儘管武昌城中的火勢息滅，但這時整個城市以經被燒燬了大半，只有在城市的邊緣，靠近城牆附近的一些建築房屋才得以保全下來。而越是靠近城市的中心，就燒燬得越是慘重，由其是中心的兩條主街，和楚王府的所在地域，是西軍點火的地方，幾乎徹底燒光，只剩下一堆還散發的騰騰熱氣的廢墟瓦礫。
而武昌城中，本來有二十餘萬居民，然而到了現在卻不足五萬，其餘全都葬身於火海之中。整個空氣中也充滿了嗆人的焦糊、腐臭味道。既使是聞慣了戰場上的硝煙硫磺味道，商家軍的士兵們也覺得受不了，不少人都嘔吐了起來。
在未來幾個月以內，武昌城裡是不能居住了，好在城外還有不少村莊城鎮，西軍在撤退的時候，只是搶掠一番，還來不及放火，因此也空出了不少房屋，商家軍又搭建了一些帳蓬和簡易窩棚，免強能讓倖存的百姓都住下了。好在現在纔是八月上中旬，天氣還不算冷，百姓們還能免強支撐。
雖然士兵和百姓都安置下來，但在火災中受傷的百姓多達數千人，絕大部份都是燒傷燙傷，有許多人的傷勢都非常嚴重。而這個時代對燒傷燙傷的治療手段不多，同時商家軍也缺少醫生和藥材，儘管現有的醫生都竭盡了全力，但在毎天都有人不治而亡。再加上幾乎所有幸存的百姓都有家人葬身在火海中，因此毎天都能聽到百姓的啼哭聲音，整個營地，都十分悽慘。
看着這一番地獄般的情像，商毅也不禁苦笑不止，武昌城可以說是徹底破毀滅了，想要重建的話，至少也需要三五年的時間，同時還需要花費大量的人力、物力、財力才行，至於說完全恢復元氣，那還不知道要等多久，十年，二十年都有可能。而自己原來想以武昌爲核心，建立根據地的想法，恐怕也難以實現了，而沒有了武昌府，漢陽府也失去了依仗，難以大用。
那麼自己下一步怎麼辦呢？是取襄陽府還是取長沙府。不過商毅清楚，無論是襄陽府還是長沙府，都無法取代武昌府的優越條件。這才真是叫人算不如天算，想到這裡，商毅心裡也不禁對張獻忠充滿了憤怒。這時他穿越到這個時代之後，除了對清軍那次入關奔襲之外，第一次如此的憤怒。因此纔對周少桓下達了追擊張獻忠，死纏不放的命令。
但現在也沒有別得辦法，商毅又下令，將商家軍的所有人馬和物資都轉移到長江以東來，一方面是便於集中管理，另一方面也是救濟倖存的百姓。同時又寫信給廬州的吳甡，催促他快把答應自己的物資送來，另外還要他再準備一批救濟百姓的糧食、物資和藥材。
而百姓們雖然都十分傷心，但對商家軍卻都十分感激，可以說如果沒有商家軍，就算自己能夠逃出火海，也只有凍死、餓死一條路，那些像現在，好歹還有個安身之地，能夠吃到裹腹的食物，傷員也有人在救治，在大明朝幾曾見過這樣的軍隊，因此百姓們對商家軍的態度非常親切。而商家軍仁義之師的大名，也進一步在江南地區流傳開廣出來。
就在這時，周少桓派人回報商毅，二團在樊口附近追上了西軍的斷後部隊，雙方又激戰一場，結果二團又一次把西軍打得大敗，不僅趁勢奪取了樊口縣，而且周少桓帶兵追擊，一路上連續追殺西軍，一直到了鐵山附近，直到遇上西軍的接應人馬，纔算是收住了腳步。不過周少桓也怕自己弧軍深入，不敢停留，只好又撤回到樊口縣，同時也打探清楚了，張獻忠的大軍這時退到了大冶縣暫時駐紮。因此又派人向商毅報告。
這時吳甡拔調給商毅的二萬石糧草和其他物資也送到了武昌府來，而且商家軍的物資、鋪兵，後勤、俘虜也都相繼到達了武昌，糧食和基本的生活物資，暫時都得到了保障。差不多同時到達的，還有從穆陵關運來的第二批物資，這次沒有糧食，幾乎全是彈藥火器，僅手榴彈就達到五千顆，而各種霹靂火箭也達到兩百個。商家軍也重新裝備齊全了。
不過加上漢陽府一戰抓住的俘虜, 現在商家軍的俘虜以經達到了八千多人，又加上現在的四五萬百姓，而打下武昌府之後，連一點物資都沒有勞着，雖然現在有了二萬石糧食，但連兩個月都支持不到，雖然商毅也十分頭庝，但也不能放任這些老百姓不管，因此也這能這麼先對付着。
