阿濟格等候的這支部隊，其實就是清軍剛剛組建的前鋒營的火器部隊，一共有一萬名火銃兵，三千名火炮兵。共有各種火炮一百五十門，其中包括四十門紅衣大炮，另外還有拋石機五十架。
雖然這支隊伍從組建以來，還從來就沒有在戰場表現過其戰鬥力，但從多鐸、洪承疇、阿巴泰等人總結的與商家軍作戰的經驗來看，對付商家軍最有效的，其實還是火器，就是用火器來制火器。現在的阿濟格，也只能把自己的希望都寄於在這一支隊伍身上。
因此這支火器部隊一到，也立刻投入了戰鬥中，火銃兵馬上趕到河邊，取代了清軍的弓箭手，在河岸邊也布成三段連射，和商家軍進行火槍對射，而其他的炮兵則七手八腳，將火炮運到城牆上。
不過一百五十門火炮，由其是其中還有四十門紅衣大炮，每門至少都是在三千斤以上，想全部都運上城牆，也不是一時半會就能完成的工作。而在這時候，清軍的火銃兵已率先和商家軍交上了火。雙方隔着秦淮河，互相都填彈開火，“砰砰啪啪”展開了一陣對射。槍聲頓時響徹秦淮河兩岸，也比先前密集了一倍有餘，而爭奪秦淮河的戰鬥，也進行得更爲激烈了。
雖然在以前的戰鬥中，清軍也曾大規模的使用過火器與商家軍進行戰鬥,但主要是用火炮，像這樣有成建制的火槍部隊參戰，卻還是第一次。而清軍的戰鬥方式一下子由中世紀升級到了十五、十六世紀的水平。看來商毅的蝴蝶翅膀，己經扇動了不少的風暴，凊軍的戰鬥方式，居然也開始呈現出跳躍式的發展，而這一場戰場也有了一點真正的火器時代的戰爭味道。
儘管如此，商毅在陣地中用望遠鏡也看得十分清楚，清軍使用的火槍，大部份都是火繩槍，也有一部份是引線槍，另外還有少量的煫發槍。當然儘管淸軍所用的都是最老式的煫發槍，但對這個時代的中國來說，也己經是一個極大的進步了。這也和目前的世界發展大體相當，現在歐州各國其實也仍是以火繩槍爲爲主，煫發槍的普及，還要等到下個世紀。
雖然是同樣使用火器，但雙方仍然不是一層次，因爲商家軍已經是全部使用的火冒撞擊式煫發槍，無論是在射程還是射速，比清軍都高出一個層次。秦淮河雖然不算寬，但在這樣的距離之中，清軍只有煫發槍和鳥銃免強可以夠得上射程，向三眼銃這樣的引線槍，根本就不夠。因此實際上清軍只有七千多人可以投入戰鬥中。
而在發射頻率上，雖然雙方同樣都是三段連射，但在一分鐘內，清軍最多隻能射擊四到五次，而商家軍卻可以達到九到十次，這不僅反是因爲煫發槍的填彈速度更快，而商家軍在使用火槍的經驗和戰場適應性上，也比清軍要強得多。畢竟在真正的戰場上填彈射擊和平時的訓練是兩碼事，現在的商家軍，基本可以在戰場上發揮出平時訓練的九成水準，而清軍最多隻能發揮出六成。
再加上商家軍中還有三十二架管風琴槍，除了填充速度慢這個弱點之外，可以管風琴槍己是這個時代最強的陸軍武器了，因此雖然清軍的火銃兵加入了戰鬥之後，儘管在聲勢上打得到是很熱鬧，但在實際的效果上，仍然沒有多少起色。
但就在這個時候，清軍的火炮終於開始發威了。雖然淸軍的火炮並沒有全都運上城牆，但也完成了大半，紅衣火炮也運上來了二十多門，因此阿濟格也下令，先運上城牆的火炮首先開火，向秦淮河北岸發動轟擊。
清軍進攻的重點當然就是秦淮河防線體V形底部地帶，而且在一百五十門火炮中，至少有一百門以上，夠得上射程。而四十門紅衣火炮，當然是都夠得上的火炮之列。
“轟——轟——轟——轟——”
南京城牆上發出了驚天動地的巨大轟鳴聲，將一顆顆炮彈狠狠的砸向了秦淮河北岸，也使在開戰以來，淸軍首次在聲勢上壓倒了商家軍。
雖然清軍的火炮使用的都是實心彈，而且精準度也十分有限，但卻是在這一戰中，終於能夠對商家軍造成實質性的危脅了。一顆炮彈呼嘯而過，落到秦淮河的北岸，帶出巨大的力量，砸向對岸的建築和街道，只砸着瓦磚粉碎，砂石飛濺，樑斷檐拆，牆裂窗穿，同時當然也砸中了不少的商家軍士兵。
