天明之後，洪承疇率領大軍進駐麻城縣，但這時的麻城縣裡，己是一遍狼藉，到處都是屍體，有商家軍的，也有清兵的，但更多的卻是縣裡的百姓。原來攻下了麻城縣之後，清軍就開始在縣城中大肆殺戳，搶掠，只要見到活人，跟本就不問清紅皁白，一率殺死。其實不僅僅是麻城縣，在攻破黃安、羅田縣之後，清軍同樣也都進行了屠城。
在清軍未入關之前，攻下明朝的城地之後，進行屠城是家常便飯，不過在入關之後的初期，因爲安穩人心，這種行爲減少了許多。而在南侵己後，由於受到商家軍的有力抵抗，在另一時空裡發生過的“揚州十日，嘉定三屠”等慘劇，也都沒有出現。但隨着清軍攻佔南京，深入南方各地，屠城戳地的事情，也開始越來越多了起來，儘管沒有達到“揚州十日，嘉定三屠” 這麼大的規模，但除了商家軍佔領的江浙一帶地區之外，在湖廣、江西、福建、廣東等地的殺戳，也並不比另一時空裡差多少。
而在湖北地區的屠殺，還有另一層目地，就是對商家軍進行瘋狂報復，以及對依附商家軍的百姓進行恐嚇。而這也是清軍慣用的手段。雖然湖北地區的人口並不多，但被清軍屠殺的百姓也接近十萬。
儘管洪承疇對清軍的這種用屠殺百姓來進行恐嚇統制的行爲並不贊同，但也知道自己並不能阻止，而且洪承疇也承認，在短時間，這確實是最有效果的方琺，因此也只就睜一眼閉一眼算了。而且現在要讓他操心的事情太多了。
雖然清軍在湖北戰區己經取得了巨大的勝利，但付出的代價同樣也不小，共計陣亡的人數己經超過了五萬，加上前前後後一共修築了大小堡壘近四百多個，也消耗了大量的人力物力，可以說清軍現在也己是筋疲力盡，必須要經過一段時間的修整才行。
不過洪承疇也知道，儘管商家軍失去了全部的地盤，但躲進大別山裡的餘部還有不少人馬，而大別山區連續數百里，山高林密，山路崎嶇複雜，商家軍又佔據了險要之地，這正是商家軍最喜歡作戰的地區。而且清軍的堡壘圍攻戰術在山區實施的難度也大得多。同時洪承疇也從李本深那裡得知，這本來就是商家軍的戰略，利用大別山廣大的山區，繼續和清軍周旋，等待着反攻的時機，在大別山裡也準備了許多物資彈藥。因此清軍征剿商家軍的戰鬥，還並不能說取得了全面的勝利。
當然如果僅僅只是湖北的戰局，洪承疇到還並不怎麼擔心，因爲現在清軍在湖北地區還有近十萬大軍，雖然不能佔領大別山，但封鎖出山的要路，還是做得到的，因此只用慢慢的圍困，也能把商家軍給耗死在大別山裡。但問題是商家軍的渡海突襲盛京，卻始終是洪承疇心頭壓着的一個巨大陰影。
而洪承疇也知道，這個陰影早晚都要來的。一但發生，清軍在湖北地區，仍致整個南方的優勢，都有可能全部化爲烏有。自己這次南方督師的結果，恐怕也只能以失敗收場。畢竟總會有一個人來承任這個責任，多爾袞當然不會承擔，多鐸也不會，勒克徳渾份量不足，那麼也只有輪到自己頭上了。
但儘管洪承疇知道這個結果，偏偏什麼事情都做不了，只能等着結果到來。當然現在還是有許多事情要做，無論是回兵北京，還是繼續進次湖北，首先是要休整部隊，其次是現在時間充裕了，也可以從李本深嘴裡多瞭解一些商家軍的情況。因爲這一戰之後，商毅恐怕將真正成爲可以與清廷正面抗衡，甚致是爭奪天下的勢力，那麼對商毅，以及商家軍的情況瞭解得越多，越透澈，對清廷也就越重要，同時這也是洪承疇日後有機會東山再起的資本。
李本深投降了之後，又幫着洪承疇勸降了一些其士兵，現在投降淸廷的商家軍士兵一共有二十七人，洪承疇也把這些人全都交給李本深帶領，並且打算以這批人爲班底，按照商家軍的方法重新訓練士兵。
不過這批降兵中，老兵不多，加上李本深一共也只有四個人，其他都是商家軍到湖北之後才招募的士兵，而中高級軍官更少，除了李本深之外，官職最高的也就是一個副連長，因此洪承疇也覺得還不夠。在這一次戰鬥，清軍又俘虜了不少商家軍的將士，其中還有一個團長，洪承疇也想從這一批俘虜裡招降一些人過來，由其是趙嶽。洪承疇也打算不惜一切代價招降。
