商毅的一行人馬出京經過了十幾天的行走之後, 終於在五月上旬結尾時, 回到了穆陵關。
在經過臨朐縣的時候，商毅發現，過去的村莊屯鎮大多又都恢復了起來，士兵的家屬們都在這裡定居下來，紛紛搭房蓋屋，重建家園，沿路都可以見到以經修建好,或是正在修建的房屋。而大部分田地裡也都種上了莊稼，雖然現在只是露出了一點秧苗，但卻給人以無限希望的感覺。而且在田地間，還有無數農民正在辛勤的耕種，整個地區都顯出一片生機勃勃的景像。
看到這樣的場面,商毅也不得不感嘆，中國農民的自我恢復能力確實是太強了, 或許這就是中華民族五千年來一直生生不息的主要原因。
就在商毅的大隊人馬經過的時候，田間的農夫，路上的行人見了，都紛紛在路邊下拜，甚致在有的村莊路口，男女老攜都一起出迎，在道口焚香頂禮，有人還牽豬擔酒，向商毅表示自己的感激之情。因爲誰都知道，是商毅帶給自己現在的生活。
雖然大隊人馬從村莊田野間經過，但對村民們秋毫無犯，晚間也都是在野外紮營休息，包括商毅、葉瑤瑱、陳圓圓在內，全都住在營帳中，對百姓們沒有絲毫的搔擾。而且面對百姓們的歡迎，商毅都用好言安撫，送來東西也是儘量拒絕，品果實在拒絕不了的，而按行市給予銀錢補償，也迎得了百姓們的由衷讚譽，還有不少人都當場落淚，這還是他們以前見過的官軍嗎。
這時消息早己送到了穆陵關裡，留守關城的周世奇和唐鎮也帶領關裡的大小各級將領到城外歡迎商毅一行人的歸來。不過在歡迎的人羣中沒有周少卿, 商毅一問才知道, 原來朝廷以經下來了聖旨,周少卿被升任青州府通判，因爲青州知府孟宏恭以經升任山東布政司，馬上要到登州上任，而新任知府還沒有到，因此一些公事都要移交給下屬的各屬官，周少卿也趕去了青州接手公事。
他們兩人能夠得以晉升，當然也都是沾了商毅的光，周少卿過去只縣主簿，纔是正九品，而一下子就升到了正六品府通判，晉升之快，雖然趕不上商毅，但也是少有的了，而周世奇自然知道，這一切都是商毅的功勞，對商毅也十分感激。
而在歡迎的人羣中還多了幾個生面孔，都是臨朐、沂水兩個縣剩餘的官員，有沂水縣的典史張光遠、巡檢王仲平；臨胊縣主簿紀守成、教諭陳義文、師爺張文祥等人。清軍攻破這兩個縣之後，知縣和縣丞都身亡，只剩下了這幾名官吏，現在臨朐、沂水兩個縣都該商毅管，因此這幾個人也都到穆陵關來報到。
得知商毅以經晉升爲山東都司指揮同知, 登州分守參將，還獲得了一個臨邑伯的爵位，而且連葉瑤瑱也被皓封二品夫人，關城裡更是一片歡騰。其實大多數人都還不知道商毅究竟是多大的官，但周世奇和唐鎮都是經歷過官場的人，他們自然知道，現在的商毅以經是舉足輕重的人物了。既然是在當初組建民團的時侯，兩人都看好商毅，認爲非池中之物，但商毅竟然晉升的如此之快，也是讓他們始料未及的。不過商毅升官，自然也連帶着他們都水漲船高，因此也都十分高興。
衆人相見互相問候了一番，這才把商毅的人馬迎進了城中，商毅命人將從北京帶回來的火炮、火槍、火藥配料還有剩餘的銀兩全都入庫，然後在周世奇、唐鎮等幾個核心人員的配同下，回到過去的千總衙門裡落座，現在這裡仍然是商毅的府邸。然後商毅才把這次北京的詳細經過，向衆人講說了一遍。衆人也沒有想到，這次的經歷竟然會這樣曲折，商毅居然還被人陷害下獄，而且竟然還有人膽敢入宮行刺皇帝，因此也聽得驚心動迫，長噓短嘆。
不過對於商毅入獄這件事情，一來他們都不在當場，只是聽說，而且商毅畢竟也是平安回來了，二來朝廷和皇帝的權威在衆人心中還是有很大的震懾力，因此衆人也都不敢對朝廷說什麼不滿的說辭。商毅也清楚這一點，也沒有刻意藉此鼓動他們，反正大明也只剩下不到一年的壽命了。等大明一完，這夥人就只能死心蹋地的跟着自己走了。
隨後商毅又向衆人介紹了陳圓圓，因爲她當初在小山村裡也小住過一段時間，因此周世奇和唐鎮這些最老資格的人都還記得她。商毅自然不能說是帶她私奔的，只說是田國丈把她送給自己。權貴之間互相贈送歌姬，甚致是姬妾，在這時是十分常見的事情，誰也沒有感到有什麼驚奇的，而且以商毅現在的身份地位，納幾名姬妾是在正常也不過的事情了。於是衆人也紛紛向商毅道賀。而陳圓圓本是出身風塵，很善於待人處事，應付起來八面玲瓏，十分得體，加上她又長得傾國傾城之姿，也很受歡迎。