不過商家軍顯然並沒有因爲淸軍的火炮參戰而退縮，依然固守着秦淮河的防線，同時一些火炮也調整角度，向城牆上射擊，但因爲缺少重型火炮，效果也不顯著。同時又向城牆上發射了幾個霹靂火箭箱，但因爲霹靂火箭的精準度不高，因此不是落到城壁上就是飛過了城頭，落到了城外，能夠準確的落到城頭上，並沒有幾支，因此對凊軍的殺傷力度也不大。
直到這時，阿濟格的臉上才稍微有一點緩和，不管怎麼說，清軍總算是開始挽回局面了，儘管還沒有壓倒商家軍，至少也是一個好的開始，看來對付商家軍，火器確實是一個有效的手段。
隨着清軍的火炮都被搬到城頭上，而秦淮河防線，由其是鎮淮橋一帶的位置離城牆太近這個弱點，這時也開始慢慢的暴露了出來。越來越多的炮彈落到了秦淮河的北岸，對商家軍的殺傷力也在逐漸的加大。由其是在五十架投石機參戰之後，效果也就更爲明顯，投石機投出的當然不是石頭，而是清軍制造的手雷，其實就是帶木柄的空心圓球，將引線點燃之後，用投石機給扔出去，一次可以投出五六個這樣的手雷。
雖然有一些手雷落到河水裡，有一些雖然落到了對岸，但引線卻熄滅了，成功爆炸的，還不到一半，但這樣的成績對於清軍來說，也己經是相當可觀了，因爲清軍終於可以把爆炸性的武器打到秦淮河北岸去了。而且隨着扔過秦淮河的手雷越來越多，商家軍的傷亡也在開始增在，同時防線也終於鬆動了。
而且和商家軍的火炮的準度較高，而且主要是針對清軍的陣線和河裡的船筏，並沒有故意攻擊建築，而清軍仍出的手雷就沒有任何準頭可言，只能說是扔到那裡算那裡，因此有不少是落到建築上，在爆炸破壞之後，還引起了許多的着火點，在這個時候，商家軍當然沒有精力來救火了。雖然現在的火勢還不算大，但這個時代的建築都是以木質居多，一但蔓廷起來，也就難以收拾了。
幸好是中國古代的城市設計己經有了很高的水平,像南京這樣的都城級城市的規化，都會充份的考慮到防火問題，在設計街道時，也都是有意將建築分割成無數的小片區域，一個區域着火，在一般情況下，不會蔓延到其他的區域。想引發全城性的火災，除非是在多個地點同時舉火，因此到不用擔心這方面的問題。
但到了這個時侯，商毅也意識到，秦淮河防線己經守不住了，反正秦淮河也不是南京重點佈防的地方，因此現在也是該撤退的時候了。
不過撤退也不是搬起武器，轉身就走的，商毅首先下令，首先給各路進攻清軍一陣猛烈的進攻，將所有的火炮、管風琴槍全部都打光，同時還向秦淮河南岸發射了三十多個霹靂火箭發射箱，這一陣猛烈的打去，果然又把清軍的進攻給打了回去，而且霹靂火箭落到秦淮河南岸爆炸之後，引起了多處的建築着火，也使清軍紛紛後退，同時也戶生了大量的硝煙，而在這個時候，商毅才下令後退。
首先是由防守河岸的守軍先退，然後纔是守衛橋頭的士兵，依次而行，絲毫也不亂。同時商毅也下令到御河防線的段鵬，讓他也立刻撤退。
不過在聚寶門上觀戰的阿濟格卻看得十分清楚，並且很快也己經發現了商家軍的意圖，因此立刻下令各路清軍，趕快追擊商家軍，再可不能給他們從容佈置陣線防守了。力爭一鼓作氣，將商家軍徹底的擊敗，全面佔領南京城。同時阿濟格的心裡，也着實的鬆了一口氣，攻破了秦淮河防線，可真不容易啊。
阿濟格的命令雖然傳下去了，但因爲其他戰線的遠近不同，最先接到命令的，自然還是進攻定淮橋的部隊。因此接到命令的清軍也不敢怠慢，儘管硝煙瀰漫，看不清對岸的情況，但還是舉起兵器，又衝殺到了秦淮河邊，當然衝鋒的有火銃兵，也有其他的士兵。
等衝上了鎮淮橋頭之後，清軍果然沒有發現商家軍開槍射擊，而且這時霧煙也薄了一些，可以看見守衛橋頭的商家軍士兵已經轉身向南京的城區深處逃走了。而在北岸的撟頭上，只留下先前用傢俱建立起來的防守工事,再也沒有守軍了。
見商家軍真的放棄了鎮淮橋頭，這一下淸軍們頓時都來了精神，一個個腳步加緊，迅速的衝過了鎮淮橋，這些簡易的防守工事當然是不可能擋住清軍，被清軍刀槍齊上，手推腳踢，不一會兒時功夫就全部給推倒了。
而在聚寶門上觀戰的阿濟格的瞼上,也終於露出了一絲笑意。