第二天，船隊分頭而行，宋協昌帶領着三條商船揚帆啓航，沿海岸線繼續南進。又經過一天的航行之後，才駛進了馬尼拉灣。
又向前行駛了一段路程，果然在巴石河的入海口處，發現了三艘西班牙軍艦。商船上的士兵們也都十分緊張，不過大概是看到他們是商船，又是駛進巴石河，因此西班牙軍艦並沒有攔截他們，還讓開道路，讓他們進入巴石河。
實際意義上的馬尼拉，其實是包括馬尼拉城以及巴石河的兩岸的廣大地區。因爲在這個時代的馬尼拉城其是一個小城堡，城市規模大概也就和中國一個小縣城差不多，住於馬尼拉灣以東，塔阿爾湖北岸，巴石河以南的位置，離巴石河和馬尼拉灣都還有一段距離，因此西班牙人又在巴石河的入海口處修建了一座聖地亞哥堡要塞，做爲馬尼拉城的屏障。而在馬尼拉城裡居住的，基本都是西班牙士兵，以及到亞州來的冒險者，還有傳教士，以及他們的家屬、僕人。也有少量的土著貴族。
巴石河南岸被稱爲巴里安區，北岸稱爲比農多區，纔是真正的商業區，在馬尼城的華人有九成以上，都在這裡定居，或者開設了商鋪，現在林之洋在這裡也有一部份產業商鋪，林鳳舞就在這裡生活了好幾年的時間。而且也有不少在馬尼城裡居住的西班牙人，也在巴里安區或比農多區有自己的商鋪、莊園，當然也有不少教堂。另外也有部份歸化的土著，還有少量其他的亞州商人，歐州商人都在這裡定居。因此在這裡也形成了多種文明交匯的局面。
在十七世紀初期，馬尼拉也有相當數量的日本人定居，在一六零三年的馬尼拉大屠殺中，日本人也充當了幫兇，但隨着徳川幕府推行閉關鎖國的政策，因此在馬尼拉的日本人也逐漸減少，現在己不足兩百人，基本都是當初那一批曰本人的後代。
進入巴石河之後，就可以發現，在南岸的巴里安區有不少地方都有滅毀的痕跡，而且開張的店鋪極少，街道上也少有行人，同時還發現了幾批身材矮小的土著人正搶砸一家店鋪，而在土著人的後面，還有兩名傳教士和幾名西班牙士兵，正在指指點點，顯然是在指揮着土著人。而北岸的比農多區要略好一點，但開門營的商館還不足一半。
阿科尼亞等幾個傳教士互相看了一眼，阿科尼亞輕輕嘆了一口氣，道：“我的主啊，爲什麼會有這樣的情況。”
南京商館位於巴石河北岸的比農多區，離入海口不足十五里，緊靠着巴石河的一個河港，在商館前就是一個碼頭。而且這時己經可以看清，商館是由兩棟三層樓高的建築組成，在外圍還有一道一人多高的圍牆。不多時,三艘商船都己經接近了碼頭。這時張庚秋忽然驚叫道：“看，有人在圍攻我們的商館。”
衆人放眼看去，只見有百餘名土著人在一個傳教士和十幾名西班牙士兵的帶領下，正在向商館的方向撲奔而來，而商館裡的夥計們正退入商館中，關門閉戶。
趙銘道：“看來他們己經開始對比農多地區動手了。”
而宋協昌立刻下令，趕快靠岸，同時命令商船上的士兵，立刻準備戰鬥。
不一會兒，有一艘商船在岸也停靠，這時土著人早就發現了商船，他們一時砸不開商館的大門，因此都轉移到碼頭上來，準備先打劫商船。同時幾個西班牙士兵也大聲喊喝，指手劃腳。似乎也是指揮着土著先進攻商船。
就在這時，忽然從商船上飛出了幾個圓簡狀的東西，還冒然白煙，落到土著中間，土著們還不明白是怎麼一回事情，有一個土著還拾起來一個，拿在手裡翻來覆去的看着。
只聽“轟——轟——轟——轟——”幾聲，手榴彈在土著中間爆炸，只炸得土著血肉橫飛，一下子就死傷了一二十餘人，緊接着船上槍聲大作，頓時又將土著打倒了十幾個。其餘的土著嚇得連連後退，而船上這才伸出跳板，搭靠在碼頭上，而士兵們也紛紛從船上衝下來，踏上了碼頭。
手榴彈的爆炸聲一響，西班牙士兵就知道是怎麼一回事，於是也都趕忙從背後摘下自己的火槍，準備開火迎戰，但等他們都填裝好了彈藥之後，這才發現，從船上下來的，盡是身裝綠色軍裝，帶着八角單沿軍帽，手持火槍的士兵，雙方一陣短暫的對射之後，中華軍的士兵中有兩人中彈受傷，而西班牙士兵卻躺下了大半，連帶着逃跑的土著，又被打死打傷了十餘人。
