朱由崧己死，南明的弘光朝廷也徹底終結，那麼在這新的一年裡，現在的中國大地上，只有一個年號，也就是清順治三年（1646年）。
這時已是正月初一早上十時左右，但在南京城中，依然是槍炮震開，殺聲不絕，激烈的戰鬥從昨天晚上開始，就一直沒有停息過，絲毫沒有一點新年的喜慶樣子。
儘管這時淸軍已經攻破了南京的東城、南城，殺入南京城中，但實際控制的區域，只有東邊的皇城，和南邊秦淮內河以南的地區，而大部份的南京城區，依然還在商家軍的控制之中。雙方仍然在東、南兩條戰線上，進行着激烈的爭奪。
其實秦淮內河並不箅是一個理想的阻擊戰線，不僅是因爲秦淮內河的河面並不寬，河面上還有十餘橋，而且這裡太靠近南京的南城牆，另外秦淮河的流向，是呈一個由東向西，但中部凹陷呈V的形狀，由其是在穿位於南門大街鎮淮橋下的這一段河面,是最靠南端的河段，離聚寶門的城牆只有二三百步，如果淸軍將火炮架在城牆上，甚致可以直接打到秦淮河的北岸。
但做爲一條過渡的阻擊戰線，秦淮河還是可以充份利用時，由其是現在清軍的火炮還沒有運進南京，投入戰鬥的情況下，商家軍仍然牢牢的守住了秦淮河的防線，擋住淸軍向南京城內進攻。
在秦淮河阻擊清軍的商家軍是一個步兵旅，其中四個營以秦淮河上的十餘座橋爲核心展開阻擊，另外兩個營則針對於清軍的渡河位置，實行遊動作戰。步兵旅沒有配炮兵營，使用的都隨團的中小型火炮，雖然威力小、射程近，但卻勝在移動方便，在這種阻擊戰線上使用，非常合適。
清軍的進攻自然也是圍繞着這十幾座橋展開，同時也有一部份從河面上進行，先前渡外秦淮河所用的木筏也全都運進了城裡，而且還收集了十幾名彩舫，也拼命的在向對岸發動進攻，而且在河岸上還佈置下了不少弓箭手，向對岸射擊。
雖然內秦淮河的河面不寬，但少說也有六七十米，最寬的地方會達到百米，弓箭的射程根本就不夠，只能釆用拋射，但這一來無論準度還是力度，都大大下降，而且商家軍有掩體，有盔甲，因此傷害並不大。
商家軍的戰線收縮之後，佈置的防線也更爲嚴密，而且火槍卻能夠打到對岸，河水中的清軍，就更是不在話下。同時還有手榴彈，如果能準確的扔到木筏和船舫裡，就會炸死炸傷淸軍一片，就算是扔到河水裡，也有六成左右可以爆炸，雖然炸不到船筏上，但卻可以製造出沖天的水柱大浪，使船筏起伏不定。
而清兵就像下餃子一樣，紛紛落水。何況還有不少火炮，在船筏的清軍幾乎毫無抵抗之力，現在正月初一，河水正寒，清兵多是北方人，掉到河水裡也是凶多吉少，因此淸軍雖然兵力衆多，卻依然無法取得多少進展，相反還損失了不少兵力。
鎮淮橋是內秦淮河上最大的一座橋樑，橋面寬達三丈有餘，而且是全石砌而成，又是離聚寶門最近，因此也是清軍進攻的重點地區。而商毅也把秦淮河防線的臨時指揮部設在這裡，指揮商家軍進行阻擊作戰。
商家軍在橋面上佈置了雙重防線，第一重防線守在定淮河的北端出口，是以四門火炮，兩架管風琴槍爲核心，輔以兩個排的步兵，而第二重防線就在第一重防線後而不足十米，呈扇形展開，由一個連的士兵駐守，而且用傢俱掂高，同時在兩側的屋頂上也佈置了一排，還有一個班的狙擊手，使鎮淮橋的防線形成立體的守衛。
這樣嚴密的佈防之下，盡留淸軍向鎮淮橋發動了一次又一次潮水般的進攻，而且什麼方法也用到了，派弓箭在鎮淮橋的南端，不計損失的和商家軍對射；讓士兵頂着桌椅做遮擋，向前衝鋒；但全都收效不大。因爲商家軍的防守火力實在太過密集，由其是四門火炮和兩架管風琴槍輪流開火，火炮付責轟開清軍後遮壋物，而管風琴槍則毫不客氣的收拾躲藏在後面的淸兵。結果淸軍被打得死傷無數，在整個鎮淮橋的後半段距離，幾乎全都被清兵的屍體所覆蓋了。
在這樣激烈的戰鬥中，昔曰充滿了旖旎綺麗，萬種風情的十里秦淮，這時已經全被戰火硝煙所籠罩着，絲竹管樂、輕歌曼唱之音變成了槍炮的爆炸轟鳴，滿載着風流才子，嬌嬈佳儷的五彩斑斕的畫舫，被清軍用來當做強渡秦淮的工具，在猛烈的炮火中香消玉沉，在而在兩岸飛檐漏窗，雕樑畫棟的建築羣，也在無情的戰火中支離破碎。
