敗，現在這一地區的統制基礎十分薄弱，因此商毅的下一步目標就是渡過黃河，發動魯南戰役，收取整個淮安府，打通江淮和山東的連結。
不過江淮之戰結束以後，商家軍的士兵也十分疲勞，需要進行一段時間的修整，還有損失的士兵也需要補充，而且這一次作戰，也需要和山東的商家軍配合作戰，分從南北兩路一起用兵才行。因此商毅也決定，命各路人馬暫時休整十到十五天的時間，然後再發動這次戰役。
而在休整的同時，商毅也下令到登州，招周少桓到淮安，和自己會面，一方面商議一下兩路用兵的計劃，另一方面也想詳細瞭解山東戰區這幾個月以來的發展情況；又命令第五師返回江南去駐紮，第一、三、四師留在江北，一面休整，一面備戰。並且又通知杭州的葉瑤瑱和周士奇，馬上安排調動一批行政人員過去，要在揚州和淮安建立起商家軍的行政機構糸統。
接到了商毅的命令之後，周少桓也和唐鎮兩人立刻動身乘船南下，因爲約定是在淮安碰頭，路程比到杭州也減少了一半多，因此只用了九天時間，周少桓就趕到了淮安。
這時成進、段鵬、楊武丞、羅遠斌、王信等人都在淮安聚齊，周少桓、唐鎮和他們差不多有一年沒見面了,這次相見，自然都是十分高興，拍肩搭背也少不了，互相之間都問候一番之後，周少桓和唐鎮才見到商毅，兩人首先向商毅彙報了在他離開山東之後，商家軍在山東的進展情況。
進入弘光元年（1645年）之後，山東雖然也是戰事不斷，但基本都是千人以下規模的小戰鬥，因爲周少桓也牢記商毅離開時候的教導，不以奪取大城市爲目地，也不發動大中規模的戰役，仍然是以小規模游擊戰爲主，把部隊分散爲以營爲單位，尋找機會打擊清軍的薄弱環節，並逐步向濟南府、兗州府的地區滲透。
儘管商家軍這樣的戰術，令駐守阿巴泰十分頭疼，但他也不敢冒然進兵，只能分兵把守各處要地，被動的防守，目前總算還是保住山東現有的州府城市，至於縣城，也就只好聽之任之，因爲阿巴泰也實在是力不能及。
到了四月份的時候，商家軍的實際控制區域己經大大增加，在青州府境內，只有北面的青州、臨淄，南部的莒州、蒙陰等少數城市還在清軍的控制之下，而其餘的廣大地區都被商家軍佔領。而且商家軍還佔領了濟南府的東北的利津、蒲臺、沾化、海豐、陽信等縣以及附近的鄉鎮，現在商家軍在山東地區的實際控制面積達七萬平方公里左右，約佔山東總面積的四成左右，戶籍四十二萬七千戶，人口有一百九十二萬四千餘人。
在軍事建設方面，山東商家軍的數目也進一步擴大，除了第二師以外，駐穆陵關獨立團己經擴編到八個團，實際達到了一個旅的編制，而在登州地區又新增了兩個旅的編制，還組建了一個騎兵團，一個偵察團。此外還有相當數量的民兵編制，正式兵力達到三萬七千餘人，民兵一萬二千餘人。總兵力比起山東戰區剛剛開始的時候，擴大了一倍有餘。
另外在登州還建立了兵工廠、木工廠、服裝廠、冶鐵廠等一糸列軍工工廠，除了少數尖端的技術如火帽、雷汞、線膛槍、重型火炮、地雷和造船之外，其他所有的武器和其他裝配、包括糧食，都基本能夠做到自給自足了。
而在內政方面，登州府和萊州府已經建立起完整的行政系統，村鄉的公社建設，土地清理和重新分配工作也基本完成，大約有三十八萬多戶的百姓都分配到了自己的土地，因此商家軍在山東地區的統治也已深入人心，而且正是有這樣廣泛的百姓基礎和擁護，也是山東戰區各方面都能得到迅速發展的最大原因。
當然爲了能夠向商毅詳細的彙報這一段時間山東的工作，周少桓可不僅僅只是口述，也做了經心的準備，帶來的各項文件帳冊也達到六大本，對毎一項工作，都有詳細的記錄。
商毅聽完了周少桓和唐鎮的彙報之後，也十分高興，山東戰區的局面發展，比自己預想中的還要好，而且周少桓也顯示出自己不僅僅只能領軍打仗，同時在內政和建設方面，也同樣表現的十分出色，看來把山東交給他去經營，自己也可以完全放心了。
因此商毅誇講了他們幾句，然後又問道：“唐大叔、少桓，你們在山東做得很好，那麼下一步，你們有什麼算呢？”
周少桓道：“大人，現在我們遇到的最大問題就是，控制的地方太小，我們治下的人口以經接近了兩百萬，但大部份都集中在萊州、登州兩府，由於我們和清虜互相對持，戰爭不斷，因此大批的百姓都逃離到萊、登兩府安居。約佔總人口數的八成左右，青州府和其他地區所佔極少，但在萊、登兩府的耕地數量有限，己經不能再容納更多的人口了。而現在清虜在山東的兵力不足，因此我們打算攻取青州，徹底佔領青州府全境，把青州府也納爲我們真正的統制區域。”
商毅點了點頭，山東省在明萬曆時期的人口數量最多，約爲五百六十萬左右，經過清軍的幾次襲劫之後，人口雖然大減，但大約在四百萬左右，而萊州、登州的地方只有山東全省的三成左右，而且這兩地的耕地面積也並不多，現在卻差不多容納了山東近半數的人口數量，負荷也確實有一點大。因此周少桓建議，徹底佔領青州府，擴大完全佔領區的建議，也是非常有道理的。
商毅道：“少桓，你的想法不錯，如果是在江淮之戰以前，確實可以馬上施行。但……”商毅說着，取過了地圖，指着青州的位置，道：“靑州的位置過靠北，而且青州一失，濟南必然震動，而濟南一但有失，整個山東都難保全，因此一但青州有失，清虜極有可能向山東增派兵力。青州府北面依然不會平靜，還是難以穩定下來，讓人口定居，安心耕種。”
接看他的手指向下移動，到達青州府南部，接着道：“我們現在己經佔領了淮安，如果能夠趁着清虜新敗，佔領整個淮安府，就可以和魯南接壤，因此如杲你們出兵先佔領青州府南部，然後攻取沂州，則可以和淮安府連成一片，這樣一來，不僅可以把青州府南部納爲內地，而且還能夠與淮安府互相呼應，你們認爲怎麼樣？”
周少桓仔細看了看地圖，也點了點頭，道：“大人的這個計劃，確實比攻取青州要好，但這樣一來，卻有另外一個問題，雖然可以使山東和淮安連結成一片，但地勢卻過於狹窄，甴南至北，長達二千餘里，而東西最窄，不足百里，如此缺少縱深，形成一字長蛇，首尾難顧，容易被清虜從中切斷。這是少桓的一點愚見，請大人蔘詳。”
商毅拍了拍周少桓的肩膀，呵呵一笑道：“什麼愚見不愚見，我們過去可不興這一套，有什麼話大家都可以擺到桌面上來說，怎麼纔到山東一年時間，就變得打起官腔來了。”
周少桓也不楚有點尷尬，道：“大人說的是，我…”
商毅笑道：“好了，這次就算了，以後可千萬別在這樣，在我心裡，一直拿你們當兄弟看待，你在山東做得好，能擔當大任，我高興還來不及。”