其實攻佔馬尼拉城，擊敗西班牙殖民者並不難，主要是商毅打箅在馬尼拉長期佔領，把馬尼拉成爲中國的殖民地，因此在佔領馬尼拉之後，善好的事情也是千頭萬緒，十分複雜，這也是商毅堅持要自己帶兵出征的一個重要原因，成鋼和黃震在這方面還嫩了一點。
商毅首先宣佈，菲律賓這個名字正式取消，以後全部都以“呂宋”爲這一地區的稱名，菲律賓羣島也改名爲呂宋羣島。而聖地亞哥堡，改名爲鎮南堡。不過其他各島嶼的名稱和馬尼拉城的名字保持不變。雖然說名字只是一個代號，但仍然十分重要，菲律賓全面改名爲呂宋，也標誌着這一片島嶼的主權正式發生了變更。
當然名稱的改變只是一種像徵意義，呂宋地區的最大作用，還是在於作爲歐州和美州地區通向中國的一個貿易中轉站，儘管它距離中國大陸的路程只有十五到二十天的距離，但依然是一個重要的商品集散地和中途的補濟點。用後世的話來說，是一個物流集散中心。
商毅佔領馬尼拉，不僅僅是看重了呂宋地區的地理優勢，同樣還有呂宋地區的自然資源，呂宋地的銅礦十分豐富，也有相當的鐵礦和金礦儲量，這些都是前商毅正需要的金屬礦產。另外呂宋羣島屬於亞熱帶地區，不僅森林資源豐富，盛產水稻、玉米，而且還可以種植多種熱帶作物。
西班牙殖民者在馬尼拉經營了八十餘年，雖然是殖民統治，但也確實給呂宋地區帶來了先進的技術，並且進行了一定的開發，開避了許多農業種植水稻、玉米、甘蔗等作物，由其是在呂宋引入了甘蔗種植，這是榨食糖的重要原料，而食糖在這個時代，也是一項重要的商品。當然這也有相當一部份功勞是華人的辛勤勞動。因此無論是從長遠還是短期，呂宋地區都將會給自己帶來巨大的財富。
首先是儘快穩定馬尼拉的生活秩序，讓其他華人儘快定居下來，各自開始各自的生管，而這一點在攻下馬尼拉城之前，張庚秋等人就己經開始在做了。
其次是恢復與各地的正常貿易來往。因爲在目前來說，馬尼拉最主要的收入還是來往商船的關稅，和商品流通帶來的財富。歷史上每一次馬尼拉華人大屠殺之後，都會給馬尼拉帶來一次經濟衰退，然後再慢慢的恢復，因爲馬尼拉的貿易活動，主要是依靠中國的商皓。而這一次大屠殺實際並未完全進行，而且中華軍佔領馬尼拉之後，中國的商船仍然繼續來到馬尼拉，而只要中國商船來，那麼其他各囯的商船也都會隨之而來，因此對馬尼拉的貿易影響並不大。
當然現在馬尼拉的貿易來往, 是由中國人來主導了，因此商毅也委任張庚秋，從當地華人中選出十幾名較有聲望和影響力的人，付責管理馬尼拉與其他各國的貿易來往，收取關稅等等，同時也告之各國，現在呂宋地區己經由中國的南京政府接管了。
馬尼拉的內政只是一方面，另外還有對外的戰爭並未完全結束，現在中華軍控制的只有呂宋島，而在呂宋羣島的其他諸島，中華軍還沒有真正來得及染指，而且就是在呂宋島，中華軍實際能夠控制的，也只是馬尼拉城和周邊的地區， 其實只佔了呂宋島的極小一倍份。在中華軍控制以外的地區，還散佈着大量的傳教士，而呂宋島上的各土著部族，還沒有向中華軍正式臣服。另外還有從馬尼拉城逃跑的大主教，也還下落不明，這也是一個極大的隱患，必需清除掉。
因此商毅也命人四處打聽，大主教弗朗西斯科的下落。同時也派出部隊，去接收西班牙殖民者在馬尼拉地區開避經營的各工廠、農場、莊園等資產，首先進行清點查封，登記造冊，準備進行拍賣。並且派人回國通告國內的各大商家，有興趣的人都可以來馬尼拉來，拍實大會將在二個月後進行。
三天之後，馬尼拉地區的生活秩序基本恢復，八成以上的華人也都定居下來，還有少數店鋪也都開張營業，而且馬尼拉地區的工廠、農場、莊園等等也基本被中華軍清點査封，一共有四十三處。
而這時在棉蘭老島的天主教耶穌會的馬尼拉教區的付責人，奧利維拉主教帶着幾名傳教士，在郭納爵和陽瑪諾的陪同下，來到呂宋島，參見商毅。
