原來商毅全殲了西班牙遠征艦隊，又攻佔了臺灣北部，雖然這兩次戰役中都沒有放走一個西班牙人，但紙終究是包不住火，時間一長，馬尼拉的西班牙人多少也有所查覺，至少近半年的時間過去了，無論是西班牙遠征艦隊，還是臺灣的駐軍，都沒有一點音信，儘管西班牙的菲律賓總督科奎拉對遠征艦隊的實力充滿了信心，但這時多少也都有一些不好的預感了。
而在這段時間裡，還是有不少中國商船來到馬尼拉經商，因此在二三月間，科奎拉也找了一些中國商人，向他們詢問遠征艦隊和臺灣的情況。
不過因爲遠征艦隊一到中國沒幾天，就被商家軍給滅了，並沒有造成多大的影響，而攻佔臺灣，商毅也沒有大張旗鼓，因此到馬尼拉經商的中國商人有的也聽說了一點，而有的則對這事一無所知，但就是知道這件事的，也只是半鱗片甲，也說不出個子午卯酉來。當然也有人好像記得，中國軍隊打敗過西班牙軍。結果科奎拉也被弄得雲裡霧裡。
不過僅僅是這些支言片語，科奎拉怎麼也不能相信，強大的西班牙遠征艦隊會在中國全軍覆沒，就算是打了敗戰，至少也能夠保留一批人返回馬尼拉來吧。但問題是爲什麼半年時間過去了，遠征艦隊一點消息都沒有呢？至於臺灣，更是一點頭緒都沒有了。不也科奎拉也想到，臺灣現在還有荷蘭人在，西荷本來就有世仇，而且雙方都想獨佔臺灣，很有可能是荷蘭人進攻臺灣的西班牙軍，使他們發不回來消息。
因此科奎拉和部下經過了幾次商議，最後決定，再派出一支艦隊到中國去，打聽遠征艦隊的消息，當然這支艦隊還要先到臺灣，看一看臺灣情況，如果遭到荷蘭人的攻擊，那麼就先幫助臺灣的守軍，擊敗荷蘭人。這也就是第二支西班牙艦隊的來由。
商毅雖然不知道這裡的細節，但也能推想出六七分來，畢竟這麼一支龐大的艦隊一下沒了，誰都會來打探一下。而且上一次西班牙遠征艦隊進攻，就是張庚秋首先報信，因此他提供的情報，應該還是比較可靠的。
不過現在商家軍的海軍實力己是今非昔比了，而時間纔過去半年，因此西班牙囯內是不可能發來新的艦隊，而且這個時候西班牙在歐州戰場上基本是敗局己定，也沒有力量再派遣新的遠征艦隊來，那麼這第二支西班牙艦隊，應該就是以西班牙在亞州的駐軍爲主。這麼看來，也並不足爲慮。
想通了這些問題之後，商毅立刻把亞莉桑徳拉找來，詢問西班牙在亞州還有多少力量，派出的第二支艦隊，會是怎麼樣的規模。因爲亞莉桑徳拉曾經是西班牙駐馬尼拉的武官，深知菲律賓的西班牙軍虛實。
聽完了商毅的介紹之後，亞莉桑德拉認真的想了一想，才道：“現在我們在亞州的力量並不多，戰艦大概只有二十五艘左右，而且基本沒有大型戰艦，士兵的人數也不超過五千人。因此如果沒有得到新的支援，我估計這支艦隊的數量絕不會超過二十五艘，而戰艦的數量，不會超過二十艘。”
商毅點了點頭，又道：“亞妮？如果西班牙艦隊真的打過來，你參戰嗎？”
亞莉桑徳拉怔了一怔，一下子也不知道該怎麼回答，儘管她現在己經背叛了西班牙軍，但要同自己的國家爲敵，這個彎還轉不過來。好在商毅也能夠體量她的心情，因此馬上又道：“算了, 這一次你就留下來吧。”
亞莉桑徳拉感激的看着商毅，道：“親愛的，感謝你爲我着想，這一次我的軍隊可以留下來，但我會以個人的名議，跟你一起參戰，你看這樣好嗎？”
兩天以後，駐守臺灣的沈壽崇也發回了一封急信，是荷蘭駐臺灣大員德老典寫給商毅的信，也是告訴商毅，西班牙人組織了第二批船隊來了。
原來荷蘭人在馬尼拉也有自己的探子，科奎拉準備派出去中國的第二支艦隊的消息，很快就被荷蘭人知道了。兩次到寧波來購買便易生絲，荷蘭人一共買走了二十三萬多斤生絲，從中狠賺了一筆，雖然商毅告訴他們，便易生絲己經沒有了，但荷蘭人也覺得十分滿足，同時還定購了大量其他的商品，可以預見，今年臺灣商館的貿易額一定會比去年有大幅的提高，因此現在商毅和荷蘭人正在蜜月期，荷蘭人自然不希望雙方的合作受到干撓，一得知這個消息，就立刻派人通知了基隆的沈壽崇。
收到了荷蘭人的消息，商毅也基本確定，第二支西班牙艦隊是真的，因此也立刻開始集積的準備迎戰。
