在這個時代，“清軍來了”基本就等於近三百年以後的“鬼子進村”的意思。因此當兗州府失守的消息公佈之後, 儘管衆人心裡都有這個思想準備, 但還是在軍民之中引起了一陣恐慌。
由其是唐鎮、蔣義渠、鮑銅鋼、**、尤洪亮、周奇、吳漢生等人，他們都曾經的朝廷軍官，並且和清軍交過戰，深知清軍的厲害，因此在心裡以經先怵一頭。反而是周少桓、童大勇、成進、成剛這些年輕人，他們沒有見識過清軍的戰鬥力，加上跟着商毅征戰這幾個月來，連戰連勝，因此心氣都比較高。反到是有些擦拳磨，掌躍躍欲試。到是有幾分初生之犢的氣勢。
不過商毅對清軍的到來早就有了心理準備，而且自從組建民團以來，自己就一直以抵抗清軍的入侵爲目標來備戰，而且在事實上，穆陵關的備戰工作，也一直都在有條不紊的進行着，那麼現在到是檢驗準備成果的時候了。而商毅招集衆人，一方面是例行的消息通報，另一方面也是把城中的軍民都動員起來，進入緊急狀態。
等衆人的反應都告一段落之後，商毅首先下令，讓周世奇加快安置難民的速度，儘快將難民都安置到妥當，青壯少年男子也都馬上整編訓練，好儘快形成戰鬥力，利於城中的下一步備城。
然後商毅又命令偵察隊，加強對兗州方向的偵察，並且在穆陵關外十里的範圍內設立了五處暗哨，並且又安派騎兵隊不斷在關外巡邏，以便能儘早發現清軍的動態。同時又下令軍隊提高警惕，不能有半點鬆懈，還加強了夜間的值守人員。
到了第二天，商毅也不顧還在新年之中，帶領着軍民人等出城，開始構築城外的陣地。
穆陵關地方不大，雖然容納的人口少，但可以用來的攻城面也不多，因此只用少量兵力就足夠守住所有的城牆了。而且穆陵關原來就有一條護城河，只是沒有水源，河牀都以枯乾了，其實成了一道溝壕。目此商毅下令，城外的陣地就從護城溝壕開始，先將護城溝壕進一步擴大，寬度達到三丈，深度也超過一丈，同時還在溝壕低部插滿木刺。
另外穆陵關的地理位置確實非常好，位於羣山之間，是南北交通要路的路口，而東西兩面都是山地，離關城不到一二百多步，就是山地叢林，兵力難以展開，不是攻城的理想場所，因此淸軍只可能以南北兩面爲主要的進攻面，當然也無法進行圍城。
不過商毅還是不敢掉以輕心，命令居民又將東西城外的地面上挖出無數大小不等的坑道、溝渠，近一步破壞東西兩面的地形，不僅使其徹底無法用兵，而且也難以通行，從而也在一定程度上，還切斷了南北的通路，使清軍無法進行南北連通。
同時商毅又在南北兩方離城牆一百五十米的距離內，挖了三條壕溝，一方面是用來阻擋淸軍前進，另一鄉面也是便利於穆陵軍判斷距離，好根據清軍的進度，使用不同遠程武器攻擊。而且毎條壕溝都只有一米多深，但卻有三米多寬，無法躲藏。但只保留在城門正面，約六十米的距離沒有動，這是爲了便利城內的人馬居民出入。
而軍民們也都知道淸軍馬上就要殺來了，因此雖然是在過年期間，但人人都沒有怨言，努力幹活，男女老幼一起動手，只用了十佘天的時間，就把這些工事都做完了。
在另一方面，穆陵關一帶的詳細山區地形圖也以經繪製好了，在這段時間裡，商毅已從軍隊中抽調出兩個大隊，跟着偵察隊一起，進行山地作戰的訓練，並且讓他們記熟地圖，又返復走了幾趟，做到萬無一失。並且還在山裡設置了十二處秘密的補給點，儲藏着淸水、食物、藥品和武器，使在山地作戰的士兵們不用回城，就可以得到一定的補充，能夠達到連續作戰的目地。同時商毅還在山林里布下了一些土機關，以防制清軍搜山。
而在關內的防守，十五門火炮都以經在城頭上架好，以三門中型佛朗機炮居中，八門虎蹲炮分居左右，另外四門小型佛朗機炮分守城牆兩端。每一門炮由三名炮手付責。另外魯密銃也開始正式裝配給士兵，並進行了幾次城頭的防守演習。
火藥作坊，鐵匠作坊的工匠經過這候時間的搶工，一共做出了三萬顆紙殼子彈，實心彈五百餘顆，霰彈八百餘發。簡易手榴彈一千多個，不過也把諸備的火藥用去了八成多。這時工匠們正在加緊趕工燒木碳，制硝，蒐羅硫璜。
