這一次守衛南京的戰役，比江淮戰役更爲重要，因爲江淮失守，還有長江防線，而南京一失，浙江就會直接面對清軍的兵鋒，因此在杭州的最後一次軍事會議，不僅是統戰部的成員參加，就連周世奇、王夫之、李鬆晨這些行政部、文書司的人員也都參加。（_）包括葉瑤瑱也出席了這次的會議。
現在在江南駐守的, 是第一軍和第三軍，總計有兵力八萬人左右，另外還有四個預備旅。商毅在軍事會議上正式決定，由自已率領第三軍進駐南京駐防，付責內線作戰，而成進帶領第一軍付責外線作戰。駐守長江口的第四分艦隊也逆江而上，到南京的金川門附近駐紮，以便於從長江上支援作戰，並切斷淸軍的渡江路線。而留守杭州灣的第一、五分艦隊暫時駐守待命。
第三軍由一個步兵師和一個步兵旅、一個騎兵師和特種兵旅組成，總計兵力三萬五千人左右。因爲這次的作戰任務是駐守南京，主要的戰鬥模式是巷戰和守城戰，因此騎兵的作用並不大。商毅也決定，不帶騎兵師進南京，將騎兵師中的兩個團交給第一軍指揮，剩下的一個團留守在杭州。這樣實際進入南京的兵力，只有二萬五千人左右。同時商毅也把江南戰區的總指揮部設在南京。
而第一軍是商家軍中實力最強的一個軍，共計有三個步兵師，二個步兵旅，合計兵力超過四萬五千人，加上補充過來的兩個騎兵團，總兵力己經達到了五萬二千人左右。全軍駐紮在廣德州，總指揮部設在廣徳州北部與應天府交界的建平縣，這裡距離南京不足三百里的路程，而第一軍第五師進駐應天府東南的溧陽縣，第九師駐守廣徳州，在從南京到杭州的中間位置，排出了一個三角形的陣勢，正好可以擋住清軍從南京側翼南下，進攻浙江的路線，等待着殲敵的時機。同時向北還可以支援南京的防守。
南京的內外線兵力分佈就是這樣安排，不過第一軍的軍長成進在會議上提出，內線的兵力顯得有些單薄，而且商毅親自在內線坐鎮防守，這樣就太危險了，這樣的兵力，當然是守不住南京的，因此建議從第一軍抽調一個旅，増援內線的兵力。
但這個建議被商毅挽言謝絕了，雖然他也知道成進是一片好心，但這一次作戰，主要的殲敵任務，是由外線的軍隊來完成，而內線的任務只是只是牽制住攻城的淸軍，爲外線的人馬殲敵製造機會，因此商毅也認爲目前的兵力己經足夠了，如果從第一軍抽調一旅到南京駐守，會削弱外線的兵力，影響外線的作戰。
隨後商毅還告訴成進，自己在南京的安全，並不在於守衛南京的兵力多少，而是在於外線作戰的結果，外線打得越好，自己在南京也就越安全。因此說得衆人也十分感動。
而在江北的戰區，現在清軍的吳三桂部己經攻取了廬州，兵鋒己經直逼淮南地區，鳳陽己經陷入了清軍的南北夾擊之中，現在鳳陽的守將是劉澤清，手下約有近四萬人馬，肯定擋不住清軍的進攻，因此如果讓吳三桂打通江淮，和駐守淮北的多鐸部連成一片，江北的局勢也將陷入十分被動，因此無論如何，也要保住鳳陽不失。
因此商毅也命令駐守江北的第二軍進駐滁州、定遠一線，牽制住吳三桂的兵力，保護鳳陽的背後，同時從山東戰區抽調周少桓率第四軍南下，進駐淮安府，配合第二軍在江北協同作戰。而童大勇指揮第五軍，依然留守在山東，必要的時候，可以放棄所佔領的青州、兗州等地方。保證在江北戰場形成對清軍的局部優勢兵力。
而守衛浙江地區的，是一個騎兵團，加上外籍僱傭軍團和一部海軍的登陸作戰部隊，還有目前的五個預備旅，而留守浙江的軍隊指揮官，則是由亞莉桑徳拉擔任。
總體的兵力分佈就是這樣，隨後商毅又宣佈，留守杭州的班子，行政部由周世奇和王夫之付責，統戰部由李巖付責，周奇和吳漢生協助，而葉瑤瑱仍然代替商毅，全面主持浙江地區的所有政務工作，並對突發事件有直接的決定權力。這個留守班子也並不出人意料，因爲以前幾次戰鬥，基本都是這樣，而且每一次都能夠讓商毅非常安心的在外作戰。
雖然葉瑤瑱代替商毅主事，在一般的時候，都是像徵意義大於實際意義，因爲行政部和統戰部基本都能夠把自己的事情處理好，葉瑤瑱實際起的，只是一個監督作用，但在處理緊急事務時，有一個能夠直接下決定的人，就能夠避免許多不必要的麻煩。
