因爲這一次川軍戰術明顯不同，他們每次發動偷襲和進攻，是釆用打得過就打，打不過就跑的策略，並不和中華軍作過多的糾纏，就算是攻下縣城或村莊，也是洗劫一番之後，立刻就分散撤退了，絕不在某一地久留。因此川軍的行動迅速極快，利用四川地區山多林密的地形特點，和中華軍進行周旋。
其實山地越野行軍作戰能力，一直都是中華軍的基本訓練項目，再加上中華軍的士兵沒有厚重的盔甲，因此中華軍在山地行軍的能力很強。但川軍就生長在這裡，也習慣了走山路，翻山越嶺，在這一方面的能力，幾乎和中華軍不相上下，但對地理道路的熟悉，遠在中華軍之上。因此使中華軍很難跟得上川軍。有好幾次眼看着就快要追川軍了，但最後還是讓川軍給跑掉。
而且在突襲之前，川軍往往是由幾支小股人馬合成一支部隊，而在撤退的時候，側是分散撤退，這也給中華軍的追擊帶來了將當大的困難。同時在追逃的過程中，川軍還利用自己對地理、道路的熟悉，時不時的向追擊的中華軍發動反襲擊。川軍也不與中華軍近戰，使用的多是弓箭、梭鏢、標槍一類的投擲性武器，雖然射距一般只有二三十米的距離，但由於山路崎嶇，林多樹密，中華軍的火器在射程上的優勢不大，因此也十分被動，幾乎川軍的每次襲擊都會造成中華軍的幾名士兵傷亡。
一時間整個川西地區風聲鶴唳，好像到處都是川軍的襲擊隊伍，到處都遭到襲擊、洗劫一樣。而川中的居民也都人心惶惶，對中華軍也開始頗有怨言。
因爲吳三桂在四川經營數年，總體來說業績還不錯，川中的百姓對吳三桂的統治雖然不算的擁待，但也並無反感，至少吳三桂在四川的統治，要比以前的張獻忠還是要強得多，他在四川的統治期內，川中基本能夠保證穩定的生活，社會秩序，而四川本來就富足之地，只要是局勢穩定下來，百姓的生活也就基本可以得到保障。
雖然說中華軍的軍紀嚴明，也一向很注意和百姓保持良好的關糸，在入川的早期，也初步取得了四川百姓的好感，但現在的情況卻是吳三桂的川軍開始濫殺無辜，百姓的生活也得不到保障，普通百姓不可能懂得什麼大道理，只求自己生活安穩，社會太平就行了。因此自然也有人把這一切算到中華軍的頭上，如果不是中華軍入川，引發了四川的戰爭，現在百姓依然還可以過着平靜安逸的生活。
當然現在還沒有人敢明目張膽的反對中華軍，但許多地方，由其是遭受到襲擊地方的百姓，對中華軍的態度明顯冷淡了許多，生怕和中華軍扯上關係，引來川軍的襲擊，如果按這種趨勢發展，絕對是對中華軍不利。
而這時段鵬和李牟才意識到事情的嚴重性，想不到吳三桂的臨死掙扎還頗有作用，看來在任何時候都不能小視了對手，而現在如果不盡快對川軍的襲擊隊伍進行有效的打擊，四川的局面就很有可能失控。因此段鵬和李牟也招集衆將，商議對策。並且制定出幾條應對措施。
首先針對川軍襲擊村鎮、濫殺無辜的行爲，大力宣傳吳三桂和川軍的殘暴和兇狠形像，把百姓的怨氣和注意力都轉移到川軍身上，並盡力樹立中華軍是努力保護百姓的形像，畢竟殺人放火的是川軍而不是中華軍，因此中華軍必須在輿論和道義上先搶佔住至高點，而這一點是致關重要的。
其次是下令全川地區進行嚴戒控制，所有州城府縣衛所堡，只要是有城牆的地區，都要關閉城門，限時出入，並且嚴加防守，由其是在夜間，一定要提高警惕。因爲從這段時間掌握的情況來看，川軍的襲擊隊伍基本都是以輕武器爲主，一但嚴守城牆，川軍就沒辦法攻入了。而重的地段，補給點、運糧隊都要加強保護的兵力，這樣就能限制川軍的突襲成功率，減少損失。
當然最關建的事情還是要對川軍的襲擊隊伍進行有效的打擊，這樣才能從根本上解決問題。因此段鵬和李牟決定暫時停止對成都的進攻，只是封鎖住成都的各條出路，首先把大部份精力都放在打擊川軍的襲擊隊伍上。而這個任務則主要是交給甴特種兵來完成。因爲論在野外生存作戰的能力，特種兵要遠遠高於其他的部隊