當然在迎戰西班牙艦隊之前，首先要把自己內部的事情處理好。現在山東戰區馬上就要進入臨戰況態了，也需要好好安排一下。
商毅基本同意周少桓的意見，趁着目前山東的無政府狀態，先攻佔萊州和青州，但也只陷於這三府的地方，在必要的時候，可以出境作戰，但不能長期駐守。
現在清軍的主要精力還在追擊李自成，在山東投入的兵力有限，因此目前山東的兵力也，足夠應付局面了。只是一但雙方接手之後，說不定清軍會加大對山東的投入，也必需預先作好準備，首先要優先供應給他們武器裝配彈藥，還有糧食。同時還有商家軍和其他地方勢力之間關係處理，以及以後和其他抵抗清軍的武裝力量的關係處理，也都要制定一個原則出來。
商毅立刻組織了一支四十艘船組成的運輸船隊，火炮二百門，其中重型火炮四十門，包括二門三寸六分重型青銅野戰炮，中型火炮六十門，輕型火炮一百門。雷霆戰車四十輛，煫發步槍三千支，線膛槍六十支，手榴彈二萬枚，火箭炮發射箱五百個，孑彈三十萬發，火帽二十萬個。幾乎把目前杭州積累的軍火用去了六成以上，另外還有三萬石糧食。而這支運輸船隊由西班牙僱佃軍艦隊擔任護航。
同時商毅也寫信告訴周少桓等人，對別的地方勢力，以好言答對，但絕不歸附於任何一方，同時守好自己的防區，不要去理睬別人怎麼鬧騰，但對進犯自己地界的人，則要毫不客氣的給予迎頭痛擊。對清軍則更不留情，只要是在山東範圍以內，趁着清軍的大軍還沒有到，狠狠打擊一下清軍，最好能先打幾個漂亮的勝仗，揚一揚商家軍的軍威，同時商毅在南方，也能夠在輿論上佔得先機。
而對其他抵抗清軍的武裝力量，將以團結爲主，儘可能和他們處理好關係，攜手合作，甚致還可以給予其一定後支援，共同抵抗清軍。但合作關糸也並非全無原則，商毅經過了認真思考，制定了三條原則：
一是合作原則，即雙方以平等身份，沒有上下從屬關係，共同合作抵抗清軍。對這樣武裝力量，商家軍主要以情報消息同享爲主，也可以配合其作戰，但雙方各守自己的地盤，基本互不干涉，主要的戰鬥還是以自己爲主，不可與其合作太深，並且對他們保持一定的警惕性，要預防對方突然投降清軍。如果對方需要武器、物資，在一般情況下，都要支付一定的報酬。
二是依附原則，即對方依附於商家軍，保持自己力量的整體性和獨立性的情況下，聽從商家軍的命令調派，但不接受商家軍的人事安排和對軍隊的重新整編。對這樣的武裝力量，在確保對方能服從命令和較好的完成作戰任務的前提下，可以給予必要的物資支援和一定的武器支援，但也要對其有所預防，不能完全絕對信任。同時可以通過幫助他們訓練指導等手段，拉隴分化對方的基層士兵，使其逐步完全倒向商家軍的一方來。
三是完全歸降，對這樣的武裝力量，將按目前商家軍的招兵訓練考覈標準，重新整編訓練，並且和商家軍的其他士兵享有同樣的待遇。
這三條原則不僅僅是適用於山東地區，同時也適用於以後其他的各支獨立作戰的商家軍。
山東戰區的安排處理完之後，商毅也着手佈置迎戰西班牙艦隊的事務。這一次商毅也不打算仍然守在浙江，等着別人打上來，而是主動出擊，以基隆爲基地，在臺灣附近的海面上，給西班牙艦隊一個迎頭痛擊，禦敵於國門之外。因爲這一次西班牙軍的實力並不強，而商家軍的海軍也有足夠的力量，只是缺少實戰經驗，正好可以拿西班牙軍來練練手。
當然商毅也不是對方出動二十艘船進攻，自己就派出三十條船迎戰的人，而是要充份發揮商家軍船多的優勢，以壓倒性的力量，一舉擊潰西班牙軍隊，同時也震懾一下荷蘭人。
因此商毅和亞莉桑徳拉經過一番研究之後，也做出決定，將出動第一、第二、第三、第四這麼四艘分艦隊出戰，而又以一、二、三分艦隊爲主戰艦隊，第四分艦隊爲預備隊，第五分艦隊將保衛運輸船隊，保證整個作戰隊伍的後勤物資供應。同時還出動五艘飛剪船，做爲偵察船用。
就在六月三日，商毅和亞莉桑德拉蹬上“銀河”號，帶領着商家軍的艦隊，揚帆出發了，駛向臺灣，迎來了商家軍海軍的第一戰。