清順治五年(1648年) 三月，南京參政院正式成立，各省推舉三十人，南京十五人，自薦的有二十三人，而受邀請的有十七人，共計二百三十五人，第一任議長由黃宗羲出任，吳甡、史可法、顧炎武等人都被選爲第一任執委。
在參政院成立的同時，南京政府又做出了一些新的措施，主要是有三項大型工程項目上馬。
首先是商毅下令，在南京附近，修建第二座兵工廠。
在商家軍正式更名中華軍，分成兩個軍部，五個大軍區，軍隊的人數也擴充了三成左右，而且前期的部隊使用的各種兵器，也有近一半需要進行更新，而目前南京政府一共有兩座兵工廠，一座在杭州，一座在山東。山東兵工廠只能供應山東戰區的武器，其餘的四個戰區，包括海軍部的武器，全部都由杭州兵工廠製造供應，但現在的生產速度，己經明顯跟不上軍隊的擴張了。
另外海軍部現在也己經完全成爲一支獨立的作戰力量，還擁有兩個海外基地，並且還在近一步的擴張，造船的迅速也在加快中，而海軍使用的槍炮武器，和陸軍也有一定的差異，一般來說，由於船上的空間有限，艦炮的長度最大不能超過兩. 五米，而且火槍也是儘量以短小爲主，因此海軍的武器，也有必須和陸軍區分開。
因此再建第二座兵工廠，也是迫在眉睫的事情。而且新的兵工廠的選址己經確定好了，就在南京城東北約十五里的八掛洲上。
八掛洲是長江下游的一個江洲，面積約爲五十平方公里，大體呈一個扇形，僅次於崇明島和揚中島，是長江中的第三大江洲。而且目前還沒有人在洲上定居，因爲八掛洲是一個江心島，可以保證安全和隱密，同時又可以利用長江水道，運入鐵礦物資，運出造好的武器成品，確實是一個建造兵工廠的理想地點。
爲此商毅也專程將兵工廠的廠長孫和鼎從杭州請到南京來，商議在八掛洲上建新兵工廠的事情。
按照商毅的計劃，這個兵工廠的規模，應該是杭州兵工廠的三倍以上。當然杭州兵工廠一共花了兩年多的時間才全部建成，因此這個兵工廠商毅估計需要五到六年甚致是更長的時間，才能完全建成。也許等到了那個時候，己經完全擊敗了清廷，但這個兵工廠同樣可以用來供應整個南方駐守軍隊的武器。而杭州的兵工廠將逐漸轉型，慢慢改爲主要生產海軍的武器，使陸軍、海軍的武器更加支業，也更符合各自的特點。
現在孫和鼎雖然還只是杭州兵工廠的廠長，但在行政級別上，掛了一個工業部副部長的官職，大約才相當於明朝的工部待郎，職位可不小，當然實際還是在管理兵工廠的運營工作，孫和鼎對現在的況態也非常滿意，根據商攲提供的圖紙和思路，又製造出幾種新式的武器，這次也都帶到了南京。
不過首先當然還是新兵工廠的事情, 孫和鼎對此也十分支持, 因爲這個兵工廠的規模更大, 成就感也更高, 因此在和商毅進行了一番簡單的勾通之後, 孫和鼎也馬上親自趕到人掛島, 去甚測地形, 構思建廠的方案等等。
第二個項目，則是和兵工廠緊密相關，就是造船廠。商毅打算重新恢復龍山船廠。
在清軍佔領南京期時，龍山船廠被當作清軍的水軍基地使用，當時商家軍的長江艦隊也多次向龍山船廠發動過進攻，將龍山船廠毀壞了不少。商毅收復了南京之後，龍山船廠也修復了一部份地區，現在當長江艦隊的基地使用。
龍山船廠在永樂年間，佔地達一千餘畝，約合六、七平方公里，一共有七個作塘（即船塢），鄭和七下西洋所用的大寶船全部都是在龍山船廠裡建造的。
雖然到了明朝的中晚期，龍山船廠己經不造千料以上的大船，而且船廠的面積己不足全盛期的一半，但這裡畢竟是造大寶船的地方，雖然後世對大寶船的尺寸一直存在着爭議，包括現在這個時代，也己經無法考證最大的寶船到底有多大了，但兩千料左右，排水量約在一千到一千二百噸的大寶船，是確實存在的。因此是十分少有的能夠在江河中製造大型風帆船的地段，商毅當然不會放過。
