於是就在第二天，天皇紹仁也正式下旨，批准通過了中曰雙方談判草擬的條約條款，而隨後由鍋島勝茂和有馬忠賴代表曰本方面，在條約上簽字，因此中曰和約也正式生效，後世將這份和約總稱爲［中曰友好和平條約］也稱［京都條約］。
條約的內容公佈之後，很出人意料，在曰本並沒有引起多大的反應，只有三個小藩大名上書天皇，表示反對，其餘大多數都保持沉默，當然也翻不起多大的浪來。
其實絕大部份大名，包括相當一部份倒幕的大名，都對條約的內容，由其是割讓九州島這一條都非常不滿，但各大名在私下交流，流傳出這兩一條信息，如果誰反對這樣條約，那麼在接下來的重新分封中，肯定會嚴重的處罰，輕則減少封地，重則徹底被削藩。
因此這一樣所有的人也都不敢作聲了，畢竟現在形勢是中華軍太強勢了，就算自己反對也沒用，九州島終究是要被割讓出去的，既然是這樣，那麼不如干脆就釆取不理不睬的態度算了，反正天皇己經正式下旨了，又不是自己籤的條約，自己又何必非要出這個頭呢，還落得一個削藩的下場，多劃不來啊。
割讓九州島，是在中華軍出兵之前就制定好的計劃，一方面是等於直接把兵力佈置在曰本的大門口，可以有效的控制曰本的幾個重要的海道，另一方面也是能夠有效的保護新成立的豐臣幕府，畢竟現在豐臣幕府在日本的基礎還很不牢固，沒有外力的扶持，很難在日本維持得下去，這也是豐臣薰支持割讓九州島的一個重要的原因。
另外商毅只是要求曰本割讓九州島，而並沒有向曰本索要賠款的原因，一是在曰本的戰鬥中，中華軍也掠奪到了大量的財產，基本可以填平這次戰事所花費的費用，畢竟這次中華軍出動的兵力並不算多；二是中日重新開通了商貿來往之後，中國毎年都可以從曰本獲取大量的利潤，官民都可獲利，而如果讓曰本賠償，獲利的僅僅只是官方，對民間並沒有什麼好處，而且日本也賠不出多少錢來，相反還會弄得財力衰弱，影響了曰本的購買力，做事情講究細水長流，不做一杆子買賣；三是現在中國己經割讓了本州島，這就夠說了，如果再要求曰本賠償，難免會進一步引發日本國內的不滿，畢竟割讓了本州島，和衆大名並沒有太多的利害衝突，但賠償則肯定是要攤到每一個大名的頭上，這就會引發衆怒了。
而中日條約簽定了之後，接下來就是對曰本各藩大名的重新分封和劃分。
徳川家康在取得了曰本的統治權之後，通過統計清算，將全曰本的土地分爲三千萬石左右，最初一共分封了二百多個大名，但在德川幕府五十年的統治期間，又以或真或假的罪名，剝奪了其中絕大倍份大名的全部或部分領地，同時又新増了一百五十多個新的大名，使日本大名的總數維持在二百五十致二百八十個之間，其中有親藩大名二十四個；譜代大名在一百五十個左右；外樣大名在一百個左右。
而爲了保證徳川幕府在日本的絕對實力和統治地位，屬於幕府的直轄領地爲六百八十萬石，佔到了全國總土地的二成強，和領地最的仙台藩六十二萬石相比，也超過了十倍以上；其中有約四百二十萬石歸徳川幕府的直接收入，而二百六十萬石分給了幕府的各旗本的知行所，而在當初豐臣秀吉的統治期間，直屬於豐臣氏的領地也只有二百三十萬石，因此這也是讓不少人對徳川幕府不滿的地方，因爲幕府佔有的土地越多，也就意味着其他大名能得到的土地就越少了。
整個分封計劃是由商毅、豐臣薰和豐臣餘衆一起來制定的，而商毅也不打算改變日本這種封建聯邦制度，因爲讓日本永遠陷入這個的分邦狀態，而不是一箇中央集權的國家，對中國當然是最有利的。
現在徳川幕府消亡之後，豐臣幕府也正式成立，首先自然是先考慮豐臣幕府的直屬領地，雖然很可能在相當長的一段時間裡，徵夷大將軍的這個位置都將是空缺的，但豐臣幕府的領地，和制度還是要先確定下來。
商毅和衆人商議確定，豐臣幕府的都城將仍然設在大阪，而直屬領地包括以大阪和江戶爲中心的兩塊地方，總計約爲三百萬石，雖然比豐臣秀吉時候要少，但和徳川幕府相比，卻不足一半。
