得到了多爾袞的答覆之後，洪承疇立刻道：“南方的局勢，其實關建在於南京。雖然商毅精通兵法，商家軍驍勇善戰，但以浙江一省之地，始終無法與全國相抗，而南京之地，正好可以遏制浙江向外發展擴大，只要南京一日在我大清的掌握之中，商毅的勢力就難以得到擴展，因此商毅也必然會想方設法，復奪南京。依臣估計，就在今年以內，商毅必然會向南京發動進攻，以求復奪南京，向外擴張。”
多爾袞聽了，也頗有茅塞頓開之感，雖然他也知道南京的位置很重要，但更多的是從政治影響力上面去考慮，因爲南京是明朝的兩都之一，又是南明弘光朝廷的都城，政治影響十分巨大。而洪承疇卻是從戰略戰術方面去考慮，也讓多爾袞清楚，南京是遏制商毅擴張的關建，因此多爾袞又問道：“老洪，你怎麼就能夠斷定，商毅會在年內進攻南京呢？”
洪承疇道：“因爲商毅向湖北進軍了。”
多爾袞頓時也來了興趣，商家軍進軍黃州，挺進大別山區的消息，多爾袞當然知道，老實說，他確實有些不明白，商毅這一招有什麼作用，雖然湖北地區確實是清軍的薄弱環節，但也不和商毅現有的地盤相連，派出去的是一支孤軍，後勤供應得不到保障。而且按照用兵的常識來說，都是應該儘量集中兵力，而商毅卻偏偏是在分散自己的兵力，這不是非常奇怪嗎？
不過聽洪承疇這麼一說，多爾袞好像有些明白了，又問道：“商毅向湖北進軍，和攻取南京有什麼關係呢？”
洪承疇打開地圖，在杭州、揚州、黃州這三個位置上用手指一劃，多爾袞這纔看清這三個點形成的一個三角形的中間位置，正是南京。杭州、揚州分別在南京的東南和東北方，而黃州正好位於南京的正西方，加上商家軍這時己經攻佔了南京對岸的和州、滁州，己經完成對南京的包圍之勢。
多爾袞也是精通兵法的人，只是過去一直侷限在東北一隅，大局觀不強，但被洪承疇這麼一提示，立刻就明白過去，原來商毅進軍湖北的舉動，確實是在爲復奪南京而開始佈局了，原來進軍湖北，可以切斷南京的西面的援軍，完成對南京的包圍，因此也禁不住吸了一口涼氣，這一招確實是太高明瞭。
而洪承疇這時又道：“因此我們在南方，先不要急於向浙江進攻，而是要趁着商家軍在湖北立足尚未穩定，將商家軍徹底從湖北肅清，這樣一來，南京才能夠穩入泰山。而我大清一面穩守南京，一面趁機進軍福建、廣東，對浙江形成南北夾擊之勢，那麼商毅就只能困守浙江，難以施展。而我大清則可以進取南方其他各省之地，北方屯田聚民，發展生產，訓練士卒，並多靠火器戰船等軍器之物，等二三年之後，兵精糧足，軍器齊備，就可以一舉攻克浙江，爲大清統一天下。”
多爾袞也聽得頻頻點頭，其實這一套計劃和洪承疇在南征之前提出的方案差不多，就是先發展自己，然後以全國的人力物力優勢去和商毅拼消耗，硬生生的把商毅給耗死。而且現在實施這一方案的條件，比南征前更好的是，南京己經被清軍攻佔，可以牢牢的擋住浙江的發展方向。
不過多爾袞對南方的地理情況也是下過一番研究的，立刻就知道，下一步攻佔廣東、褔建，則是繼肅清湖北的另一個關建，因爲向南發展，是商毅唯一的可行之路了，但廣東、褔建好不好打，可是關糸到全局的成敗。因此多爾袞又問道：“老洪，褔建與浙江相連，而且己經有一個唐王朱聿鍵在福建稱帝，萬一他們和商毅連成一氣，我們想要奪取福建、廣東之地，恐怕也不那麼容易吧。”
洪承疇笑道：“這一點攝政王儘可以放心，朱聿鍵仍是太祖皇帝二十三子定王朱檉之後，本是明室遠支，難以服衆，能在福建稱帝仍然依靠鄭芝龍之力，恐難有大做爲。”
多爾袞點了點頭，道：“我到是聽說過鄭芝龍這個人，聽說此人在褔建、廣東一帶頗有勢力，與商毅相似，是真的嗎。”
洪承疇道：“回稟攝政王，鄭芝龍仍是海盜出身，於崇禎元年(1628年)受明室招安，坐鎮閩海，戎守海防，多於其他海盜，海外夷人交戰，通販洋貨，內客外商，稱雄於海上，凡海舶不得鄭氏令旗者，不能往來。歲入千萬計，以此富可敵國。然後以海利交通朝貴，寖以大顯。”
