第二天，恢復了體力的商家軍立刻對清軍展開了全面的反擊，趁着揚州大捷擴大戰果，並且連續收復天長、六合、來安等地，兵鋒直逼滁州。同時駐守高郵軍的劉澤清也率部向西，追殺淸軍，一路上到也擊敗了好幾支散落的清軍小隊，砍下了千餘顆首級，還俘虜了幾百人。並且帶兵進駐到定遠。
劉澤清部的三萬人馬加入之後，江淮戰場明軍的總數己超過了七萬，而這時多鐸和洪承疇退守滁州，十餘萬大軍只剩下不足七萬人，而且士氣低落，而被多鐸寄於了厚望的左夢庚也在黃得功的攻勢之下，連連敗陣，己經退出了安慶府，人馬全部都撤退到廬州。在此消彼漲之下，清軍己經現出禿勢，現在己是自顧不暇，更別說配合阿濟格去夾擊李自成。
而偏偏就在這個時候，從淮北傳來了消息，守衛淮北的肅郡王豪格，被降將李成棟所殺，而且李成棟率領部衆，並且還裹挾了一部份清軍，投降了商家軍，現在整個淮北地區幾乎門戶大開，豪格手下的大將，固山額真覺羅巴哈拉只得率軍退守宿州。
原來在豪格淮安大敗之後，李成棟讓養子李元胤偷入揚州，試探返清歸明，在李本深的建議下，準備投靠商毅。但商毅卻要求李成棟交個頭名狀上來，才能接納他的投降。
聽李元胤匯合了面見商毅的過程之後，李成棟首先的想法是認爲商毅根本就是在有意刁難自己，再加上這時多鐸己帶二十萬大軍進駐淮北，氣勢兇兇，因此也暫時把返清歸明的打算作罷，而且李元胤和趙氏也不敢再多勸，雖然這時豙格被多鐸監禁，但李成棟仍然在多鐸跟前聽令，在淮北駐紮。
但清軍進攻淮河防線不果，被商毅殺得大敗，孔有德部幾乎全軍覆沒，李成棟也大爲震驚，想不到商毅真有手段，面對二十萬清軍居然還能取得這樣的勝利，看來清軍未必能夠取勝，因此也開始認真考慮，商毅要求的頭名狀, 並且也在物色目標。但這時清軍十幾萬大軍雲集在淮北，李成棟不但沒有機會下手，而且就算得手了, 也難以脫手, 才一直沒有行動。同時也李成棟也在儘量擴大兵力，招收了不少零散的敗軍，使自己的部衆也擴大到一萬五千餘人。
一拖就是大半個月，清軍開始第二次渡過淮河，淮北只有豪格的三萬多人馬駐守，李成棟又迴歸豪格率領，而且豪格現在對李成棟也頗爲信任，讓他分守懷遠和五河兩地。而李元胤和趙氏又勸李成棟當機立斷，設法殺了豪格或是覺羅巴哈納，投奔商毅。但這時清軍己經十分輕鬆的攻佔了淮西，因此李成棟又猶豫起來，決定再觀望一下，等局勢明朗再說。
儘管清軍攻佔了淮西，而且多鐸的大軍也打揚州城下，但在商家軍的外線內線一起攻擊之下，連連敗陣，一直到鳳陽被商家軍收復之後，李成棟才終於下定了決心，投降商家軍。並派李元胤偷偷渡過淮河，再和商家軍聯絡，正好這時李本深也率軍來到泗州鳳陽一線助戰，見到了李元胤之後，也勸他儘快歸降，一但商毅在揚州打敗多鐸，那可就遲了。
李元胤回到淮北之後，李成棟也馬上開始着手準備，首先招集自己的心腹將領和三千多士兵，告訴他們自己決議反清歸明，投降商毅。這些將士們跟李成棟也連換了好幾個主孑了，對改換門庭並不反感，而且這幾月來在清軍這邊呆得都不很順心，現在商家軍又風頭正勁，投降商家軍似乎要比清軍還有前途，因此他們也都願意跟着李成棟再投降一次。
得到了將士們的支持之後，李成棟立刻派人向豪格稟報，說商家軍要大舉進攻懷遠，請他速發援軍來解救懷遠。豪格不知是計，因此和覺羅巴哈納帶領着五千人馬，趕到懷遠。
當夜李成棟在懷遠城中擺下酒宴，爲豪格和覺羅巴哈納接風，但安排下伏兵。在席間李成棟先把豪格灌得大醉，然後一聲令下，伏兵殺出，將豪格亂刀砍死，覺羅巴哈納雖然僥倖逃脫，但李元胤趁夜領兵，襲擊清軍的大營，將清軍殺得大敗，覺羅巴哈納只得帶兵退出了三十餘里。
李成棟一面拒守懷遠，一面又命李元胤帶着豪格的首級屍體，而有盔甲旗幟渡過淮河，向商家軍彙報，並請求商家軍立刻過江援助自己。羅遠斌、李定國、段鵬等人商議了一下，也決定由李定國和段鵬帶六團的士兵渡河，援助李成棟，羅遠斌及然駐守鳳陽。
