泰山封禪的風波剛剛平息下來，但南京馬上又發生了另一件重大事情，其影響範圍，持續的時間，都遠比泰山封禪的事件要大得多。
就在李華梅到達南京的當天，由河南、河北、陝西、山東、北京等省地區的一些知名學者的組織下，一共聚集了三百五十八名學孑學者，一起聯袂進京向內閣聯名上書請願，這份請願書洋洋一共寫了近萬言，並附有數千人的簽名，一共寫了三大卷卷軸，向南京政府提出了十二條要求，首先就是請施行古制，以仁義禮信治國；其次是罷除奇淫技巧、重視誠心正意，其他還有限制商業、禁止開海、恢復科舉舊制、逐驅天主教等等內容。
李華梅在進宮途中，在馬車上看到的那一種學者，就是其中的第一批，共一百三十三人，他們趕到洪武門前聚集，跪伏於地，向朝廷遞交萬言書，而隨後另外兩批學者也都趕來聚集，這三百多人全部都跪在洪武門前，也將洪武門前的街道擠得滿滿當當。
雖然是在皇宮之前，但這些奇怪的舉動，還是引得不少南京居民遠遠的駐足觀看，而且軍隊也趕過來，不過這批人都還比較本份，只是老老實實的跪在那裡，並沒有什麼其他的舉動，於是也有一個軍官過來，告戒衆人，不要輕舉妄動，而領頭的幾個人也保證，自己不會亂來，因此軍隊也沒有驅趕他們，只是離着幾十歩遠警戒。
這時商毅正在內閣和衆官員們商議事情，聽到這個消息之後，也都大感意外，誰也沒有想到會鬧成這一步，而商毅也意識到，中國的思想衝突已經發展到一個比較嚴重的地步了。
現在中國的統治雖然穩定了下來，但新舊兩種思想的衝突卻十分激烈，而思想的分歧大體又分爲南北兩派，相對來說，北方偏保守，而南方偏革新，只是在此之前，雙方的爭話都只是停留在學術方面，最多隻是在報紙上發文，隔空互相爭論一番，而南京政府一般對於學術爭論都是釆取不干預的態度，因此對此也沒有太在意。
但在新年之後，商毅下旨堅持執行新的科舉制度，也成爲北南思想衝突激化的導火線。
原來自從宋代以後，南方由於經濟發達，教育水平也逐漸高過了北方，明朝開國之後，在洪武年間進行的幾次科舉中，南方考生的上榜率明顯要高於北方，一甲的前三名和會元幾乎都是南方人，而狀元更是全被南方人壟斷。
在洪武三十年的會試中，選出五十一名貢士全部都是南方人，而這一結果這也引起了來自北方考生的極大不滿，大批落榜考生跑到明朝禮部鳴冤告狀，還有數十名考生沿路喊冤，甚至攔住官員轎子上訪告狀，有說主考官收了錢的，有說主考官不公的，有說主考官搞地域歧視等等，街頭巷尾各式傳言滿天紛飛，這就是明朝初年轟動一時的南北榜事件。
而明朝也立刻舉行了複查，但複查的結果卻是，所錄取五十一人皆是憑才學錄取，無任何問題，因爲這個科舉都是封名閱卷，主考官根本就不可能知道考生的名字，也無從作弊，而北方考生仍然不一，同時連朝中的官員也牽扯了進來，幾乎就要演變成北南之爭了。
後來朱元璋出於南北平衡的考慮，自己親自重新閱卷，將錄取五十一名貢士全部改爲北方考生，纔算免強把這次風波給壓了下去，從此以後，明朝也改革了科舉制度，實行南北分榜，分別錄取，到明朝中期，又演變成了南北中三榜的劃分方式，到萬曆時期又更進一步，在科舉中增開了“商籍”，解除了朱元璋時期對商人子弟應試的種種限制，而清朝建立後，也基本沿用了這個分榜制度。
對於分榜制度，商毅並不是沒有想過，因爲每一地區的教育水平不一樣，後世的高考也分了地區，對邊少地區還有一定的照顧，不過明初的南北榜事件是發生在會試的時候，也就是進京考試，但現在中華帝國纔剛剛纔進行了鄉試，還沒有到分區的時候，本來是不該引起爭議的，但甴於自然科學與以前考應文章不同，文章雖然是有好有壞，但其中還是有一定的彈性空間，沒有一個絕對的標準，而自然科學都是有標準的答案，對就是對，錯就是錯，沒有模棱兩可，因此不及格就一杆子打死，沒有變通的餘地。
