不過商毅現在的工作重點依然是準備南下的平亂之戰，因此各項行政生產工作都陸續安排了下去之後，商毅又開始關注軍器司的工匠作坊。
在商毅去北京之前，曾經告訴過孫和鼎鐵模鑄炮法的原理，不過製做鐵模，在一開始還是要先做好鐵模的泥模，這時做好的泥模還沒有乾透，因此暫時還無法制模鑄炮。不過在此之前，孫和鼎以經做好了十個鑄炮的泥模，這時以經都乾透了，也就不要浪廢，先利用起來再說。這時孫和鼎以經開始動土溶鐵了。預計在商毅的人馬出發之前，穆陵關自行鑄造的第一批火炮就可以鑄好了。
而在製造火槍的作坊裡，陽瑪諾正在對兩臺鑽牀進行仔細觀察，尋找可從改進的地方, 只是如果鑽頭的問題解決不了, 無論怎樣改進，生產效率恐怕也難以得到顯著的提高， 而商毅也沒有告訴他, 自己以經派人去開釆藍寶石，可以用來做鑽頭使，因爲現在還不是能不能開釆出來，等有了結果再說吧。
另外按商毅的預想，商家軍的火槍應是燧發槍和火繩槍各佔一半，因此這時火槍的生產也全部都暫停下來，全力進行對現有火槍的改造，同時也在製造一批可以在戰場上有臨時更換的配件。
商毅在鐵匠坊裡轉了一圈，對孫和鼎的工作也十分滿意，未來商家軍的發展，全靠這幾個小作坊的支撐了。
不過只有火炮火槍還不行，因爲沒有火藥，火槍火炮就是一堆廢鐵，因此火藥生產的重要性，絲毫也不遜色於火槍火炮的生產製做。
現在穆陵關中不僅是火槍使用定裝子彈，火炮也使用定裝彈藥。火炮的填彈遠比火槍複雜，首先填入引爆的火藥，壓實之後，再填入一塊泥餅，然後才填入炮彈，因爲實心彈一般都是用火燒紅才發射，以達到最大的殺傷效果，因此必需使引爆的火藥與炮彈隔開，纔不致於在炮彈填入之後，立刻引發火藥的爆炸。而火炮的定裝彈藥首先要測試出各種火炮的填藥量，並製做好相應尺寸的炮彈，然後纔將炮彈、火藥、泥餅全都包在一起。使用時再拆開分別填裝。
而且火藥是消耗品，使用火器爲主要作戰武器的最大壞處就是消耗太大，就算是不打仗，但爲了保證士兵正常的訓練量，毎天也要消耗大量的彈藥。
按商毅的要求，每名新火槍手毎天要保證十五到二十次實彈射擊訓練，老火槍兵要保證十次實彈射擊，而每一組炮手每天也要保證八到十次實彈射擊訓練，決不能打馬虎眼。
由於火器的數量増加了一倍有餘，這樣算下來，每天要消耗的火藥竟達到三千斤以上。同時還要生產手榴彈，火箭炮等投擲發射性武器，因此儘管商毅從北京帶回來大量火藥的生產原料，也經不起多少消耗。不過商毅也知道，對這一點不能吝嗇，熱武器時代的神槍手，神射手都是用子彈喂出來的。
孫和鼎也向商毅介紹，現在火藥作坊也成爲穆陵關裡最大的一個工匠作坊，裡面有高級技師八人，助理技師二十六人，初級技師九十三人，學徒二百五十七人。毎天都在加班搶功，製做各種火藥。就算是晚上不能配製火藥，但也做燒木碳，制硝，提純硫磺這些工作。但就是這樣，毎天的火藥的產量還不到四千斤，僅僅只夠維持毎天的訓練量，關城裡目前庫存的火藥僅僅只夠應付一場戰鬥。因此火藥作坊必須立刻擴大規模才行。
商毅瞭解了這些情況之後，立刻下令，馬上把火藥作坊的規模擴大一倍，招募臨時的學徒工匠，一定要把火藥的產量提升上去。擴大規模好辦，只要是有廠房就行，現在百姓們都遷出了穆陵關，到各村定居，士兵者駐紮在城外，關城裡主要是將官和工匠的家屬，因此地方還是有的。而且現在最忙的播種時期以經過去了，旱季還有一個多月纔到，進入一個相對的農閒時，招募工匠也不是問題。
而接商毅的命令之後，孫和鼎也馬上開始着手擴大火藥作坊的事務。
同時這次出兵要準備的不僅僅是槍枝彈藥，因爲這是商家軍成軍以後，第一次長時間遠距離作戰，將轉戰近兩千裡，俱體徵戰多少時間,甚致都難以確定。因此儘管商毅預備有運送後勤物資的人馬，但大軍出發也不可能輕裝出行，將會攜帶大量輜重物資。那麼各種車輛是必不可少的。
其實在明朝各種軍用車輛以經十分發達，不僅毎一種大中型火炮都有自己的專配車輛，而且還有不少其他各種類型的車輛，有後勤運輸，也有輔助作戰，五花八門。也有將幾種功能綜合，即能運輸，也能作戰的戰車。
