軍隊的整編就這樣決定下來。（_）而爲了加強軍隊的獨立性和榮譽感，商毅決定將軍隊的官職體系從傳統的九品分級中剝離出來，參照後世的軍銜，建立一個全新在軍銜制度。
軍銜的名稱，主要還是以後世的軍銜，但商毅也作了一些修改，軍銜分爲“兵士尉校將” 四個大級，各級之中又分三到五個小等級，兵分初等兵、中等兵、上等兵；士分下士、中士、上士；尉分准尉、少尉、中尉、上尉；校分準校、少校、中校、上校；將分准將、少將、中將、上將、大將；最後是元帥。共計是二十級。所有軍隊系統的戰鬥人員、非戰鬥人員、軍事文職人員全部都納入這個體系。
而在目前階段，各軍區部隊的定銜是：各軍區司令部、司令、副司令、參謀長、副參謀長定爲中將。軍長級定爲少將；師長級定爲準將；旅長級定爲上校；團長級定爲中校；營長級定爲少校或準校；連長級定爲上尉；排長級定爲中尉或少尉；班長定爲準尉或上士。
士兵入伍之後，即爲列兵，然後依據戰功，成績，可獲得逐級軍銜；其他非戰鬥人員、文職人員則按各自的入伍的時間、資勵、功勞、官職，也都被授於相應的軍銜。
當然總體來看，軍銜定得都不算高，最高的也就是中將；這是因爲商毅考慮到，以後還有大戰要打，各人的晉級機會都還很大，因此也要留出一定的餘地來。
軍銜是隻有軍隊人員纔會被授於的級別制度，與品級並沒有直接的對應的品級，另外每一級的軍銜都有相應的標誌，主要還是表現在肩章和胸章上。在任何時候，任何地點都可以佩帶。同時除少數重大儀式之外，軍人可以以行軍禮來取代其他的禮節，包括跪拜的大禮。這也是商毅爲了提高軍人的社會地位，而做出的明確規定。
而軍人還有另外一向榮譽，就是佩戴鄖章。商毅很早在軍隊中頒發鄖章，不過那時的鄖章比較隨意，沒有一個統一的標準，現在也正式確定下來，鄖章分爲三等，甴低到高，依次爲青龍勳章、赤龍勳章、黃龍勳章、每一種又分單龍、雙龍、雙龍寶星三種。一共是九種勳章，按功勞大小，可獲得相應的獎勵。
當然勳章並不僅僅只是獎勵給軍人，其他官員，甚致是普通百姓，也都可被授於勳章。但只有軍人才能被授於黃龍勳章。
不過在軍隊編制，以及軍銜的方案確定下來之後，就有人向商毅進言，現在南京政府的軍隊分爲五個軍區，其中有四個軍區都分駐各地，各自擁兵少則七八萬，多則十餘萬，而南京軍區卻只有五萬人馬，正是強枝弱杆，要防備各地軍區割據一方，不聽調令，因此建議商毅向各地軍區派遣親信，出任監軍，以監視各個軍區的動靜。
其實在軍隊裡派遣監軍，是歷代以來皇帝控制軍隊的必用手段之一，而且監軍基本上都是由宦官太監出任，因爲以皇帝的心態來說，正常的人都是不可靠，唯有不是正常人的宦官，對皇權才沒有實質性的威脅，這也就是爲什麼歷代都對太監干政深惡痛絕，但皇帝卻偏偏使用太監的原因。
但現在商毅身邊沒有太監，而且在將來商毅也不打算用太監，另外商毅也不準備使用監軍制度，因爲監軍制度雖然可以幫助皇帝更好的控制軍隊，但卻是以犧牲軍隊的戰鬥力爲代價的。在主將和監軍之間，代表着各自不同的利益，而且雙方的責權難以分清，因此往往是很難相處得得好。上層不和的軍隊，當然無法全心打仗了。
不過商毅到也並不太但心，在自己內部會出現軍閥割據的情況。這到不是說商毅完全相信部下各將對自己的忠誠度，當然到目前而言，各軍區對商毅的忠誠度都很高，還沒有出現過或明或暗違返商毅的命令的情況，但這僅僅也只是遐免軍閥割據的一個條件，重要的是因爲中華軍的組建情況和歷代都不相同。
在中國古代，一直都存在兩種組軍方式，一是以由朝廷出面，進行組軍，但這一般都是在一個王朝的前期，國力較爲雄厚，而且政治上也比較清明，能夠充份發軍全國的力量，建立一支強大的軍隊，如漢、唐、宋、明的前期都是如此。