這時另外兩艘船也都相繼靠岸，士兵們紛紛登岸成功。剩於的幾個西班牙士兵和土著也看清了對手足有四五百人，而且都是人手一支火槍，也都無不吃驚，也不知道這一支軍隊是從什麼地方來的，而且看樣子都是生理人，每一個人的心裡也都閃過了這樣一個念頭，生理人的軍隊殺到馬尼拉來了。
眼前的局勢己經很清楚了，對方的人數比自己多了好幾倍，而且人人都有火槍，自己肯定不是對手，因此幾名西班牙士兵立刻轉頭就跑，把那名傳教士和土著全都扔下了。
而這時中華軍的士兵己有一半上岸，立刻對西班牙士兵展開了追擊，結果在追擊的過程中，又打死了不少土著和幾名西班牙士兵，有一些土著其實是在追上之後，被中華軍的士兵用刺刀給捅死的。戰鬥很快就結束了，中華軍共打死了九名西班牙士兵，三十七名士著，另外還抓回了兩個西班牙士兵，十五個土著人，而那名教士因爲穿着長大的袍孑，還沒跑兩步，就被絆了一跤，成爲中華軍所抓的第一個俘虜。而中華軍的士兵無一傷亡，只有三個人受傷。
這時張庚秋才從船上下來，而商館的大門也重新打開，夥計們一看是張庚秋，也都十分高興，馬上迎了出來，道：“張船主，您可算回來了，這是中華軍嗎？”
張庚秋點了點頭，道：“是啊！大夥兒放心吧，中華軍來了，咱們也就不用再怕幹糸臘人了。”
剛纔的戰鬥夥計們都是親眼所見的，而且現在得到了張庚秋的確認之後，也都十分興奮。這時宋協昌也正在指揮士兵清掃戰場、警戒，並且從船上將帶來的武器彈藥都御下來，搬入商館中。夥計們見了，也都紛紛趕出來幫忙。
而宋協昌立刻要了一間屋子，又抓到的兩名西班牙士兵和傳教士進行審問，由阿科尼亞充當翻譯。那兩名西班牙士兵一開始還有不服氣，但捱了幾槍託，打得頭破血流之後，立刻也就老實下來，向宋協昌說了實話，原來菲律賓總督查孔覺得前一段時間的準備工作做得差不多了，決定從明天開始，首先對巴里安區的華人進行肅清，然後在對比農多區，而這名傳教士以前來到南京商館，知道這裡有錢有不少好東西，因此也準備在大屠殺開始之前，首先搶一些東西，於是拉上一個小隊的士兵和一百多名土著，來打劫南京商館，當然按傳教士的說法，是束消滅異教徒。
宋協昌又問個傳教士道：“他說的是真的嗎？明天你們就要準備開始屠殺華人了。”
洋和尚到是有點硬氣，道：“你們這些異教徒，不會有好結果的。”
阿科尼亞苦笑了一聲，道：“你叫什麼名字，是那一個教會的？”
見是個傳教士問自己，這名傳教士纔回答道：“我叫內格雷多，是屬於馬尼拉大主教區，奧古斯丁會。你是誰，爲什麼幫異教徒？這支軍隊又是那裡來的？”
阿科尼亞道：“我是南中國主教區、耶穌會的傳教士阿科尼亞。我們是自中國，因爲聽說你們要屠殺馬尼拉的華人，因此中國的皇帝要出兵干涉。”
內格雷多道：“什麼，異教徒竟然要進攻這裡，進攻己經受過主的福音的地方，這實在是太可怕了，萬能主啊，請你將災難降臨到批異教徒身上，挽救您忠誠的羔羊們。阿科尼亞神父，也是主的忠誠僕人，爲什麼要幫助這些異教徒。”
阿科尼亞看了他一眼，苦笑道：“你們錯了，主的罰懲不應該降臨到到無罪的人身上，雖然他們不是主的羔羊，但都是善良的人，是你們在玷污主的仁慈與寬容，因此災難己經就在你們的頭頂上了。我不是幫助異教徒，而吳希望能夠將你們從災難中解救出來。”
內格雷多不明白他的意思，但卻把頭扭到邊，道：“原來你己經不是主的忠誠僕人，而是魔鬼的信徒。”
阿科尼亞淡淡道：“我是不是主的忠誠僕人，以後會有證明的。”說完之後，也沒有再理他，轉身對宋協昌道：“宋團長，明天西班牙軍隊就要展開大屠殺了，因此我和郭納爵神父要連夜趕到馬尼拉城，向菲律賓總督呈交靖北王的書信，希望能夠阻止這場大屠殺。”
阿科尼亞帶着商毅的信,宋協昌是知道的,因此也點了點頭,道：“好的，阿科尼亞神父，我派一個連的士兵，保護你去馬尼拉城。”