這時的清軍的船隊根本就沒有抵擋之力了，雖然有幾艘和商家軍的戰船靠幫，但淸軍的船小，士兵們難以爬上商家軍的戰船去，何況在每一艘商家軍的戰船上至少都有幾十支步槍守衛着，也跟本不給清軍登船的機會。_）而且過不了一會兒，商家軍戰船的側舷火炮就會在最近距離內開火轟擊，只用一輪火炮齊射，就足以將清軍的戰船打散了架。因此蹬船作戰根本就沒可能施行。
而就算是有一些火箭落到甲板上，也不要緊，因爲清軍火箭的數量不多，燃燒力有限，而且在每艘船上都有專門付責滅火的水手，而且使用的滅火工具並不僅是水，還有糊狀的泥砂漿，只要是有火箭落下，一勺泥砂漿倒上去，就是火油點着，也可以馬上就蓋滅了。
因此清軍對商家軍幾乎造不成任何的危脅，只能任由商家軍的戰船在自己陣中直線突進，然後任意開炮轟擊。
清軍的水軍大部份本來就是由降軍組成，一開始還能仗着自己船多，可以頂一陣子，但隨着商家軍的戰船在清軍陣中突進深入，雙方近距離接戰，發現商家軍的海軍不是靠船多就能夠戰勝的，清兵們頓時都泄了氣，何況商家軍的火力還如此猛烈，因此誰也沒有心情再打下去了，紛紛都只想着撤退。
但這時清軍的戰船還有一百五六十條，而且己經陣形大亂，誰都想早一點逃跑，但船在水裡的運動可不像人在岸那麼靈活，再加上互相都爭先恐後，你搶我奪，江面也只有這麼多的地方，結果有不少戰船都互相擁擠、碰蹱，反到是擠在一起，誰也動彈不了。還有幾艘船因爲碰蹱，進水下沉。
在這種情況下，商家軍的戰船隻用對準一個大概的方向開火，幾乎就能夠百發百中。因此整個戰場也都成爲商家軍的打靶練習。
不過淸軍的戰船數量實在是太多了，在外圍的戰船先撤離了戰場之後，江面上的空間也漸漸開闊了起來，因此也有越來越多的戰船都有足夠的活動空間。而先調頭撤離戰場的戰船，側紛紛拼命的搖槳蕩櫓，向龍山船廠裡逃跑，而還有三十多條實在逃不了戰船，只好選擇向商家軍投降。
這一戰的目地可不僅僅只是打敗清軍的水軍，而是要連整個龍山船廠全都催毀，徹底消除淸軍的海上力量。因此黃震也立刻下令，只留下十艘船來處理接受淸軍的投降事務，其餘的戰船分爲三路縱隊，追求清軍的逃跑船隻，向龍山船廠發動進攻。
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就在商家軍的海軍向龍山船廠進攻的時候，在南京的外線，成進也率領着自己的人馬，向高淳縣發動進攻。
這一次進攻高淳縣的是第一軍的第一、五師，第一、五旅。另外還有一個騎兵團。剩下的第九師由副軍長趙英傑帶領，留守建平縣。
高淳離建平大約有五十里的路程，因此雖然這一戰也是在十二月三十日這一天開始，但在二十九日中午，成進就帶着第一、五師先行動身出發。在當天的黃昏時分，人馬到達離高淳只有十里距離的廣通鎮駐紮，由於到達廣通鎮的時間，天色己晚，因此雖然是近在咫尺，但高淳縣的清軍對此並沒有一點查覺。
休息了一夜之後，第二天一早，成進立刻帶領着兩個師，直撲高淳縣而去。
淸軍付責守衛高淳縣的守將是鑲黃旗的巴牙喇纛章京蘇拜，守軍中有滿漢甲喇各三個，但沒有火器。因爲淸軍的所有火器都被阿濟格集中用來進攻南京。
得知商家軍的大軍殺到，蘇拜也不禁大吃一驚，他十分清楚高淳的重要性，一但高淳失守，整個南京外圍的防線也就將被突破，阿濟格固然饒不了覺羅巴哈納，但在此之前，覺羅巴哈納肯定會先拿自己開刀。因爲蘇拜一面急忙派人向駐守在寧國府的覺羅巴哈納救守，一面也下令全軍，死守高淳縣。
好在是蘇拜在高淳駐守之後，也準備了不少守城的物品，也搶築一些防禦工事，由其是在這次南征之前，蘇拜阿尓津也聽說過，商家軍攻城慣用火炮先轟開城門或炸開城牆，然後再出動步兵進攻。高淳只是一個內地的縣城，城牆並不算堅固，因此蘇拜也做好了等城牆被打開之後，和商家軍進行白刃戰的準備。
