任何一個新王朝建立, 都要建立自己的宗室太廟, 供奉祖先, 和歷代的君王宗族，以及祭拜鬼神的社稷壇。而且太廟和社稷壇也一般都和皇宮建在一起, 因此無論是北京還是南京, 按左祖右社的傳統，太廟的位置都在天安門至午門這一段中軸道路的東側, 而另一則是社稷壇。
而且在新朝建立之後，一般開國的皇帝都會把自已的祖宗靈位全都都供奉到太廟中來，同時對自己以上三代都還有追加一個皇帝或皇后的封號，儘管他們在生前並不是皇帝，但在死後卻可以享受帝王的供奉。
在商毅穿越之前的那個時空裡，南京的皇宮早己經不存在了，而北京皇宮的太廟和社稷壇，也己變成了文化宮和中山堂。
當然現在南京皇宮還是基本都完好的，太廟和社稷壇也都在，用不着大興土木，但供奉商毅的先人靈位，而有宗室，到是給商毅出了一個不大不小的難題。因爲在這個時代，商毅根本就是孤家寡人一個。
在商毅剛暫露頭角的時候，還曾經流傳過一段時間，稱他是成化年間的名臣，內閣大學士商輅的後人，但那時商毅己有了自己的目標，並不想別人攀上關係，因此沒有承認。而後來商毅的勢力漸成、獨立的傾向也越來越明顯，也就沒有人再提這件事情了。而商毅當然也那不出自已的族譜來。就是先人的名字，商毅也只知道自己的父母和爺爺、奶奶的名字，再上一代，就不知道了，因爲在商毅出生前，太爺爺和太祖母就己經去世了。
好在是從一開始商毅就是以平民孤兒的面貌出現，因此沒有族譜，對自己的先人所知不多，也只正常，商毅只好把自的父母和爺爺、奶奶的名字給報出來，而他們的身份，全部都是農戶，祖籍就定在山東沂水縣。而內閣大臣們也給這四位老人擬定了尊號，商毅對此也沒有太計較，他們擬定什麼就是什麼吧，然後命人制成靈牌，供奉在太廟裡，這樣總算是把自己的宗廟給建立起來。
而在稱帝之前，還有其他幾件事情，雖然不算大，但也必須確定下來，一個是皇帝和皇后的服飾，因爲在稱帝大典中，其他的嬪妃可以在皇宮裡等着，但皇后是必須出席的，如果是有皇后的話。那麼皇帝和皇后裝的服裝，還有皇帝的冕琉冠，皇后的鳳冠，另外還有皇帝的玉璽大印和皇后的寶印，這些東西都要製造出來，在稱帝大典上都是要用到的道具。
商毅這才知道，原來當一回皇帝還真不是一件容易事情。怪不得自己說了一切從簡，還是要拖了兩個多月的時間，這些東西的製作也要週期。當然商毅也會偷懶，只是一句說，這些物品的樣式就都按明朝的制度來制。但稱帝大典要進行那些項目，每一項又是怎樣進行，就必需由商毅逐一確定。
在十月十二曰這一天，龍鳳袍、冕琉冠、皇冠，鳳冠、還有玉璽都己經制好了，也都一一送進宮來，讓商毅過目試穿。
龍鳳袍各做了五件，每件都是最上等的絲綢，最複雜的提花工藝製做，毎件的樣式都有所不同，是分別應對接見羣臣、祭天、祭祖、檢閱軍隊和回宮迎受羣臣朝賀的不同的場合穿，而且毎一套龍鳳袍都會配相應的皇冠、鳳冠以及腰一帶、靴子等等。不過其中有一套，就是檢閱軍隊的服裝是由商毅親自設計的。
冕琉冠、皇冠，鳳冠都是用純金打造，並輔以少量的珍珠、翡翠、玉石等等，冕琉冠、皇冠都是以龍紋龍形做爲基本造型，而鳳冠當然是以鳳形爲基礎。製做的到是相當精緻細巧，龍鳳造型都做得栩栩如生，甚到連一片鱗甲、一根羽毛都刻畫的無比精細。
玉璽一共製做了五塊，全部是用最上等的白玉整料雕刻而成。以交龍造型爲紐，大小不一，規格爲五寸九分到二寸九分不等。
中國的玉璽制度也不是一成不變，而且皇帝也不是隻有一塊玉璽，在不同場合，不同的文件，都要使用不同的玉璽。在秦漢時期形成了八璽制，一直沿用到唐朝，基本都一樣。直到唐朝武則天稱帝時，則獨出心裁地增加了一方“皇天景命有德者昌”神璽，而將八璽制改爲九璽制，同時又將“璽”改爲“寶”，從此以後各朝都稱“玉璽”爲“寶”了。而北宋增至十二寶，南宋則是十七寶。明朝猛增至二十四寶，清朝除交泰殿二十五日常使用外，還供奉着“盛京十寶”。幸好中國是到清朝就打住了，如果後面還有，估計會超過一百寶了。