而覺羅巴哈納本想重新整頓人馬，進攻懷遠，爲豪格報仇，但得知商家軍過河來援助李成棟，嚇得不敢接戰，立刻率軍撤退，一直退到了宿州才收住腳，然後趕忙派人去向多鐸求救。
如果是在其他時候，多鐸收到豪格被殺的消息，一定十分高興，說不定還會哈哈大笑，連說幾聲活該，豪格早就該死之類的話。但在這時候卻沒有那份心情了，因爲豪格駐守淮北，正是保護着全部清軍的後路，現在李成棟叛反，殺死豪格，整個淮北的守將不僅是羣龍無首，而且兵力大減，宿州、毫州、乃致徐州、歸德，幾乎都在商家軍的危脅之下。
因此多鐸和洪承疇商議決定，放棄淮西的所有地方，立刻撤軍，儘快退回到淮北去，然後再作打算。隨後多鐸立刻下令撤軍。一行人馬放棄所有輜重，連夜從滁州撤退，向壽州進發。而退守廬州的左夢庚得知清軍要撤軍，也不敢在廬州久留，趕忙跟着清軍一起撤退。
幸好在丟失了鳳陽之後，耿繼茂和石延柱一直固守在壽州，這纔算是保住了清軍的最後一條歸路，要不然多鐸恐怕就會扔在淮西了。雖然在沿路上也遭到了商家軍的幾次襲擊，但大隊人馬總算也是有驚無險撤過了淮河，回到淮北，幾名主將也都沒有損失，只是而多鐸手下的人馬只剩下五萬多人，既使是加上其他各路人馬的殘兵，總計也不過七八萬人了。而左夢庚也追隨着清軍，率軍渡河，這時他的手下到是還有十萬多人馬。
想想自己由關中出兵南下時可是二十萬大軍，而渡淮南進時，也有十八萬人馬，浩浩蕩蕩、威風不可一世，而且當時也是意氣風發，想着一舉掃淸江淮、橫渡長江、攻破南京，立不世之功。但現在居然只剩下區區七八萬殘兵敗將，其中滿八旗軍的傷亡竟達一萬八千餘人，雖然收降了左夢庚的十萬多人馬，但顯然是不能抵消清軍的損失，因此多鐸也不禁是又羞又愧，一氣之下吐血數口，病倒在牀上。
而另一位正在養病的忠順王孔有徳這時也得到了確切的消息，自己唯一的兒孑孔玔廷被商家軍坐了飛機，死無全屍，其實孔有徳對這個結果還是有思想準備的，但他從其他渠道得知，在戰場上多鐸明明是有機會可以救孔訓廷的，但卻任由孔訓廷被商家軍殘殺，也使孔有徳又悔又氣，加上病體沉重，結果沒過兩天，就一命嗚呼了。
直到這個時侯，這一次江淮之戰才全部結束，以商家軍爲主力的明朝一方取得了全面的勝利。這一次戰役從四月初開始，一直到五月下旬結束，前後一共進行了五十餘天，戰場北起淮河，南到長江，東至運河，西抵大別山，方圓近三萬多平方公里的廣擴土地，先後進行了二十餘次大小戰鬥。
這清軍前後一共投入了二十三萬人馬，而商家軍前後投入了五萬六千多兵力，另外還有明軍一萬五千餘人。雙方的差距達到了三到四倍。但商家軍充分發揮技術上的優勢，憑藉着兇猛的火力和先進的戰術思想，先後一共殲滅淸軍七萬二千餘人，俘虜四萬餘人，投誠一萬三千餘人，其中淸廷的肅郡王豪格、忠順王孔有徳、固山額真葉克舒也都先後因這一場戰役而死亡。終於取得了一場輝煌的戰利。
另外商家軍還繳獲了淸軍的戰馬八千餘匹，驢騾五千餘匹，車一千二百餘輛，白銀二十五萬六千倆，黃金二萬三千餘兩，絲綢布匹四千五百餘匹，糧食六萬三千石，馬料三萬七千石，帳蓬五千二百多套。火炮二百餘門、火銃三千餘枝，火藥六萬餘斤。其他鑼鼓刀槍旗幟盔甲達三十餘萬件。收穫也算是相當豐富了。
不過商家軍自身也陣亡了七千六百八十三名士兵，另有三百七十三人受傷至殘，因此也必須退伍，再加上傷員，總減員也達到了萬人以上。佔全軍人馬的五分之一左右。而明軍先後陣亡了八千七百餘人。
最終的戰果是，商家軍將清軍基本趕到了淮北，不僅收復了淮西的所有土地，而且也保住了南京和江南地區不受清軍的侵犯，並使南京朝廷能夠繼續延續下去。
而就在這時，南京朝廷也派出了使臣，來到揚州，向史可法和商毅傳旨，同時還有一封吳甡的私信。