從造船廠回到杭州以後，商毅收到了湖北的戰況消息，李定國、李巖等人採用誘敵深入之計，擊敗了清軍兩萬餘人，當陣擊斃了清軍的主將真珠瑪喇，取得了一場大勝，而且也粉碎清軍對商家軍湖北根據地的第二次進剿。
看完了戰報之後，商毅也十分高興，自己在湖北佈下的這一顆棋子也終於開始發揮作用了。經過了這次進剿失利之後，淸軍恐怕也要頭疼一陣子了。現在清軍在江北的兵力不足十五萬，已經抽調不出足夠的再次進剿兵力。而清軍在江南雖然有近二十三萬的龐大兵力，但卻分屬於阿濟格、吳三桂、尚可喜三部。
而現在阿濟格能夠直接指揮的兵力不足十萬，唯一的辦法就是調吳三桂或尚可喜部去進剿湖北的商家軍，但經過了上一次進攻浙江的分兵之後，三部之間己經產生了矛盾，吳三桂和尚可喜己經結成了攻守同盟，並且與江北的耿精忠也遙相呼應，都堅決的執行保存實力的戰略，是否願意出兵，還不好說。
就算是吳三桂或尚可喜真的出兵，他們也未必會努力作戰，但南京的兵力必然會被削弱下來，這樣商家軍就可以立刻出兵，向南京發動進攻，就算不能馬上攻下南京，但也可以先掃清南京的外圍地區，爲下一步收復南京作準備，同時也可以牽制清軍對湖北的進攻。
因此商毅也立刻下令，命南京的情報人員、偵察兵都嚴密監視清軍的動靜，一但有兵力調動的情況，立刻回報到杭州來，自己也好及時應對。
而這時付責北方情報事務的吳漢生來見商毅，向商毅報告了北京發生的三條消息：首先是攝政王多爾袞發現了祥瑞。原來多爾袞好打獵，居說在三月初，有一次多爾袞在郊外打圍，發現了一隻白鹿，多爾袞連發三箭不中，白鹿口吐人言道：春仍萬物滋生之季，妄開殺獵非仁主所爲。而多爾袞當即棄弓下馬，拜謝白鹿，表示將下令全國，禁止在春季圍獵活動，然後那白鹿立刻化爲一道白光昇天而去。這一件事己經在北京傳得沸沸揚揚，人盡皆知。
另二條消息就相對隱密一些，一是吳三桂、尚可喜、耿仲明三人分別都向北京清廷上書請令，主動要求統領本部人馬去收取四川、雲南、兩廣等地，爲大清掃平南方盡力；二是淸廷打算重新啓用洪承疇，命他總督河南、湖廣、山東、安徽、江蘇、江西軍政事務。
經過了兩年的發展以後，商毅集團在北京的情報網絡己經全面鋪開，情報人員已多達六十餘人，而且以前留在北京的第一批情報人員都己經全部撤回了杭朻，現在在北京的情報人員都是由杭州派遣過去，受過一定的專業訓練，分散隱藏到北京的各行業中，分成了四條獨立的情報系統，互相之間都不知道其他人的存在，全部都單線與杭州方面聯絡。而且通過一番運作之後，還有三個人成功的打入到北京的官場中，雖然現在都是擔任的低級官職，但卻可以在第一時間內瞭解到清廷內部的重大消息動態。
因爲這個時代的情報工作和反情報工作都沒有後世那麼嚴謹，一般朝廷的重大事都不會有太多的隱瞞，而且又沒有無線電臺、衛星等傳插工具，消息傳遞的速度佷慢，因此商毅對情報部門的工作要求是，把清廷發生的重大事情及時反應給杭州，讓杭州這邊早做準備，就是情報部門最大的成功了。
畢竟情報工作是長遠之計，不能超之過急，在目前的情況下，商毅並不打算要求情報人員打入淸廷官場的高層，刺探重大的軍事機密，或者是策反淸廷內部的人員。至於說搞暗殺、破壞活動更是不到迫不得已的時候，決對不做，因爲情報部門不是恐怖組織，一但這種行事作風開始，很難收得住。二來無論暗殺破壞活動成不成，都會暴露一批情報組織，對於現在剛剛鋪開的情報系統來說，是得不償失的。
看到了情報部門提供的這三條消息之後,商毅也頗感興趣，第一條就非常有意思，商毅當然知道所謂祥瑞，都是見鬼，什麼白鹿、白狐，撐死了也就是個白化動物，而在這個時候被提出來，還和多爾袞扯上關係，不用說這是多爾袞有意謀位，在爲自己製造輿論，不過一但多爾袞真的簒位，不管成不成功，都會引發清廷的朝政動盪，對於浙江來說當然是有利付。