現在入川的中華軍部隊裡只有一個特種兵師，是隸屬於南京軍區的特種兵師，在中華軍的五個軍區裡面，南京軍區的實力僅強於江西軍區，但如果論特種兵師的實力，南京軍區的特種兵師絕對公認排名第一，因爲南京軍區的司令部成員都是特種兵出身，在清軍第二次南征的時候，就在突襲仙霞關天險這樣的驕人戰績。而這一次入川作戰，也是南京軍區的特種兵師從黔江一帶地區突襲得手，打開了局面。因此由南京軍區特種兵師付責這項任務，是最合適的部隊。段鵬本來就是特種兵出身，這次川軍釆用的突襲戰術，其實就是一種類似於特種兵作戰的戰術，而中華軍側以正宗特種兵出戰，迎戰川軍的山寨特種兵。
於是段鵬也下令，將特種兵師也分散成以連爲單位，潛入各深山老林裡，圍剿川軍的突襲軍隊。同時下令其他各部隊，將後填彈式迅射槍都讓出來，交給特種兵師使用，因爲在山林中作戰，距離非常重要因素，火槍射擊的速度纔是首要的，因此迅射槍雖然射程短，但更適合於山林作戰。另外爲了減輕士兵的負擔，提高部隊的速度，所有士兵都不穿鐵用背心，只帶一頂頭盔，除了必要的彈藥和乾糧之外，每人只帶四顆手榴彈。
而特種兵的補給只能是就取得，同時段鵬和李牟又下令，特種兵所到之處，四川各地的川城府縣，對特種兵師都要盡力接待，滿足他們的補給要求。
當然在準備這些工作的時候，兩人也將現在四川的情況和應對的策略傳回到了南京。請求統戰部能夠批准這一作戰計劃。
報告傳回南京之後，又引起了一番爭議，有一部份官員又重新提出招降吳三桂，適當還是可以讓給他一些優惠的條件。
因爲現在眼看着商毅的稱帝大典就要舉行了，南京上上下下都在積極的準備，大多數的官員都認爲最好是能夠在大典舉行之前結束四川的戰鬥，徹底平定南方，這樣也可以爲商毅的稱帝典禮増添光彩。而四川現在的局勢十分混亂，在短時間內戰事是難以結束的，因此不如再改回到招降的路子，相信吳三桂也不會不識趣，搬來梯子硬不下牆。早一點結束了四川的戰事，也好安心的舉行商毅的稱帝典禮。
當然也有一部官員是從純利益角度出發，因爲目前情況看，四川的戰事比以前預料的要困難得多，雖然說中華軍最後還是可以取勝，但付出的成本代價，人力物力遠比招降吳三桂要大得多，而且現在大西軍己經投降了，雲南也收復了，因此不如適當讓出一些條件，招降吳三桂，收復四川，也可以省去許多不必要的消耗。
其實商毅對四川戰事的變化也有些意外，原來確實覺得平定四川也費不了多大氣力了，沒想到吳三桂在臨地前還要蹬蹬腿，採用這種後世的恐怖主義類似的戰術，來做垂死掙扎。
但在這個時候，商毅是堅決反對與吳三桂妥協的。商毅在後世是特種兵出身，基本都是參與和恐怖份子的戰鬥，反恐戰鬥，在後世是一個各國都面對的共同課題，各國都有自己的一套反恐戰術，但有一點基本是公認的，就是不是萬不得己的時候，絕不能與恐佈份子妥協，答應恐怖份子的條件，因爲這樣做只能助長恐怖份子的氣焰，下一次的恐怖行動會更加兇狠，而胃口也會更大。
因此在後世的反恐戰鬥中，絕大部份國家都會冒着人質受傷害的危險，也會選擇戰鬥，而不是妥協，當然答應恐怖份子要求的國家，也不是沒有，但並不多。
這一次商毅面臨的局面和反恐戰鬥差不多，其實吳三桂就是採用類似恐怖襲擊的戰術，迫使南京政府讓步。而在這種情況下，如果南京政府妥協，只會助長吳三桂的氣焰，就算最終招降了吳三桂，恐怕他也不會老實，同時也會讓其他的野心者看到希望和制約南京政府的辦法，因此這一次那怕是付出比較大的代價，也絕對不能讓步。
而對自己的稱帝大典會產生影響，商毅更是認爲是無稽之談，在來到這個時代之前，商毅對一些什麼獻禮工程、慶典工程，提前多少多少時間完成工程十分厭惡，任何事情都有自已的規律和週期，強行提前，帶來的就是質量問題，工程是如此，戰爭更是如此。有時越是想盡快結束戰鬥，反而越是導致局面惡化。
因此在商毅的主導下，統戰部也下令，同意段鵬和李牟的計劃，並要求兩人不可急燥，不可有速勝心理，穩紮穩打，順利完成四川的戰鬥。並且將這次戰鬥定名爲“反恐行動”。