因爲中華帝國是立足於南方建立的，公辦學校，以及師資力量也要充足一些，而且南方的思想也相對開放，許多私塾對自然科學也不排拆，還有不少私塾的先生都自學了一些自然科學知識，這樣就可以招到更多的學生，因此自然科學在南方普及的也廣泛一些，而且在中國的內戰期間，南方受到的影響破壞也小得多，甚致是傳統教育的沿續性也要好得多，結果在去年的鄉試中，南方考生的合格率還不錯，雖然也偏低了一點，但也在正常的範圍以內，也就沒有引起太大的爭議，而在北方就要差得多，有一些縣連一個自然科學及格的考生都沒有，自然也就沒有一個通過的考生了。
鄉試都是如此，後來的省試、會試也就可想而知了，再加上新舊思想上的衝突，於是在北方地區的學者也產生了極大的不滿情緒，在新年以前，就不少地方的學者都聯名上書中央，要求重新舉行鄉試，並將自然科學的內容從考試中剔除掉，但新年之後，商毅下旨，明確表示鄉試的結果是不會改變，而且科舉制度也不會改變，因此也進一步引發了北方各地學者的不滿。
當然他們現在還不敢公然反對帝國，只能祭出了最後一招，聯合進京請願，向朝廷上聯名萬言書，而上書的內容除了科舉之外，還包括針對帝國的其他制度，當然這也是因爲建國之後，商毅對思想言論放得比較鬆，如果是在清廷當政，那怕是朱重八在位的時候，也都是肯定不敢的。
但不管怎麼樣，事情總是發生了，因此在接報之後，商毅也下令，停下其他的公務，首先來討論對這一次請願的事情怎樣處理，經過了內閣衆官員簡單的討論之後，衆官員們決定，現在不要激化矛盾，首先收下上言書，看一看寫的是什麼內容，然後再做決定，而對請願的學者學子們，暫時以安撫爲主，可以給他們安排住宿，一來是表示政府的懷柔，二來也是更於管理，免得弄出大亂孑來。
商毅對此到也沒有異議，因爲這種上京請願的行爲，在歷朝歷代都有，其實是中國古代民間向朝廷表示自己聲音的一種形式，無論這一次請願的內容是什麼，但這種形式是不能禁止的，因此商毅只是要求，一定要讓請願者保持秩序，不許藉機對南京的日常生活造成破壞，影響秩序，而請願者的住宿飲食由朝廷來付責這一點，到是可以，但要派遣軍隊監視。
內閣做出了決議之後，立刻派出兩名內閣官員，出洪武門去面見衆學者傳達內閣的意見，首先接受他們了上言書，並表示內閣會認真閱讀上言書，並上交給皇帝御覽，但對上言書裡提出的要求怎樣處理，還需要時間來討論，因此請他們暫時在南京等候，並安排他們到館驛休息住宿，但同時也告戒衆人，不許在南京胡作非爲，破壞治定，否則一定將會嚴懲。
這時衆學子們在洪武門外跪了半天，也確實足有些累了，而且內閣也接受了上言書，答覆的理由也很合理，畢竟將求內閣馬上就做出決定也不可能，而且有地方住，包吃包喝，當然不錯，起碼可以省錢，而組織這次上京請願的領頭幾個人也都覺得沒有拒絕的理由，雖然在隊伍雖也有幾個人鼓吵着“如果內閣不答應就跪在這裡不走之類”，但見其他人都跟着官員一齊離開了，也熬不住累餓，終於也跟在後面一起走了。
見終於把這批請願的學者們都安穩下來了，內閣上下也都鬆了一口氣，總算是還沒有出什麼大亂子，同時又趕忙安排了一隊士兵，在館驛外駐守，當然名議上是保護他們的安全，雖然不限制衆人的活動，但要外出時必須登記，發給令牌。
而在內閣裡，衆官員們也在爲上言書的內容議論紛紛，因爲看過了上言書的內容之後，絕大多數人對這份上言書提出的要求都嗤之以鼻，內閣成員基本都是追隨商毅打天下的人員，一方面是對商毅信任，另一方面也是在奪取天下的過程中，也淸楚這些新政策對於帝國發展的好處，另外也有一些人確實是開擴了眼界，提高了見識，當然也不少人有既得利益在裡面。
比如第一條恢復古制，以仁義禮信治國，就連王夫之都認爲，這根本不可行，因爲什麼纔算古制呢，是宋朝、唐朝算古制，還是夏商周三朝算古制，而像什麼限商、禁海之類，只會造成帝國的財政崩潰，更是不可能，但這次事情怎樣處理，確實是一件很麻煩的事情，連商毅一時也有些束手無策.