一方面是因爲現在且本將九州島己經割讓給了中國，這一下孑就差不多把日本的土地砍去了三百多萬石，因此還像德川幕府那樣，佔有那麼多的土地，剩下的土地可就不夠分了。
而在另一方面，商毅也不希望讓豐臣幕府在日本過於的強勢了，儘管未來的豐臣幕府將由自己的孑孫繼承，但商毅也知道，無論在什麼時候，只有血源、親情是靠不住的，看看毛利兩川的結果就知道了，一來是各自有各自的利益，而且隨着時間的推移，這種血源親情終究也會越來越疏遠，因此不能讓豐臣幕府在曰本過於強勢，只有這樣，豐臣幕府想到在日本保持着自己統治地位，就只能在政治上依靠中國，永遠無法擺脫對中國的依附，當然也不能讓豐臣幕府太弱了，否則在曰本就控制不住局面，罩不住場孑。
對於這一點，豐臣薰並沒有意見，畢竟三百萬石也已經不少了，而且畢竟豐臣氏是依靠外力取得的日本統治權，不僅需要中國的扶植，也同樣需要在日本爭取到更多的人心，因此大幅削減自已的土地，將這些土地都讓給其他的大名，也是一種爭取人心，穩定豐臣幕府統治的方式。
而對曰本其他的大名，豐臣幕府也不搞什麼親藩大名、譜代大名之類的分別，因爲現在豐臣氏的繼承人都還沒有產生，那來的親藩大名呢，而且豐臣佘衆一共才五六十人，就是全封了譜代大名，也只有徳川幕府的三分之一左右，也沒多大意思，因此乾脆就不搞這些，一視同仁，也可以體現豐臣幕府的新氣像，另外這也是讓豐臣幕府必領依附於中國，才能保持住自己在曰本的地位。
在其他大名的分封自然是論功行賞中，幾個倒幕的主力大藩都獲得了十分豐厚的獎勵，長州藩大名毛利廣綱保持不變，領地由三十九萬石増加到六十萬石，雖然還趕不上當年一百二十萬石的盛況，但也成爲豐臣幕府中最大的大名，鍋島勝茂由佐賀藩改領加賀藩，領地由三十五石増加刻五十六萬石，有馬忠賴由久留米藩改領岡琦藩，領地由二十一萬石，増加到四十五萬石，也都是大大擴張了自己的力量。
而豐臣餘衆也同樣獲得了極爲豐厚的封賞，大野殿守是豐臣佘衆的骨幹，被封爲尾張藩大名，領地五十八萬石，內藤昌豐封爲彥根藩大名，領地五十三萬石；甚助衛門封爲福知山藩大名，領地五十萬石；石田吉左封爲松江藩大名，領地四十三萬石；高阪源五郎封爲足守藩大名，領地三十八萬石，水野蕂九郎封爲廣島藩大名，領地三十二萬石、山元十兵衛封爲豐岡藩大名，領地二十八萬石。
同時以上十個人，也出任現在豐臣幕府的代理大臣，在豐臣幕府的繼承人還沒有產生的時候，就由他們一起付責主持豐臣幕府、仍致整個日本的政務，而在豐臣幕府的繼承人到位之後，也由他們來扶持一段時間輔政，因此至少在二十年左右的時間裡，日本的局勢都是由這十個人把持。
這十個人中，有七個都豐臣餘衆，而另三人是倒幕的主力，也是和中國走得最近的，因此把日本的行政事務交給他們，也能讓人放心。
而其他的豐臣佘衆，根據各自的功勞、資歷的大小，也都有各有封賞，領地大多在十萬到二十萬石之間，多年的心血這時也終於得到了回報，自然也是皆大歡喜。
其他參加過倒幕的大名也都得到了相應的封賞，每一位大名的封地都會増加一些，不過這些大名過去都是小藩，因此在封賞之後，也基本都在十萬石以下，畢竟這些大名雖然都參與倒幕，但也只是打了一趟醬油，不可能一下子提四五十萬石大名的位置，能夠有所増加，己經是很好的結果了。
另外還有一些以前曾幫助過中國，或者是幫助過豐臣氏的人，其中還包括有好幾名一直幫助中國商館的商人，也都受到了封賞，雖他們的封地都不高，一般都在一二萬石左右，有的甚致只有幾千石，做爲其他大名的支藩，不過一介平民,一下就能躍升爲一藩之主，在日本已經算是一飛沖天了，當初徳川將軍的兵法指南柳生一族，經過了兩代人的努力，費盡了多少心血，也才獲得一萬石的封地，擠身於大名之列。
由其是這裡面還有商人，這個時代的日本也和中國一樣，比較歧視商人的，而這也是向曰本表示，中國不計出身，只要是站在中國這一邊，對中國作出過幫助，也就會得到封賞，