多爾袞聽了，心中忽然一動，立刻想到了另一個問題。自從清廷入關之後，一直戰事不斷，北方的社會生產被破壞得十分嚴重，而南方的漕運也被截斷，因此清廷的財政收入非常困難，能夠連續發動南征，全靠着關外的底子，但現在也差不多全用光。庫裡沒錢，也讓多爾袞覺得非常頭痛的另一個問題。
這次攻佔南京，本想取南京府庫的錢糧物資爲己所用，緩解一下清廷的財政困難。但商家軍在南京抵抗了一個月，府庫的錢糧物資也搬走近半，再加上現在南方依然未平，在南京獲取的錢糧物資幾乎全部都充爲軍用，送到北京來的寥寥無幾。而江南最富的江浙之地，卻在商毅手裡，清廷是可望而不及。
現在多爾袞突然聽洪承疇說鄭芝龍通販洋貨，歲入千萬，富可敵國也不禁大爲動心，如果能夠攻克福建、廣東，奪取鄭氏在福廣之財，不僅南方的軍費有了保障，而且還能支助一部份北京朝廷所用，同時也可以對浙江形成南北夾攻之勢，實在是一舉三得的妙招。
就在這時，多爾袞發現洪承疇的嘴角也帶出了一絲笑意，頓時明白，洪承疇剛纔有意提到了廣東之財，其實早就有這個打算了。因此也笑道：“老洪啊，原來你早就在打福建、廣東的主意了。不過聽你這麼一說，這個鄭芝龍頗有實力，而且他既然奉立朱聿鍵，顯然是要和我們爲敵，到也不好對付啊!”
洪承疇微微一笑，道：“攝政王請放心，臣深知鄭芝龍其人，並無忠義之心，擁立朱聿鍵，不過是借擁立之機，擴充自己的勢力，並非心向故明。而且其所長者，在於水戰，而短於陸戰，因此不難圖之。”
多爾袞道：“但如果鄭芝龍和商毅聯手，怎麼辦呢？”
洪承疇搖了搖頭道：“鄭芝龍雖是素有謀略，頗居梟雄之才，但目光短淺，難成大事。而且行事多類商人，重利輕義，唯利是圖。因此我們不妨以利誘之，臣昔日在明朝之時，與鄭芝龍有數面之識，或可見機行事。許以讓其割據兩廣而自立，鄭芝龍必然動心，等其戒備鬆懈之時，趁機圖之。不僅可得廣東福建之財，而且廣東福建都有通商之利，市汨之財，年以千萬計，可爲朝廷聚財所用。另外鄭芝龍部下有戰船千條，精通海戰，如能收爲我大清所用，還可從海上夾擊浙江。”
多爾袞聽得連連點頭，自己剛纔還想着攻佔廣東、福建是一舉三得，那知到了洪承疇手裡，一下變成了一石五鳥，果然比自己高明。看來大清能否統一天下，他可是舉足重輕的。因此多爾袞來回走了幾步，然後回頭道：“老洪，我讓你到南京去坐鎮，再給你新增十萬大軍，以及新造的一批火器，而凡事可以便宜行事，給你五年的時間，爲我大清攻取浙江，平定南方。還有什麼其他的要求，你儘管可以提出來，你看怎麼樣。”
洪承疇聽了，趕忙跪伏於地，道：“臣蒙攝政王如此重用，必當盡心竭力，爲大清統一天下，掃清宇內。”
第二天，多爾袞立刻下旨，加封洪承疇爲太保兼太子太師，內翰林弘文院大學士、兵部尚書兼都察院左都御史，佐理機務，經略山東、河南、湖廣、江西、安徽、江蘇六省，總督軍務兼理糧餉，敕賜可便宜行事，吏、兵二部不得掣肘，戶部不得稽遲，事後報聞。多羅貝勒勒克德渾、貝勒尼堪、貝子尚善、貝子滿達海，漢官祖澤洪、祖可法等人一同南下。
而對南方的人事安排，也進行了一番大的調整，英親王阿濟格被調回北京，討伐蒙古蘇尼特部騰機思、騰機特等人叛亂。而豫親王多鐸出任南京留守司，協助洪承疇，平定南方。
雖然這一次多爾袞授於洪承疇極大的權力，就連多鐸也只能出任洪承疇的副手，但他卻並不但心會洪承疇會像吳三桂、尚可喜、耿仲明三人一樣，在南方擁兵自立，因爲多爾袞十分清楚，洪承疇降清的時間並不長，和尚可喜、耿仲明相比，在清廷缺乏根基，而和吳三桂相比，他手裡又沒有一支忠於自已付嫡系部隊，而且這次在南方還有多鐸在側，雖然是協助洪承疇，但也無不監視之意，因此也不用怕洪承疇會趁機建立自己的私人力量，對他可以完全放心任用。
十天之後，洪承疇正式任職，從北京出發，在臨行前，多爾袞和大清名議上的皇帝順治親自設宴餞行，並賜寶馬、寶刀。以示對洪承疇的厚望。