好在西軍的俘虜明顯比闖軍的俘虜老實得多，因爲西軍中有大半都是剛入夥才幾個月的士兵，先前都是農民，膽子還沒有練出來，而且在戰場上見識了商家軍的火銃，也是打心眼裡害怕，因此從一開始起就綿軟得多，不過商毅依然按照對待闖軍俘虜的方式那樣，先互相揭發，找出頭目，一率處死，給俘虜們一個下馬威，然後將剩下的俘虜進行分配編組，開始強制改造，現在俘虜們的任務就裡清理武昌城中的殘骸。
當然讓俘虜清理武昌城，到不是說商毅就打算重建武昌，而且給俘虜們找點事做，別老是閒着浪費糧食，吃飽飯動別的心思。另外屍體殘藉留長了，也容易滋生病菌，造成傳雜性疾病。其實商毅現在也有些茫然，不知道下一步該怎樣走纔好，是留在湖廣，重建武昌，還是另找其他地方安身，一時之間，商毅心裡也沒有一個好主意。只能走一步看一步了，好在收拾殘局也費不了什麼功夫，頂多就是讓俘虜們出一點力。
收到了周少桓的通報之後，商毅立刻決定，先不管別的，追擊張獻忠再說。因爲商毅知道，張獻忠從武昌離開時，可是帶了不少錢糧物資，金銀財寶，現在自己這邊正是錢糧緊張的時候，只好找張獻忠打打秋風。商毅也不禁苦笑，穿越到這個時代快一年了，居然還是可要靠搶過日子。另外商毅對張獻忠也實在是憋着一口氣，這傢伙太可氣了，如果不狠狠教訓他一頓，確定有些不甘心。
因此商毅立刻下令，命羅遠斌帶領五團留守武昌府，慢慢的收拾殘局，同時又留下了一個偵察連和一個騎兵連給他，以防不測之用。隨後商毅帶領着三團和騎兵營，向東南出發，與周少桓的二團匯合，繼續追擊張獻忠。
經過了一天的急行軍，商毅的大軍到達了樊口，兩軍匯合之後，立刻重新整頓出發，再一次到達鐵山，逼近了大治縣。
因爲先前周少桓曾經打到了鐵山，然後又撤回去了，因此張獻忠還以爲商毅就點到爲止，也打算在大冶好好住幾天，認真想想下一步該到那裡去。那知商毅不但沒完，相反還親自領兵又追上來。於是張獻忠也不禁有些急了，而且想想也是，自己輸給商毅那麼多陣，漢陽、武昌兩地也都讓出來了，也夠意思了，商毅怎麼還沒完沒了的，難到非要把自己趕盡殺絕嗎？
這也欺人太甚了，泥人也有個土性，何況是縱橫天下十幾年的張獻忠。雖然張南忠也知道了，商家軍的實力超強，但商家軍一共才七千多人馬，而張獻忠現在還有近十萬軍隊，就算五個打一個不行，十個打一個總該夠了吧，當初曹文迢夠能打吧，經常是幾千人攆着幾萬農民軍跑，結果還不是讓十餘萬農民軍包圍，來了個螞多咬死象，弄得戰死彊場。因此張獻忠也決定，親自迎戰，到要看看這商家軍倒底有什麼厲害之處，他還真有些不信，商家軍真能以一當十，以一頂百。
於是張獻忠聚集了八萬人馬，剩下的三個養子孫可望、劉文秀、艾奇能也全都隨軍出戰，來到鐵山，迎戰商家軍。
而這一次商毅也不玩什麼挖戰壕的陣地戰，也亮出了陣勢，準備和西軍來一次正面交戰。打頭一陣的，就是周少桓的二團。而張獻忠也命劉文秀帶兩萬人馬出戰。
結果雙方把陣式亮開，互相對衝，但商家軍以三段連射的方式佈陣，輪番上前射擊，同時在隊伍裡還夾雜着六門虎蹬炮，發射霰彈。原來周少桓發現，虎蹲炮如果發射霰彈，射程其時和火槍差不多，甚致還沒有魯密銃打得遠。但虎蹲炮的最大優勢就在於輕便，一個人就能扛得動，利於移動，因此與其把它放在火炮裡面，不如於脆把它扔到火槍隊裡，當火力補充用。
虎蹲炮一次可以填一百到一百二十顆鐵丸，一炮下去，少說也能轟死三四十名敵軍，周少桓將六門虎蹲炮分成二批，輪流跟着排槍射擊一起發射，結果使排槍射擊的威力一下就增大了不少，只打得西軍還沒有靠近商家軍的陣列，就屍橫遍野，死傷無數。西軍的戰鬥意志本來就不強，連捱了幾下打擊之後，立刻就喪失了作戰意志，轉身就跑。
而這時商毅在主陣也以經佈置好了炮兵陣地，一連串火炮猛擊，直接打到了西軍的主陣，頓時將主陣打得大亂，加上出戰的軍隊也敗退了回來，士兵們那裡還有心強撐下去，跟本就不理張獻忠的招呼，紛紛敗逃下去。人馬互相踐踏擁擠，也傷死了不少。
商毅見狀，也立刻下令，全軍出擊，向西軍發動了全面的衝鋒，而七萬西軍根本就不堪一擊，頓時全部潰敗了下去。