接下來自然就是慶賀，整個關城裡也連續慶賀了三天。
而慶賀完了之後，就開始辦正事。商毅也向衆人宣佈，朝廷以經下令，要調穆陵軍南下湖廣平亂，商毅打算在七月出兵。對此衆人都沒有異議，對於周世奇、唐鎮等人來說，這是朝廷的命令，服從是天經地義的事情。而其他年輕諸將則都因爲在連續獲勝之後，對自己的戰鬥力非常自信，連清軍都能殺得大敗，何況是區區流寇，因此這次出兵反到是一次建功立業的好機會。
隨後商毅又作出了一糸列的人事安排，首先要上表朝廷，推舉唐鎮爲山東都司指揮僉事，周世奇爲經歷司經歷。指揮僉事和經歷都是都指揮使司的從屬官職，一個正四品、一個正六品。同時又推舉周少桓爲奇山所千戶、成進爲金山左所千戶、王信力百尺崖後所千戶、羅遠斌爲海陽所千戶，楊武丞和周琦爲千總。
現在山東都司還沒有都指揮使，指揮同知也只有商毅一個人，山東地區的所有衛所實除都是商毅一個人說了算，而且朝廷正要用他，因此推舉幾個所千戶，千總，朝廷還是會給這個面子的。不過就算朝廷批了下來，衆將也不可能馬上就去上任，因爲馬上就要出兵了。只不過是讓每個人都有一個正式的官職而己。實際上商毅的人馬和駐地依然是穆陵關和南北的兩個縣。
而接下來纔是重點，商毅要正式成立自己的幕僚機構。
明朝的官員，由其是地方官員，一般都會有自已的幕僚機構，這裡面什麼人都有，一些都有功名但沒有官職，或是閒散小官不得施展的文士，往往都把給重臣當幕僚做爲自己的進身擡階，一般都是幫東主做一些文字性的工作，有時也會派一些重要的活給他們幹，而在東主遇到難事的時候，也會招集幕僚們來商議對策。其中到也確實有一些人有真材實料，當然也不乏一點本事沒有，只能幹一些幫閒打雜事情的人，也紮在裡面混吃混喝。
不過商毅需要的並不是這種幕僚，而是借成立幕僚機構，來組建一個完善行政管理班子。其實在商毅進京之前，穆陵關裡就以經建立了一個基本的行政機構，但現在商毅手底下管着近十萬軍民，先前建立的行政機構顯然以經管不過來了，同時在未來還要建立新的根據地，攤子一定會比現在大得多，因此未雨綢繆，進一步完善行政管理機構，還是非常有必要的。
按商毅的計劃，手下的行政班子將分爲民政部和統戰部二個大部門，分別管理民政和軍政。民政部下面又分爲六個分司：行政司，總管目前兩縣一城的所有民事事務；仲栽司，管理民事糾紛事務，維護地方治安；農田司，負責農業耕作，畜牧、農田水利建設、糧食收存事務；教育司，主管教育事務；財政司，主管財務；工建司，負責民用各項建築、施工工程。這些部門有三個是原來就有了的：民政司，教育司，財政司。另外三個新增設的：仲栽司，農田司，工建司。
另外還設立審計司，負責財務審計監督；文書司，負責處理有關的公文來往，人事檔案資料等事務。這兩個司將受商毅直接領導。
而統戰部以下分爲四個部門，參議司，負責組織安排，監督檢查士兵的訓練，制定作戰計劃，覈算戰爭成本；軍情司，負責收集各種情報信息；軍器司，負責各種軍事器械製造；後勤司，負責軍隊的後勤物資供應安排。
這樣一來，管理機構更加完善，部門分得更爲細化，同時互相分工也更爲目確，行政管理的效率也會大大提高。雖然還有一些不足之處，但在現階段是完全足夠的。
而各司主事者的人選安排，過去有的，還是基本保留原來的人選，只是做出一個改變，就是過去主管財務的是葉瑤瑱，管審計的是孫和京，現在將兩人互調過來。而其他新增設的各司主事，經過商毅和葉瑤瑱、周世奇、唐鎮等人的仔細商議，也都一一做了決定。
最終民政部六司主事的人選爲：民政司主事爲周世奇；財政司爲孫和京；教育司主事陳義文，他原是臨朐縣的教愉，出任教育司主事到正合適；仲栽司主事爲王仲平，過去是沂水司的巡檢，和商毅有過幾面之識；農田司主事孫成，他過去是沂水縣的縣丞，也和商毅等人都相識；工建司主事魯石，他是從過去軍器工坊中分離出來。