於是洪承疇立刻把李本深找來，道：“本深，你對這個趙嶽熟悉嗎？”
李本深點了點頭，道：“末將知道，趙嶽本是明朝衛所千戶，駐守天津衛，在崇禎十七年…不，是順治…順治元年(1644年)，商毅襲取北京時，投靠了商毅。這幾年也立下了不少戰功，很受李定國賞識，末將升任了二十二旅旅長之後，李定國本打算委他出任末將的副手，任二十二旅副旅長，但他卻寧願低一級，出任正職，也不想當副長，因此李定國才讓他擔任十四團團長，而這十四團，就是當初李定國發家的地方。”
洪承疇點了點頭，笑道：“寧做雞頭，不當鳳尾，看來此人到是有些意思。那麼本深以爲，有可能招降趙嶽嗎？”
現在李本深的心理，當然是商家軍的士兵投降的越多越好，於是想了一想，道：“依末將來看，到是有可能，趙嶽立的功勞雖然不少，但爲人頗爲清高，而且時常都有怨言，在軍中人緣一般，另外此人對明朝頗爲忠心，而對商毅越暨自立之舉也頗爲不滿，因此依末將來看，從這幾方面入手，應該是有可能說降他的。”
洪承疇聽了，也頗爲滿意，道：“好吧，不過他這次到是受了不輕的傷，先緩他幾日，等他養好傷之後，再勸說他投降。”
兩人正說着，忽然一個衛兵匆匆走進大帳，道：“稟報大帥，鎮江失守了。”洪承疇聽了，也不禁臉色大變。
原來洪承疇離開南京之後，鎮江的告急也一封一封發到了南京，多鐸本打算自己親自領軍，去援救鎮江。但這時鰲拜卻主動請令，要求甴自己率領一支人馬，去援救鎮江。因爲鰲拜是剛到南方，還沒有出戰過，而且他在北京時聽到許多關於商家軍的傳說，都說商家軍是如向厲害，鰲拜素來輕視漢人，心中也頗爲不服，因此也打算借這個機會，去和商家軍打一仗，看看商家軍到底是怎麼個厲害法。
鰲拜在清廷素有滿州第一勇士之稱，爲人驍勇善戰，在皇太極時代爲清廷立下了不少功勞，而多鐸也覺得鰲拜善戰，又初是到南方，有一股銳氣，讓他領兵前去也付，因此命鰲拜帶領二萬人馬，趕去援救鎮江。
鰲拜領命之後，立刻帶兵出發，而且知道鎮江軍情緊急，下令倍道而行，儘快趕到鎮江。雖然有人提醒他，當心商家軍伏擊，不可輕急冒進，但卻被鰲拜大罵一頓，說他膽小如鼠，幸好這是個滿人，如果是漢旗的人，早就被鰲拜一刀給砍了。
結果清軍出發之後，一路急行，其他什麼也不顧。
而清軍從南京一出擊，就被商家軍的偵察兵發現，立刻飛報給駐守句容的第一師。
第一師是第一軍的王牌部隊，但在這次進攻鎮江的戰鬥中，沒撈到主攻的任務，被分來阻擊清軍的援軍，師長蘇建林雖然不敢違抗軍部的命令，但也憋了一肚子氣，正好清軍的援軍來了，蘇建林當然不會放過這個機會，因此立刻下令出擊，襲擊清軍的援軍。
結果商家軍剛剛佈置好防線，鰲拜就帶兵殺到，也不問清紅皁白，立刻向商家軍的陣地發動猛攻。按照鰲拜的想法，一陣衝鋒就可以把商家軍給打散了，那知在商家軍兇猛的火力阻擊下，清軍一連發動三次進攻，都被商家軍給打退，人馬傷慘重不說，而且士氣大跌。
而蘇建林見狀，立刻下令，趁勢向清軍發動反擊，結果一個反衝鋒，反而把清軍打得大敗，儘管鰲拜盡力指揮清軍抵抗，但也根本無濟於事，後來就連鰲拜都身中三槍，幸好是他穿着三層重甲，因此才僥倖沒有傷及性命，但肋骨也被打折了二根，也無力再戰下去，被敗軍擡着，退回了南京。
援軍被擊敗的消息傳到了鎮江，也讓鎮江城裡的守軍頓時軍心大亂，而這時商家軍也向鎮江發動猛攻，同時長江艦隊也趕到了鎮江的江面，從江上猛轟鎮江的水門。在水陸兩路的打擊下，鎮江終於也守不住，被商家軍突破城牆，殺入城中，守軍敗退出城，逃回南京。
洪承疇看完了戰報之後, 也不敢怠慢，立刻派人回到南京, 催促多鐸趕緊渡江。