在一番恩威並施下來之後，果然起到了相當大的效果。雖然人們對商家軍的說法還半信半疑，但致少都明白，反抗商家軍是死路一條，而且從商毅所說的情況來看，如果真的能夠照這樣做，還是不錯的。不過相比之下，華人對商家軍的信任度要更強一些。
散會之後，商毅又留下衆人住了一夜，並招待了他們一番，並給毎位頭人一些禮物，正所謂打一巴掌還要給個甜棗吃，因此衆頭人們對商家軍的好感也增加了一些，都覺得商毅也許說的是真的。
第二天各村社的頭人都離開了雞籠。而商毅將所有的華人代表都留了下來，另有安排。因爲商毅知道，在這個時代，在臺灣土著眼裡，中國人、歐州人都是外來人，誰對自己好就聽誰的，不能完全相信。這並非是商毅不信任士著，因爲在另一時空裡，荷蘭人獨佔了臺灣之後，就全力挑拔土著與華人之間的關糸，結果引發了不少華人與土著的內鬥。相比之下，華人的可靠性，要比土著人大得多。因此要在臺灣立足，就先要把他們抓住。
商毅首先向衆人保證，只要服從商家軍的統治，就會保護他們在臺灣的土地、財產安全。因爲以後還會有移民到來，因此求他們回去以後，劃定各自村子的範圍，提交戶籍和土地面積。並承認土地爲各戶家庭所有，五年以內，免除任何稅收。同時毎個村自己修建村寨，組織團練自保，實現村村聯防，並由商家軍派人教導他們訓練，如果商家軍從各村抽調團丁做戰，將會支付報酬。
衆人聽了，也都認爲商毅說的這些條件都不錯，其實毎個村子都有結團自保的想法，只是無人組織，又怕惹怒了西班牙人，引來報復。現在有商家軍來領頭，自然都原意。
隨後商毅又宣佈，將西班牙人命名帶有殖民色彩的名字全都取消，都改成後世所用的名字，雞籠也正式改名爲基隆，聖地亞哥城爲三貉角縣、至薩爾瓦多城改爲社寮島、聖多明哥城改爲淡水縣、噶瑪蘭改爲宜蘭。並且開始建立商家軍在這裡的初步統治基礎。
同時商毅又派遣阿科尼亞，帶十人乘船南下，和佔領臺南的荷蘭人接觸，宣告西班牙人以經被大明軍隊驅逐出了臺灣，要求荷蘭的臺灣大員官員派人到基隆來,協商雙方在臺灣共處的利益。
其實在這個時候，荷蘭人在臺灣的駐軍也不多，絕不超過六百人。就是在整個亞州，荷蘭的駐軍也只有三千多人。因爲現在荷蘭正忙於歐州的戰爭，想要大量增軍亞州，還要等到三十年戰爭結束之後。
但在佔領了臺灣北部之後，商毅並不打算趁勝進軍，全面佔領臺灣。因爲荷蘭可不比正在江河曰下的西班牙，就是丟了臺灣也無力反擊。而現在的荷蘭正正處於國力的上升期，在另一時空裡，十七世紀的後半段基本就是荷蘭人的時代，“海上馬車伕” 就是從這個時候叫響的。
雖然以商家軍目前的兵力，擊敗臺灣的荷蘭人並不是難事，但佔領了全臺之後，守不守得住，也是一個問題。荷蘭人在臺灣的駐軍實力並不怎麼樣，但海上的實力卻不容小視。一但驅逐了臺灣南部的荷蘭人，巴達維亞方面一定會出動海軍，來複奪臺灣，雖然目前的商家軍海軍的戰船是夠了，海軍的素質還遠遠跟不上, 因此也還不具備與荷蘭海軍相抗衡的實力，亞莉桑德拉的西班牙僱傭兵海軍到是可以一戰，但商毅並不想把希望都寄託在他們身上。
同時明淸鼎革的時候在即，以目前商家軍的兵力來說，也不足以支持兩線作戰，商毅的主要精力還是在國內，在這個時候，商毅可不想給自己的背後再建立一個強大的對手。
另外還有一個重要原因，現在是中國沿海還有一支舉足輕重的力量，那就是廣東的鄭芝龍集團。在被明朝招安之前，臺灣一直是鄭芝龍的地盤，而且鄭芝龍與荷蘭人也是老對手了，雙方在十佘年前爲了爭奪中國沿海的控制權曾經過了數年的激烈爭奪。
結果雙方互有勝負，鄭芝龍雖然稍占上風，但也不願長期樹敵，因此最後雙方不得不互相都退讓一步，鄭芝龍退出臺灣，讓給荷蘭人，同時荷蘭人承認鄭芝龍在中國沿海的控制權，不追求在福建進行貿易，而且雙方同意進行貿易往來。荷蘭保留通向馬尼拉和巴達維亞的航線。但荷蘭的對日本貿易，需經鄭芝龍將中國特產運至臺灣，轉手之後，方由荷蘭方面運往日本出售。