在中華軍當到馬尼拉的時候，奧利維拉聽從了中國的傳教士的勸告，對這場戰爭暫時保持中立，因此對大主教弗朗西斯科的號招釆用拖挻戰術，不過耶穌會右馬尼拉大教區的勢力並不大，而且傳教的地方也十分偏遠，弗朗西斯科也並沒有對他們抱以多大的希望。 不過奧利維拉對中華軍並不看好。
郭納爵和陽瑪諾第二次來到棉蘭老島的時候，中華軍還沒有攻下馬尼拉城，不過奧利維拉得知中華軍己經登陸馬尼拉，並攻佔了聖地亞哥堡之後，也對中華軍在馬尼拉的前景發生了改變，認爲有必要親自到呂宋島來，觀測一下形勢。那知等他到達呂宋島之後，才知道馬尼拉城己經改旗易幟，成爲中華軍所有。
雖然奧利維拉也驚亥中華軍的戰鬥力，這麼快就拿下了馬尼拉城，但同時也不禁暗自慶幸，好在是自己極時來到呂宋島，才能夠抓住這個大好時機，因此也在阿科尼亞的引見下，和商毅見面。當然也順着阿科尼亞的口氣，表示馬尼拉教區的耶穌會將服從並支持中華軍在呂宋羣島的統治地位，並且將勸說耶穌會傳教區內的土著部落，也服從中華軍的命令。
得到了耶穌會的正式表態之後，商毅也十分高興，也馬上給了奧利維拉豐厚的回服，將奧古斯丁大教堂贈送給耶穌會做爲總部，並且允許耶穌會在呂宋羣島的全境內傳教，而且禁止奧古斯丁會、方濟各會、多明我會在呂宋羣島地區內傳教。
奧利維拉自然是欣喜若狂，因爲在馬尼拉大教區傳教的四個教會中，只有耶穌會地位最低，條件最好的呂宋島根本沒他們的份，只能窩在鳥不拉屎的棉蘭老島傳教，因此能夠在呂宋島佔得一席之地，就是耶穌會的最大奢望了，卻沒想到一下就可以獨佔馬尼拉大教區了，這可遠遠超出了他們的預期，不亞於天上掉餡餅下來。而且這麼一來，奧利維拉就等於是馬尼拉大主教了。與奧利維拉同來的幾名傳教士也都激動得落淚了。
不過在過去的馬尼拉大教區，傳教士的經費都是由菲律賓總督府提供，收入可以說是相當豐厚，馬尼拉大主教年薪是四千一百二十五比索，主教年薪一千八百三十八比索，而一般的傳教士每年的所得也有一百比索。
而一百比索在馬尼拉地區的購買力，相當於九十石大米左古。在中國目前糧價最低的地方，就是商毅的統治區，一石大米的價格也在一兩五錢白銀左右，由這個比價也可以看出，就是一個普通傳教士的月收入，大約在十二兩白銀左右，既使是扣除因爲中國是在特殊時期, 糧價偏高的因素,在普通民衆中間，也算是一份相當高的收入了。而且這還不算教會其他的收入。
當然商毅不可能給傳教士們這麼高的收入，畢競在中國傳教士是沒有任何國家補助的，全靠教徒的捐助，但考慮到呂宋地區的特殊性，商毅還是同意給傳教士們一定的補助，但俱體補助數量，還要進行協商。但就是這樣，奧利維拉也覺得十分滿意了，因爲傳教區擴大之後，教徒也會增多，收入來源自然也可以保證，而且耶穌會在天主教中算是一個比較清貧的修會，一向窮慣了，對物質條件的要求並不高。
隨後商毅也向奧利維拉提出三個要求：一是儘快把耶穌會的總部遷到馬尼拉來，勸說當地土著投降，並且幫助中華軍穩定呂宋島的局面；二是盡力勸說棉蘭老島、薩馬、萊特和宿務等島嶼的土著向中華軍投誠，這也是對其他諸島上的土著作出一個表率作用；三是向羅馬教廷反映，在這次呂宋島的華人大屠殺事件中，奧古斯丁會，以及大主教弗朗西斯所犯下的罪行。
奧利維拉當然是滿口答應下來，反正是死道友不死貧道就行了，這些事情對自己也沒有損失，當然其他教會的損失，也就被他們無視掉了。因此奧利維拉也立刻分派自己帶來的幾名傳教士，分頭去辦理這些事情, 而他本人則住進奧古斯丁大教堂, 同時心裡也開始考慮, 應該給這座大教堂換個什麼名字纔好呢。
而就在這時, 從馬尼拉城逃走的大主教弗朗西斯科, 終於有了消息。