而且現在長江中下游己經成爲商毅的內河，同時也是南京政府的重要航道，但長江上游就是四川的吳三桂，因此保持長江的水面優勢，也是致關重要的事情。而現在伏波軍的戰船，基本都是按海戰標準設計的，並不是很適合在長江中作戰，因此也需要製造一批專門適用了江河作戰的戰船，當然也就需要在長江沿岸再建造一個新的造船廠。
龍山船廠的位置江汊縱橫、地勢開闊，直通長江，雖然在戰爭期間遭到了比較嚴重的破壞，但基礎尚在，由其是七個作塘，還保留三個完好，可以照常使用，另外還有兩個只是年久未用，泥汐淤積，也只用稍做修善，也就可以使用。這樣好的地利條件，確實是不可多得，如果不善加利用，確實是太可惜了。
因此重新啓動龍山船廠，是完全有必要的，在商毅的計劃中，建成以後的龍山船廠，不僅可以建造江船，同時還能建造一部份海船，並且依然兼居有水軍基地的作用，駐紮在這裡的水軍，可以十分有效的南京段江面。
而重建龍山船廠的任務，也自然就落到造船廠的廠長胡江濱頭上。
第三個項目是鋼鐵廠，和新兵工廠、龍山船廠不同，這個項目並不設在南京附近，而是被安排在了湖北省。
無論是古代還是近現代，冶鐵鍊鋼都是國家的重要基礎產業，儘管中國古代不重視生產技術，但有兩樣是例外的，農業和冶鐵業。商毅在浙江也建立了一個冶鐵廠，引用了一些先進的冶鐵鍊鋼技術，取得了非常不錯的效果，在收復南京的戰役期中生產出的一批槍炮，因爲是使用優質鋼鐵製造，因此使用壽命得以沿長，保證了整個戰役期間槍炮都沒有出現缺少。
但這個鋼鐵廠的規模並不大，一方面是因爲建成的時間比較短，另一方面也是客觀原因所限。冶鐵鍊鋼需要兩個重要的條件，一是鐵礦資源，二是煤礦資源，沒有鐵礦，冶鐵鍊鋼也就無從說起，而煤礦是冶鐵鍊鋼的主要燃料，因此也是缺一不可。而浙江很不幸，這兩樣資源都很差，雖然有一定的鐵礦資源，但數量不多，開釆難度也比較大，而煤礦基本沒有。
現在鋼鐵廠的鐵礦一半是開釆，一半是進口，而煤礦大部份是從臺灣運來的，正因爲這兩個因素的限制，也造成鋼鐵廠的規模無法擴大。而且冶鐵鍊鋼的成本也很高，產量並不大，現在煉出的鋼鐵只能全部都供應兵工廠使用，其他行業根本就用不上這種優質的鋼鐵。
而武昌就不存在這個問題，因爲湖北的煤鐵資源都十分豐富，而且開釆的歷史也很早，在二百多年以後，張之洞在這裡搞洋務運動，就號稱要建立亞州最大的鋼鐵廠。而在天朝成立之後，也在這裡建成了著名的武漢鋼鐵工司，也就是武鋼集團。就是因爲武昌所在地區優越的自然資源條件。
商毅打算建設的鋼鐵廠，就是後世武鋼所在的地址，湖北省武昌市的東北青山地區。而且選址在這裡，還有一個好處，就是交通便利，煉好的鋼鐵可以直接裝船，順着長江飄流而下，送到造船廠和兵工廠來。也節省了不少的運需成本。鋼鐵廠的負責人當然是宋應星。
煤鐵複合型工業，也是資本主義早期發展的重要支柱條件。英國能成爲近代第一個成功的資本主義國家，並且引領了第一次工業革命，正因爲它擁有大量的煤鐵礦產，並且大力發展煤鐵複合型工業。而現在商毅也在把中國向這條路上引。
現在南京政府的大型工業項目基本都集中在浙江省，這是由於早期商毅只有浙江這一塊地方，因此所有的工廠項目只能都在浙江安家。
但浙江地區歷來都是中國的商業區、對外貿易區和小手工業藝製造地區，並不適合搞大規模的工業項目，因爲浙江的金屬礦產不多，由其缺少發展工業所需要的鐵、銅礦產和煤礦，而現在商毅的地方大了，也應該將大部份的大型工業項目向合適的地方轉移，而浙江也將回歸它應有的功能。另一方面這也不僅僅是隻顧眼前，同時也着眼未來的規化。
當然重新安排的大型工業項目都將沿長江沿岸分佈，這祥就可以充分發揮長江水道的作用，當然這樣做對環境會造成一定的污染，但在現階段，這個問題基本可以無視掉。現在中國需要是工業革命，需要的是機器，大工廠，冒着黑煙的大煙筒。