而第二條更讓商毅高興，這也說明自己寫給吳三桂的那一封信己經起作用了，吳三桂、尚可喜、耿仲明這三個漢族降將與清廷之間的矛盾終於提前了三十餘年。當然這種局西並不是就靠商毅那一封信造成的，主要的原因還是在於商家軍的橫空出世，使南方並非一蹶不振，而在這種南北對持之中，一些有一定實力又不甘寂莫的人就會產生一些多餘的想法，商毅寫給吳三桂的那一封信只不過是一根導火索而已。
不過在這樣的情況下，清廷恐怕很難拒絕三個漢族降將的請求，因爲一擔把他們逼急了，清廷也怕他們會倒戈一擊。如果清廷真的把吳三桂、尚可喜、耿仲明三部人馬調去平定南方邊遠地區，對商毅來說，當然是大大的好事，至少在短時間內，三名降將不會和商家軍正面衝突，因爲他們也需要商家軍的存在，來牽制清廷。
只有最後一條讓商毅感覺到有些壓力，要說清廷對南方危脅最大的人，既不是任何一名滿州權貴，也不是三名降將中的一個，恰恰就是這個洪承疇。因爲洪承疇本身就極具軍政兩方面的才幹，而且又是明朝高官出身，熟知官場的各種規則，瞭解漢人的思想觀念，懂得怎樣消除漢族人的反抗心理，更爲重要的是洪承疇是文官出任武職，這就決定了洪承疇的權力再大，也無法建立起一支屬於自己的私軍，因此清廷也可以對他完全放心。在另一時空裡，幫助清廷徹底掃平南方的，正是洪承疇。
當然這並不就表示商毅害怕洪承疇。在江淮戰役中，商毅也和洪承疇交過手，無論洪承疇的能力有多強，畢竟還是沒有脫離這個時代，而且他洪承疇的滿清這一方，致少在這個時候，沒有人認爲滿清取代明朝是歷史發展的趨勢。只要南方有一支能夠真正扛起抗清大旗的力量，清廷想要統一中國，就不會那麼容易。
不過情報並不僅僅只限於北方，南方同樣也有大量的信息反應到商毅這裡來，魯王朱以海從處州逃離之後，躲到了福建建寧府。
而福建本是鄭芝龍的地盤，鄭芝龍扶助唐王朱聿鍵稱帝之後，得知魯王一行逃到了建寧府，立刻派出使者來面見魯王，要求魯王削去監國的稱號，並向朱聿鍵稱臣。而朱以海這邊自然不會同意，相反還殺死了朱聿鍵派來的使者。
鄭芝龍得知自己派出的使者被殺以後，也勃然大怒，派兵進攻建寧府。但朱以海一行也知道他們不會善罷甘休，逃出了福建，進入了江西省。
在趕走魯王之後，朱聿鍵下改元隆武，封鄭芝龍爲平國公加太師，掌握軍政大權；鄭鴻逵進定國公，鄭芝豹爲澄濟伯，鄭彩爲永勝伯，並賜鄭芝龍子鄭森“朱”姓，改名成功，鄭氏一族都官居極品。同時將擁戴自己的福建巡撫張肯堂、巡按御史吳春枝等二十餘人封爲大學士。並集廷臣議抗清戰守，提倡躬行節儉，以裕兵食。而且朱聿鍵自身也親自帶頭，不御酒肉，不備金玉，只用磁瓦、銅錫之類。宮中除了皇后之外，沒有妃嬪。執事者只有三十餘人等，儼然是一付頗有所作爲的樣子。
同時湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫，兩廣總督丁魁楚等地方大員也都向朱由榔表示奉立之意。這一來朱聿鍵在名議上己經擁有福建、廣東全境，湖廣、江西大部，廣西部份時地盤，號稱擁有人馬三十萬餘人，一直聲勢也頗爲浩大。
魯王朱以海逃出了福建之後，來到江西撫州安據，招集人馬，潞王敗亡之後的餘部方國安、王之仁等人也都紛紛紛來投，因此也聚集一萬五千多人馬，又趁着清軍和浙江對持之際，攻佔了南昌、臨江、建昌等地，暫時在這裡駐紮了下來。但聲勢要比朱建聿小得多。
而另一位明朝的宗室桂王朱由榔，由廣西巡撫瞿式耜等人迎請到肇慶稱帝，並改元永曆，瞿式耜爲東閣大學士兼吏部左侍郎管尚書事，勢力佔領了廣西全境，雲南、貴州的部份。
不過南明三帝能夠在南方站穩腳根，還是由於有商毅在浙江牽制着清軍。但令商毅感到滿意的是，南明三帝的情況都能及時的反應過來，說明南方的情報工作也展開的很不錯了。