而在曾經凌波清潵的河水裡，此刻己飄滿了破碎的船板、木片，以及清兵的屍體，呈現出一片混濁的暗紅色。而且還不斷的因爆炸激起沖天的水柱，還有不少落水未死的清兵，也在冰冷的河水中奮力的掙扎着。昔日金粉樓臺，鱗次櫛比；畫舫凌波，槳聲燈影的如夢如幻的美景奇觀，已全被殺戮、鮮血、死亡所取代。
阿濟格這時就站在聚寶門的門樓上，俯視整個南京的南城，整個秦淮河的防線，都可以盡收眼底，再加上現在也有了單筒望遠鏡，因此也可以把大部份的細節都看得十分清楚。而臉色十分難看，剛進南京時那意氣風發的神情，早己蕩然無存了。
就在這時，只聽“轟”，一顆炮彈打到離城樓不足一丈的城牆上爆炸，只炸得塵士飛揚，砂石四射，也濺了阿濟格一身，好在是他身穿重甲，到還並沒有傷着。而阿濟格身邊的幾個衛士都嚇着魂不附近，趕忙過來，道：“王爺小心，這裡太危險了，您還是到城外去吧。”說着就兩個衛士過來拉他。
阿濟格卻勃然大怒，揮動馬鞭，給了每人兩鞭，大罵道：“沒用的奴材，這有什麼好怕的，本王東征西殺十幾年，什麼樣的戰場沒有見過,還怕這小小的陣仗嗎?”
見同伴被打，其他的衛士也不敢過來相勸，心裡雖然叫苦不迭，但也沒有辦法。他們都是跟了阿濟格十幾年的人，知道阿濟格的脾氣暴燥，性如烈火，由其是在他心情不好的時候，最好是不要去惹他。
其實商家軍都是使用的中小型火炮，射程有限，就算打到城牆上，以南京城牆的堅固，也完全承受得了，因此阿濟格並沒有什麼危險。只足阿濟格心裡直到現在還不明白，這一場是怎麼打成了現在這個樣子，自己己經攻破了城牆，殺入南京城中，按說就應該箅是攻克了南京，而商毅也就應該承認失敗，從南京撤退了。
但商毅不僅沒退，相反還繼續在南京城裡駐守，就是不認輸，那有像他這樣打仗的，這不是無賴嗎？就好像兩個人下象棋，明明自己一步就可以把對手將死了，但對手偏偏就是不認輸，還有重複走無用的廢棋，摩蹭時間。
不過阿濟格也知道，商毅當然不是在走無用的廢棋，相反這一步棋還走得十分高明，他放棄了外圍戰線拉得太長的城牆，退守到城內，收縮戰線，使淸軍兵力衆多的優勢根本就無法發揮，並且利用南京的內河做屏障，繼續阻擊清軍，使清軍儘管攻破了城牆，但依然無法佔領南京。而從昨晚戰鬥開始，一直到現在，淸軍的傷亡人數己經超過了一萬人。
從現在的情況來看，清軍究竟什麼時候能夠取得全面的勝利，依然是在未知之中。但阿濟格己經向把攻佔南京的捷報發回到北京，現在也已經是騎虎難下了，只能夠不惜代價，全力攻佔南京。好在是南京到北京這一去一來，至少也要一個月的時間，也就是說自己還有充足的時間，只要在北京來使到達南京之前，完全攻佔南京，也就能夠交侍得過去了。
當然清軍好不容易纔打到這一步，阿濟格也不甘心就這麼罷手。南京可是和北京一樣的堅城，己經都攻破了南京的城牆，怎麼也不能夠這麼半途而廢吧，何況淸軍的人數依然佔有絕對的優勢，既然兵力展不開，那就輪流上，就是累也就把商家軍給累倒，而且阿濟格也還有王牌還沒有使出來。因此阿濟格下令，不許停止，仍然要向商家軍繼續施壓，凡事有作戰不力者，立斬不敖。
阿濟格的脾氣，在清廷是有名了的，因此各路清軍接到了阿濟格向將令之後，包括漢軍和降軍，也都不敢有絲毫的怠慢，只能拼命向商家軍的防線發動猛攻。
但進入火器時代以後，士兵的意志在戰場上的作用也在逐漸減少，毎一座橋都被密集的火力網封鎖住，各種火炮、步槍、管風琴槍、手榴彈一起發動，在這樣猛烈的火氣面前,淸軍攻得越猛,傷亡也就越大。
戰鬥一直進行到了中午，淸軍依然沒有取得任何突破，而傷亡人數卻又進一步上升。不過就在這時，阿濟格一直在等待、並寄於了厚望的王牌部隊，終於趕到了戰場上。