而到了王朝的中後期，由於國力下降，政治腐敗，朝廷原有的軍隊己經腐化，而且朝廷的執行力也大大下降，無力再重新組軍，就出現了個人能力比較強的將才自已組軍的行爲。其中又是以戚家軍組軍方式最好，也爲後世的經代所推崇，不過在戚家軍之間，南宋的岳家軍其實也是這種模式，還包括明末的遼東軍、清末的湘軍、淮軍都是釆用這種方式組軍。
但這種組軍的方式,是以同鄉親情爲紐帶，以對主將的個人忠誠爲保障，並且帶有很強的個人色彩，軍隊的實力大半取決於主將的個人能力，在短期內確定可以形成相當的戰鬥力，但不能維持長久，另外也容易成爲某一人的私軍。像清末的湘軍、淮軍，剛成軍時確實戰鬥力不錯，但十幾年後就跨得十分歷害。包括岳家軍、戚家軍也是一樣，在岳飛、戚繼光死後，軍隊的戰鬥力也在下降。
商毅從山東起事時，其實也是釆用的這種模式，包括在很長一段時間，軍隊的名字都被叫做商家軍。但他畢竟是來自未來的人，當然知道這種組軍模式的優劣，因此在佔領浙江之後，就立刻開辦軍校，系統的培養軍隊骨幹，實際是採用近代國家建軍方式。當然在軍校中也會重點強調對商毅的忠心。
儘管不是每一名士兵都是從軍校畢業出來，但絕大多數的軍官都經歷過了中短期的軍校培訓，因此士兵軍官的自身素質不僅可以得保障，加強了他們對商毅的忠誠度，也減少了對各軍主將的心理依附力。
另外除了山東戰區之外，士兵的錢糧軍餉全部都是由統戰部直接供應，並派人下發到各軍中，這樣不僅降低了吃空餉，苛扣軍餉的事情發生，而且也斷絕了各軍的主將插手軍餉發放的事務，沒有財政權，自然也就無法派脫受統戰部控制。當然在戰事緊息的時候可以由各軍主將暫時代理，一但戰事結束，這項權利就會被統戰部馬上收回。軍區不插有地方財政.
還有一點，中華軍是一支以火器爲主的部隊，槍炮火藥的生產也都被牢牢控制在統戰部的手裡，這樣一來，各地的軍隊也就無法擺脫對統戰部的控制，也就無從獨立。
當然只有山東軍區是一個例外，在商毅佔領浙江之後，山東地區實際是由周少桓在管理，周少桓不僅是商毅十分看重培養的年輕將領，同時也是周氏一系的重要人物，山東地區的其他將領，如唐鎮、童大勇、蔣義渠、鮑銅鋼等人，也都是山東系的主要人物。由於商毅鞭長莫及，因此山東地區一直都享有很大的自治權。
經過近四年的發展，現在的山東地區管轄的地方約十萬平方公里的土地，擁有三百萬左右的人口。已經在山東地區建立了軍校、兵工廠、服裝廠、車輛廠等一糸列相關工廠，基本能做到自給自足。周少桓等人也是功不可沒。當然這也和商毅的充份信任和放權分不開。
不過商毅也從來就沒有放鬆過對山東軍區的控制，當然這種控制並非是安插什麼督軍，而是靠完善制度和長期堅持嚴格管理。
首先是商毅在山東安排孟宏恭處理民政、行政事務；孟宏恭並不屬於周家的派糸，儘管他仍然要聽命于山東軍區，但至少可以讓軍區不能直接插手民政工作。其次是加強對山東的財政管理，每月、毎季、毎年的財政報表都必須準時送到統戰部來，好讓商毅清楚，山東軍區的財政狀況和毎一筆開支的用途，也讓山東軍區的各級官員們不能輕易藏私舞弊。
而在山東軍校也被商毅定位於鳳凰軍事學院山東分院，教官師資主要都是由浙江這邊派遣過去，由於山東戰區的戰事並不多，因此山東分院還定期派遣學員到杭州來學習，從軍事教育這一環就開始加強對山東軍隊的控制。
另外山東兵工廠只能生產一般的火槍火炮，手榴彈等武器，重點的雷汞技術、線膛槍、重型火炮等高尖武器，依然控制在杭州兵工廠裡。
最後還有一點，周少桓的父親周世奇和兄長周少卿這時全部都在江南任職，雖然都是位高權重，也很受商毅的信任，但從另一角度看，說他們是商毅留在南方的人質，也不算錯。
因此綜合這麼多因素來看，在南京政府內部，最後可能發展成爲獨立勢力的山東軍區，實際獨立的可能性也並不大。