在朱由崧升朝的第二天，朝野上下都錢謙益、黃宗羲、候恂等人羣起而攻之，就連有一些東林黨的成員爲加入了攻擊他們的陣營中，彈亥的奏章也如雪片一樣飛向朝中來，僅僅只一天的時間，彈亥的奏章就達到二百多份，昔日的正人君子，道德楷模，在一夜之間就變成了王莽、曹操之流的叛逆謀位之臣。而就在當天，錢謙益、黃宗羲、候恂等十七人因爲承受不住這輿論巨大的壓力，終於集體辭職。
好在朱由崧只是批准了他們的辭職，到也沒有對他們進行什麼追究。然後立刻下旨，將史可法和吳甡官復原職，仍出任首輔和次輔。而東林分裂之後的南京的政治爭鬥又一次發生了戲劇性的變化。
因爲史可法現在就住在南京，因此當天就被招入宮中復職，全權負責南京的防務，而史可法一上任，並且代表內閣提議，調商毅率軍進南京駐守，也立刻得到了朱由崧的批准，並且決定以高弘圖和司禮監掌印太監王德化爲使，到杭州去調商毅，同時也是招吳甡回南京任職。
而且史可法還怕商毅不來南京，又親自給商毅寫去了一封信，請他千萬以大局爲重。並又給吳甡也寫了一封信，請他盡力勸說商毅出兵。
高弘圖和王德化是十二月二十日從南京出發，兩人也知道現在情況危急，不容耽誤，因此也是一路急行，這時江南入冬以後的第一場大雪已經過去了，氣溫也有些回暖，雖然路上還有不少化雪的積水，但也算比積雪好走，而且由其是從湖州到杭州的這段路，都是新路，寬闊而平整，也沒有積水，行程也大大加快，在二十二日就到杭州，而在進城的時候，兩人也受到了商毅和吳甡的熱烈歡迎。
在宣讀完朝廷的詔書之後，商毅也立刻表示，自己和東林黨人並無私仇，爲國效力，義不容辭，而且在浙江地區的兵馬糧草物資都己經準備好了，明天自己就會出兵，趕到南京去駐守，也請兩位使者放心。
高弘圖和王德化聽了，也不禁大爲安心，想不到商毅一口就答應了下來，而且連史可法的書信都沒有出示。不過這樣一來，南京到是還有守住的希望。
原來就在高弘圖和王德化到達杭州的前一天，玄皇教的密使明石姬己經趕到杭州，面見商毅陳述利害，並且表示，現在東林黨己經不是障礙了，而且玄皇教可以控制南京的局面，因此只要商毅願意率軍入南京駐守，玄皇教願意盡一切力量配合商毅，守衛南京，抵抗清軍。
其實在南京發生的事情，商毅也早就知道了，也覺得在金殿上發生的事情十分好笑，想不到朱由崧居然能夠想出這麼一招，在金殿上讓東林黨吃這樣一個悶虧，當然這一切都玄皇教在背後指使策化的，到是真不容易。不過皇帝當到這一步，也確實夠可以了。商毅並沒有懷疑明石姬的話，因爲憑朱由崧的智商，肯定想不出這種損招，看來玄皇教確實己經牢牢的把朱由崧抓在手裡了，在剪除了東林黨之後，也的確可以控制整個南京的局面。
雖然商毅己經做好了南京淪陷，以浙江的力量來抵抗清軍的打算，但那些都是建立在東林黨死都不肯調自己去駐守南京的最壞打算上，從商毅心裡來說，還是十分希望能夠守住南京的，因爲南京不失，清軍就不可能繞過南京來進攻浙江地區，這樣一來，浙江地區不用直接去面對清軍的兵鋒了，也可以大大減輕戰爭給浙江地區帶來的破壞和影響。對浙江地區還是大有益處的。而且還可以加強自己抵抗清軍的縱深空間，和迴旋餘地。
另外同時南京是整個南方的政治經濟中心，又是現在南明的首都，因此無論是在戰略意義上還是在政治意義上，守住南京，整個南方的抗淸局面，都是十分重要的。因此商毅在和明石姬商談過之後，也決定立刻出兵，盡全力守住南京。
不過雖然決定出兵，但商毅也知道，想守住南京可並不容易。現在南京面臨的局面確實十分危急，因爲清軍從長江兩岸齊頭並進，沿江的戰略要佔幾乎全都失守，南京城也直接暴露在清軍的兵鋒面前。