另外孫和鼎造出的簡易鑽牀經過了試運行之後，一切良好，也開使投入使用。
爲此商毅還專程到鐵匠坊裡去看過，其實這種鑽牀的結構十分簡單，就是一個用木料做框架。用圓形石盤做慣性輪，繫上皮條之後，用人或是畜力拉動，使石盤帶動鑽頭旋轉鑽膛，但工作效率卻大大提高，只用六七天的時間就可以鑽好一跟統管，而且質量遠比手中打造的要好。唯一不好的地方就是需要經常換鑽頭，目前好的鑽頭與挫刀都是採用上好的墮子鋼，墮子鋼己經算是目前中國上等的硬鋼，但鋼性也並不很硬，一跟鑽頭最多也只能鑽三支統管。
因爲在這個時代，中國的鍊鋼技術以經落後於西方，但在短時間內想要提高鍊鋼技，是不現實的，商毅也只知道一些很粗的理論知識，還需要工匠來慢慢實踐和摸索。現在只來不及了，只能把眼前的危機應付過去再說。同時商毅又讓工匠們再多造幾座鑽牀，好同時多鑽銃管。
而商毅又讓鐵匠坊打造刺刀，要給毎一支火銃都要配上一把。刺刀的形式是釆用後世中國軍隊曾經使用過的56式三棱刺刀。 這是一種與56式自動步槍或56式半自動步槍配套使用的軍用刺刀，爲三棱形，全長三十八釐米，刃長三十二釐米，刃厚二釐米，刃寬二釐米。
這種刺刀裝備於中國五六十年代，完全就是以刺擊和放血爲主而設計，劈、挑、削的功能都比較弱。更沒有後來的刺刀什麼起罐頭，剪鐵絲網，切鋼板，鋸木頭，當火柴，擰螺絲等亂七八糟的功能。在刺入人體以後，可以通過血槽迅速將空氣引入，而空氣在體內會形成大量泡沫，阻塞住血管。因此只需刺入人體任何部位8cm左右就可使敵手即刻畢命，而且在消除負壓的體腔內將刺拔出，毫不費力。說穿了，這玩意就是爲拼刺刀而設計的。而顯然這種刺刀最適合目前裝配，經過嚴格槍刺訓練的穆陵軍火槍兵。
商毅知道，別說是現在火槍還在初級階段，一直到三百年以後的二次世畀大戰中，不僅各種半自動，自動步槍都以經出現，就連飛機、坦克、裝甲車都成爲軍隊主要裝配，但拼刺刀依然是步兵戰場一個重要的戰鬥步驟。在歐州戰場的斯大林格勒保衛戰，莫斯科保衛戰中，蘇聯紅軍與徳國軍就多次進行過刺刀戰。更不用說在中國戰場上，鬼子對拼刺刀的癡迷達到了無以復加的地步。
而且在中國紅軍發展的早期，就有“子彈三發，手榴彈兩顆。剩下的都是刺刀解決戰鬥” 的戰術說法。因此一直到中國解放之後，刺刀依然成爲步槍兵的標準裝備，和手榴彈，步槍一起，成爲步兵的基本訓練科目。
直到後來，各種先進武器開始普及，拼刺刀戰術才逐漸淡出戰場，等抗槍的步兵到達戰場時，基本就是收拾殘局。而刺刀才由純粹的殺人，轉向多功能發展。但在目前，引入刺刀還是十分有用的。
不過根據目前的冶鐵水平，商毅和童方經過討論，將56式三棱刺刀的刃寬加大到一寸，也就是三釐米多，這樣可以增加刺刀的強度，不易折斷。
鳥銃和魯密銃的長度都在一米三至一米四左右，加上刺刀，全長可以超過一米六，雖然還比不上長槍，但也不能算短了，也遠比當大棍輪的三眼銃用得順手多。雖然只增加了這麼一個小小的結構，結果將使火槍手隨時都可以變成長槍兵，也徹底改變了火槍手只能遠戰，不用近戰的弱點。
而在備戰的同時，其他的事情也在按步就班的進行，在正月初六，經過了簡單的籌備之後，商毅創辦的穆陵軍校也正式開始招生授課。招收的對像是十至十八歲的少年，開設的課程暫時只有識字、算術、兵法、炮兵以及軍事技能。
對十至十四的孩子，釆用自願的原則，不少絕大多數居民都把自己的孩子送來，一來是有個地方可以管着點他們，而另一方面，學一點東西，以後也用得着。不過商毅規定，少年隊的士兵都要全部進入軍校學習，毎天先進行兩個小時的識字，其他時間進行軍事訓練，同時從少年隊中抽調了兩百人，開始進行火槍射擊的訓練。
這個時候火槍的優勢就體現出來，一個合格的火槍手，只要不是特別笨的人，最多隻用一個月的訓練就夠了，少數腦子快，手腳靈活的人，只用四五天就能上戰場。同時火槍對士兵的體力要求不高，一個成年人和一個孩子，沒有多少區別。