但等商家軍發動進攻之後，蘇拜纔算知道，爲什麼和商家軍交過手的清軍，一說到商家軍的火力的時候，都會變顏變色，一臉驚恐。因爲商家軍的火炮一但開始，就是石破驚天，山動地動，蘇拜甚致覺得，彷彿整個城牆都要被轟塌了一樣。自己之前修築的那些臨時的防禦工事基本都沒有起到任何得作用。
轉眼之間，整個城牆幾乎都被濃煙所覆蓋起來。而且有不少在城牆上守的清兵都被爆炸的餘波所震，死傷無數。因此蘇拜只得下令，全軍都退下城牆，到城裡去躲避商家軍的炮火，並且準備在城牆被炸開之後，和商家軍進行白刃戰。
淳安本來就只是一個普通的縣城，在商家軍的連續轟炸之下，大約用了半個多小時的時間，就城牆上炸開了五六個大小不一的缺口，而商家軍的火炮也都停止的轟擊，幾隊士兵從火炮背後越衆而出，向淳安縣的縣城推進了過來。而蘇拜也趕忙趁着這個機會，把士兵又都從掩體後來叫出來，守在每一個缺口後面，準備好刀槍弓箭等武器，只等待着商家軍的士兵進攻過來。
但後來的進程卻大大出乎了蘇拜的預料之外，因爲商家軍並沒有直接向每一個缺口發動猛攻，而是在距離城牆只有二百步以內的距離時，又停了下來，並且在一次在陣地前架好了火炮，而這一次所用的，基本都是小型火炮。然後對準了各個缺口，再一次開炮轟擊。
雖然小炮的火力比重炮要差得多，但這一次商家軍的目地己經不是城牆，而是缺口後面的清軍，因爲距離太近，因此火炮射擊的精準度也大大增強了，在每一輪火炮發射之後，總會有近半數的炮彈落在缺口中，頓時將守在缺口後面的清軍炸得死傷無數。而在這個距離上，淸軍的弓箭手根本就沒法射到商家軍的炮兵陣地。淸軍在無奈之下，只得向城裡後退，或者是躲在遠離缺口的側邊。
而等到將缺口正面的清軍都清除乾淨之後，成進這才下令，命令步兵開始正式向城裡發動進攻。
因爲在缺口正面己經沒有清兵守衛，商家軍的進攻步兵也十分順利的就到達了城牆邊，首先由前排的十幾士兵向缺口處扔出手榴彈，然後趁着爆炸發出的濃煙，衝過了缺口，殺入高淳縣裡。
在後面觀戰的成進也對這次攻城作戰十分滿意，看來這幾個月來的辛苦訓練到也沒有白費，步炮之間的協作配合也算是令人滿意，雖然高淳並不是什麼堅城，但從攻城戰開始，一直到突破城牆，進入到城中，在這個過程中，商家軍幾乎沒有損失什麼兵力，也算是十分難得了。
雖然按照一般的常識，被敵軍攻入到城中之後，那麼城池也基本就算是被攻破了，就算守軍還負隅頑抗，但也抵擋不了多久了。但這一次的戰鬥卻是有所不同，商家軍在突入城裡的過程中，雖然並沒有受到什麼損失，而同樣的清軍的損失也不大，現在完全還是有和商家軍一戰之力的，因此等商家軍衝入了高淳縣城裡之後，一場白刃戰也就不可避免了。
而且清軍的主將蘇拜雖然完全沒有想到，自己竟然連一個時辰都沒有堅持到，就被商家軍攻入了高淳城中，但這時他也沒有別的可走了，因爲一但高淳失守，自己就算是逃出了性命，也難以活命，現在只能夠咬緊牙關，堅持死戰，也許還能守擊退商家軍，就算是戰死在城裡，也再所不惜。因此蘇拜也身先士卒，帶領着清軍，在城中死死據守，咬牙苦戰。
雙方立刻在高淳縣城中短兵相接，展開了一場激烈的戰鬥，而在清軍和商家軍之中，傷亡的人員也在大量產生。
但在突入到城軍作戰之後，清軍己經沒有任何優勢，而且現在商家軍的白刃戰能力距離清軍雖然還有一定的差距，但已經相差不遠了，而且商家軍已經能夠很好的使用火槍射擊、手榴彈等武器結合白刃格鬥，當然也佔了不少便宜，實際的戰鬥力，己在清軍之上，另外在攻破了城牆之後，商家軍正是士氣高漲，也能夠補充戰鬥力上的差距，而清軍現在其實己是困獸猶鬥。同時在總兵力上，商家軍也在清軍之上，因此無論清軍多麼拼命，但這一戰的結果其實早就己經註定了。