雖然南京城的城防設施十分堅固，但需要防守的面積太大太廣，至少也需要五到六個師才能完全守住，而現在的商家軍，也不可能把這麼多的兵力都集中在南京城裡駐守。因此商毅也迅速作出計劃，只以少量兵力駐守在南京城裡，守住幾個關建的要點，在清軍進攻時，可以適當棄守幾處城門，把淸軍放進城裡來，並且利用城市內的街道要點地區和自已對南京環境的熟悉，和淸軍打巷戰。
反正只要是不退出南京城，就表示南京並沒有完全失守，在政治和戰略層面上，都能說得過去。同時還能拖住清軍的大量兵力，保證浙江地區的安全。而且商家軍的戰術特點和武器，也比清軍適合打巷戰，因此在內線利用城市戰牽制清軍，同時商家軍的主力人馬在南京外圍遊動，尋找戰機盡力殲滅清軍的有生力量，把南京保衛戰打成一場提前三百年進行的列寧格勒保衛戰。
這也就是商毅在目前的條件下，所釆用保衛南京的最佳戰術方案了。當然因爲戰場主要是在城市中進行，要施行這一戰術，肯定會對南京的城市設施造成重大的損害，而且平民的傷亡也將可能十分巨大，但商毅也沒有別的辦法了，反正南京並不是自己的領地，死道友不是貧道。就算是把南京打成一片廢墟，但只要是能夠把淸軍擋住，保護住浙江地區，那也是值得的。
對於商毅提出的守衛南京的這個計劃，明石姬也並沒有表示異議，南京現在的局勢, 她自然是一清二楚，因此守住南京的希望，與其說是憑藉商家軍超強的戰鬥力，還不如說是依靠商毅去過百戰百勝的威名上。
只是打仗並不是紙上談兵，而是靠實力，以弱勝強的奇蹟，並不是那麼好演的，說得難聽一點，現在的南京是天時、地利、人和一樣都不佔，憑什麼去拒敵清軍呢？就連玄皇教本身，也都是做好了一顆紅心，兩手準備，隨時都打算撤出南京逃走。
不過玄皇教也清楚南京的重要性，因此不到萬不得己的時候，也不願輕易就放棄南京。而明石姬這次到杭州來，也是想看一看，商毅能不能拿出真正的辦法來，守住南京。如果商毅也拿不出一個真正切實可行的辦法來，玄皇教可不打算傻傻的待在南京城裡等死。
而在商毅提出了這樣一個計劃之後，才使明石姬真正感覺到，如果按商毅的這個戰術進行，守住南京，確實是可行的。因此也代表玄皇教，答應全力支持商毅的這個計劃，共同抵抗清軍的進攻。而且也保證玄皇教中的高手人員都會聽商毅的調遣。
得到了明石姬的首肯之後，商毅也覺得又多了幾分把握。因爲打巷戰的首要條件是城市環境對自己有利，這個環境包括地理環境和民衆的支持環境，而且清廷顯然也在南京派駐了不少情報人員，因此這一場南京保衛戰不僅有明戰，而且很可能還有暗戰。雖然自己在南京也有情報網絡，但很顯然玄皇教在這方面的優勢，顯然是要比自己大得多，人家畢竟是南京的地頭蛇，而且己經經營了上百年。有了他們的全力配合，事情當然也就好辦多了。
於是商毅和明石姬又討論了一些合作的細節，雙方對城防、統一指揮，以及暗中的動作等許多方面的合作，都達成了一致的意見，然後明石姬才向商毅告辭，並連夜趕回南京去向教中稟告。
正是由於商毅現在己經對所有的事情都己經做到了心裡有底，因此在今天接持朝廷的使臣時，才顯得從容不迫，而且一口答應馬上出兵，並且也慷慨激昂的表示，自己將會盡一切努力，力保南京不失，挽救明朝的命運。
而吳甡對此則是慮喜參半，一方面在辭職僅僅只有一個多月的時間之後，又能夠馬上能夠官復原職，自然是十分高興，而且自己的政敵也被清除乾淨，也不用再擔心有人對付自己，至少這一回在次輔的職位上，也可以坐得長久一點。
但現在的局勢吳甡心裡也清楚，絲毫也不比當初崇禎留守北京的時候好多少，可以說南京也是危在旦夕，隨時都有可能被清軍攻破，因此這個時候被複職，也未必就是一件好事。不過商毅己經表示了將會率軍駐守南京，也讓吳甡心裡有了一點底氣。雖然吳甡現在還不知道商毅守衛南京的計劃，但他對商毅的軍事能力，還是十分相信的。
於是接待完兩位使臣之後，商毅也將他們安排到館驛中休息，而自己立刻招集衆將開始佈置，明天大家一起出發, 率兵去南京駐守。