商毅也曾有過與鄭芝龍聯合對付荷蘭人的想法，但鄭芝龍也未必肯甘心，在聯手擊敗了荷蘭人之後，再將臺灣這樣一戰略要地與商毅共同分享，螳螂捕蟬，還要預防黃雀在後，聯合也是要以實力爲基礎的，關建還是在於商家軍的海上實力太差了。不足以讓鄭芝龍和荷蘭人感到畏懼。
相反，暫時把荷蘭人留在臺灣，並且與荷蘭人達成一些合住協議，一方面可以穩定住商家軍在臺灣的統治基礎，另一方面也能牽制住中國沿海的鄭芝龍集團。因爲如果商毅要發展海外貿步，早晚都會和鄭芝龍發生衝突，而荷蘭人是唯一能在中國沿海進行貿易的非鄭氏集團船隊，因此把目前的兩雄爭霸漸漸變成三國演義，藉助荷蘭人的力量打破鄭芝龍的隴斷地位，這纔是當前最好的選擇。
而且商毅估計，只有一年的時間，商家軍的海軍就能形成戰鬥力，就可以加強自己一方的話語權。最多二三年，就能建立出一支強大的海軍，到那時，纔是自己揚威四海的時候。
同時，商毅對於吸引荷蘭人的合作，還是胸有成竹的。
在中國人的印像中笫一個資本主義國家是英國。但實際上，這個冠軍的桂冠是屬於荷蘭，它不僅是笫一個資本主義國家，而且還是第一個共和制的國家。雖然荷蘭正式獨立，還要等到三十年戰爭結束以後。當然在這個時候，荷蘭還叫尼德蘭聯合共和國。一直到1814年拿破崙失敗之後，才正式成立荷蘭王國。
這個時候的荷蘭是甴尼德蘭地區北部的荷蘭、格利德恩、奧維依謝爾、烏特勒支、西蘭、菲士蘭、格羅寧根等七省組成，因此也叫尼德蘭七省聯合共和國。但這七個省在政治是相互獨立，各有各的政府，亨有廣泛的自治權。並由各省聯合籌組荷蘭國家議會做爲中央的機關，正式成爲一個聯邦國家，議會會址設於荷蘭海牙，因此也能叫荷蘭共和國。最高首領稱執政。
成員甴各省議會選出四十名代表組成，有立法、決定賦稅、宣戰、媾和與處理重要的國家權力。而且每個省都擁有一票否決權，重大事情的決議需要一致通過。執政付責協調各省間的矛盾與分岐。
荷蘭在政治、經濟上的一些創舉對後世都有深遠的影響，之後美國的獨立革命和憲法深受荷蘭的影響。而且現代金融業、銀行業、股票交易業都起源於這個時代的荷蘭。
正是因爲在這個時代荷蘭獨特的國家制度，也決定了荷蘭不像西班牙、法國那樣，他的地方大員是對國家議會的四十名議員，而不是皇帝一個人付責。因此類似於徳拉佩納那種擅自改變作戰目標的事情，在荷蘭是絕對不可能發生的。
而荷蘭在亞州的殖民行爲隸屬於荷蘭的東印度公司管轄，這個公司制度與荷蘭的政治制度也幾乎是同出一折，因此雖然在荷蘭海外殖民期間也，進行過戰爭、掠奪、殺戳和征服。但衡量成功與失敗的唯一標準就是爲公司增加了多少貿易，爲公司帶來多少收入。至於打了多少勝仗，征服了多少土地，建立了多少殖民地，對荷蘭東印度公司來說都是浮雲。荷蘭佔領臺灣的目的，也就是爲對中國、日本、朝鮮半島與東南亞商業貿易有一個樞鈕據點，可以更好的進行貿易活動。
因此荷蘭人恐怕也不甘心在中國沿海地區被鄭芝龍這麼壓制住，只不過以荷蘭人現在的力量還不足以擊敗鄭芝龍, 獨佔中國的貿易。同時這個時候中國沿海的其他力量又都被鄭芝龍消滅乾淨, 荷蘭人根本就找不到可以聯合的人，其實荷蘭人恐怕也希望在這個時候，有人能夠站出來攪一攪局，把這趟水攪渾，看看能不能夠摸到幾條大魚。
正是因爲掌握了荷蘭人的這些情況之後，商毅也堅信，只要自己能夠給荷蘭人提供一個新的貿易點，無論是什麼樣的條件，荷蘭人都是能夠答應的。而自己也正好可以利好荷蘭人和鄭芝龍之間的矛盾衝突，左右逢源，爭取到足夠的時間來發展自己的海上力量。終有一天，商家軍的船隊可以在海面上縱橫馳騁。