一切都佈置好之後，商毅才下令散會，而且將江北戰區、山東戰區的命令都發出去，又讓衆人各自回去休息，明天一早，第一軍和第三軍將從杭州出發，進入各自的作戰地區。
然後商毅才和葉瑤瑱一起回到後宅，這時商毅的其他幾位妻妾，包括尚未完婚的亞莉桑德和朱媺娖，都在等候着他們回來。
等商毅對衆妻妾說明了這一次戰役的安排之後，衆人的表情也都各不相同，陳圓圓和林鳳舞基本己經習慣了商毅這樣常年在外征戰的生活，同時也對商毅很有信心，堅信他會和過去的戰鬥一樣，平安歸來的。同時她們每人手上都有一攤事情，因此雖然心裡也非常擔心，但並沒有那種要生離死別的心裡。
而朱媺娖的身份最特殊，因此她的心情也最複雜，一方面是希望商毅能夠平安的歸來，另一方面也希望商毅能夠再一次力挽狂瀾，挽救大明的命運。
只有亞莉桑德拉的心情最鬱悶，因爲她的任務是留守浙江，這次戰鬥沒有她的份。而她心裡還是希望能夠在戰場一顯身手，由其是能夠和商毅並肩作戰。不過亞莉桑德拉也知道，留守同樣是一件相當重要的任務，能夠擔任留守主將的，也表示商毅對自己極大的信任。而且商毅也開導她，現在留守也是暫時的，隨着戰事的進展，出戰的機會還是很大的，因此也沒有異議的接受了這個安排。
不過衆妻妾最大的遺憾是，現在己經是十二月二十二日了，新年將致，而上一個新年，商毅就是在山東指揮作戰，看來今年的新年，商毅又不能夠在杭州陪着自己渡過了。
隨後，廚房裡也立刻開伙，擺上了一桌豐盛的飯菜，其中有許多菜餚是在大年三十才能吃到的，但在今天也都做了出來，擺上了桌子，也算是衆人團聚在一起，提前過了一個新年。而且在席間每個人也都對商毅表示了自己的關切和祝福之情，也充滿了溫馨的氣氛，絲毫也不遜色於真正的新年。
晚飯散了以後，衆妻妾們也都各自回房去休息，因爲在離別前的一夜，商毅照例都是和葉瑤瑱的房裡過夜，並且由葉瑤瑱親手爲他準備行李。當然其他妻妾爲商毅做的衣服鞋子等用品也早就都送到葉瑤瑱這裡來了，由葉瑤瑱爲商毅裝點。當然同時準備的，還有商毅帶到這個時代來的一些作戰物品：手槍、手弩，孑彈盒、弩箭盒，手雷，軍刀、匕首、雙截棍、頭盔、避彈衣、護臂、護腿，還有GPS等等。
雖然現在商毅己經不用親自上陣戰鬥了，但現在畢竟還是冷熱兵器的混合時代，主將往往也都會親臨第一線指揮作戰，因此也必須做好隨時可能戰鬥的準備。
等葉瑤瑱忙完了一切之後，商毅才把她抱在懷裡，道：“瑤瑱，你也忙了半天了，東西也都準備得差不多了，休息一下吧，別把自己累着。”
葉瑤瑱順從的倚在他的懷裡，道：“哥哥，這一點事情那會累着呢？到是戰場上刀槍無眼，因此哥哥可千萬要小心自己的安全。”
商毅輕輕撫摸着她的臉頰，笑道：“放心吧，我又不是第一次打仗了，不會有事的。不用爲我擔心。”
葉瑤瑱道：“如果是和清軍明刀明槍的打仗，我當然相信哥哥一定可以再次打敗清軍，但聽說這一次清廷在南京派遣了許多奸細，有道是明槍易躲，暗箭難防，因此哥哥這一次千萬可不能大意，而且如果實在是守不住南京了，哥哥也不要在南京硬撐着，退回到浙江再和清軍決戰。浙江是我們的地盤，在這裡我們有天時地利人口，條件可比南京好多了。”
商毅點了點頭，在她臉頰上親了一下，道：“放心好了，我決不會硬撐的，而且我也答應過爺爺，無論如何也會保住自己，決不會把你一個人扔下不管的。”
葉瑤瑱聽了，只說了聲：“哥哥，你真好，然後主動勾住商毅的脖孑，將火熱的雙脣奉上。
商毅一面和她熱情擁吻，一面在葉瑤瑱動人的嬌軀上游動撫摸着，並且在熱吻纏綿中，熟練地將她身上的障礙物一件件脫掉，露出如羊白玉脂完美無瑕的驕人胴體。
雖然己經和商毅做了近三年的夫妻，但葉瑤瑱依然受不了商毅的挑逗，只覺得渾身發軟，嘴裡吐出火一般的熱力，在商毅耳邊道：“哥哥，好好愛我吧！……”