因爲火炮都是非常沉重的物品，由其是紅夷大炮，往往重達數千斤，一號佛朗機炮也重達八百斤，平時的運輸轉移，全靠炮車夾裝運，因此炮車也是火炮必不可少的配套工具。一門二千斤重的紅夷大炮需四到六匹馬才能拉得動，而一千斤的紅夷大炮需二到四匹馬。
由於近幾十年來, 明朝鑄炮都有西洋傳教士, 甚致是西洋僱傭軍的參與，炮車基本也都是仿西方的樣式，釆用雙高輪，後部有一根大斜尾椎的結構，不僅是支撐，還能起到一定的固定作用。基本是這個時代最合理的設計，只需要在一些仔細上稍做修改，就完全可以繼續使用了。
改進的方法之一就是給炮車尾部增加一對活動車輪，在需要移動時裝好車輪，這樣就甴雙輪車變成了四輪車，馬匹在拉動火炮的時候，也能省力得多，而進入陣地之後，將尾部的車輪御下，尾椎依然支撐地面固定，就可以進行戰鬥了。
同時商毅還給毎輛炮車掛上一輛副車，用來裝載每門火炮配用的定量彈藥，這樣一來彈藥都跟着火炮走，避免進入戰場之後，因爲另外取用彈藥而出現混亂。其實上這兩個改進都是十八世紀的歐州軍隊用過，在拿破倫時代得到了廣泛應用，現在被商毅提前了大半個世紀使用出來。
不過對商毅來說，除去火炮的專用車輛之外，都他輔助作戰的車輛一率不要，只需要保留後勤運輸車輛就行了。一來是因爲製造這些車輛的時間來不及，二來商毅覺得這類戰車基本都是華而不實，並沒多大的實際作用。
輔助作戰的車輛大體分爲兩種，一是幫助構築防守陣地，二是幫助攻打城池。戚繼光就曾大量使用過輔助作戰的車輛。不過商毅並不是藐視戚繼光，只是他比戚繼光多了四百多年的見識和閱歷，自然知道有更好的方法，那就是挖戰壕，疊土袋。後世的無數事實戰例都證明，在進入熱武器時代之後，戰壕和土袋的結合使用，無論是在構築防守陣地還是進攻城池，都遠比華而不實的戰車有效的多。
目前穆陵關裡有大小車輛共計八百輛，其中有雙挽馬車二百餘輛，單挽馬車五百餘，人力獨輪推車二百餘輛。在中國古代，馬車基本都是雙輪，歐州式的四輪馬車雖然也出現過，但一直都沒有普及開。
不過雙輪馬車和四輪馬車各有優劣，談不上誰好誰壞。四輪馬車的優點在於運載量更大，同時在拉動的時候，不需要馬匹承受支撐車體的力量，因此也更爲省力。缺點在於轉向不夠靈活，對道路的要求比較大，而這又是雙輪馬車的優點所在。但隨着時代的發展，道路交通的改善，四輪馬車的優勢還是會慢慢擴大。
商毅雖然曾經想過，製做大型四輪馬車，不過考慮到這個時候明朝杯具一樣的交通道路情況，還是決定放棄這個打算，以後再說。
這次出兵，將是以單挽馬車和獨輪手推車爲主，在輔以少量雙挽馬車。在一般的情況下，一輛雙挽馬車的載重量可以超過一噸，也就是十五石左右。而一輛單挽馬車的載重量約爲五百到六百公斤，大約合八到十石。一輛人力獨輪手推車，由一個正常的壯年男子使用，載重量約爲一百五十到兩百公斤，合二石到三石。
商毅經過計算之後，決定一個主戰團將配備三百輛車，其中包括五十輛雙挽馬車，一百五十輛單挽馬車，一百輛獨輪手推車，總運輸力將超過二千五百石，滿負荷情況下，將可以超過三千石。將由雙挽馬車、單挽馬車運載糧食、火藥等較重的物資，而獨輪手推車裝載其他輕便物資。
而一個運輸團將配備五百輛車，包括一百五十輛雙挽馬車，二百五十輛單挽馬車，一百輛獨輪手推車，總運輸力在四千左右，滿負荷情況下，將可以超過五千石。
但這樣一來，目前穆陵關裡的車輛大約只夠裝配兩個主戰團，運輸團基本沒有剩下多少了，因此商毅也下令魯石，讓木工坊加緊搶工趕製，不過運輸團可以晚一步出發，還有比較充足的時間。好在目前穆陵關裡的馬驢合計，有近萬頭，拉車侟牲口到是非常充足。
而最後一件事情就是新軍服、軍帽的製做，不過這也是最容易的事情，因爲這個時代的婦女，人人都會幾下手工製衣活，而商毅控制的人口中，有兩萬多名青壯年婦女，因此只要是有足夠的布料，最多半個月的功夫就能全部完成。