而這次製做的五方寶印分別是：皇帝受命之寶，爲以章皇序之用；皇帝奉天之寶，爲以章奉若；皇帝之寶，爲日常用璽；皇帝信寶，爲以徵戎武之用；制誥之寶，爲以諭臣僚之用。
無論是龍鳳袍、冕琉冠、皇冠，鳳冠還是玉璽，做工用料也無一不是上上之選，也代表了這個時代中國最高的紡織技術、玉石雕刻技術、金屬加工技術水平。可以說無論是那一樣，拿到後世去都可以拍出天價。而且爲防萬一有損壞，除了玉璽之外，其他每一樣都做了兩件，以備萬一。
在十月十四日到十六日，又對整個大典的過程進行了三次彩排，基本做到了萬無一失。整個過程也並不亞於搞一次奧運會開幕式。
好不容易終於等到了十月十八日，商毅早早起牀，穿好了一件團花繡五爪金龍龍袍，帶好冕琉冠，首先帶領着羣臣來到南京城外東南角的天壇，拜祭天地。這一次出行，商毅並沒騎馬，而乘座龍輦，周圍還有九曲金頂、白旄黃鉞，等等儀仗。
沿路都己經用清水洗過，又散上了黃土，而且在大道的兩側，也站滿了圍觀的百姓，沿道都擺滿了香案，不少百姓都在香案前下襬叩首。因爲商毅在南京的統治確實很得人心，不少百姓也是真心擁護商毅當皇帝。
一行人馬浩浩蕩蕩出了南京，直奔天壇而去。天壇也是南京本有的建築，在歷次的戰爭中雖然有一些損壞，但大體的格局還基本保留，現在破損的地方都已重新修好，而且又粉飾一新，這時更是佈滿了絲綢綵帶和旗幟，鮮花，以及盛裝的侍女，就連守衛天壇的士兵身上都是披紅掛綠，繡帶飄揚、旗幟飛舞，看得去五彩繽紛，豔彩奪目。
隨着商毅的一行人馬到達天壇，鑼鼓絲竹齊響、琴瑟琵琶，笙管笛蕭等樂器也一起奏響，迎接商毅的一行。雖然是經過了彩排，但畢竟是今天才看見全貌，也確實嚇了商毅一跳，這還是儘量從簡的結果.
等到了正式的時辰之後，在天壇上也擺放好了三牲祭品，案蠟香爐，商毅沿着臺階登上了天壇，而文武官員們按照各自等級位次，站在天壇下面。雖然穿着又長又大的龍袍，行走頗爲不便，但商毅還是十分順利的登上天壇，首先焚香三柱，對天三叩首，將香插進香爐，隨後又潑灑了三杯酒，以示對天地的恭敬。
再次叩拜天地之後，商毅才站起身來，面向臺下的官員，開始高聲並朗讀祭文，表示自已是順應天命，稱帝建國。同時並接受了皇帝受命之寶、皇帝奉天之寶兩塊玉璽大印。然後在天壇接受了文武百官的三叩九拜，齊聲高呼萬歲，連同守衛天壇的士兵、待女也都齊聲歡呼，聲震雲霄。整個祭天儀式也全部結束。
隨後商毅才下了天壇，重新上輦，率領着文武官員們返回到南京城裡，進行稱帝儀式的第二階段，這一階段的事情都是在皇宮裡進行。
進入皇城第一道大門原來是叫洪武門，這時也正式更名爲中華門，進入皇城變後，其他的官員都在承天門外等候，由十餘名主要的大臣陪同商毅進入承天門，而這時葉瑤瑱也己頭戴鳳冠，身穿鳳袍，在端門內等候。
商毅更換了一套龍袍，由葉瑤瑱陪同，在社稷壇裡拜祭各路神仙，又在太廟祭祖，正式將商氏先人的牌位供奉在祖廟裡，並且建立商氏族譜，將商毅和葉瑤瑱的名字也填寫在上面，這也像徵商氏的宗廟正式成立。
拜神祭祖之後，商毅和葉瑤瑱由午門進入紫禁城，在太和殿上等候，而在承天門外的大臣們也都依次列隊，進入皇宮，商毅在太和殿上居中正座，接受衆官員們的參拜，衆官員們向商毅行三拜九叩大禮，齊呼三聲萬歲。然後由王夫之當衆朗讀建國詔書，以及國號、年號等等，這也表示中華帝國正式成立。
隨後商毅又接受了皇帝之寶， 皇帝信寶，制誥之寶這三塊玉璽，同時正式策封葉瑤瑱爲皇后，葉瑤瑱向商毅拜謝之後，接受了皇后的寶、印、冊，然後和商毅並肩而坐，接受衆官員們的賀拜，並且對官員們進行封賞。整個稱帝儀式的第二階段也結束了。